夜色如墨，林远等人借着老汉指引的山道，在嶙峋怪石间辗转穿行。山风裹挟着湿气扑面而来，张居正的官服早已被树枝划破，却仍步履坚定：“此劫虽险，却让我们知晓严党与倭寇勾结之深。东南沿海，定要探个究竟。”
五日后，众人乔装成茶商抵达扬州。昔日繁华的漕运枢纽如今戒备森严，城门处贴着缉拿“可疑商贾”的告示，画像虽模糊，但身形轮廓隐约与张居正有几分相似。林远压低斗笠，示意众人分散入城。暗影小组成员老周混进码头苦力群，发现装卸的货物中藏有西洋火器箱；女弟子阿月则扮成绣娘，在布庄听闻“近期有番商船队将在舟山群岛集结”。
“掌柜，情况不妙。”苏婉娘在客栈密室铺开地图，“倭寇不仅囤积火器，还在收购桐油、生漆等造船物资。更诡异的是，有漕帮旧部暗中协助运输，码头的‘庆丰行’就是他们的据点。”林远用朱砂在图上标记，红点逐渐连成线——从澎湖到舟山，再到长江入海口，俨然形成一道封锁网。
为深入探查，林远决定冒险拜访镇江漕帮帮主陈长风。此时的陈长风已因协助朝廷有功，掌控着运河下游半数运力。听闻林远到来，他亲自打开密室暗门：“林大人，您可算来了。”密室中堆满密信，其中一封赫然写着“八月十五，倭船二十艘，突袭台州卫”。
“这是从‘庆丰行’截获的。”陈长风面色凝重，“严党余孽化名‘海鲨会’，与葡萄牙人合作建造双层甲板战船。他们还在收买沿海卫所将领，据说台州卫指挥同知已被拉拢。”林远展开从密道带出的竹简残片，与信中提到的战船规格对照，发现二者对龙骨结构的描述如出一辙。
次日，林远与张居正扮成番商，混入“庆丰行”交易现场。厅堂内，胡文远的亲信赵通正与葡萄牙商人激烈讨价还价，桌上摆放着新式佛郎机炮的图纸。“这批火器月底前必须运到双屿港，倭人等不及了！”赵通拍案而起，“张居正要查海运？等他到台州，看到的只会是满地尸首！”
林远的手指几乎要按捺不住腰间短刃，却被张居正暗中按住。二人退出商行后，在小巷中截住一名跑腿小厮。经审问得知，海鲨会在沿海设有三处秘密船坞，其中最大的位于象山半岛的隐蔽海湾。更令人心惊的是，他们计划用满载火药的商船伪装成漕船，混入明军补给舰队。
消息传回京城，万历皇帝勃然大怒，急召戚继光从福建北上。林远与张居正赶赴台州，准备实地勘察防务。行至温州地界，却见百姓拖家带口逃离，原来倭寇已提前进犯乐清湾。林远登上高处了望，海面上数十艘挂着明国旗号的船只正与倭寇战船交火——正是海鲨会的阴谋得逞，明军舰队被伪装船只引入埋伏圈。
“不能坐视不管！”林远立即联系陈长风，调遣漕帮快船支援。他指挥船队采用“雁形阵”，利用新式滑轮吊装装置快速装卸投石机。当倭寇战船靠近时，巨石如雨点般砸落，其中一艘伪装船被击中火药舱，瞬间爆炸。混乱中，林远发现一艘挂着葡萄牙旗帜的战船悄悄撤离，船头站着的正是赵通。
关键时刻，戚继光率领的水师赶到，与林远的船队形成合围之势。戚家军的福船装备了改良后的火炮，精准轰击倭寇战船。经过半日激战，倭寇死伤惨重，残部仓皇逃往海上。林远带人搜查战场时，在一艘沉没的倭船上发现了海鲨会与严党往来的密信，铁证如山。
击溃倭寇后，张居正立即着手整顿沿海防务，将通敌的台州卫指挥同知等官员就地正法，并从内地调遣精锐部队加强海防。林远则组织人手摧毁了海鲨会的秘密船坞，缴获大量未完工的战船和火器。
“此次虽胜，但东南隐患未除。”张居正望着波涛汹涌的海面，神色严峻，“严党余孽与倭寇必然卷土重来。我们必须尽快推行新政，增强国力。”林远点头道：“首辅所提的‘一条鞭法’正是时候。简化税制、统一征收白银，既能充盈国库，又可打破地方豪强的利益垄断，为海防建设提供支持。”
两人商议后决定，即刻返回京城筹备新政推行事宜。临行前，林远将此次暗访收集的证据、绘制的海图，以及关于沿海物流补给的建议，全部整理成册。他深知，击败倭寇只是开始，要彻底改变大明的困境，必须从根本上进行变革。而即将推行的“一条鞭法”，正是这场变革的重要一步。
在返程的马车上，张居正展开一卷文书，上面密密麻麻写满了税制改革的条款。林远看着首辅紧锁的眉头，知道更大的挑战还在后面。京城的朝堂上，保守派必然会激烈反对新政；而严党余孽也绝不会坐视他们顺利推行改革。车轮滚滚，扬起一路烟尘，他们朝着京城疾驰而去，迎接即将到来的风暴。