匿名举报信的影响，比预想中来得更快，也更正式。
就在林瀚全力推进高新技术产业园首期基础设施开工，并开始秘密组织金融专家研讨企业股份制和股票发行试点可行性的时候，他接到了省委办公厅的正式通知：根据中央有关部门的要求，省委将派出一个联合调查组，赴特区对匿名信反映的有关问题进行调查核实。通知措辞严谨，强调这是“正常的工作程序”，要求特区管委会“积极配合”。
消息传出，尽管表面上波澜不惊，但特区官场内部再次暗流涌动。一些原本就与林瀚理念不合或因反腐利益受损的人，暗中幸灾乐祸，等待着看这位风头正劲的年轻副主任如何应对这场信任危机。而支持林瀚的干部，如罗诚、李政等人，则感到愤慨和担忧。
“这分明是恶意中伤！是有些人见不得特区好，见不得林副主任你做出成绩！”罗诚愤愤不平。
李政也忧心忡忡：“林主任，银行和华讯这边的发展正处于关键时期，这个时候……”
林瀚抬手制止了他们，脸色平静，眼神却格外深邃：“清者自清。组织上进行调查，是必要的程序，也是对干部负责的表现。我们坦然面对，积极配合。你们各自的工作，绝不能因此受到任何影响，特区的发展一天也不能停步！”
他召开了管委会领导班子会议，公开传达了省委的通知精神，并郑重表态：“我个人坚决拥护组织的决定，并将无条件配合调查组的工作。也请同志们相信组织，一定会查明事实，给出公正的结论。在此期间，希望大家坚守岗位，恪尽职守，确保特区各项工作的正常运转。”
他的坦荡和镇定，在一定程度上稳定了局面。
调查组很快进驻特区，组长是省委组织部一位以严谨着称的副部长。调查工作低调而高效地展开。他们分别与林瀚本人、苏晓晴、管委会其他领导、相关部门的负责人以及举报信中提及的所谓“关系人”进行了大量个别谈话，仔细查阅了土地出让、项目审批的相关档案记录，甚至调取了林瀚家庭成员及主要社会关系的财产和从业情况。
面对调查组的询问，林瀚条分缕析，对自己经手的所有重大决策的背景、过程和依据进行了清晰说明，对所谓“为亲属朋友牟利”的指控，提供了完整的事实和数据予以驳斥。他坦承，在改革探索过程中，某些决策可能存在争议，但绝无私心，一切以特区发展和国家利益为重。
苏晓晴的表现更是落落大方。她以一名独立新闻工作者的身份，阐述了自己与林瀚因共同的理想和信念而结合，彼此既是生活伴侣，也是事业上相互支持的同志。她提供了自己多年来发表的、客观记录特区改革的新闻报道作为佐证，其专业素养和独立人格给调查组留下了深刻印象。
那些被传言与林瀚“关系暧昧”的女性，实际上多是工作往来或普通朋友，她们在接受问询时，也都感到莫名其妙和愤慨，有力地澄清了事实。
在审查经济问题时，调查组发现，林瀚及其直系亲属名下，除了正常的工资收入和有限的储蓄外，并无任何异常资产。其父母和兄弟姐妹均在原籍地过着普通的生活，与特区的商业活动毫无瓜葛。
随着调查的深入，匿名信内容的荒诞与不实之处逐渐暴露出来。所谓的“三大罪状”，在确凿的证据和事实面前，显得苍白无力，更像是一场精心策划的污蔑。
然而，调查组并未轻易下结论。那位严谨的组长私下对林瀚说：“林瀚同志，从目前调查的情况看，你是清白的，工作也是有目共睹的。但是，改革本身就是在走前人没走过的路，必然会触动一些人的利益，也会引起不同的看法。希望你能正确对待这次调查，把它看作是一次提醒和考验。”
林瀚诚恳地回答：“我明白。感谢组织的信任和客观评价。这次调查，也让我更加警醒，在今后的工作中，不仅要坚持原则，敢于担当，也要更加注意工作方法，加强沟通，减少误解。”
就在调查接近尾声，即将形成结论报告之际，一个意外的情况发生了。调查组收到一封新的匿名信，信中提供了一条看似“确凿”的证据：一张模糊的黑白照片，拍摄的是林瀚与一位颇有风韵的中年女性在一家咖啡馆角落交谈的场景。信中指出，该女性是某家正在争取特区大型基建项目的港资公司高管，暗示林瀚与其存在不正当往来和利益输送。
这张照片的出现，让原本趋于明朗的调查，再起波澜。