元兴二年癸卯年，也就是公元403年。
这年春天正月，卢循派司马徐道覆去攻打东阳。到了二月辛丑这天，建武将军刘裕打败了徐道覆，而徐道覆是卢循的姐夫。
乙卯这天，朝廷任命太尉桓玄为大将军。
丁巳这天，桓玄杀了冀州刺史孙无终。
桓玄上奏章请求率领各路军队平定关、洛地区，接着又暗示朝廷下诏书不同意，然后就说：“遵奉诏书所以停止行动。”桓玄起初想要整理行装，先命令制作轻便的船，用来装载服饰玩物、书法绘画。有人问他原因，桓玄说：“打仗凶险，万一有意外，应当让这些东西容易搬运。”大家都嘲笑他。
夏天四月癸巳初一，发生了日食。
南燕君主慕容备德过去的官吏赵融从长安来，他才得知母亲和哥哥的死讯，慕容备德痛哭得吐了血，因此卧病在床。
司隶校尉慕容达谋反，派牙门皇璯率领部众攻打端门，殿中帅侯赤眉打开城门接应他们。中黄门孙进搀扶着慕容备德翻墙逃出，藏在孙进的住处。段宏等人听说宫中有变故，率领军队驻守在四个城门。慕容备德回到宫中，诛杀了侯赤眉等人。慕容达出逃到北魏。
慕容备德优待迁徙来的百姓，让他们长期免除徭役。百姓因此互相包庇隐瞒，有的上百户合为一户，有的上千个壮丁共在一个户籍上，以此逃避赋税徭役。尚书韩讠卓请求加以核查，慕容备德听从了他的建议，派韩讠卓巡视各郡县，查出被隐瞒的户口五万八千户。
泰山的贼寇王始聚集了几万人，自称太平皇帝，设置了公卿等官职。南燕桂林王慕容镇讨伐并擒获了他。临刑的时候，有人问他的父亲和兄弟在哪里，王始说：“太上皇在外流亡，征东将军、征西将军被乱兵杀害。”他的妻子生气地说：“你正是因为这张嘴才获罪，怎么还这样说！”王始说：“皇后不知道，自古以来哪有不灭亡的国家！我就要死了，但国号永远不改！”
五月，后燕王熙修建龙腾苑，方圆十多里，服役的徒役有两万人。在苑内修筑景云山，地基宽五百步，山峰高十七丈。
秋天七月戊子这天，北魏君主拓跋珪到北方巡视，在豺山建造离宫。
平原太守和跋奢侈豪强，喜欢名声，拓跋珪厌恶他，杀了他，让他的弟弟和毗等人去和他诀别。和跋说：“北方土地贫瘠，可以迁到黄河以南，努力治理生计。”并且让他们背对着自己，说：“你们怎么忍心看着我死呢！”和毗等人明白了他的意思，假装成使者，逃到了后秦。拓跋珪发怒，诛灭了和跋的家族。中垒将军邓渊的堂弟尚书邓晖和和跋关系好，有人向拓跋珪诬陷说：“和毗出逃，实际上是邓晖送他走的。”拓跋珪怀疑邓渊知道他们的阴谋，赐邓渊死。
南凉王秃发傉檀和沮渠蒙逊互相出兵攻打吕隆，吕隆对此很担忧。后秦的谋臣对秦王姚兴说：“吕隆凭借先代的基业，在黄河以西独断专行，现在虽然饥饿困窘，还能自我支撑，如果将来物资丰富，最终不会归我们所有。凉州地势险要，土地肥沃，不如趁着他处境危急夺取它。”姚兴于是派使者征召吕超入朝侍奉。吕隆考虑到姑臧最终无法保全自己，就通过吕超请求归降后秦。姚兴派尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左王乞伏乾归、镇远将军赵曜率领步兵骑兵四万人到河西迎接吕隆，南凉王秃发傉檀撤出昌松、魏安两个戍所来避让他们。八月，齐难等人到达姑臧，吕隆乘着素车白马在路边迎接。吕隆劝说齐难攻打沮渠蒙逊，沮渠蒙逊派臧莫孩抵抗，打败了齐难的前军。齐难于是和沮渠蒙逊结盟，沮渠蒙逊派弟弟沮渠挐到后秦进贡。齐难让司马王尚代理凉州刺史，调配三千士兵镇守姑臧，任命将军阎松为仓松太守，郭将为番禾太守，分别戍守两个城池，把吕隆的宗族、僚属以及一万户百姓迁到长安，姚兴任命吕隆为散骑常侍，吕超为安定太守，其余的文武官员都根据才能提拔任用。
当初，郭霉常常说“取代吕氏的是王氏”，所以他起兵时，先推举王详，后来推举王乞基。等到吕隆向东迁徙，最终王尚取代了吕氏。郭霉跟随乞伏乾归投降后秦，又认为消灭后秦的是晋朝，于是就逃奔晋朝，后秦人追上并杀了他。
沮渠蒙逊的伯父中田护军沮渠亲信、临松太守沮渠孔笃，都骄横放纵，成为百姓的祸患。沮渠蒙逊说：“扰乱我的法令的，是这两个伯父。”逼迫他们自杀了。
