直到1641年，荷兰联合柔佛攻下马六甲。此后，荷兰与柔佛保持联合关系。半岛北部各王朝则渐渐成为暹罗的藩属。
英国势力在1785年开始进入马来半岛，那一年英国东印度公司向吉打苏丹租借了槟城。不久，英国方面采取诈取计谋夺得槟城。1819年开始又从柔佛取得新加坡的管理权，与荷兰展开竞争。
1824年，英国与荷兰签署1824年英荷条约，最终确立了英国对马来亚的霸权，荷兰撤出马六甲并放弃所有在马来亚的利益，而英国则承认荷兰对东印度剩余地区的利益。柔佛王朝也从此一分为二，新加坡以南的廖内划于荷兰势力范围，成为廖内王朝。
1826年，英国殖民政府将槟城、马六甲与新加坡联合组成了一个英国海外领地，名为海峡殖民地。在19世纪下半叶，由于马来半岛各王朝内部动荡，影响锡米等资源采收，英国开始积极干预各王朝的内政。经历内战的彭亨、雪兰莪、霹雳与森美兰陆陆续续接受由英国委派的参政司，这些名为帮助马来统治者管理国事，实际上这些英国代理人很快就成为这些国家的真正统治者。1896年，英殖民政府将四个王朝联合，成立马来联邦，由总参政司实际统治。
在马来半岛上的其他五个州合称马来属邦，也在20世纪初接受了英国参政司的派驻，成为英国的殖民地。
沙巴受到英国北婆罗洲特许公司控制。来自英国的探险家詹姆斯·布鲁克从文莱苏丹手中取得砂拉越，以“白人拉惹”（white Raja）或“白肤国王”身份统治这个国家直到1946年，将这块领土交给英国为止。
二战与战后独立运动
第二次世界大战，随着日本占据马来亚，各族间的关系日趋紧张，然而大众对独立的支持亦逐渐增长。战后，英国宣布了一个新计划，也就是马来亚联邦，这将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国，加上槟城和马六甲（不包括新加坡）合组一个英国海外领地，并在数年后独立。这个计划遭到马来人强烈反对，因为它削弱了马来统治者的地位，并且将公民权赋予马来亚华人与少数民族。
马来亚联邦1946年建立，1948年解散。随后以马来亚联合邦代替马来亚联邦，在英国保护下，恢复了马来苏丹国各统治者的自治权。与此同时，马来亚共产党则在积极从事反殖民斗争，展开罢工、罢学等运动，与英殖民关系日益紧张。随着暴力冲突不断升级，最后英国宣布马共为非法组织并展开取缔，马共转为武力斗争，发动游击队行动，期望迫使英国势力撤离马来亚。于是全马来亚进入紧急状态，从1948年持续到1960年，并有英联邦军队驻扎在马来亚，从事反游击队战争。冲突期间，安全部队杀死了6,710名人民解放军游击队，俘虏了1,287名游击队，约3,200名游击队投降。1,345名马来亚军警在战斗中死亡。英联邦国家的部队有519人阵亡。2,478名平民被杀，810名平民失踪。
独立建国至今
1952年，代表马来人的马来民族统一机构（巫统）与代表华人的马来亚华人公会（马华公会）和代表印度人的马来亚印度国民大会党组成联盟并在大部分的地方选举中胜出，最后在1955年的马来亚联合邦立法议会首次选举中赢得绝大部分的议席，并在首席部长东古·阿卜杜勒·拉赫曼的领导下开始向英殖政府争取独立。于1957年8月31日在英国殖民地政府的赞同下，马来亚联合邦宣布独立，同年，以君主立宪联邦成立一个新的国家。故此，东古·阿卜杜勒·拉赫曼就成为马来西亚（当时称为马来亚）的国父，同年担任第一任总理。
由于当年婆罗洲内陆出现反殖民主义的声势，同时印尼垂涎沙巴和砂拉越的土地，欲扩张势力，英殖政府唯恐未能镇压局势，故此，建议当时已立国的马来亚，容许沙巴和砂拉越加入马来亚，扩张疆界，誓行保护当地人民和土地。然而，印尼总统苏加诺提出反对，而且砂拉越人minlian合党发动了多次抗争行动。英殖政府军队经过多番内部抗争，最终达成协议。
1959年6月10日，英属的新加坡被英国授予自治地位；1963年7月22日，英属砂拉越被授予自治，同年8月31日，英属北婆罗洲被授予自治，1963年9月16日马来亚、新加坡、北婆罗洲（沙巴）和砂拉越共同参组马来西亚联邦。马来西亚是一个由马来族、华族、印度族及原住民族等多元民族共同建立的国家。在历史上，马来西亚拥有两个重要的庆典，第一个是国家独立日，另一个是马来西亚日。国家独立日（马来语：hari merdeka；英语：Independence day）是纪念马来亚独立（不包括北婆罗洲、砂拉越、新加坡），而马来西亚日（马来语：hari malaysia；英语：malaysia day）是纪念马来亚与沙巴、砂拉越、新加坡组成一个新的国家。
1965年，马来西亚国会全数通过，将新加坡驱逐出马来西亚，新加坡被迫独立。马来西亚克服了这个危机，也克服了印度尼西亚－马来西亚冲突的危机，但其内部的矛盾导致了执政联盟在1969年大选中受到重挫，随后暴发五一三事件的种族冲突。马来西亚进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制。从1970年开始，以巫统为首的执政联盟在第二任总理阿卜杜勒·拉扎克领导下，为组织稳定政府，拉拢在大选中新崛起的反对党如民政党、霹雳进步党、泛马回教党等加入联盟，改组成国民阵线（国阵），并在此后的44年内长期执政，使马来西亚几乎达到一党制的地步。