武德元年（公元618年）
八月，薛举派儿子薛仁果进军围攻宁州，刺史胡演击退了他。郝瑗对薛举说：“现在唐军刚战败，关中动荡不安，应乘胜直取长安。”薛举同意了，却恰逢生病，计划被迫中止。八月初九，薛举去世，太子薛仁果继位，居住在折墌城，追谥薛举为武帝。
唐高祖想和李轨共同夺取秦、陇地区，派使者秘密前往凉州招抚，还写信给李轨，称他为堂弟。李轨非常高兴，派弟弟李懋入朝进贡。唐高祖任命李懋为大将军，命鸿胪少卿张俟德册封李轨为凉州总管，封凉王。
起初，朝廷任命安阳令吕珉为相州刺史，改任原相州刺史王德仁为岩州刺史。王德仁因此怨恨不满，八月十二日，他引诱山东大使宇文明达进入林虑山，将其杀害，随后叛降王世充。
八月十七日，唐高祖任命秦王李世民为元帅，攻打薛仁果。
八月二十五日，临洮等四个郡前来投降唐朝。
隋朝江都太守陈棱找到隋炀帝的灵柩，取出宇文化及留下的皇帝车驾、仪仗乐队，勉强凑齐天子的仪仗，将隋炀帝改葬在江都宫西的吴公台下；隋朝王公以下的官员，都依次埋葬在隋炀帝陵墓两侧。宇文化及从江都出发时，任命杜伏威为历阳太守；杜伏威不接受，仍向隋朝上表，皇泰主任命杜伏威为东道大总管，封楚王。沈法兴也向皇泰主上表，自称大司马、录尚书事、天门公，按照皇帝的规格设置百官，任命陈杲仁为司徒，孙士汉为司空，蒋元超为左仆射，殷芊为左丞，徐令言为右丞，刘子翼为选部侍郎，李百药为府掾。李百药是李德林的儿子。
九月，隋朝襄国通守陈君宾前来投降，唐高祖任命他为邢州刺史。陈君宾是陈伯山的儿子。
虞州刺史韦义节攻打隋朝河东通守尧君素，久攻不下，军队多次战败。九月初十，唐高祖任命工部尚书独孤怀恩接替他。
起初，李密杀了翟让后，变得十分骄傲自满，不体恤士兵；粮仓里粮食虽多，却没有府库储存的钱财布帛，战士立下战功，没有东西可以赏赐；他又厚待刚归附的人，旧部士兵大多心怀不满。徐世积曾在宴会上批评他的缺点，李密很不高兴，派徐世积出镇黎阳，表面上是委任，实则是疏远他。
李密打开洛口仓分发粮食，没有设置看守和管理的人，也没有凭证，取粮的人可随意拿取；有人领粮后，因力气不够运不走，就把粮食丢弃在路边，从仓城到城门，地上的米厚达几寸，被车马碾压；前来取粮的盗贼及其家属近百万人，没有容器，就用荆条编织筐子淘米，洛水两岸十里之内，望去全像铺了一层白沙。李密高兴地对贾闰甫说：“这可称得上粮食充足了！”贾闰甫回答：“国家以百姓为根本，百姓以粮食为命脉。现在百姓背着孩子像流水一样来这里，是因为粮食在这里。但有关部门却毫不爱惜，如此浪费！我担心一旦粮食耗尽、百姓离散，您还能和谁一起成就大业呢！”李密向他道歉，立即任命贾闰甫为判司仓参军事，负责管理粮仓。
李密认为东都军队多次战败、实力薄弱，而且将相自相残杀，觉得很快就能平定东都。王世充掌握大权后，厚赏将士，修缮兵器，也暗中谋划夺取李密的地盘。当时隋军缺粮，而李密的军队缺衣，王世充请求用粮食交换布匹，李密起初不同意；长史邴元真等人想谋求私利，劝李密答应。此前，每天有几百个东都人归附李密；交换到粮食后，投降的人越来越少，李密后悔，停止了交换。
李密打败宇文化及返回后，军中精锐士兵和优良战马大多战死，士兵疲惫多病。王世充想趁他衰弱时进攻，又担心军心不齐，就谎称左军卫士张永通三次梦见周公，周公命令他向王世充传达旨意，要出兵帮助王世充攻打贼寇。王世充于是为周公建庙，每次出兵前都先祈祷。他还让巫师宣称，周公要让仆射（王世充）尽快讨伐李密，必定能立大功，否则士兵都会染上瘟疫死去。王世充的士兵大多是楚地人，迷信妖言，都请求出战。王世充挑选精锐士兵两万多人，战马两千多匹，九月初十，出兵攻打李密，旗帜上都写着“永通”二字，军容十分盛大。九月十一日，军队抵达偃师，在通济渠南岸扎营，在渠上修建了三座桥。李密留下王伯当守卫金墉城，亲自率领精锐士兵从偃师向北出发，凭借邙山布防等待王世充。
李密召集众将商议对策，裴仁基说：“王世充率领全部兵力前来，东都必定空虚，我们可分兵守住要道，让他无法向东进攻，再挑选三万精锐，沿黄河向西进逼东都。王世充回师，我们就按兵不动；他再次出兵，我们又进逼东都。这样一来，我们精力充沛，他却疲于奔命，一定能打败他。”李密说：“您说得很好。现在东都军队有三点不可抵挡：兵器精锐，是其一；决心深入进攻，是其二；粮食耗尽急于作战，是其三。我们只需据城坚守，积蓄力量等待时机；他们想战不能，想退无路，不出十天，就能把王世充的头颅送到麾下。”陈智略、樊文超、单雄信都说：“估计王世充的士兵很少，又多次战败，早已吓破了胆。《兵法》说‘兵力加倍就可出战’，何况我们的兵力远不止加倍！