数日之后，第一批战兵到来。
让玉明震略感意外的是，杨屹首先让克隆战士接受改造。虽然都是人类，但是玉明震没把这些克隆人当成同胞。对杨屹做的安排，玉明震不敢说三道四，只能相信让克隆战士首先接受改造，只是因为杨屹还没有完全掌握相关技术，存在很大的风险，所以先拿克隆战士做实验。
玉明震没有猜错，不过也不是全对。
不是说杨屹没有把克隆战士当回事，毕竟人类远征军中就有克隆战士，而且始终跟随杨屹左右，立下了汗马功劳，也证明了他们配得上人类的身份。主要是，改造涉及到了意识层面上的问题，而克隆战士较为单纯，因此更有把握应付改造时产生的影响，而人类战士显然做不到。
第一批接受改造的克隆战士只有一千名，不算很多。不是说杨屹不想改造更多的克隆战士，而是暂时做不到，即在这几天之内，他只弄出了一千套改造设备，一次只能对一千名克隆战士进行改造。
所谓的改造设备，其实跟飞船上的那套设备差不多。
飞船来之能源模块，因此飞船上的所有物品都来自能源模块。在获取了能源模块里的信息之后，哪怕掌握得并不是很全面，了解也不够彻底，但是足够杨屹制造用来进行改造的设备。如果说要有什么问题的话，就是这些设备太复杂，就算杨屹不休不眠，其实他也不用休息，在短短几天之内也只弄出了一千台。
所幸的是，改造过程并不复杂。
在北阿尔法星系，杨屹已经让杨二对林凤等多名战士做了改造，而且全程旁观。虽然没有直接参与改造工作，但是杨屹对改造的过程一清二楚，也知道该重视什么，因此在改造克隆战士的时候是轻车熟路。
理论上，利用来自能源模块的技术，杨屹还能对自身进行改造，也就是让自己成为傀儡级别的存在。
只不过，现实中根本办不到。
不是说没有这样的技术，而是没有这样的能力。
所谓的改造，其实也跟傀儡有关。
能源模块本身就跟傀儡存在密切关联，可以说是傀儡的根本所在。在能源模块里面，存在大量跟傀儡有关的信息，比如傀儡的基本形态。杨屹对克隆战士所做的改造，其实就是利用了这些信息，为克隆战士打造一具全新的躯体，让克隆战士获得了远远超过普通生命的强大实力。只要能够充分利用这些信息，杨屹完全有能力打造出一具傀儡的躯体，也就能获得傀儡的实力。问题是，杨屹还没有获得全部信息，而且改造涉及到更深的层面，对改造过程中的控制要求非常高。能做到的只有一个人，即杨二，可是他没跟随杨屹回来，也就无法帮助杨屹完成改造。更重要的是，就算杨屹获得了全部信息，也无法在接受改造的同时控制改造过程。
当然，对克隆战士进行的改造不需要杨屹亲自动手。
在这几天里，他不但制造了一千台改造设备，还对玉明震提供的一个智能程序做了一些改动。
这个智能程序，其实也是杨屹的“熟人”，即“暗影”号上的阿伦。
虽然“暗影”号早已在战争中损毁，但是阿伦的基础程序保存了下来，只是因为没有合适的战舰，所以一直储存在军部的数据库里。杨屹所做的，也只是让阿伦具备基本的情感因素。虽然远远无法跟杨二相比，但是控制一千台改造设备，对一千名克隆战士进行改造，显然难不倒阿伦。
事实上，像阿伦这样的智能程序，最大的价值就是代替人类做一些繁杂的工作。这些智能程序能够控制最大的战舰，而主力舰上有成千上万的设备，还需要及时处理众多信息，相对而言，一千台改造设备根本不算多，而且所有克隆战士的改造工作同时进行，因此处理的信息也不算复杂。
做好一切安排之后，杨屹就把改造工作交给了阿伦。
当然，他也没闲着。在对一千名克隆战士进行改造的同时，杨屹动手制造了更多的改造设备。如果需要对两千万名战士进行改造，那么别说是一千台，就算是十万台，甚至一百万台改造设备也不够。虽然没有把握制造足够多的改造设备，但是这个时候，杨屹也只能走一步看一步了。
十日后，第一批克隆战士的改造工作完成。
