在宝可梦世界中，有些故事从黑暗的秘密开始，宛如一颗被埋藏的种子，最终会破土而出，影响无数人的命运。这一切的起源，要从一位名叫小富士博士的科学家说起。
他是一位才华横溢却饱受悲伤折磨的男人。多年以前，他的女儿小爱不幸夭折，这场打击让他无法自拔。他发誓要用科学的力量逆转命运，于是开始秘密与火箭队合作。
火箭队，那是一个臭名昭着的组织，以坂木为首，他们野心勃勃，总是在背后操纵各种阴谋。但小富士博士并不在乎这些，他只想让小爱复活。
一切都发生在新岛上，一个偏僻的岛屿，远离关都地区的喧嚣。小富士博士在那里建立了一个隐秘的实验室，利用火箭队的资源，深入研究克隆技术。
他首先复制了关都地区最初的伙伴宝可梦——那些如妙蛙种子、喷火龙和小拉达之类的经典物种。他希望通过这些克隆体，探索生命的奥秘。
接着，他得到了一个珍贵的材料：梦幻的睫毛化石。这是一种传说中的化石，蕴含着强大的神秘力量。
他用它制造出了超梦，一只拥有强大精神力的宝可梦。超梦一诞生，就展现出非凡的潜力，但小富士博士的野心不止于此。
他尝试制造出具有小爱意识的生命体。他将小爱的记忆和数据注入这些克隆体中，希望能创造出一个真正“小爱”的存在。
这些克隆体与幼年的超梦相处得非常融洽。超梦当时还很稚嫩，它和那些克隆体一起玩耍、学习，就好像它们是一群朋友。
超梦甚至学会了用心灵感应来沟通，那种感觉就像是它找到了属于自己的世界。小富士博士看着这一切，内心充满了希望，他喃喃自语道：“小爱，你会回来的，我会让你重生。”
然而，实验最终失败了。克隆体们在一次能量失控中全部消失了，只剩下超梦存活下来。但超梦也险些失控，它的强大精神力开始暴走，实验室里到处是混乱的能量波动。
小富士博士在绝望中注射了镇定剂，让超梦陷入沉睡。为了保护超梦，他还抹去了它的部分记忆，包括那些与克隆体朋友相处的美好时光。
多年后，当超梦再次苏醒时，它对自己的存在产生了深深的疑问。这疑问如同一把尖刀，刺痛了它的心灵。它暴走并摧毁了整个新岛实验室，能量风暴席卷一切。
火箭队的老大坂木此时赶到了现场。他本以为能利用超梦的力量来实现自己的野心，比如掌控更多的宝可梦或扩展火箭队的势力。
他试图用各种装置束缚超梦，甚至派出了手下的精英训练家。但超梦的意志太过强大，它挣脱了所有控制，摧毁了坂木的计划。
坂木气急败坏地吼道：“该死的家伙，你会后悔的！”但超梦不为所动，从此销声匿迹，消失在人们的视野中。这场事件成了新岛的禁忌传说，而小富士博士也从此隐退，再没人知道他的下落。
与此同时，在这个宝可梦世界的主舞台上，小智一行人依然在追逐着他们的梦想。小智，那个黑蓝相间外套的少年，是个天不怕地不怕的宝可梦训练家。
他立志成为最强的宝可梦大师，身边跟着他的伙伴们：伊利斯和她的绿色外套，以及小刚和他的灰色大衣。
他们已经历经无数冒险，对小智与宝可梦的无障碍交流早已习以为常。小智能直接听懂宝可梦的话语，也能和它们聊天，这在他们看来是再正常不过的事了。
那天，小智的暗金幼龙刚刚结束了一场激烈的战斗。战斗发生在关都地区的一座小山谷里，对手是另一位宝可梦训练家的豪力、隆隆石和火恐龙。
暗金幼龙是小智的得意伙伴，它拥有强大的心灵感应能力，能直接用思想与人类沟通。战斗从清晨打到正午，现场尘土飞扬。