而且江淮地区刚归附的士兵，希望借此机会立功；趁他们士气旺盛时出战，定能成功。”于是众将纷纷赞同出战，有七八成人主张进攻，李密被众人的意见迷惑，同意了出战。裴仁基苦苦争辩却无法改变决定，气得捶地叹息：“您以后一定会后悔的！”魏征对长史郑飂说：“魏公（李密）虽然近期打了胜仗，但骁将和精锐士兵大多战死，战士士气低落，这两点难以对抗敌人。而且王世充缺粮，一心想决一死战，很难和他争锋，不如深挖壕沟、高筑营垒坚守，不出一个月，王世充粮食耗尽，必定会自行撤退，再追击他，没有不胜的道理。”郑飂说：“这不过是老生常谈罢了。”魏征说：“这是奇策，怎么能说是常谈！”气得拂袖而去。
程知节率领内马军和李密一同在邙山上扎营，单雄信率领外马军在偃师城北扎营。王世充派几百名骑兵渡过通济渠攻打单雄信的营寨，李密派裴行俨和程知节前去援助。裴行俨率先冲向敌人，中了流箭，摔倒在地；程知节救他，杀了几个人，王世充的军队溃退，程知节抱着裴行俨骑马返回；途中被王世充的骑兵追赶，长矛刺穿了程知节的身体，他转身折断长矛，还杀了追兵，和裴行俨一起脱险。恰逢日落，双方各自收兵回营。李密的骁将孙长乐等十多人都受了重伤。
李密刚打败宇文化及，对王世充心存轻视，没有修筑营垒。王世充连夜派两百多名骑兵潜入北山，埋伏在溪谷中，命令士兵喂饱战马、吃饱饭。九月十二日清晨，即将出战时，王世充对士兵发誓：“今天的战斗，不只是争夺胜负；生死存亡，就在这一战。如果获胜，富贵自然不用说；如果失败，必定没有一个人能幸免。我们争夺的是生死，不只是为了国家，大家都要努力！”黎明时分，王世充率军逼近李密。李密出兵迎战，还没来得及摆好阵势，王世充就下令全军出击。王世充的士兵都是江淮地区的勇猛之人，冲锋陷阵如飞。王世充事先找到一个外貌像李密的人，把他绑起来藏好。战斗正激烈时，派人把他拉到阵前，大喊：“已经活捉李密了！”士兵们都欢呼万岁。埋伏的士兵趁机出动，从高处冲下，奔袭李密的营寨，放火焚烧营帐。李密的军队大败，将领张童仁、陈智略都投降了王世充，李密率领一万多人逃往洛口。
王世充连夜包围偃师；郑飂守卫偃师，他的部下翻越城墙，放王世充进城。起初，王世充的家属在江都，跟随宇文化及到了滑台，又跟随王轨归附李密，李密把他们留在偃师，想借此招降王世充。等到偃师被攻破，王世充找回了哥哥王世伟、儿子王玄应、王虔恕、王琼等人，还抓获了李密的将领裴仁基、郑飂、祖君彦等几十人。王世充于是整顿军队向洛口进发，抓获了邴元真的妻子、郑虔象的母亲以及李密众将的子弟，都加以安抚，让他们暗中召唤自己的父兄投降。
起初，邴元真曾是县吏，因贪污犯罪逃亡，投奔瓦冈的翟让；翟让因他曾做过官，让他掌管文书。等到李密开设幕府，精选当时的贤才，翟让推荐邴元真担任长史；李密不得已任用他，但行军谋划，从不让他参与。李密向西抵抗王世充时，留下邴元真守卫洛口仓。邴元真生性贪婪卑鄙，宇文温对李密说：“不杀邴元真，他一定会成为您的祸患。”李密没有回应。邴元真知道后，暗中谋划背叛李密；杨庆听说后，把这事告诉了李密，李密本来就怀疑邴元真。到这时，李密准备进入洛口城，邴元真已派人暗中勾结王世充。李密知道后没有声张，反而和众人商议，等王世充的军队一半渡过洛水后，再发起攻击。王世充的军队到达后，李密的侦察骑兵没有及时发现，等到准备出战时，王世充的军队已经全部渡过洛水。单雄信等人又率领部下各自据守，李密估计无法支撑，率领部下轻装骑兵逃往虎牢，邴元真于是献城投降王世充。
起初，单雄信勇猛敏捷，擅长使用马槊，在各军中名声最高，军中称他为“飞将”。房彦藻因单雄信容易反复无常，劝李密除掉他；李密爱惜他的才能，不忍心下手。等到李密战败，单雄信就率领部下投降了王世充。
李密准备前往黎阳，有人说：“当初杀翟让时，徐世积差点被杀，现在您战败去投奔他，怎么能保证安全呢！”当时王伯当放弃金墉城，退守河阳，李密从虎牢前往河阳投奔他，召集众将共同商议。李密想向南凭借黄河天险，向北坚守太行山，向东连接黎阳，以此谋求发展。众将都说：“现在军队刚战败，人心惶惶，如果再停留，恐怕用不了几天士兵就会叛逃殆尽。而且大家都不愿意留在这儿，很难成功。”李密说：“我所依靠的就是众人，众人既然不愿意，我就走投无路了。”想自刎来向众人谢罪。王伯当抱住李密，哭得昏死过去，众人都悲痛落泪，李密又说：“幸好各位没有抛弃我，我们应当一起返回关中；我虽然没有功劳，但各位一定能保住富贵。”府掾柳燮说：“明公（李密）和唐公（李渊）同宗，又有过去的交情；虽然没有参与起兵，但您阻击东都军队，阻断了隋朝的退路，让唐公不战而占据长安，这也是您的功劳啊。”众人都赞同说：“对。”李密又对王伯当说：“将军家室人口众多，难道还要和我一起走吗！”王伯当说：“过去萧何率领全族子弟跟随汉王，我遗憾不能让兄弟都来跟随您，怎么会因为您今天战败就改变心意呢！即使死在荒野，我也心甘情愿！”身边的人无不感动，跟随李密入关的共有两万人。于是李密的将帅、管辖的州县大多投降了隋朝。朱粲也派使者投降隋朝，皇泰主任命朱粲为楚王。
