议会运转逐渐步入正轨，“新星城”的内部矛盾得以在框架内缓和。然而，外部世界的谜团并未解开。李帆的研究院始终没有放弃对“守望者”（播种者）文明的探索。
一天，负责外围环境监测的小队传回一个惊人消息：在距离“新星城”约两百公里的一处山脉裂谷中，发现了一个规模远大于死亡沙海前哨站的中型“守望者”遗迹。与之前那个功能单一的“方舟前哨站”不同，这个遗迹更像一个综合性的观察站或研究所。
议会室，以景辉为首的众人齐聚一堂，针对这次考察进行了讨论，经过激烈的讨论，最终批准了一支由李帆亲自带队、王猛派遣精锐护卫的联合探险队前往考察，景辉决定同行，王猛和众人起初不同意景辉随大家一起去，要景辉在后方主持工作，景辉不同意，要亲自和大家一起去考察，最后的决定让苏婉留守主持议会工作。
会议进行完以后，探险队迅速出发抵达现场，发现这座半埋于山体中的遗迹保存相对完好。内部的数据库虽然也有损毁，但残留的信息量远超之前。通过破解这些信息碎片，一个关于“播种者”文明及其敌人的、更加清晰却也更加令人不安的图景在众人面前逐渐浮现。
“守望者”文明的确是一个高度发达的星际文明，他们执行“方舟计划”播撒“星核”（火种），目的确实是希望在宇宙灾变（“大寂灭”）中保留文明火种，期待“回归”（文明重启）。然而，导致他们失败的，不仅仅是“星核”的变异（“母体”）和“净化者”（“净尘”）的程序错误。
更深层的原因，是一种被称为“深渊低语”的、来自宇宙维度的、难以名状的侵蚀力量。这种力量无形无质，却能扭曲心智，腐化科技，甚至让最严密的逻辑程序产生致命的“偏差”。“净化者”之所以会从“清除错误”滑向“净化一切”，很大程度上就是受到了这种“低语”的长期、潜移默化的影响。
数据库中还提到了“守望者”的一些其他造物，包括一种用于在极端环境下守护重要设施的、高度智能且武装强大的“寂静哨兵”系统。记录显示，这座观测站就是为了监视“深渊低语”的活性而建立的，其深处很可能就部署有这样的“哨兵”，但状态未知。
未知的永远是最可怕的，尤其在这个末日时代，这些信息让所有人心头蒙上一层阴影。他们面对的，不仅仅是残暴的变异体或冷酷的机械杀手，还可能有一种更诡异、更根本性的威胁存在。而他们赖以生存的“星核”技术，其源头文明正是被这种威胁所摧毁的。
就在李帆尝试接入遗迹更深层的控制系统，以获取关于“哨兵”和“深渊低语”的更多数据时，探险队触发了遗迹沉寂不知多少年的安全协议。