袁世凯听了谭嗣同的计划，心里虽然对谭嗣同充满敬意，但是对维新派的计划却是嗤之以鼻。
9月19日，傍晚慈禧太后突然离开颐和园，返回故宫。光绪帝当日起迁居瀛台。
为了应对危机，康有为拜访英国传教士李提摩太，请英国公使窦纳乐出面相助。结果英国公使窦纳乐只是表示拥护光绪帝，但以此乃清廷内政为由，表示英国政府不宜干涉。
随后，康有为又拜访了伊藤博文，请他出面游说慈禧太后。
当晚张之洞侄女婿编修黄绍箕已经知悉慈禧太后秘密回宫，便偷偷劝康有为迅速离京，从山东水道赴日躲避。深夜，梁启超、康广仁等恳求康有为尽快出走。
9月20日，凌晨康有为携仆人李唐离京。光绪皇帝第三次召见袁世凯，之后袁回天津。光绪皇帝接见日本前首相伊藤博文，慈禧太后垂帘旁听。
伊藤博文向光绪皇帝提议“中美英日合邦”， 俨然欲将中国军事、财税、外交的国家大权，交于外人之手。
慈禧太后听了大为恼火，惊觉事态严重。
当天，回到天津的袁世凯听到杨崇伊从北京带来的政变消息，以为密谋已经泄露，为避免自己被牵扯上叛逆罪，将谭嗣同的计划向荣禄报告。
荣禄得到袁世凯的汇报之后，当即差人密报慈禧太后。深夜慈禧接到荣禄密报之后，决定立即发动政变。
9月21日，凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台；然后发布训政诏书，再次临朝“训政”，戊戌政变成功，戊戌变法失败。
在9月21日，慈禧太后发动政变当天夜里，在京师潜伏的中华人民复兴党党员也开始忙碌起来，他们在林旭那个商人老乡外加族弟林萧民的带领下，分路迅速朝着谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁等人的住所奔去。
谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁等六人，在原来时空最后被慈禧太后都抓住了，并未经审讯便被杀害在菜市口，史称“戊戌六君子”。
但是，早就三个多月前，维新变法开始前，岳天便命令情报人员要重点关注这几个人的动向，在确定慈禧太后发动政变之后，便组织人员将六人强行绑回人民复兴党在京师的秘密据点。
1898年9月22日，凌晨天还未亮，林萧民并带着已经隐藏在粪车里的六个人成功运出城，并乘坐京师到天津的第一班火车，于中午便到天津码头。
9月22日下午，谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁等六人，被停靠在天津港码头的东北特区邮轮给接走。
这时候原来被绑住的六人才能松开，这时候，林萧民才带领几个在京师常驻的情报人员向六人鞠躬道歉。
六人也大概反应过来了，林萧民等人应该就是东北特区的情报人员。因为林旭跟林萧民最为熟悉，所以率先开口道：“萧民族兄，我们这是要往哪里去？”
林萧民抱歉道：“不瞒各位大人，我们此番目的地乃东北特区的营口！奉秦郡王之命，事态紧急，未征得各位同意，便将各位大人强行带上船，还请诸位见谅！昨日，我等得知慈禧太后已悍然发动政府，将皇帝囚禁于瀛台，并即将下旨拘拿各位大人，所以我等便自作主张，将各位大人强行带出来！”
众人这时才知道事情来龙去脉。不过，谭嗣同率先说道：“如今陛下深陷牢笼，我等岂可轻易逃生，还请萧民兄让我们等上岸，与陛下共进退！”
谭嗣同的建议，得到其他人的响应。
这要求让林萧民感到有些无奈，只好按赵映康的吩咐，道：“诸位，我等逃离之后，恐怕现在清廷已经发现诸位不知所踪，必然要封锁天津港，以防大家外逃，若现在再回转岂不是自投罗网！再者，实不相瞒，谭大人您18日也会袁世凯的计划，已经被荣禄告发到慈禧那边。即使各位现在回京，也无法挽救陛下！正所谓，留的青山在不怕没柴烧！大家到了东北特区，观察一下局势，再做决定！”
众人听闻袁世凯已经将众人策划的政变计划告知荣禄，不由得都心中大骇，纷纷不再言语，倒是年纪最小的林旭率先表态就只能先到东北特区看看，之后再想办法。
而此时，慈禧太后还正忙于整顿宫廷秩序，没有时间关注这些维新党人的动向。一直到9月23日晚，清宫的秩序和清廷秩序基本上恢复稳定之后，慈禧太后才下令军机大臣他塔拉·刚毅开始搜捕四军机章京等变法分子。
他塔拉·刚毅是满洲八旗镶蓝旗人，与慈禧太后同在一旗，为慈禧太后亲信之一，为人极为贪婪，以筹饷练兵、清理财政等名目，为清廷大肆搜刮，并散布“宁赠友邦，毋与家奴”等卖国论调。
所以他得到慈禧太后的抓捕命令之后，便想借着抓捕之名，抓捕维新党人的同时，大肆地搜刮维新党人在京师的家产。但是，第二天一连跑了六处，无一处不是落空。
这时候，清廷才发现维新派为首的几个人都不知道什么时候就离开了京师。慈禧太后闻讯便命李鸿章遍询诸国驻北京公使，是否有维新党人在他们公使馆躲避，但是很快都被各个公使馆否认。
慈禧太后不由得眼皮一跳，虽然之前已经安抚过了岳天，但是那点利益，以她对岳天的判断，不可能轻易得到满足的。但是这一阶段，一向跳脱的东北特区在整个变法阶段异常安静，甚至连相关的奏折都没有。
慈禧太后找荣禄过来问了关于东北特区的情况之后。让慈禧太后大为意外的是，作为人民复兴党的机关报《兴华日报》在这一百多天的维新变法期间，只是在时政版以新闻的形式报道了一下，之后再无相关的报道。
慈禧太后听完汇报之后，心中不由得大惊，忙让荣禄以朝廷的名义拟旨，册封岳天为世袭罔替的秦亲王。
听到这个命令，荣禄大为吃惊，忙上前道：“老佛爷，此事万万不可，康熙朝三藩之乱便是前车之鉴啊！”
慈禧太后见荣禄还未反应过来，不由得怒道：“大凡你们争气点！咱家就不用这把年纪还要折腾这般事情！那东北特区比之三藩实力如何？”
荣禄道：“东北特区连战日本、俄国、西班牙，三战皆胜，实力远非三藩能比！”
慈禧太后白了荣禄一眼，也不再言语。
荣禄自然领会了慈禧太后的意思，也不敢再多言，躬身出去落实了。