后秦派使者梁构到张掖，沮渠蒙逊问：“秃发傉檀是公爵，而我是侯爵，为什么呢？”梁构说：“秃发傉檀凶恶狡猾，忠诚的心意还不明显，所以朝廷用高贵的爵位和虚假的名声笼络他。将军的忠诚可以像太阳一样光明，应当入朝辅佐皇室，怎么会用不诚信的态度对待你呢！圣朝的爵位一定和功劳相称，比如尹纬、姚晃，是辅佐帝王创业的大臣，齐难、徐洛，是一时的猛将，爵位都不过是侯伯，将军凭什么要在他们之前呢！过去窦融恳切地坚决辞让，不愿意位居旧臣之上，没想到将军忽然有这样的疑问！”沮渠蒙逊说：“朝廷为什么不就近封我张掖，却要远封西海呢？”梁构说：“张掖，将军已经自己占有了，之所以远远地授予你西海，是想扩大将军的封国啊。”沮渠蒙逊很高兴，就接受了任命。
荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄让桓修代替他。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟独自占据朝廷内外的要职，权势太重了。”桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
刘裕在永嘉打败卢循，追到晋安，多次打败他，卢循乘船向南逃走。
何无忌暗中到刘裕那里，劝刘裕在山阴起兵讨伐桓玄。刘裕和当地土豪孔靖商量，孔靖说：“山阴距离京都路途遥远，起兵难以成功；而且桓玄还没有篡位，不如等他篡位后，在京口图谋他。”刘裕听从了他的建议，孔靖是孔愉的孙子。
九月，北魏君主拓跋珪前往南平城，规划南方，将要修建新都。
侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军桓玄早点接受禅让，暗中撰写九锡文和册命。任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加授桓修抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子这天，册命桓玄为相国，总领百官，封给他十个郡，为楚王，加授九锡，楚国设置丞相以下的官职。
桓谦私下问彭城内史刘裕说：“楚王功勋德行盛大，朝廷的意思，都认为应当举行禅让，你认为怎么样？”刘裕说：“楚王是宣武公的儿子，功勋德行超过世人。晋朝皇室衰弱，百姓的期望早已转移，趁着运势禅让取代，有什么不可以的？”桓谦高兴地说：“你说可以就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的同党，听说桓伟死了，桓石康还没到任，就起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，赶跑了他。庾仄有部众七千人，设置祭坛，祭祀七庙，说要讨伐桓玄，江陵震动。桓石康到了荆州，发兵攻打襄阳，庾仄失败，逃到后秦。
高雅之上表南燕君主慕容备德，请求讨伐桓玄，说：“即使不能平定吴、会地区，也可以收复长江以北的土地。”中书侍郎韩范也上奏疏说：“现在晋朝皇室衰败混乱，长江、淮河南北地区，户口没多少，军队弱小。加上桓玄叛逆，上下离心离德。凭陛下的神威勇武，出动一万步兵骑兵进逼他们，他们一定会土崩瓦解，军队不用停留就能前进。夺取并占有那些地方，后秦、北魏都不值得对抗了。开拓疆土成就功业，正在今天。错过时机不夺取，要是他们的豪杰诛杀了桓玄，再修治德政，岂止是建康得不到，长江以北也没希望了。”慕容备德说：“我因为旧国灭亡，想要先平定中原，再扫荡荆、扬地区，所以没有向南征伐。还是让公卿们商议一下这件事吧。”于是在城西讲习武事，有步兵三十七万人，骑兵五万三千匹，战车一万七千辆。公卿们都认为桓玄刚刚得势，不能图谋，于是就停止了。
冬天十月，楚王桓玄上奏章请求回到封地，却让皇帝亲手写诏书坚决挽留他。他又谎称钱塘的临平湖开通了，江州降下了甘露，让百官聚集道贺，把这些当作自己接受天命的征兆。另外，因为前代都有隐士，他觉得自己所处的时代没有隐士是件羞耻的事，就找到西晋隐士安定人皇甫谧的第六世孙皇甫希之，供给他费用，让他隐居在山林里；接着征召皇甫希之做着作郎，又让他坚决推辞不接受，然后下诏书表彰礼遇他，称他为“高士”。当时的人都称皇甫希之为“充隐”（意思是冒充的隐士）。桓玄还想废除钱币，改用谷物、布帛交易，并且恢复肉刑，各种制度变更层出不穷，他的想法没个定准，改来改去，最终也没实行成。他本性又贪婪鄙陋，要是有人有好的书法、绘画作品以及好的宅院，他必定会通过赌博的方式把这些弄到手；他尤其喜爱珍珠宝玉，从来不离手。