他们原本就是战兵，而且获得了由杨屹提供的圣器，所以在完成改造之后，他们并不需要花多少时间进行训练。唯一要做的，只是熟悉玉家制造的皇级战机，因为只有驾驶皇级战机，这些完成了改造的克隆战士才能跟那些拥有座架的战皇匹敌。很明显，硅魅联盟的战皇来到南阿尔法星系，其中一些肯定有座驾，而且肯定是十二级以上的硅兽，也许还是凶猛的野生硅兽。就算并不是所有战皇都有，但是只要有一名战皇拥有座驾，那么与之遭遇的人类战士就需要皇级战机。
当然，玉家的皇级战机生产线一直在全速运转，提供一千架皇级战机不是什么难事。随着极境族提供的支持逐渐发挥作用，皇级战机的产量也得到了提升。用玉明震的话来说，基本上能够满足武装人类战士的需求。等到航线打通，跟极境族取得联系，还能获得由极境族制造的皇级战机。
一切准备就绪之后，杨屹给这些克隆战士安排了任务。
他们的使命不是去收复那些被战皇攻占的恒星系，也不是去找战皇决战，而是去搞清楚各个恒星系的情况，特别是战皇的活动情况，以及敌人在各个恒星系里做的事情，比如有没有对星球进行环境改造。
显然，杨屹没有想过靠一千名克隆战士扭转局面。
只是，杨屹同样没有因此而放弃反击的念头。
简单的说，他需要足够多的时间来对更多的战士进行改造，武装一支足够跟战皇匹敌的超级军队。在此期间，最为要紧的就是守住家园星系。因为敌人不可能一直按兵不动，所以必须在适当的时候发动反击，通过反击牵制敌人，从而获得足够多的时间，而发动反击需要的就是准确的情报。
因为其他恒星系全都沦陷，所以人类联邦的情报网络早已瘫痪。这一千名克隆战士执行的任务，其实就是去获取情报。在掌握了准确的情报之后，杨屹就能组织更多的克隆战士发动反击。
当然，克隆战士的行动由军部负责，也就是由玉明震负责，杨屹没有插手。
在送走了第一批完成改造的克隆战士后，杨屹开始对第二批战士进行改造，这次扩大到了三千人，而且有一千名人类战兵。与第一次改造一样，杨屹交给了阿伦，只是让军部提供了一台性能更强大的光脑，毕竟同时控制三千台改造设备需要处理更多的信息，也就需要运算能力更强的光脑。
因为有了之前的经验，所以第二批战士的改造工作只用了七天时间。
与第一批克隆战士一样，第二批战士在领到了皇级战机之后，也被派了出去，而且同样执行的是侦察任务。
杨屹的精力依然放在了改造上，第三批接受改造的战士达到了五千米，而且其中有一千名极境族战士。
显然，对于杨屹的安排，玉明震依然觉得无法理解，毕竟人类联邦有足够多的能够接受改造的战兵，完全没有必要动用极境族的战兵。只不过，玉明震也不敢说三道四，毕竟杨屹肯定有他的道理。再说了，极境族一直跟人类联邦并肩作战，总不能只是让极境族负责次要的事务吧。
只是，这次改造稍微麻烦了一点，对一千名极境族战士的改造工作由杨屹亲自操刀。
不是说极境人的身体构造与人类不同使得改造变得更难，而是意识上的问题。其实，改造所涉及到的也只是改造对象的个体意识，即改造对象有没有足够强大的意志力，能否承受改造所产生的影响。从某种方面来讲，这也是对世界的认知，或者说是对自我存在价值的一种认识。相对而言，人类战士的问题还不是很大，毕竟人类联邦在过去的数千年里一直生死边缘挣扎，所有人都浸染其中，由此所产生的影响深入到了每一个人的骨髓，而极境族一直和平繁盛，如果不是这场战争，极境族的绝大部分人都无法认识到战争的残酷性，也就谈不上什么牺牲精神。
所幸的是，极境族派来的是最精锐的战兵，而且全都有实战经验。
改造工作稍微复杂了一些，不过总体来说还算顺利，而且完成了改造之后的极境族战士并不比人类战士差。
当然，这也证明了杨屹的一个猜测，即只要符合改造的基本要求，任何一种智慧生物都能够通过改造获得强大的能力。甚至可以说，只要掌握了全部的信息，有合适的条件，能够通过改造让任何一种智慧生物成为傀儡那样的强大存在。
在第三批战士完成改造的时候，第一批战士陆续回到了家园星系。
虽然受到人手限制，他们的活动范围并不是很大，集中在附近两千光年之内，但是他们获得的情报却极为重要。