“暗金幼龙，使出龙之波动！”小智喊道。他的声音充满活力，眼睛闪烁着光芒。
暗金幼龙回应道：“明白，我们来结束这战斗！”（它的心灵感应话语清晰而有力，像人类一样带着标点和情感。）
豪力猛地冲上来，挥舞着拳头，隆隆石则滚动着身子试图撞击。火恐龙喷出火焰，形成一道火墙。
暗金幼龙灵活地闪避，然后用心灵感应锁定对手：“你太慢了，豪力！”它释放出一道金色的能量波，精准击中豪力，将它击退。
“隆隆石，滚过去！”对手训练家大喊。
但暗金幼龙已经预判到了，它用心灵感应警告小智：“小心左侧，小智！”
小智点点头：“皮卡丘，十万伏特支援！”
皮卡丘站在一旁，电光在它身上闪烁。“皮卡！（上吧！）”它叫道，然后一道电光直击隆隆石，让它停下了滚动。
火恐龙趁机喷火，小智赶紧指挥：“水箭龟，用水炮反击！”
水箭龟从后方冒出，喷出一股强劲的水流。“卡美！（交给我！）”它吼道，将火墙浇灭。
战斗持续了十分钟，最终暗金幼龙用一记龙爪结束了对决。豪力倒地不起，训练家无奈认输。“你赢了，小智，你的宝可梦太强了！”
小智擦了擦汗，笑着说：“谢谢！大家都是好对手。”他摸了摸暗金幼龙的头，“你干得漂亮！”
暗金幼龙用心灵感应回应：“这只是开始，我们还有更多战斗等着呢。”
就在他们准备离开时，一道影子从天而降——是一只快龙。它爪子上抓着一封信，轻轻放在小智面前，然后飞走了。
快龙的出现让大家一惊，小刚赶紧拿出他的洛托姆手机扫描了一下。“这是什么？洛托姆，帮我查查。”
洛托姆手机屏幕亮起，显示出一张邀请券的图像。“哔哔！这是一封神秘邀请！来自自称‘最强宝可梦训练家’的神秘主人，邀请小智一行人参加新岛上的宴会。日期是明天，地点是新岛宝可梦城。”
伊利斯好奇地凑过来：“新岛？那不是个传闻中的地方吗？听起来好刺激！”
小智的眼睛亮了：“最强宝可梦训练家？听起来超有趣！我们去吧！”
小刚更谨慎：“等等，小智，我们得先确认一下。洛托姆，地图上怎么显示？”
洛托姆手机切换到地图模式：“新岛在关都以东，坐船需要半天时间。但最近天气不太稳定，有报道说那里有奇怪的能量波动。”
小智摆摆手：“管它呢，我们是宝可梦大师的预备军！准备出发！”
他们立刻收拾行囊，朝着老海岸码头进发。一路上，小智和皮卡丘聊得热火朝天。“皮卡丘，你觉得这个神秘主人是谁？会不会是传说中的宝可梦？”
“皮卡皮！（肯定很强！）”皮卡丘兴奋地跳起来。
伊利斯笑着说：“小智，你总是这么冲动。但这次我支持你，说不定能遇到新伙伴。”
小刚则在后台查资料：“根据洛托姆的记录，新岛曾经有过一些不寻常的事件。听说那里有克隆宝可梦的传说，但细节不明。”
到达老海岸码头时，天色已经暗下来。码头上一片忙碌景象，但空气中弥漫着不安。天空乌云密布，雷声阵阵，似乎有某种力量在干扰天气。
港口经理波佳，一个经验丰富的女人，正站在码头边指挥大家。“大家听好了！由于天气恶劣，所有船只暂停出航。新岛方向有能量风暴，任何人都别冒险！”
小智他们刚到，就听到波佳的大声宣布。他皱眉道：“暂停出航？那怎么去新岛？”
波佳走过来，仔细打量了他们一眼：“你们是来参加宴会的吧？那封邀请我听说了，但现在情况太危险了。女警君莎也说不能让大家冒险。”
女警君莎点头赞同：“没错，波佳姐说得对。那些能量波动可能是宝可梦引起的，如果贸然出海，可能会出事。尤其是带着宝可梦的训练家。”
