一切都源于一个破碎的梦想，一个父亲对逝去之人的执着追求。小富士博士，本是宝可梦研究界的奇才，却在失去女儿小爱的那一刻，选择了与黑暗为伍。
他原本是关都地区备受尊敬的学者，专注于宝可梦的遗传学和进化机制。但小爱的夭折如同一道无法愈合的伤口，吞噬了他的理智。
那是一场突如其来的疾病，小爱那双明亮的眼睛永远闭上了，留给富士博士的只有无尽的悔恨。
为了复活小爱，富士博士走上了危险的道路。他秘密与火箭队合作，那是一个以野心和权力为名的组织，领导者坂木野心勃勃，总是在幕后操控着各种阴谋。
火箭队看中了富士博士的才华，提供资金和技术支持，而富士博士则把新岛——一个偏远的、被遗忘的岛屿——作为他们的实验基地。
新岛上，狂风呼啸，海浪拍打着岩岸，仿佛在警告着即将到来的灾难。
在实验室的深处，富士博士开始了克隆技术的疯狂研究。他先是复制了关都地区的最初伙伴宝可梦，那些陪伴着无数训练家成长的经典物种：喷火龙、妙蛙种子、水系的杰尼龟
……这些克隆体在试管中诞生，闪烁着不自然的光芒。富士博士的眼睛里充满了狂热，他喃喃自语道：“如果我能重现生命，或许就能把小爱带回来。”
他的助手们——那些被火箭队雇佣的科学家——在实验室的灯光下忙碌着，但他们的脸上总带着一丝恐惧，因为他们知道，这不仅仅是科学，而是对自然秩序的亵渎。
接着，富士博士将目光投向了更宏大的目标。他从古老的传说中获取灵感，利用梦幻的睫毛化石——那是一种被封印在岩石中的神秘物质——制造出了超梦。
梦幻是传说中的宝可梦，拥有强大的精神力量，而超梦则是它的变种，通过克隆技术诞生的奇迹。实验室里充斥着电光和能量波动，
当超梦第一次睁开眼睛时，整个房间都震颤了。超梦的身体散发着紫色的光芒，它的眼睛里闪烁着好奇和混乱。“mewtwo...”它低声呢喃，声音如同一阵风掠过。
但富士博士不止于此。他试图制造出一个具有小爱意识的生命体。他从小爱的dNA样本中提取数据，结合克隆技术，创造出了几个实验体。
这些生命体长得和小爱相似，拥有她的一部分记忆和情感。其中一个实验体甚至能模糊地回忆起儿时的欢乐。
幼年的超梦在实验室的隔离区里孤独地成长，它对这些新生的“姐妹”产生了兴趣。它们一起玩耍，超梦用心灵力量移动玩具，小爱的克隆体则发出银铃般的笑声。
“超梦，你觉得怎么样？”富士博士有一天问它，声音带着疲惫的兴奋。超梦用心灵感应回应：“我...感觉...温暖。它们像...家人。”超梦的话语在空气中回荡，像一股无形的波浪。
那些日子，实验室成了一个奇怪的世外桃源。超梦和克隆体们成了朋友，它们在夜深人静时一起探索，分享着简单的快乐。但实验的本质是脆弱的。
一次意外的能量爆发导致了灾难。克隆体们开始不稳定，身体像雾气般消散。小爱的意识体发出了最后的哭喊：“爸爸...救我...”然后，一切都化作了虚无。除了超梦，其他克隆体都消失了。
超梦受到了惊吓，它的精神力量失控了。实验室的墙壁崩裂，设备爆炸，能量风暴席卷了整个新岛。
富士博士惊恐地看着这一切，他知道自己犯下了不可饶恕的错误。“不！超梦，冷静下来！”他大喊道。但超梦的眼睛里充满了愤怒和困惑，它咆哮道：“为什么...为什么她们消失了？我...不是怪物吗？”