乙卯这天，北魏君主拓跋珪立他的儿子拓跋嗣为齐王，加授相国之位；立拓跋绍为清河王，加授征南大将军；立拓跋熙为阳平王；立拓跋曜为河南王。
丁巳这天，北魏将军伊谓率领两万骑兵袭击高车残余部落袁纥、乌频；十一月庚午这天，把他们打得大败。
朝廷下诏让楚王桓玄使用天子的礼乐，他的妃子成为王后，世子成为太子。丁丑这天，卞范之写好了禅让的诏书，让临川王司马宝逼迫皇帝抄写。司马宝是司马曦的曾孙。庚辰这天，皇帝亲临前殿，派兼太保、领司徒王谧捧着玉玺绶带，把皇位禅让给楚国。壬午这天，皇帝搬出皇宫住在永安宫。癸未这天，把太庙的神主迁到琅邪国，穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居到司徒府。百官到姑孰劝桓玄登基。十二月庚寅初一，桓玄在九井山北修筑祭坛，壬辰这天，登上皇帝位。册文中有很多贬低晋朝皇室的话，有人劝他别这样，桓玄说：“禅让的文告，不过是讲给百姓听的，怎么能欺骗上天呢！”他宣布大赦，改年号为永始。把南康郡的平固县封给退位的皇帝，称平固王；把何皇后降为零陵县君；琅邪王司马德文降为石阳县公；武陵王司马遵降为彭泽县侯。追尊桓温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封儿子桓昺为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌这天，桓玄进入建康皇宫，登上皇帝宝座，可宝座突然塌陷，大臣们都吓得变了脸色。殷仲文说：“这是因为陛下的圣德太深厚，大地都承载不住了。”桓玄听了特别高兴。梁王司马珍之的属臣孔朴护送司马珍之逃到寿阳。司马珍之是司马曦的曾孙。
戊申这天，后燕王熙尊奉后燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏是王熙的养母。己酉这天，立苻贵嫔为皇后，宣布大赦。
辛亥这天，桓玄把退位的皇帝迁到寻阳。
后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；任命光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城。
癸丑这天，桓玄把桓温的神主送入太庙。他亲自到听讼观审查囚犯，无论罪行轻重，大多都被赦免释放；有拦着车马乞讨的人，他有时也会体恤施舍。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
这一年，北魏君主拓跋珪开始命令有关部门制作官员的冠服，按照官阶品级区分等级。但当时制度刚刚创立，很多都不遵循古代的规制。
元兴三年甲辰年，也就是公元404年。
春天正月，桓玄立他的妻子刘氏为皇后。刘氏是刘乔的曾孙女。桓玄因为他的祖父桓彝以上祖先的名位不够显赫，就不再追尊他们并建立祖庙。散骑常侍徐广说：“尊敬父亲，儿子就会高兴，请按照旧例建立七庙。”桓玄说：“按照礼仪，太祖的牌位面朝东，左边是昭，右边是穆。晋朝建立七庙，宣帝却不能处在正东的位置，有什么值得效仿的！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙祭祀真的连祖先都顾及不到，就可以知道楚国的国运不会长久了。”徐广是徐邈的弟弟。
桓玄自从登上帝位后，心里常常不安。二月己丑初一，夜里，涛水涌入石头城，淹死了很多人，喧哗声震天动地。桓玄听到后，害怕地说：“奴才们要造反了！”
桓玄性情苛刻琐碎，喜欢自夸。官员上奏事情，有时有一个字不规范，有时有一句话说错了，他必定会加以指责，以此显示自己聪明。尚书回答诏书时误把“春蒷”写成“春菟”，从左丞王纳之往下，凡是参与签署的官员，都被降职罢免。他有时亲手批注任免官吏，有时自己任用令史，诏令繁多杂乱，官员们忙着应付答复都来不及，而朝廷的法度却混乱不堪，奏章案卷堆积如山，他也不管。他又喜欢出游打猎，有时一天出去好几次。他迁居到东宫，又修缮宫殿，土木工程同时兴起，督促进度非常严厉，朝廷内外骚动不安，很多人都想作乱。
