崇祯十六年（1643年），正月元日，初春的九州，寒意未消。肥前国 名护屋城（位于佐贺县，历史上为侵朝日军大本营，此借用其名），这座曾经见证丰臣秀吉野心的海滨城堡，今日迎来了新的主人。城头，大明日月浪涛旗与征东都护府的黑龙旗并列飘扬。码头外，北洋舰队“济远”舰巍然屹立。
城内本丸御殿，已被改建为大明扶桑都护府的行辕。正殿内，香案高设，旌旗招展。以多尔衮为首的原征东都护府将领、幕僚，与一批新近抵达、身着大明官袍的文官，分列左右。殿外，精锐护军营肃立，气氛庄重而肃杀。
吉时已到，宣旨太监——司礼监随堂太监张云汉（虚构），面南而立，展开一卷明黄绫缎诏书，朗声宣读：
“奉天承运皇帝，制曰：”
“朕 缵承 大宝，抚驭 万方。尔 倭地 九州，僻处海隅，昔 为 不逞之徒 巢穴，今 既 革面洗心，举土 内附。特 允 所请，设立 大明扶桑都护府，俾 宣 教化，辑 宁疆陲。**”
“兹 以 征东都护府大都护、镇东将军 爱新觉罗·多尔衮，忠勇素着，战功彪炳，加授 扶桑都护府 首任都护，赐 麟符，节制 九州 一切 军政事务。其 原职 仍兼。**”
“另 设 副都护二员：一 以 兵部职方清吏司郎中 陈子壮（虚构，代表文官系统），掌 民政、刑名、钱粮；一 以 北洋水师参将 耿精忠（历史人物，降清，此处借用），掌 水陆防务、驿传。**”
“设 长史、录事参军、屯田使、市舶提举 等员，均由 吏部 铨选 流官 充任。**”
“望 尔 等 同心协力，布 皇风 于 远夷，谨 守 边圉。钦此！”
“臣等接旨！ 万岁！万岁！万万岁！” 以多尔衮为首，众人跪拜山呼。
诏书宣读完毕，扶桑都护府正式成立。但这套权力架构的设计，精妙而深刻地体现了崇祯皇帝的制衡之术。
都护 多尔衮，看似大权独揽，军政一把抓。但副都护的设置，却暗藏玄机。
?陈子壮，兵部出身，实为文官系统代表，直接对北京负责，掌控了民政（户籍、赋税）、司法（刑狱）、财政（钱粮） 这三大命脉。都护府的账册、户籍黄册、粮库银库**，皆由其副署方能生效。
?耿精忠，虽为武将，但属于北洋水师系统，某种程度上独立于多尔衮的陆军系统，负责沿海防务和与本土联络的驿传，既是辅助，也是眼线。
其下长史（秘书长）、录事参军（机要文书）、屯田使（军屯、移民）、市舶提举（海关、贸易）等关键职位，清一色由中央委派的流官担任。这些人升迁考成皆由北京吏部掌握，与多尔衮无直接统属关系。
换言之，多尔衮掌握了军队和最高决策权，但钱袋子（财政）、笔杆子（行政司法）、通信线（驿传）乃至未来的财源（贸易），都被崇祯巧妙地分割出去，交给了直接听命于中央的文官系统和相对独立的水师。这是一种典型的“以文制武”、“分权制衡” 的统治模式。
几乎在名护屋城举行开府仪式的同时，数道密旨从北京紫禁城发出。
文华殿东暖阁，崇祯皇帝对侍立的司礼监掌印太监王承恩、兵部尚书、户部尚书 吩咐道：
“扶桑新设， 百事待举。然， 首要者，在于 定章程，明权限。**”
“一、 着 户部、兵部 会同 ，速定 《扶桑都护府钱粮则例》 与 《驻军粮饷奏销条例》 。明确 ：都护府 岁入 （含田赋、商税、矿课），几成 留用，几成 解京；驻军饷银、粮秣，由 何处 起运，如何 核销。此事， 由陈子壮 主理，多尔衮 副署，但 最终 报部 核定。**” （牢牢控制财政大权）
“二、 告诉 耿精忠， 其 麾下 水师， 一应 补给、修船， 仍 走 登莱水师 渠道， 定期 向 天津 禀报。 九州 沿岸 防务， 需 与 陈子壮 会商。” （保持水师相对独立，双向汇报）
“三、 命 吏部， 此后 都护府 所属 流官 考核， 需 增加 ‘ 与 都护 协作’
一项， 由 多尔衮 出具 评语， 但 最终 等第， 由 吏部 定夺。” （赋予多尔衮部分人事建议权，但决定权在中央）
“四、 给 宋应星 去函， 其 所请 于 九州 设 ‘ 格物院’
分院 之事， 准。 可 先从 勘探 矿藏、 绘制 舆图 着手。 一应 成果， 直接 报送 工部 与 朕。” （技术情报渠道独立）
“五、 谕令 多尔衮： ‘ 九州 初附， 民心未稳。 当 以 抚慰 为主， 慎用 刀兵。 遇有 大事， 当 与 陈、耿 二位 副都护 及 诸 流官 协商 办理， 联衔 上奏。’ **” （明示集体决策、分权制衡原则）
这番安排，将扶桑都护府打造成了一个权力相互制约的机构。多尔衮拥有军事指挥权和最高名义，但行政、财政、人事、监察、情报等关键权力被分散并直接对中央负责，如同给他套上了无形的却坚实的锁链。
名护屋城都护府大堂，多尔衮端坐在都护主位之上，接受属官拜贺。他手持麟符，身着御赐蟒袍，威严无比。但当他看到下手分坐的陈子壮、耿精忠，以及那一排目光精明、举止有度的流官时，心中并无多少喜悦，反而升起一股沉重的压力。
他明白，崇祯皇帝给予了他荣耀和权力，但也给他设置了重重藩篱。他不再是那个在虾夷地和九州战场上可以独断专行的镇东将军了。如今，他每项命令，都需要考虑文官系统的配合，财政需要陈子壮的副署，与本土的联系受耿精忠的制约，甚至手下多了许多直接向北京汇报的“眼睛”。
“范先生，” 晚间，他在密室中对范文程叹道，“陛下此举…… 是信不过我啊。”
范文程低声道：“王爷， 此乃帝王常态。陛下既要用王爷 之能， 又要防王爷之势。如今局面， 看似束缚， 实为 保全。 王爷只需 谨守臣节， 办好差事， 将这扶桑之地， 治理得井井有条， 陛下自然安心， 王爷亦可永享富贵。”
多尔衮默然良久。他知道，自己已彻底被绑上了大明的战车，未来的命运，与这个扶桑都护府以及北京紫禁城里的那位皇帝，紧密相连。他必须在这权力的枷锁下，舞好这根沉重的权杖。
大明扶桑都护府的建立，标志着明朝对日战争的军事征服阶段基本结束，进入了更为复杂的统治消化阶段。九州岛上，明朝的屯田兵开始圈占土地，矿监深入山区勘察，市舶司的官吏在长崎清点货物、制定税则。