在千钧一发之际，富士博士注射了镇定剂。那是一种强力的药物，直接作用于超梦的大脑。超梦的身体逐渐软化，它陷入了深沉的沉睡。
在那之前，它的目光扫过富士博士，似乎在问最后一个问题：“我...是什么？”从此，超梦失去了那些记忆——关于小爱克隆体、关于友情、关于实验室里的温暖一切都像梦境般被抹去了。
多年后，当超梦再次苏醒时，新岛已经成了废墟。坂木试图利用它的力量，将它作为火箭队的终极武器。“超梦，你是完美的存在。加入我们，统治这个世界。”
坂木在黑暗的房间里低语道。但超梦的自我意识觉醒了，它对自身的存在产生了疑问。“我为什么在这里？我是谁？”这些问题如洪水般涌来，导致它暴走。
能量波席卷了整个岛屿，实验室被摧毁，火箭队的成员四散逃命。坂木的计划彻底失败，他试图用捕捉装置束缚超梦，但那强大的精神力量轻易将一切撕碎。
从此，超梦销声匿迹，消失在世界的角落，只留下新岛上的一片废墟。
而与此同时，关都地区的生活还在继续。立志成为宝可梦大师的小智一行人——小智、伊利斯和小刚——正踏上他们永无止境的旅程。
他们遇到了无数挑战，也收获了无数友情。那天，小智的暗金幼龙刚刚结束了一场激烈的战斗。
战斗发生在关都的一片开阔草地。暗金幼龙对阵着一名训练家的豪力、隆隆石和火恐龙。
那场战斗异常激烈，空气中弥漫着尘土和火焰的味道。暗金幼龙用它的心灵感应指挥着攻击：“小智，我会先对付隆隆石。
它防御强，但速度慢。我们用高速冲撞！”小智点点头，喊道：“暗金幼龙，使出龙怒碎击！”
豪力的训练家——一个身材魁梧的年轻人——大喊：“豪力，用百万吨拳击回应！”豪力吼道：“豪！（上吧！）”它的拳头如铁锤般砸向暗金幼龙，但暗金幼龙灵活地闪避了。
另一边，隆隆石滚动着身体，试图撞击暗金幼龙。“隆隆！（别想逃！）”它低沉的声音回荡在草地上。暗金幼龙用心灵感应回应：“太慢了！”它张开翅膀，释放出一道龙息，击中了隆隆石。
火恐龙则喷出烈焰，试图从侧翼偷袭。“火恐龙，使出火焰漩涡！”它的训练家命令道。火恐龙咆哮：“龙！（烧尽一切！）”
战斗持续了十分钟，暗金幼龙的闪光和速度占了上风。它最终用一次完美的龙爪击倒了火恐龙，小智兴奋地高举拳头：“干得漂亮，暗金幼龙！”
战斗结束后，他们三人坐在草地上休息。皮卡丘跳到小智的腿上，说：“皮卡皮！（那真是一场好斗！）”小智笑着抚摸它的头顶：“是啊，皮卡丘，我们越来越强了。”
就在这时，一道影子从天而降——一封神秘的邀请券，由一只快龙送来。那快龙体型庞大，翅膀扇动着风，降落在他们面前。它用爪子递过一个精致的信封，发出低沉的叫声：“快龙！（这是给你们的！）”
小智好奇地打开信封，里面是一张金光闪闪的邀请券。上面写道：“最强宝可梦训练家邀请您参加新岛宝可梦城的盛大宴会。届时，将见证真正的力量。”落款是“神秘主人”。
伊利斯瞪大眼睛：“哇，新岛？那不是个神秘的地方吗？听起来超酷的！”她穿着绿色的外套，头发在风中飘动。
小刚推了推眼镜：“小心点，小智。这听起来有点可疑。新岛最近有传闻，说那里有奇怪的能量波动。”
小智却毫不犹豫：“不管怎样，我们去！这可能是成为宝可梦大师的机会。来吧，伙伴们！”