桓玄派使者加封益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩扣留了桓玄的使者，不接受他的任命。毛璩是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令众将戍守三巴地区来防备毛璩。毛璩向远近地区传布檄文，列举桓玄的罪状，派巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之打败了桓希等人，接着率领部众进军驻守白帝。
刘裕跟随徐、兖二州刺史，安成王桓修入朝。桓玄对王谧说：“刘裕的风度气质不一般，是个人中豪杰。”每次游乐聚会，桓玄必定殷勤地接待他，赏赐非常丰厚。桓玄的皇后刘氏，有智慧和洞察力，对桓玄说：“刘裕走路像龙，步伐像虎，神态不凡，恐怕最终不会屈居人下，不如早点除掉他。”桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没有谁可以任用；等平定了关、河地区，再另外商议这件事吧。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘是桓修的弟弟；刁逵是刁彝的儿子。
刘裕和何无忌同乘一条船回到京口，秘密谋划恢复晋朝皇室。刘迈的弟弟刘毅住在京口，也和何无忌谋划讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏势力强大，能对付得了吗？”刘毅说：“天下的事本来就有强有弱，如果行事不合道义，再强也会变弱，只担心找不到主持大事的人罢了。”何无忌说：“天下民间并非没有英雄。”刘毅说：“我所看到的只有刘下邳（指刘裕）。”何无忌笑着不说话，回去后把这事告诉了刘裕，于是和刘毅定下了计谋。
当初，太原人王元德和他的弟弟王仲德为苻氏起兵攻打后燕主慕容垂，没成功，逃奔到晋朝，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代确实不止一族，但现在起来反抗的人恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶是青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到他后很喜欢，对刘迈说：“在出身寒微的读书人中找到一个合适的尚书郎，你和他是同州人，难道不认识吗？”刘迈向来和孟昶关系不好，回答说：“我在京口时，没听说孟昶有什么特殊才能，只听说他们父子之间常常互相赠诗罢了。”桓玄笑了笑，就不再提这事了。孟昶听说后很恨刘迈，回到京口后，刘裕对孟昶说：“民间应当会有英雄崛起，你听说过吗？”孟昶说：“如今的英雄还能有谁，正是你啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守陇西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，一起合谋起兵。刘道规是桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到江北和刘道规、孟昶会合，一起杀掉桓弘，占据广陵；诸葛长民是刁逵的参军，派诸葛长民杀掉刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之在健康，让他们聚集部众攻打桓玄作为内应；约定时间一起行动。
孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，害得我一生都要沉沦，我决定要起兵反抗。你最好早点和我断绝关系，要是将来我得了富贵，再迎接你回来也不晚。”周氏说：“你父母还在世，想要谋划这样非同寻常的大事，哪里是我一个妇人能劝得了的！就算事情没成，我也会在官府里侍奉公婆，从道义上讲，我没有离开你的道理。”孟昶惆怅了很久才起身。周氏追上他让他坐下，说：“看你的举动，不是要和我商量什么，不过是想要财物罢了。”接着指着怀里的孩子给他看，说：“就算是卖了这个孩子，我也不会吝惜。”于是把家里的钱财都拿出来给了孟昶。孟昶弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏骗她说：“昨天夜里做了个很不吉利的梦，家里红色的东西应该都拿出来镇邪。”堂妹信了她的话，把红色物品都给了她，周氏就把这些东西全都缝成了军士的战袍。