九月十二日，秦州总管窦轨攻打薛仁果，战败；骠骑将军刘感镇守泾州，薛仁果包围了泾州。城中粮食耗尽，刘感杀了自己的战马，分给将士们吃，自己却一点不吃，只煮马骨取汁，混合木屑充饥。泾州城多次濒临陷落，恰逢长平王李叔良率领将士到达泾州，薛仁果于是谎称粮食耗尽，率军向南撤退；九月十三日，又派高墌人假装献城投降。李叔良派刘感率领部众前往高墌，九月十七日，刘感到达城下，向城中人喊话：“贼寇已经逃走，可以翻墙进城了。”刘感下令烧毁城门，城上的人却往下浇水灭火。刘感知道有诈，派步兵先返回，自己率领精锐士兵断后。不久，城上点燃了三堆烽火，薛仁果的军队从南原大批涌下，双方在百里细川交战，唐军大败，刘感被薛仁果抓获。薛仁果再次包围泾州，命令刘感向城中喊话：“援军已经战败，不如早点投降。”刘感答应了，到了城下，却大声喊：“逆贼饥饿，很快就要灭亡了，秦王率领几十万大军，从四面赶来，城中军民不要担心，努力坚守！”薛仁果大怒，抓住刘感，在城旁把他埋到膝盖，骑马射箭射他；刘感直到死去，声音和神色都更加壮烈。李叔良环城坚守，仅能保住自己。刘感是刘丰生的孙子。
九月十八日，陇州刺史陕人常达在宜禄川攻打薛仁果，斩杀一千多人。
唐高祖派侄子襄武公李琛、太常卿郑元璹把歌女送给始毕可汗。九月二十日，始毕可汗又派骨咄禄特勒前来唐朝。
九月二十一日，白马道士傅仁均编成《戊寅历》，上奏唐高祖，朝廷下令推行此历法。
宇文化及到达魏县后，张恺等人谋划脱离他，事情败露，宇文化及杀了他们。心腹逐渐散尽，兵力日益窘迫，宇文化及兄弟再也没有其他办法，只能聚在一起尽情宴饮，让歌女奏乐助兴。宇文化及喝醉后，责怪宇文智及说：“我当初根本不知道你的计划，是你强行拥立我。如今到处失败，士兵马匹日渐离散，我背负杀君之名，天下人都容不下我。现在要被灭族，难道不是因为你吗！”他拉着自己两个儿子哭泣。宇文智及发怒说：“事成的时候，你从不责怪我；现在要败亡了，就想归罪于我，你怎么不杀了我去投降窦建德！”兄弟俩多次争吵，说话不分长幼尊卑；酒醒后又继续饮酒，天天如此。
宇文化及的部众大多逃亡，他自知必定失败，叹息说：“人终究要死，难道不能当一天皇帝吗！”于是用毒酒毒死秦王杨浩，在魏县登基称帝，国号为许，改年号为天寿，设置文武百官。
冬季，十月初一，发生日食。
十月初七，唐高祖设宴款待突厥骨咄禄特勒，拉他坐上皇帝的宝座，以示宠爱。
李密即将到达长安，唐高祖派人沿途迎接慰劳。李密非常高兴，对部下说：“我拥有百万部众，一旦放下武器归顺唐朝，山东几百座城池，知道我在这里，派人招抚，也会全部归附；比起窦融归汉的功劳，我的功劳也不算小，难道朝廷不会任命我担任三公级别的官职吗！”十月初八，李密抵达长安，有关部门的接待较为简略，他的部下连续几天没饭吃，众人心中颇有怨言。不久，唐高祖任命李密为光禄卿、上柱国，赐爵邢国公。李密既不满于所得官职，朝臣又大多轻视他，掌权者有的还来向他索要财物，他心中十分不平；只有唐高祖对他亲厚礼遇，常称他为弟弟，还把舅舅的女儿独孤氏嫁给他。
十月初九，唐高祖下诏任命右翊卫大将军淮安王李神通为山东道安抚大使，山东各路军队都受他调度；任命黄门侍郎崔民干为副大使。
邓州刺史吕子臧和抚慰使马元规攻打朱粲，打败了他。吕子臧对马元规说：“朱粲刚战败，上下惶恐，我们应合力进攻，一举消灭他。如果拖延，他的部众会逐渐聚集，兵力变强后又会缺粮，到时会和我们拼命，祸患就深了。”马元规不听。吕子臧请求单独率领自己的部下进攻，马元规也不允许。不久，朱粲收拢残部，兵力再次强盛，在冠军称帝，改年号为昌达，进攻邓州。吕子臧捶胸对马元规说：“我今天要因你而死了！”朱粲包围南阳，恰逢连降大雨，城墙倒塌，吕子臧的亲信劝他投降。吕子臧说：“哪有天子任命的地方长官向贼寇投降的道理！”率领部下冲向敌阵战死。不久南阳城陷落，马元规也战死了。
十月十二日，王世充收编李密的美女、珍宝以及十几万将士，返回东都洛阳，在皇宫门前陈列战利品。十月十四日，皇泰主宣布大赦天下。十月十五日，皇泰主任命王世充为太尉、尚书令、总领内外诸军事，还允许他开设太尉府，设置属官，选拔优秀人才任职。王世充因裴仁基父子勇猛，对他们非常敬重。徐文远再次回到东都，见到王世充，必定先行跪拜礼。有人问他：“您见李密时态度傲慢，见王公（王世充）却很恭敬，为什么呢？”徐文远说：“魏公（李密）是君子，能容纳贤士；王公是小人，会杀害旧友，我怎敢不拜！”