他们立刻行动起来，使用洛托姆手机查看地图。洛托姆手机的屏幕亮起，一个可爱的洛托姆形象出现：“根据数据，新岛位于关都以东，最近的出发点是老海岸码头。预计航程需要几个小时。”
他们赶到老海岸码头时，天色已晚。码头上的风很大，海浪拍打着船只。港口经理波佳——一个身穿工作服的女人——站在那里，脸色严肃。
她看到小智一行人，立刻走过来。“等等，你们是来坐船去新岛的吗？现在不行！天气太糟了，受某种未知影响，海面很乱。船只都暂停了。”
女警君莎也出现了，她骑着摩托车，制服在风中猎猎作响。“波佳说得很对。安全第一。我们已经接到了报告，新岛附近有能量异常。你们这些训练家别逞英雄。”
小智不甘心：“但我们有邀请券！这是个难得的机会。求你们了，我们会小心的。”
波佳摇了摇头：“不行！如果让你们出海，万一出事，我担当不起。那些宝可梦也会受伤的。你们看，海浪那么大。”
伊利斯小声说：“小智，我们要听劝吧？”
小刚点头：“是啊，风险太大了。”
但小智不肯放弃。他环顾四周，发现其他训练家也在议论纷纷。其中一些人决定冒险。“我才不管，我要参加宴会！”一个训练家说，并放出他的浮游宝可梦渡海。
小智灵机一动：“我们可以用自己的宝可梦！水箭龟和大比鸟能带我们过去。来吧，伙伴们！”
水箭龟从宝可球中出现：“卡美！（我准备好了！）”它拍了拍壳，跃入水中。
大比鸟扇动翅膀：“比比！（我来护航！）”它用翅膀轻轻触碰小智。
小刚叹了口气：“唉，你这家伙总是这么impuls。”伊利斯笑道：“但这正是小智的魅力啊！”
就这样，他们三人骑上水箭龟，水箭龟潜入水中，带着他们向前。大比鸟在空中盘旋，监视着周围。
海浪汹涌，但水箭龟稳稳地游着：“卡美卡！（别担心，我游得稳！）”暗金幼龙也从宝可球中出来，用心灵感应帮助稳定能量：“我会用精神力量平息海浪，小智。保持平衡。”
经过一番惊险的旅程，他们终于抵达了新岛宝可梦城。这是一个宏伟的城堡般的建筑，灯火辉煌，空气中弥漫着奇异的能量。
小智他们是第一个抵达的，其他训练家陆续跟上。其中有两个男子——海男和空男，还有一个叫小甜的女子。他们看起来都兴奋不已。
“哇，这里好壮观！”伊利斯感叹道。
他们在城里享用了一顿丰盛的晚餐。食物美味，宝可梦们也得到了特别的款待。皮卡丘大快朵颐：“皮卡皮卡！（太好吃了！）”暗金幼龙用心灵感应说：“这地方有点不对劲，但我喜欢这里的能量。”
吃喝完毕后，灯光突然暗了下来。空气中弥漫着一种诡异的氛围。一个伪装成接待人员的乔伊小姐出现了，她微笑着说：“各位贵宾，请跟我来。主人已经在等你们了。”
小智感到一丝不安，但好奇心占了上风：“走吧！”
乔伊小姐带着他们穿过长廊，来到大厅的最中央。那里，一个身影缓缓飘下——超梦。它紫色的身躯在黑暗中闪烁，眼睛如星辰般明亮。
海男第一个反应过来，他大喊：“宝可梦怎么可能是最强的训练家？这不可能！”他放出自己的暴鲤龙：“暴鲤龙，攻击！”
暴鲤龙怒吼：“暴！（上！）”它喷出水炮，直冲超梦。
但超梦轻而易举地挡下了攻击，用精神力量将暴鲤龙打飞。“愚蠢。”超梦用心灵感应说道，它的声音如雷霆般回荡。
超梦转向众人：“欢迎来到我的领域。既然你们来了，就让我看看你们的实力。跟我来，对战场在那里。”
它引领着他们走向一个巨大的竞技场，空气中充满了紧张的氛围……