小智不甘心：“但我们有邀请啊！这可是难得的机会。洛托姆，帮我查查天气预报。”
洛托姆手机显示：“哔哔！风暴可能与超自然力量相关，建议等待。”
伊利斯插嘴：“小智，我们可以等一等嘛。”
但小智摇摇头：“不行，我感觉这邀请不简单。暗金幼龙，你觉得呢？”
暗金幼龙用心灵感应回应：“我能感觉到一股熟悉的能量，或许是值得一去的。别担心，我会保护大家。”
周围的其他训练家也议论纷纷。有些人选择等待，但更多人决定冒险。“我才不管呢，我要参加宴会！”一个训练家叫道，放出自己的暴鲤龙，准备游过去。
波佳急了：“别乱来！这太危险了！”
女警君莎试图劝阻：“大家冷静点，如果出事我们可救不了你们。”
小智看了一眼同伴：“我们也走吧。用宝可梦渡海。”
小刚犹豫道：“这……好吧，但要小心。”
小智放出了水箭龟和大比鸟。“水箭龟，带我们去新岛！大比鸟，在空中护航。”
水箭龟“卡美！（出发吧！）”它稳稳地驮起小智和伊利斯。
大比鸟扇动翅膀：“比！（我来开路！）”它飞在前面，侦察天气。
他们一行三人就这样离开了码头，朝着新岛进发。海面上波涛汹涌，但水箭龟游得游刃有余。暗金幼龙用心灵感应鼓励大家：“坚持住，前面有陆地了。”
途中，伊利斯紧张地抓住小智的胳膊：“这风暴好吓人，是不是超梦的影响？”
小刚回忆道：“从洛托姆的资料看，新岛的能量风暴可能就是超梦留下的后遗症。”
小智大笑：“管它呢，我们是小智队！皮卡丘，加油！”
“皮卡丘！（我们是最棒的！）”
他们终于抵达了新岛宝可梦城。这里是一座宏伟的城堡建筑，灯火辉煌，与外面的风暴形成鲜明对比。小智他们是首批抵达的训练家。
城堡入口处，有一个乔伊小姐模样的人迎接他们。“欢迎来到宝可梦城，邀请者们。请先用餐休息。”
小智好奇地问：“你是乔伊小姐？这里的主人呢？”
乔伊小姐微笑：“主人稍后会见你们。先去大厅吧。”
他们进到里面，享用了一顿丰盛的晚餐。食物美味，空气中弥漫着兴奋。伊利斯吃着水果沙拉，说：“哇，这地方真豪华！小刚，你觉得主人是谁？”
小刚一边吃一边说：“从建筑风格看，可能和火箭队有关。但别多想。”
小智喂着皮卡丘：“皮卡丘，这鱼好吃吗？”
“皮卡皮！（超好吃！）”
吃喝完毕后，灯光突然暗了下来。整个大厅陷入诡异的黑暗。乔伊小姐出现了，但她的眼神有些异样。“请跟我来，主人要见你们了。”
小智感觉到不对劲：“等等，这感觉……”
乔伊小姐带着他们走向城堡深处，来到了一个巨大的大厅最中央。空气中充斥着能量波动。突然，一个身影缓缓飘下——是超梦。它悬浮在空中，眼睛闪烁着紫光。
海男、空男和小甜这时也赶到了。他们是后来抵达的训练家，海男是个高大的男人，一看到超梦就大喊：“这家伙是宝可梦？它自称最强的训练家？absurd！我的暴鲤龙会教训它！”
海男放出暴鲤龙：“暴鲤龙，龙之怒！”
暴鲤龙猛冲过去，但超梦轻而易举地用精神力挡下，并将它打飞。“愚蠢的人类，你们不懂我的力量。”
小智瞪大眼睛：“超梦？你就是城堡的主人？”
超梦转头看向他们：“是的，我是超梦。现在，准备好对战吧。跟我来，对战场地就在前方。”
超梦带着众人飘向了对战场地，大家跟在后面，心情复杂而兴奋。超梦的出现，让这个夜晚变得不可预测。