这日，王允招待吕布，吕布多喝了点酒跟王允打开了话匣子：“我忠心侍奉太师，太师却因为一点小事要杀我！”吕布激动的讲述着董卓想杀自己的经过，王允静静听着，观察着吕布的一举一动。
吕布说完之后哀声叹气，王允说道：“吕将军怎么打算，一直忠心侍奉这位想杀将军的太师吗？”
吕布听出这话的不寻常，问道：“王司徒有何高见？”
王允眼睛露出吕布从未见过的杀意和盘托出了他和司隶校尉黄琬，光禄大夫士孙瑞，护羌校尉杨瓒共谋诛杀董卓的计划。吕布听完假意说道：“唉，奈何他是我义父，我怎么好下手呢！”
王允听完笑着说：“将军姓吕，他姓董。董卓向将军投掷手戟的时候还顾念着父子亲情吗？现在董卓已然众叛亲离，天下人谁不欲除之而后快，将军若除掉董卓，天下人怎么会不感激你呢？”
王允这些话讲明白了利弊，更为重要的是吕布可怕董卓报复他，现在这个形势跟着董卓也确实好处不多坏处不少。吕布站起身向王允深施一礼说道：“吕布愿听司徒吩咐，铲除国贼，义不容辞！”
王允和众大臣除掉董卓的计划正式开始实行，恰逢汉献帝大病初愈，这时百官都应该去未央宫，一起恭祝皇帝龙体康健。王允决定趁着百官朝贺的机会除掉董卓，吕布和同郡的骑都尉李肃担当指挥，十多名亲兵换上宫廷侍卫的衣服潜伏起来，只等董卓到来。
董卓浑然不知有这么多人想要杀自己，只认为自己大权独揽，这次小皇帝大病初愈，怎么的也得去看看给个面子吧！董卓大摇大摆的进了宫，带得兵并不多。董卓来到吕布等人预设的埋伏地点，忽然，李肃和亲兵们一拥而上追着砍杀董卓，董卓急忙躲闪，慌忙大喊：“奉先在哪，奉先在哪啊！”
吕布一手捧着圣旨，一手拿着兵器，眼睛死死盯着董卓，大声喊道：“奉旨杀贼，其他人概不追究！”几名董卓亲兵看到吕布杀神附体的样子也被震慑得纷纷放下了兵器，吕布气势汹汹直奔董卓，董卓被吕布当场诛杀。
董卓的失败当然有他不得世家大族之心，残害百姓的原因，跟他残暴、贪婪的个性也有关系，他的死正好验证了那句：多行不义必自毙。
董卓被杀，无论官员还是百姓都一片欢腾，司徒王允的威望一下子达到了顶点，王允受命总理朝政，总理朝政少不得对董卓势力进行清算。
清算的第一步就是董卓的家族，皇甫嵩立刻被提拔成为征西将军，受命去郿县屠灭董卓三族，把董卓当初对他的羞辱加倍还回来。
人的个性一旦形成是很难改变的，王允性格是很刚烈的，在地方时与他人为敌都是正面对决，毫不迂回。王允认为自己功劳很大除掉董卓他是首功，团结众人也做不到，王允在他人眼里看来有些“飘”了。
每当朝廷召开会议，王允都是一副高高在上的姿态，他不再和大家商议对策，虚心接受别人的意见，而是表情冷淡，充满威严，好一副官老爷的坐派。大臣们感觉王允不是把他们当做战友对待了，而是把他们当做王允的下属，大臣们见王允如此也开始与王允保持距离，很少向他提出意见办法。
在蔡邕这个问题上，王允的处理方式引起朝臣们的反对。蔡邕，字伯喈，着名的文学家，书法家，女儿也很出名就是文姬归汉的主角蔡文姬。董卓上台后，重用了一大批知名文人、党人，向他们示好，蔡邕是其中一位代表人物。蔡邕在一些方面给董卓提出意见，董卓更看重蔡邕的才华和影响力，对他的意见高度赞赏却很少用。
蔡邕并未跟随董卓作恶，但确实感激董卓对他的欣赏和重用，与王允见面时还说了起来，叹息董卓的死。王允这可气坏了，立刻大声斥责蔡邕，说道：“董卓是天下的罪人，其所作所为祸国殃民！上至天子，下至黎民百姓都受其迫害，因此贼所作所为丧命者更是数不胜数,大汉社稷险些毁于此贼之手啊！你身为臣子，不从大局考虑，竟然因为一点私人恩惠而为董贼之死哀声叹气，我看你正是董卓余党！”
王允一席话，蔡邕根本连解释都来不及，王允立刻叫来士兵把蔡邕关进廷尉署。
蔡邕被关进廷尉署监狱后，赶快给王允写信请求原谅，可以接受在脸上刺字，砍断双脚的处罚，请求能为大汉编修历史。很多士大夫们跟蔡邕关系都不错，纷纷向王允求情。
这么多人的面子王允都没有给，三公之一的太尉马日磾也向王允求情说道：“子师，蔡伯喈是当世难得的奇才，学识渊博，对本朝历史也了解很深，是不是可以给他机会让其写成史书流传后世呢？况且，伯喈在士大夫中拥有忠孝的名声，现在因为没坐实的罪名就处置他，恐怕会失去人心吧！”
王允现在根本听不进劝告，立刻反驳马日磾说道：“武帝当年没有处死司马迁，流传下来司马迁所写谤书以致于荼毒后世！现在朝局混乱，各地局势不稳，难道继续让蔡邕写下谤书贻害现实与后世吗！”
马日磾见王允态度极为强硬，听不进去一点儿劝告，只好告辞而出。不久又传出蔡邕死于狱中的消息，针对王允对蔡邕的处置朝廷的士大夫很是失望，王允的独断专行，迫害文人的名声是坐实了。
最要王允命的是他对于董卓旧部和凉州军的处置。起初，王允打算赦免董卓集团，大概随着声望的提高，权力达到顶峰带来了类似酒精兴奋神经的快感，王允又反复无常的打算惩罚董卓集团的其他人。
吕布在团结人这方面比王允可高明，反复劝说王允应该赦免众人把董卓的财物也赏给众人。王允根本不听，对吕布也轻视起来，王允的垮台就差临门一脚。