元朝大德年间，韶州丹霞山的云雾里藏着座千年古寺。寺里的陈主持，生得面皮白净，笑起来眼角堆着细纹，活像尊慈眉善目的弥勒佛。他常穿件洗得发灰的僧袍，脚踩麻布鞋，腰里别串檀木佛珠，走路时佛珠相撞，“咯吱咯吱”响得人心安。
那年发大水，山脚下的村子被淹了大半。陈主持带着弟子们扛着麻袋往外冲，麻袋里装的不是经卷，是糙米和窝头。他踩着没过脚踝的泥浆，把窝头往灾民手里塞，指甲缝里全是泥，嗓子喊得沙哑：“先填肚子！佛不怪你们脏，快吃！”有个瘦得皮包骨的娃，怯生生拽他僧袍：“师父，您吃啥？”陈主持摸出怀里的硬饼，掰成两半，一半塞娃手里，一半往自己嘴里塞，饼渣子掉在泥浆里，他也蹲下去捡起来吃。
寺里的藏经阁漏雨，弟子明空急得直打转。陈主持却蹲在廊下看蚂蚁搬家，指着墙角说：“先修那堵残墙吧，下雨天，邻村的王阿婆还得靠它躲雨。”明空嘟囔：“藏经阁的经卷要是烂了……”陈主持拍他脑袋：“经卷在心里，墙倒了，遮的是众生的风雨。”
大德十年深秋，丹霞寺的银杏突然疯了般落叶。陈主持的禅房里，油灯一夜爆了三回花。他把明空叫到跟前，指节叩了叩案上的檀木佛珠：“为师梦到石狮子哭了，该走啦。”明空“扑通”跪下，泪水砸得青砖泛潮：“师父，您走了，弟子咋办？寺里的井还没淘，后山的菜还没收……”陈主持笑了，眼角细纹更深：“井会有人淘，菜会有人收。你记着，二十年后，若见青石板裂出苔花，便是归时。”
话音刚落，窗外卷来一阵风，金黄的银杏叶像下雨似的扑进禅房，在陈主持脚边堆成厚厚的毯子。等弟子们哭着涌进来，禅房里只剩袅袅檀香，那串檀木佛珠静静躺在案头，最中间那颗珠子裂了道缝，缝里嵌着片银杏叶——正是陈主持常捻的那颗。
同一年冬月，山脚下陈家村的接生婆王阿婆连滚带爬冲出院子，惊得守在门外的人直往后躲：“陈家娘子生了个带佛光的娃！”众人挤进去，就见婴儿裹在粗布襁褓里，皮肤白得透亮，眉心竟有团浅红的胎记，像朵刚绽的莲花。更奇的是，屋里飘着股檀香味，跟丹霞寺里的香一模一样。
陈老爹蹲在床边，烟袋锅子早凉了，嘴巴张得能塞下鸡蛋。恰在这时，远处丹霞寺的暮钟突然响了，声声响在众人心里，惊得山雀扑棱棱乱飞。王阿婆颤巍巍道：“这娃…莫不是…陈主持转世？”这话像把火，瞬间烧遍全村，夜里家家窗户透出的光都晃荡着议论声。
陈生七岁那年，跟着阿爹去镇上赶庙会。路过一间卖佛珠的铺子，他突然站住，眼睛直勾勾盯着柜里一串檀木佛珠。老板笑着逗他：“小娃子，这佛珠可贵哩，你买得起？”陈生却伸手摸了摸眉心的胎记，嘟囔道：“这串珠子的纹路…不对。”
老板听了一怔，把佛珠拿出来仔细瞧，发现最中间那颗珠子竟有道细微的裂纹——当年明空师父对着太阳看了许久，才发现裂纹里嵌着片银杏叶。老板惊得手发抖：“小师父…你咋知道？”陈生歪着脑袋，眼神迷茫：“我…我也不知道，就是觉得它该有道缝。”
陈生十六岁那年，明空和尚已经成了老主持。他下山化缘，路过陈家村，见陈生在溪边洗衣，眉心的胎记让他心头猛地一震。陈生抬头看他，竟脱口而出：“明空，你鬓角的白发又多了。”
明空踉跄后退，木碗里的斋饭洒了半碗，泪水夺眶而出：“师父…您真的回来了？”陈生愣住，脑海里突然闪过片段：禅房里的油灯、案上的佛珠、飘落的银杏叶……他浑身发颤，指着明空的僧袍：“你…你身上的补丁，还是我当年补的。”
那天傍晚，陈生坐在自家门槛上，望着丹霞山的方向发呆。山风卷着檀香味飘来，他突然明白：自己的魂灵里，住着另一段人生。
陈生要去丹霞寺的消息，像惊雷炸响陈家村。阿娘抱着他哭，指甲掐进他胳膊：“娃啊，你要是成了和尚，阿娘后半辈子靠谁？”陈生看着阿娘眼角的皱纹，心里像被针扎。可每夜做梦，都梦到自己站在丹霞寺的台阶上，晨钟暮鼓里，有个声音说：“该回来了。”
第七天，陈生跪在寺门前，三天三夜。眉心的胎记愈发鲜艳，像团烧红的火。阿娘终于哭着松口：“去吧…你生来就该在那里。”陈生磕了三个响头，额头渗出血珠，混着泪水滴在青石板上。
陈生进寺那年，丹霞寺正遇劫难。当地赵员外垂涎寺里的百亩良田，带着家丁来闹事，说地契是假的。明空老泪纵横，却无计可施——元朝律法虽护寺产，可赵员外和县太爷沾亲带故。
陈生站在赵员外面前，不卑不亢：“赵老爷，您可记得十年前发大水，是谁背着您家老太太从洪水里出来？”赵员外一怔。陈生又从怀里掏出半块玉佩：“这是您当年答谢陈主持的，他没要，让我还给您。”
赵员外接过玉佩，正是自家祖传的物件，当下“扑通”跪下：“小师父…不，陈主持，是我猪油蒙了心！”原来当年陈主持救过赵员外全家，夜里赵员外常梦到洪水滔天，如今见着陈生，只觉陈主持的目光穿透二十载光阴，钉得他后背发凉。
月圆之夜，陈生常去藏经阁。借着月光，他能看到前世的自己——青灯古佛下，那个穿灰僧袍的身影正抄经，笔锋划过宣纸，“沙沙”声和现世的虫鸣重叠。有回明空撞见他对着空气流泪，陈生指着虚空说：“师父在教我抄《金刚经》，他说‘经卷烂了，佛还在’。”
寺里的弟子们慢慢发现，陈生讲经时的语气、捻佛珠的手势，竟和当年的陈主持一模一样。连后山那株快枯死的老梅，经他照料，竟在寒冬绽出满树花苞，香得整个丹霞山都醉了。
时光流转，陈生也成了老主持。临终前，他坐在禅房，看着窗外的银杏叶，对弟子说：“等青石板裂出苔花，便是归时。”话音落，一阵风卷着银杏叶扑进房，恍惚间，众人仿佛看见两个身影重叠——当年的陈主持，和如今的陈生。
三年后春末，丹霞寺山门前的青石板突然裂了道缝，缝里钻出嫩黄的苔花。寺里的暮钟又响了，声音和陈生出生那晚一样绵长。有个小沙弥惊道：“师父们快看！苔花开了！”老明空的弟子们相视而泣，直道又一段轮回，开始了……