不过把汉那吉并没有参与进三娘子对黄台吉的征讨，把汉那吉借口自己的部落这次损伤严重，要休养生息，所以不参加征讨黄台吉的事情了。
对于把汉那吉的态度，三娘子不以为意，现在他已经完全坐稳了位置，整个土默特部谁敢和他抗衡，现在就是要斩草除根才是。
而三娘子的这种行为，当然引起了大明的警惕，三娘子所表现出来的强势令大明的重臣们感到不安，大明好不容易才盼到俺答死了，找到机会重创土默特部，可以使得大明的九边能够消停一阵子，三娘子这样大规模的征讨显然是不合大明的利益的。
朱载坖当即召集阁部重臣商议此事，对于三娘子的行为，重臣们都认为她有点飘了，不予以震慑，恐怕她不明白大明是干什么吃的。
对于大明来说，一个强大的土默特部并不是大明所希望看到的，这点朱载坖君臣都很清楚，之前朱载坖就此事已经和阁部重臣还有参赞军务大臣们商量过了，黄台吉现在已经丧失了争夺土默特大汗的能力，若是他能够归顺大明，为大明边墙外的藩篱，大明可以居中调节，保他一条狗命。
主要是用黄台吉来制衡三娘子，免得三娘子的势力膨胀的太快了，同时对于三娘子也要加以震慑。所以朱载坖下诏，总督蓟辽大宁等处兵部尚书谭纶和提督蓟辽大明军务事曹国公李庭竹，整顿三镇兵马，尤其是蓟镇，要整肃兵马，以备不测，同时向边外派出哨骑，查探相关的情况。
同时蓟辽和礼部要尝试招抚黄台吉，要是黄台吉愿意向大明归顺投效，大明愿意居中调停此事，保他一条狗命，要是黄台吉仍旧桀骜不驯的话，不用三娘子动手，大明就要和黄台吉新账老账一块算了，不仅如此，朱载坖也命令兵部与宣大、蓟辽各镇商量，参照洪武年间的边镇建制，以恢复当年的边防，重新在大明的北方，构建起一套防御体系。
对于此事，朱载坖是极为重视的，关乎着大明未来的边防要事，朱载坖明确指示练兵军务处和兵部、五军都督府，要构建攻守兼备的边防体系，不仅仅要考虑防御，更要考虑主动出击，朱载坖给练兵军务处的指示是立足于防，着眼于攻，守固便攻，攻防兼备。
在具体的选址上，要依托山川险隘构建东西呼应的外围防线，重视边防的层次性，设置纵深防御带，整体与局部相结合的防御机制，尤其是要利用各处的地形，构建起一整套完备的北部边疆防线。
朱载坖认为，防线的构建必须具备一定的条件，除了屯聚重兵，拥有强大的防御兵力，还必须具备地理优势，控扼山川险隘。大明的边防线极为漫长，东起辽东，西至西域，绵延万里，要构建有效防线难度极大。
所以必须控制一些要害之所在，然后将其串联成串，组成大明最外围的边防线，要充分利用山川等自然之险，占据较为有利的地形，朱载坖着重指出了几个地方，宁夏后倚黄河，前屏贺兰山；东胜外有狼山、阴山，内有黄河；大同西北矗立大青山；宣府山川纠纷，地险而狭；大宁山势连亘千里，山外撤江环绕。
不仅仅是占领这些地形险要的战略要点，还要相互沟通，形成声势相依的防御体系，在东西连通的要点如大宁、开 平、宣府、大同、东胜、宁夏等地都要设置重兵。同时兴修一系列的边堡和各种工事、道路等，用以互相沟通，以点串线，以线构面，形成严密的边防体系。
具体到现在的大明北部边防，朱载坖也亲自提出了要求，如大宁镇，其地绕出山后，与蓟镇、辽东、宣府、大同势相连属，要大修道路，与相邻的各镇互相呼应，加强各镇的协同作战能力，修筑道路和各种边堡。
而对于开平卫，则是要发挥他在草原上的眼睛的作用，开平卫是大明安插在草原上的眼睛，是大明用以侦察草原动向的重要据点，也是大明讨伐北虏的重要攻击出发阵地，所以对于开平卫来说，要和附近的各镇建立紧密的联系，在开平卫东西设置八个重要的边堡和兵站，东则凉亭、沈河、赛峰、黄厓，接于大宁古北；西则桓州、威虏、明安、隰宁，接于独石，将大宁、宣府两镇通过开平卫连接起来，使得开平卫成为大明北部边疆的重要防御支点。
在大同与东胜之间，要设有卫所相连，声息互通。东胜则是沟通北部与西北部联系的要地，以东胜卫联系大同和宁夏，这样的话，从辽东至宁夏、甘肃，彼此相望，首尾呼应，要力求达到一处有警，多处声援的效果。
除此之外，还有构建纵深防御，增加防御的韧性和强度，大明的边防形势错综复杂，拒敌于国门之外固然是理想的防御模式，但朱载坖很清楚，世上没有突不破的防线，一旦突破大明的防线，北虏就会接近大明的腹地，所以大明必须要构建有纵深、多层次的北部边防体系。
其实这点在洪武朝所构建的北部边防体系中有所体现，除了在大宁、开平、东胜等外边建设边防体系之中，还要设置内边，作为大明的最后一道防线，而在外边和内边之间，还要选取有利地形，修建边堡，而内边的起止，大概就是现在的九边，自偏头、雁门、紫荆、历居庸、湖河川、喜峰口，直至山海关一带，延袤数千余里。山势高险，林木茂密，人马不通，实为第二藩篱。
朱载坖命令在这些地方也要增修边堡，同时还要配置预备队，修设险隘，严加戍守，在外边和内外之间，就是大明的纵深防御带，官军的主要任务就是将北虏拒之于国门之外，如果北虏突破外边，官军就要在内边和外边之间的纵深防御带将入侵的北虏予以歼灭，同时坚守内边。