李密的总管李育德献出武陟投降，唐高祖任命他为陟州刺史。李育德是李谔的孙子。李密的其他将领刘德威、贾闰甫、高季辅等人，有的献出城池，有的率领部众，先后前来投降。
起初，北海贼帅綦公顺率领三万部众攻打北海郡城，已经攻克外城，进而攻打内城；城中粮食耗尽，綦公顺自认为很快就能攻克，没有设防。明经科出身的刘兰成召集城中一百多名勇猛士兵袭击綦公顺，城中守军随后跟进，綦公顺大败，弃营逃走，郡城得以保全。于是郡中官员和豪门望族把城中百姓分成六支军队，各自统领，刘兰成也统领一支。有个宋书佐，挑拨各军关系说：“刘兰成深得人心，必定会对各位不利，不如杀了他。”众人不忍心杀他，只夺了他的兵权交给宋书佐。刘兰成担心最终会遭祸，逃奔綦公顺。綦公顺的部众欢呼雀跃，想拥戴刘兰成为首领，刘兰成坚决推辞，于是被任命为长史，军中事务都听从他的安排。
过了五十多天，刘兰成挑选军中一百五十名勇猛士兵，前去劫掠北海郡周边。在距离郡城四十里的地方，留下十人，让他们多割茅草，分成一百多堆；在二十里的地方，又留下二十人，每人手持大旗；在五六里的地方，再留下三十人，埋伏在险要处；刘兰成亲自率领十人，在夜里潜伏到距离郡城一里左右的地方；其余八十人分别在方便隐蔽的地方埋伏，约定听到鼓声就劫掠人畜立即撤离，同时点燃茅草堆。
第二天清晨，城中人远望没有烟尘，都出城砍柴放牧。接近中午时，刘兰成率领十人径直抵达城门，城上锣鼓乱响；埋伏的士兵四处出击，劫掠了一千多头牲畜和砍柴放牧的人后撤离。刘兰成估计劫掠的人已经走远，才慢慢返回。城中虽然出兵，却担心有埋伏，不敢急追；又看到前方有旌旗、烟火，于是不敢前进，退回城中。不久，城中人知道刘兰成先前带的人很少，后悔没有全力追击。
过了一个多月，刘兰成谋划夺取郡城，又派二十人径直抵达城门。城中人争相出城追击，走了不到十里，綦公顺率领大军突然赶到。郡兵飞奔回城，綦公顺进军包围郡城，刘兰成一句话招降，城中人争相出城投降。刘兰成安抚老人和小孩，礼遇郡中官员，见到宋书佐，也像过去一样礼遇他，还资助他离开北海郡，郡内外秩序井然。
当时海陵贼帅臧君相听说綦公顺占据北海，率领五万部众前来争夺。綦公顺兵力少，听到消息后非常害怕。刘兰成为綦公顺谋划说：“臧君相现在离这里还远，必定没有防备，请将军日夜兼程袭击他的军营。”綦公顺听从了他的建议，亲自率领五千名勇猛士兵，携带熟食，日夜兼程前去袭击。
快要到达时，刘兰成和二十名敢死士兵先行，在距离臧君相军营五十里的地方，看到臧君相的劫掠队伍背着财物返回军营，刘兰成也和手下人背着蔬菜、粮食和炊具，假装是劫掠队伍，挑选空隙行进，暗中探听，得知了臧君相军队的暗号和主将姓名；到了傍晚，他们和臧君相的士兵并肩入城，背着东西在营中巡查，摸清了军营的虚实和夜间巡逻的暗号。
于是他们在空地上点燃火把做饭，到了三更时分，突然在主将帐篷前拔刀乱砍，杀了一百多人，臧君相的部众惊慌混乱；綦公顺的大军也赶到，猛攻敌军，臧君相仅自身逃脱，被俘虏和斩杀的有几千人，綦公顺等人收缴了臧君相的物资、粮食和兵器后返回。从此，綦公顺的势力大为强盛。等到李密占据洛口，綦公顺率领部众归附李密；李密战败后，綦公顺也前来投降唐朝。
隋朝末年，各路盗贼兴起，冠军司兵李袭誉劝说西京留守阴世师派兵占据永丰仓，发放粮食赈济贫苦百姓，拿出府库物资赏赐士兵，向各郡县发布檄文，同心讨伐盗贼；阴世师没有采纳。李袭誉于是请求到山南招募士兵，阴世师同意了。唐高祖攻克长安后，从汉中召回李袭誉，任命他为太府少卿；十月二十四日，将李袭誉的户籍编入皇室宗正寺。李袭誉是李袭志的弟弟。
十月二十五日，朱粲侵犯淅州，唐高祖派太常卿郑元璹率领一万步兵骑兵攻打他。
这个月，纳言窦抗被罢免官职，改任左武候大将军。
十一月初四，凉王李轨登基称帝，改年号为安乐。十一月初七，王轨献出滑州投降唐朝。
薛仁果做太子时，和很多将领有矛盾；等到他继位后，众人心中猜疑恐惧。郝瑗因哭悼薛举而生病，不久去世，西秦的国势因此逐渐衰弱。秦王李世民抵达高墌，薛仁果派宗罗睺率军抵抗；宗罗睺多次挑战，李世民坚守营垒不出战。众将都请求出战，李世民说：“我军刚战败，士气低落，贼寇依仗胜利而骄傲，有轻视我们的心理，我们应坚守营垒等待时机。等他们骄傲、我们士气振作时，就能一战取胜。”于是向军中下令：“敢说出战的人斩首！”双方相持六十多天，薛仁果的粮食耗尽，他的将领梁胡郎等人率领部众前来投降。