何无忌夜里在屏风后起草檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上梯子偷偷看他，哭着说：“我比不上东海的吕母，这是很明显的了。你能有这样的举动，我还有什么遗憾的！”她问和何无忌一起谋划的人是谁，何无忌说：“是刘裕。”他母亲更高兴了，还给他讲桓玄必定失败、起兵必定成功的道理来鼓励他。
乙卯这天，刘裕借口打猎，和何无忌召集了一百多个同伙。丙辰这天一早，京口城门打开，何无忌穿着传诏官的衣服，谎称是皇帝的使者，走在前面，同伙们跟着一起进城，立刻斩杀了桓修并示众。桓修的司马刁弘率领文武官员赶来，刘裕登上城墙对他们说：“郭江州已经在寻阳侍奉皇帝复位了，我们都接到秘密诏书，要诛杀叛逆党羽，现在逆贼桓玄的头应该已经挂在大航了。各位难道不是大晋的臣子吗？现在过来想做什么？”刁弘等人相信了，就收兵退走了。
刘裕问何无忌：“现在急需一个府主簿，从哪里能找到呢？”何无忌说：“没人比刘道民更合适。”刘道民就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。”立刻派人骑马去召见他。当时刘穆之听到京口有喧哗声，一早就出门到路口，正好和使者遇上。刘穆之盯着使者看了很久没说话，接着回到屋里，把粗布衣服改成裤子，就去见刘裕了。刘裕说：“我们刚举起大义的旗帜，正处在艰难的时候，急需一个军吏，你觉得谁能胜任？”刘穆之说：“您的府署刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。”刘裕笑着说：“你能屈就，我的大事就成了。”当即就任命他为主簿。
孟昶劝说桓弘当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门让猎人们出去；孟昶和刘毅、刘道规率领几十个壮士直接冲进去，桓弘正在喝粥，立刻就被斩杀了。他们趁机召集部众渡过长江。刘裕派刘毅诛杀了刁弘。
在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康报告刘迈，刘迈虽然答应了，但心里很害怕。周安穆担心事情泄露，就骑马回去了。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想赶紧去郡里上任。当天夜里，桓玄给刘迈写信说：“北府那边的人心怎么样？你最近见了刘裕，他说了些什么？”刘迈以为桓玄已经知道了他们的谋划，一早就去告诉了桓玄。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈没抓住周安穆，让他跑了，就杀了刘迈，还把王元德、辛扈兴、童厚之等人全都杀了。
大家推举刘裕为盟主，总管徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城来应募的人，刘裕都让郡主簿刘钟统领。丁巳这天，刘裕率领徐、兖二州的一千七百人马，在竹里驻军，向远近地区发布檄文，声称益州刺史毛璩已经平定了荆楚地区，江州刺史郭昶之在寻阳侍奉皇帝复位，镇北参军王元德等人都率领部众占据了石头城，扬武将军诸葛长尼已经占据了历阳。
桓玄把住处迁回皇宫，召集侍从官员都住进官署里；加封扬州刺史新安王桓谦为征讨都督，让殷仲文代替桓修做徐、兖二州刺史。桓谦等人请求赶紧派兵攻打刘裕，桓玄说：“他们的士兵很精锐，抱着必死的决心，如果有什么失误，他们的士气就会高涨而我的大事就完了；不如把大军屯在覆舟山等着他们。他们空跑二百里路，什么也得不到，锐气已经受挫，突然见到大军，必定会惊慌失措；我们按兵不动列好阵势，不和他们交锋，他们求战不成，自然就会溃散退走，这是最好的计策。”桓谦等人坚持请求攻打，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷先后北上。桓玄心里特别担忧害怕。有人说：“刘裕等人是乌合之众，势力弱小，肯定成不了事，陛下何必这么担心！”桓玄说：“刘裕算得上是一代枭雄，刘毅家里连一石粮食的储备都没有，却敢在赌博时一掷百万，何无忌很像他的舅舅刘牢之；他们一起举事，怎么能说成不了事呢！”
南凉王秃发傉檀害怕后秦强大，就去掉年号，撤销尚书丞郎等官职，派参军关尚出使后秦。秦王姚兴说：“车骑将军（指秃发傉檀）向我称臣进贡，却擅自兴兵建造大城，这难道是做臣子的道理吗？”关尚说：“王公设置险阻来守卫自己的国家，这是先王的制度。车骑将军地处偏远的藩国，靠近强大的敌人，这都是为国家加强边防，没想到陛下竟然会嫌弃。”姚兴觉得他说得对。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没答应。
当初，袁真杀了朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃投奔了桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰就打开袁真的棺材，鞭尸泄愤。桓温发怒，要杀朱绰，桓冲求情才免了他的死罪。朱绰像对待父亲一样侍奉桓冲，桓冲去世后，朱绰吐血而死。刘裕攻克京口后，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。三月戊午初一，刘裕的军队和吴甫之在江乘相遇。即将交战时，朱龄石对刘裕说：“我家世代受桓氏的厚恩，不想和他们刀兵相向，请求让我在军队后面。”刘裕认为他有义气，就答应了。吴甫之是桓玄的猛将，他的士兵很精锐。刘裕手持长刀，大喊着冲过去，敌军纷纷溃败，当即斩杀了吴甫之，进军到罗落桥。皇甫敷率领几千人迎战，宁远将军檀凭之战败身亡。刘裕作战更加勇猛，皇甫敷把他包围了好几层，刘裕靠着大树顽强抵抗。皇甫敷说：“你想怎么死！”拔出戟就要刺他，刘裕瞪着眼睛呵斥他，皇甫敷吓得后退。刘裕的同伙很快赶到，射中了皇甫敷的额头，他倒下了，刘裕拔刀冲上去。皇甫敷说：“你有天命，我把子孙托付给你。”刘裕斩杀了他，还优厚地安抚了他的家人。刘裕把檀凭之率领的士兵交给参军檀祗统领。檀祗是檀凭之的侄子。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，但逃跑的念头已经定了，暗中派领军将军殷仲文在石头城准备船只；听说桓谦等人战败，就率领几千亲信，声称要去参战，接着带着儿子桓昺、侄子桓浚逃出南掖门。遇到前相国参军胡藩，胡藩拉住马缰绳劝谏说：“现在羽林射手还有八百人，都是愿意作战的，西边来的人受了桓家几代的恩惠，不驱使他们打一仗，一旦放弃这里，想去哪里安身呢！”桓玄不回答，只是举起马鞭指着天，接着打马快跑，向西直奔石头城，和殷仲文等人坐船向南逃走。一整天没吃东西，身边的人献上粗米饭，桓玄咽不下去，桓昺抱着他的胸口安抚他，桓玄悲痛得受不了。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接他，刘裕在马上抱着王方回，和王仲德相对而哭。他追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕住在桓谦过去的军营里，派刘钟占据东府。庚申日，刘裕屯驻在石头城，设立留守朝廷的百官，在宣阳门外焚烧了桓温的神主牌位，又制作了晋朝新的神主，送入太庙。他派遣众将领追击桓玄，尚书王嘏率领百官迎接皇帝的车驾，诛杀了留在建康的桓玄宗族。刘裕派臧熹进入皇宫，收集图书、器物，封闭府库；看到有镶金的乐器，刘裕问臧熹：“你难道不想要这些吗？”臧熹神色严肃地说：“皇上被囚禁逼迫，流亡在外，将军带头发起大义，为王室操劳，我虽然没什么才能，也实在对这些乐器没兴趣。”刘裕笑着说：“我只是跟你开个玩笑罢了。”臧熹是臧焘的弟弟。