李世民知道薛仁果的将士已离心离德，命令行军总管梁实在浅水原扎营引诱敌军。宗罗睺大喜，出动全部精锐进攻梁实，梁实凭借险要地形坚守不出；营中没有水源，人马几天没喝水。宗罗睺进攻得非常猛烈，李世民估计敌军已经疲惫，对众将说：“可以出战了！”黎明时分，李世民派右武候大将军庞玉在浅水原列阵。宗罗睺集中兵力进攻庞玉，庞玉奋力作战，几乎支撑不住，李世民率领大军从浅水原北侧出其不意地发起进攻，宗罗睺率军回师抵抗。李世民率领几十名骁勇骑兵率先冲入敌阵，唐军内外夹击，呼声震动大地。宗罗睺的士兵大败，被斩杀几千人。
李世民率领两千多名骑兵追击，窦轨拉住他的马缰绳苦苦劝谏说：“薛仁果还占据着坚固的城池，我们虽然打败了宗罗睺，也不能轻易进军，请暂且按兵不动，观察局势。”李世民说：“我已经考虑很久了，现在势如破竹，不能失去机会，舅舅不要再多说了！”于是继续进军。薛仁果在城下列阵，李世民隔着泾水对阵，薛仁果的骁将浑干等人几人临阵投降。薛仁果害怕，率军入城坚守。接近傍晚时，唐军大部队赶到，于是包围了城池。半夜，守城的士兵争相从城上跳下投降。薛仁果无计可施，十一月初八，出城投降；唐军俘获他的精锐士兵一万多人，百姓五万人。
众将都来祝贺，趁机问李世民：“大王一战取胜，立即舍弃步兵，又没有攻城器具，轻装骑兵直接抵达城下，众人都认为不能攻克，最终却夺取了城池，为什么呢？”李世民说：“宗罗睺率领的都是陇山以西的人，将领勇猛、士兵强悍；我特意出其不意打败他们，斩杀俘获的人不多。如果放慢追击，他们都会退回城中，薛仁果安抚任用他们，就不容易攻克了；快速追击，他们就会散回陇山以西。折墌城兵力虚弱，薛仁果吓破了胆，来不及谋划，这就是我取胜的原因。”众人都心悦诚服。
李世民把俘获的降兵，全部交给薛仁果的兄弟以及宗罗睺、翟长孙等人统领，还和他们一起打猎，没有丝毫猜疑。降兵既畏惧李世民的威严，又感激他的恩德，都愿意拼死效力。李世民听说褚亮的名声，派人寻访，找到后，对他礼遇优厚，任用他为秦王府文学。
唐高祖派人对李世民说：“薛举父子杀了我们很多士兵，一定要把他们的党羽全部处死，来告慰死去的冤魂。”李密劝谏说：“薛举暴虐杀害无辜，这是他灭亡的原因，陛下何必怨恨呢？对心怀归顺的百姓，不能不安抚。”唐高祖于是下令只杀薛仁果的主要谋臣，其余的人都赦免。
唐高祖派李密到豳州迎接秦王李世民，李密自恃有智谋和功劳，见到唐高祖时仍有傲慢神色；等到见到李世民，却不由自主地感到敬佩折服，私下对殷开山说：“这才是真正的英主啊！不是这样的人，怎么能平定祸乱呢！”
唐高祖下诏任命员外散骑常侍姜謩为秦州刺史，姜謩用恩德和信义安抚百姓，盗贼都来归顺，士兵和百姓安居乐业。
徐世积占据着李密过去的地盘，还没有归附任何势力。魏征跟随李密到长安后，主动请求去安抚山东地区，唐高祖任命他为秘书丞，让他乘坐驿车前往黎阳，写信劝徐世积早日投降。徐世积于是决定向西归附唐朝，对长史阳翟人郭孝恪说：“这片土地和部众，都是魏公（李密）的；我如果上表献给唐朝，就是利用主人的失败谋取私利，自己邀功求富贵，我实在感到羞耻。现在应该登记郡县的户口、士兵和马匹数量，上报给魏公，让他自己献给唐朝。”于是派郭孝恪前往长安，又运送粮食供给淮安王李神通。
唐高祖听说徐世积的使者到了，却没有上表，只有给李密的信件，非常奇怪。郭孝恪详细说明徐世积的想法，唐高祖感叹说：“徐世积不违背恩德，不邀功请赏，真是忠臣啊！”赐他姓李。任命郭孝恪为宋州刺史，让他和李世积（即徐世积）经营虎牢以东地区，所攻占的州县，委托他们选拔官员任职。
十一月十二日，独孤怀恩在蒲坂攻打尧君素。行军总管赵慈景娶了唐高祖的女儿桂阳公主，被尧君素抓获，尧君素把他的头颅挂在城外示众，以表示没有投降的意思。
十一月二十二日，秦王李世民回到长安，唐高祖下令在街市上斩杀薛仁果，赏赐常达三百段丝帛。追赠刘感为平原郡公，谥号忠壮。在宫殿庭院中打死仵士政，因张贵特别荒淫残暴，将他腰斩。
唐高祖设宴慰劳将士，趁机对群臣说：“各位共同辅佐我成就帝王大业，如果天下太平，可以一起保住富贵。要是王世充得志，各位难道还能保住家族吗！像薛仁果君臣这样的下场，难道能不引以为戒吗！”十一月二十八日，唐高祖任命刘文静为户部尚书，兼任陕东道行台左仆射，恢复殷开山的爵位。