壬戌日，桓玄的司徒王谧和众人商议推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事，王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康时，各种重大事务的处理都交给刘穆之，在仓促之间做出的安排，没有不符合大家心意的。刘裕于是把他当作心腹，行动举止都向他咨询；刘穆之也尽心竭力，毫无隐瞒。当时晋朝的政令宽松废弛，法纪不立，豪门大族放纵妄为，百姓穷困窘迫，再加上司马元显政令错乱。桓玄虽然想整顿，但法令条文繁多细密，大家都不遵从。刘穆之根据当时的情况酌情处理，随时矫正；刘裕以身作则，先用威严的禁令约束大家；朝廷内外的百官都严肃认真地履行职责，不到十天，风气就有了很大改变。
当初，诸葛长民到了豫州，错过了约定的时间，没能发动起事。刁逵抓住了诸葛长民，用囚车把他送给桓玄。到了当利时，桓玄战败，押送的人一起砸破囚车放出诸葛长民，他返回直奔历阳。刁逵放弃城池逃跑，被他的部下抓住，在石头城被斩首，他的子侄无论老少都被处死，只赦免了他的小弟给事中刁骋。刁逵过去的属吏藏起他的侄子刁雍，送到洛阳，秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，诸葛长民为宣城内史。
以前，刘裕名声低微，地位低下，为人轻薄狡诈，没有品行，世家大族都不和他来往，只有王谧特别看重他，对刘裕说：“你会成为一代英雄。”刘裕曾经和刁逵赌博，没能及时交钱，刁逵把他绑在马桩上。王谧看到后，责备刁逵并释放了刘裕，还替他还清了钱。因此刘裕非常怨恨刁逵而感激王谧。
萧方等评论说：蛟龙潜伏的时候，鱼虾也会轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝赦免梁鹄，怎么能因为平民时的嫌隙而造成帝王时的仇怨呢！如今王谧位居三公，刁逵却家族灭亡，酬谢恩德、报复仇怨，心胸多么狭隘啊！
尚书左仆射王愉和他的儿子荆州刺史王绥谋划袭击刘裕，事情泄露，被灭族，王绥的侄子王慧龙被僧彬藏起来，得以幸免。
北魏因为中原地区经济萧条，下诏撤销户数不满一百的县。
丁卯日，刘裕迁到东府镇守。
桓玄到了寻阳，郭昶之给他提供器具物资和兵力。辛未日，桓玄逼迫皇帝向西进发，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击他。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之镇守湓口。桓玄在路上自己撰写《起居注》，叙述讨伐刘裕的事情，自认为谋划策略没有一点失误，是各路军队违反了调度，才导致失败。他一心专注于着述，没时间和部下商议时事。《起居注》写成后，向远近各处宣扬展示。
丙戌日，刘裕声称接受了皇帝的秘密诏书，让武陵王司马遵按照皇帝旨意总领百官行事，加封侍中、大将军，于是宣布大赦，只有桓玄一族不被宽恕。
刘敬宣、高雅之联合青州的大族和鲜卑的豪强首领，谋划杀害南燕主慕容备德，推举司马休之为主。慕容备德任命刘轨为司空，非常宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体衰，有安定齐地的心愿，不能告诉他。”高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有听从。谋划渐渐泄露，刘敬宣等人向南逃走，南燕人抓住刘轨，杀了他，追上高雅之，也杀了他。刘敬宣、司马休之到了淮水、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归顺，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，命令北地王慕容钟等人领兵准备夺取江南地区，恰逢慕容备德生病而停止。
夏季四月己丑日，武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有礼；任免百官的文书称为制书，教化百姓的文书称为令书。任命司马休之监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、领荆州刺史。