李密长期身居高位，又自认为有归降唐朝的功劳，而朝廷对他的待遇不符合他的期望，因此郁郁寡欢。一次参加朝廷大朝会，李密担任光禄卿，负责进献食物，他深感羞耻；退朝后，把这事告诉了左武卫大将军王伯当。王伯当心中也不满，就对李密说：“天下大事全在您的谋划之中。现在东海公（徐世积）在黎阳，襄阳公（李密旧部）在罗口，河南的兵马，屈指可数，您怎么能长期这样下去呢！”李密大喜，于是向唐高祖献策说：“臣空受朝廷恩宠，在京师闲坐，毫无报效之功；山东的部众都是我过去的部下，请允许我前去招抚他们。凭借国家的威望，攻取王世充就像捡起地上的草芥一样容易！”
唐高祖听说李密过去的将士大多不依附王世充，也想派李密前去招抚。群臣大多劝谏说：“李密狡猾且反复无常，现在派他去，就像把鱼放回泉水、把老虎放回山中，他肯定不会回来了！”唐高祖说：“帝王之位自有天命，不是这小子能夺取的。就算他叛变离开，也像用蒿草做的箭射蒿草一样，无关紧要！现在让这两个叛贼互相争斗，我们可以坐收渔利。”十一月二十九日，唐高祖派李密前往山东，招抚尚未归附的残余部众。李密请求和贾闰甫一同前往，唐高祖同意了，让李密和贾闰甫一同登上御榻，赐给他们食物，递过酒杯说：“我们三人同饮这杯酒，以表明同心；希望你们好好建立功名，不辜负我的期望。大丈夫一言既出，千金难改。有人坚决反对弟弟（李密）前往，我对弟弟推心置腹，不是别人能离间的。”李密、贾闰甫拜了两拜接受命令。唐高祖又任命王伯当为李密的副手，一同前往。
有五只大鸟聚集在乐寿，几万只鸟跟随它们，过了一天才离开。窦建德认为这是自己的祥瑞之兆，改年号为五凤。宗城有人得到一块黑色玉圭，献给窦建德，宋正本和景城丞会稽人孔德绍都说：“这是上天赐给大禹的宝物，请改国号为夏。”窦建德听从了，任命宋正本为纳言，孔德绍为内史侍郎。
起初，王须拔劫掠幽州时，中流箭而死，他的将领魏刀儿接替他统领部众，占据深泽，在冀州、定州一带劫掠，部众达到十万人，自称魏帝。窦建德假装和他联合，魏刀儿放松戒备，窦建德突然袭击打败了他，于是包围深泽；魏刀儿的部众抓住他投降，窦建德杀了他，吞并了他的全部部众。
易州、定州等州都投降了窦建德，只有冀州刺史麴棱拒不投降。麴棱的女婿崔履行，是崔暹的孙子，自称有奇术，能让攻城的人自败，麴棱相信了他。崔履行命令守城的人都坐下，不许随意战斗，说：“贼寇即使登上城墙，你们也不要害怕，我会让他们自缚投降。”于是他搭建祭坛，夜里举行道教仪式祈祷，然后自己穿上丧服，拄着竹杖登上北楼痛哭；又让妇女爬上屋顶，向四面挥动裙子。窦建德猛攻城池，麴棱准备出战，崔履行坚决阻止。不久城池陷落，崔履行还在哭个不停。窦建德见到麴棱，说：“您是忠臣啊！”对他厚礼相待，任命他为内史令。
十二月初一，唐高祖下诏任命秦王李世民为太尉、使持节、陕东道大行台，蒲州、河北各府的兵马都受他调度。
十二月初二，西突厥曷娑那可汗从宇文化及那里前来投降唐朝。
隋朝将领尧君素坚守河东，唐高祖先后派吕绍宗、韦义节、独孤怀恩攻打他，都没能攻克。当时城外包围紧急，尧君素做了一只木鹅，在鹅脖子上系上奏表，详细陈述局势，把它放在黄河里；河阳的守将得到木鹅，把奏表送到东都。皇泰主看到后叹息不已，任命尧君素为金紫光禄大夫。宠玉、皇甫无逸从东都前来投降，唐高祖派他们都到河东城下，向尧君素陈述利害，尧君素不听。唐高祖又赐给他金券，承诺免他一死。尧君素的妻子也到城下，对他说：“隋朝已经灭亡，你何必折磨自己！”尧君素说：“天下的忠义道义，不是妇人能懂的！”拉弓射她，妻子中箭而倒。
尧君素也知道自己难以支撑，但决心死守，每次谈到国家，没有不叹息的。他对将士说：“我过去在藩王府侍奉君主（隋炀帝），从道义上讲不能不死。如果隋朝的国运真的终结，天命有新的归属，我自会断头交给各位，让你们去博取富贵。现在城池坚固，粮仓充实，天下大事还不可知，不能胡思乱想！”尧君素性格严明，善于统领部众，部下没人敢叛变。时间一长，粮仓的粮食耗尽，出现人吃人现象；又抓获城外的人，隐约知道江都已经陷落。十二月初五，尧君素的部下薛宗、李楚客杀了他投降，把他的头颅送到长安。尧君素派朝散大夫解县人王行本率领七百精锐士兵驻守在别处，王行本听说尧君素被杀，赶来救援，却已来不及，于是捕杀了薛宗、李楚客的党羽几百人，全部处死，重新登城坚守。独孤怀恩率军包围了他。
十二月二十六日，隋朝襄平太守邓暠献出柳城、北平二郡投降唐朝；唐高祖任命邓暠为营州总管。
十二月初六，太常卿郑元璹在商州攻打朱粲，打败了他。
起初，宇文化及派使者招降罗艺，罗艺说：“我是隋朝的大臣！”杀了使者，为隋炀帝举办丧事，哀悼三天。窦建德、高开道也分别派使者招降他，罗艺说：“窦建德、高开道都是强悍的贼寇。我听说唐公已经平定关中，人心都归附他。这才是我真正的君主，我要归附他，敢反对的人，斩！”恰逢张道源安抚山东，罗艺于是献上奏表，和渔阳、上谷等郡一起投降唐朝。十二月初八，唐高祖下诏任命罗艺为幽州总管。薛万均是薛世雄的儿子，和弟弟薛万彻都因勇猛有谋略，受到罗艺的亲信重用，唐高祖下诏任命薛万均为上柱国、永安郡公，薛万彻为车骑将军、武安县公。
窦建德攻克冀州后，兵力更加强盛，率领十万部众侵犯幽州。罗艺准备迎战，薛万均说：“敌众我寡，出战必败。不如派弱兵背靠城池、隔着河水列阵，敌人必定会渡河攻打我们。请允许我率领一百名精锐骑兵埋伏在城旁，等他们渡过一半时发动袭击，没有不胜的道理。”罗艺听从了他的建议。窦建德果然率军渡河，薛万均发动袭击，大败窦建德。窦建德最终没能抵达幽州城下，于是分兵劫掠霍堡和雍奴等县；罗艺再次截击，打败了他。双方相持一百多天，窦建德不能攻克幽州，于是返回乐寿。
罗艺得到隋朝通直谒者温彦博，任命他为司马。罗艺献出幽州归附唐朝，温彦博对此有促成之功；唐高祖下诏任命温彦博为幽州总管府长史，不久，征召他担任中书侍郎。温彦博的哥哥温大雅，当时担任黄门侍郎，兄弟二人都身居皇帝身边的要职，当时的人都为他们感到荣耀。
唐高祖任命西突厥曷娑那可汗为归义王。曷娑那可汗献上大珍珠，唐高祖说：“珍珠确实是宝物；但我珍视的是大王的真心，珍珠没什么用。”最终把珍珠还给了他。
十二月初十，唐高祖前往周氏陂，经过过去的别墅。
起初，羌族豪强旁企地率领部众归附薛举，等到薛仁果战败，旁企地前来投降，被留在长安，他心中不快，率领几千部众叛变，进入南山，从汉川穿出，沿途烧杀抢掠。武候大将军宠玉攻打他，被旁企地打败。旁企地走到始州，劫掠了一个姓王的女子，和她一起喝醉后躺在野外；王氏拔出他的佩刀，砍下他的头颅送到梁州，旁企地的部众于是溃散。唐高祖下诏赐王氏“崇义夫人”的称号。
十二月十七日，王世充率领三万部众包围谷州，刺史任瑰击退了他。
唐高祖让李密分出一半部下留在华州，率领另一半出关。长史张宝德也在随行人员中，他担心李密逃亡，自己会被牵连治罪；于是向唐高祖上密封奏折，说李密必定会叛变。唐高祖的想法因此改变，但又担心李密受惊叛乱，于是降下敕书慰问李密，让他留下部下慢慢前进，自己单人骑马入朝，再接受新的调度。
李密到达稠桑，收到敕书，对贾闰甫说：“敕书让我出关，又无缘无故召我回去，天子之前说‘有人坚决反对’，现在谗言已经起作用了。我现在如果回去，肯定活不成，不如攻破桃林县，收缴那里的士兵和粮食，向北渡过黄河。等消息传到熊州，我已经走远了。如果能到达黎阳，大事一定能成功。你觉得怎么样？”贾闰甫说：“主上对明公非常优厚；况且唐朝的国号，早已记载在图谶上，天下最终会统一。明公既然已经归附，又心生异志，任瑰、史万宝占据熊州、穣州，这事早上发动，他们的军队晚上就会赶到，即使攻克桃林，也没时间集结兵力，一旦被称为叛逆，谁还会容纳您！为明公考虑，不如暂且接受朝廷的命令，以表明没有异心，谗言自然不会起作用；如果还想出关前往山东，再慢慢寻找合适的时机也不晚。”
李密发怒说：“唐朝让我和绛侯周勃、灌婴这样的人同级，我怎么能忍受！而且图谶上的预言，对我和对他们都适用。现在他们不杀我，允许我向东进军，足以说明王者自有天命不会死；就算唐朝平定了关中，山东最终还是我的。上天赐予的机会不把握，难道要束手就擒！你是我的心腹，怎么会有这样的想法！如果不同心，我就先斩了你再行动！”贾闰甫哭着说：“明公虽然说符合图谶，但近来观察天道人事，已经有些违背了。现在天下分崩离析，人人都想割据一方，强者称雄；明公刚刚逃亡归附，谁会听从您呢！而且自从翟让被杀后，人们都说明公忘恩负义，现在谁还愿意把自己的兵力拱手交给您呢！他们肯定会担心被您夺取兵权，反过来抵抗您，一旦失势，哪里还有您的容身之地！如果不是蒙受您特别深厚的恩德，我怎么会直言不讳呢！希望明公仔细考虑，只怕这样的好机会不会再有了。如果明公一定要采取行动，我贾闰甫也甘愿受死！”李密大怒，拔刀要杀他；王伯当等人坚决劝阻，李密才放了他。贾闰甫逃奔熊州。王伯当也劝阻李密，认为不能行动，李密不听。王伯当于是说：“义士的志向，不会因生死而改变。您如果一定要这么做，我王伯当愿意和您同死，但恐怕最终也没什么用。”
李密于是扣押使者，杀了他。十二月二十五日清晨，李密欺骗桃林县官说：“我奉诏暂时返回京师，家人请求暂住县府。”于是挑选几十名勇猛士兵，穿上妇女的衣服，戴着面纱，把刀藏在裙子下，假装是他的妻妾，自己率领她们进入县府。不久，士兵们换了衣服突然冲出，占据了县城。他们驱赶劫持县里的百姓，径直奔向南山，沿着险要地形向东进发，派人快马告诉过去的将领伊州刺史襄城人张善相，让他出兵接应。
右翊卫将军史万宝镇守熊州，对行军总管盛彦师说：“李密是勇猛的贼寇，又有王伯当辅佐，现在他决心叛变，恐怕难以抵挡。”盛彦师笑着说：“请允许我率领几千人截击他，一定能砍下他的头颅。”史万宝说：“您用什么计策能做到？”盛彦师说：“兵法崇尚诡诈，不能告诉您。”立即率领部众翻越熊耳山向南，占据要道，命令弓弩手在路边高处埋伏，持刀士兵埋伏在溪谷中，下令说：“等贼寇渡过一半时，同时发动攻击。”有人问：“听说李密想前往洛州，而您却进入山中，为什么呢？”盛彦师说：“李密声称前往洛州，实际上是想出其不意，逃往襄城，投靠张善相。如果贼寇进入谷口，我们从后面追击，山路险要狭窄，无法施展兵力，只要一个人在后面阻击，就不能制服他们。现在我们先进入谷中，一定能擒获他们。”
李密渡过陕州后，认为剩下的路程没什么可担心的，于是率领部众慢慢前进，果然翻越南山向东进发。盛彦师发动攻击，李密的部众首尾被切断，无法相互救援。最终李密和王伯当被斩杀，头颅都被送到长安。盛彦师因功被赐爵葛国公，仍兼任熊州总管。
李世积（徐世积）在黎阳，唐高祖派使者把李密的头颅给他看，告知他李密叛变的情况。李世积面向北方跪拜，放声痛哭，上奏请求收葬李密；唐高祖下诏归还李密的尸体。李世积为李密举办丧礼，完全按照君臣的礼仪。他安排了盛大的仪仗卫队，全军穿上白色丧服，把李密埋葬在黎阳山南。李密一向深得士兵之心，很多人为他痛哭，甚至哭到吐血。
隋朝右武卫大将军李景驻守北平，高开道包围北平，一年多都没能攻克。辽西太守邓暠率军救援，李景率领部众迁到柳城；后来准备返回幽州，在路上被盗贼杀死。高开道于是夺取北平，进而攻陷渔阳郡，拥有几千匹马，部众将近一万人，自称燕王，改年号为始兴，定都渔阳。
怀戎县的僧人高昙晟趁县令举办斋会、百姓大量聚集之机，和五千名僧人挟持参加斋会的人反叛，杀死县令和镇将，自称大乘皇帝，立尼姑静宣为邪输皇后，改年号为法轮。他派使者招降高开道，封高开道为齐王。高开道率领五千部众归附高昙晟，过了几个月，就袭击杀死高昙晟，吞并了他的全部部众。
有个犯了法但罪不至死的人，唐高祖特意下令处死他。监察御史李素立劝谏说：“法律是君主和天下人共同遵守的准则；法律一旦动摇，人们就会手足无措。陛下刚开创大业，怎能抛弃法律！臣身为执法官员，不敢执行您的诏令。”唐高祖听从了他的劝谏。从此，李素立特别受唐高祖的恩宠优待，唐高祖让有关部门授予他七品清贵重要的官职；有关部门提议任命他为雍州司户，唐高祖说：“这个官职重要但不清贵。”又提议任命他为秘书郎，唐高祖说：“这个官职清贵但不重要。”于是提拔他为侍御史。李素立是李义深的曾孙。
唐高祖任命舞师安叱奴为散骑侍郎。礼部尚书李纲劝谏说：“古代乐工不能和士人并列，即使像师旷（字子野）、师襄这样贤能的乐师，也都是终身乃至世代从事乐工职业，不改变行业。只有北齐末年，封曹妙达为王，封安马驹为开府，执政者都把这作为亡国的借鉴。现在天下刚平定，参与起义的功臣还没全部封赏，有高才大学问的人还隐居在民间；却先提拔舞师为五品官，让他佩戴宝玉、拖着印绶，在朝堂上行走，这不是为后代树立榜样的做法。”唐高祖不听，说：“我已经授予他官职，不能追回了。”
陈岳评论说：接受天命的君主，发布号令，要为子孙后代树立准则；一旦号令不合情理，就会成为祸端的开端。现在唐高祖说“已经授予他官职，不能追回”，如果授予官职是对的，那还好；如果授予官职是错的，为什么不能追回呢！君主治理国家，不能不把“已经授予就不追回”这句话作为警戒啊！
李轨的吏部尚书梁硕，有智慧谋略，李轨常依靠他作为主要谋士。梁硕看到各胡人部落逐渐强盛，暗中劝李轨应加强防备，因此和户部尚书安修仁产生矛盾。李轨的儿子李仲琰曾去拜见梁硕，梁硕对他不加礼遇，李仲琰于是和安修仁一起在李轨面前诬陷梁硕，说他谋反，李轨用毒酒杀死了梁硕。有个胡族巫师对李轨说：“上天会派玉女从天上降下来。”李轨相信了，征发百姓修筑高台等待玉女，耗费的人力物力非常多。黄河以西发生饥荒，出现人吃人现象，李轨拿出全部家产赈济灾民；但粮食还是不够，他想打开粮仓发放粮食，于是召集群臣商议。曹珍等人都说：“国家以百姓为根本，怎能吝惜粮仓里的粮食而坐视百姓饿死呢！”谢统师等人都是过去隋朝的官员，心中始终不服李轨，暗中和各胡人部落勾结，排挤李轨的旧部，于是辱骂曹珍说：“饥饿的百姓本来就是体弱无能的人，勇猛强壮的人绝不会到这种地步。国家粮仓里的粮食是用来防备意外的，怎能散发给体弱无能的人！仆射（曹珍）如果想讨好百姓，不为国家打算，就不是忠臣。”李轨认为谢统师说得对，从此士兵和百姓离心离德，心怀怨恨。