庚寅日，桓玄挟持皇帝到了江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新安排设置百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败奔逃之后，担心威严命令不能施行，于是更加严酷地加重刑罚，众人心里更加离散怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“现在因为众将领违反军纪，天象不利，所以才回到旧楚的都城；而这些小人却纷纷乱乱，妄自提出不同意见！正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽容的政策。”荆、江各郡听说桓玄流亡，有上奏表问候起居的，桓玄都不接受，反而命令当地官员祝贺迁都新址。
当初，王谧是桓玄辅佐称帝的重要大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解开皇帝的玉玺绶带；等到桓玄战败，众人认为王谧应该被诛杀，刘裕却特意保全了他。刘毅曾经在朝会时，问王谧玉玺绶带在哪里。王谧心里不安，逃到曲阿。刘裕写信报告武陵王，迎接他回来恢复职位。
桓玄哥哥的儿子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起打败了他们，在练固斩杀了杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人到何澹之等人那里一起镇守湓口。何无忌、刘道规到了桑落洲，庚戌日，何澹之等人带领水军迎战。何澹之平时乘坐的船装饰着羽毛仪仗和旗帜，非常显眼，何无忌说：“贼寇首领一定不在这艘船上，是想欺骗我们罢了，应该赶快攻打它。”众人说：“何澹之不在里面，攻下它也没什么好处。”何无忌说：“现在我们兵力少，敌人兵力多，作战不可能完全胜利，何澹之既然不在这艘船上，船上的战士一定薄弱，我们用精锐部队攻打，一定能攻下；攻下它，那么他们的气势就会受挫，而我们的士气会倍增，趁机逼近他们，一定能打败贼寇。”刘道规说：“好！”于是前去攻打并攻下了这艘船，接着传呼说：“已经抓住何澹之了”。何澹之的军队惊慌混乱。何无忌的部下也认为真的抓住了何澹之，乘胜进攻何澹之等人，把他们打得大败。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派遣使者护送宗庙的神主牌位返回京城。朝廷加封刘裕都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡藩乘坐的船被官军烧毁，胡藩穿着全套铠甲跳入水中，潜水游了三十多步，才得以登上岸。当时去江陵的路已经断绝，他就回到豫章。刘裕一向听说胡藩为人忠诚正直，邀请他参与领军军事。
桓玄收罗荆州的兵力，不到三十天，就有了两万人马，楼船、器械都很精良充足。甲寅日，桓玄又率领各路军队挟持皇帝向东进军，任命苻宏领梁州刺史，作为前锋；又派散骑常侍徐放先去劝降，对刘裕等人说：“如果能撤回军队，解散武装，会给你们重新开始的机会，各自授予官职，让你们不会失去应有的名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀害社仑，没成功，逃奔北魏。
后燕王熙在龙腾苑修建逍遥宫，有几百间相连的房屋，还开凿了曲光海。盛夏时节，士兵得不到休息，中暑而死的超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月癸酉日，和桓玄在峥嵘洲相遇。刘毅等人的兵力不到一万人，而桓玄的士兵有几万人，大家都很害怕，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势不同，现在如果畏缩不前，必定会被对方趁机攻击，就算到了寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然盗用了雄豪的名声，内心其实很胆怯；加上他已经战败奔逃过，部众没有坚定的斗志。在战场上决战，勇猛的一方能取胜，不在于人多。”于是指挥部众率先前进。刘毅等人跟着他一起进军。桓玄常常在船边系上小船，以防失败时逃跑，因此部众都没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的部众大败，他烧毁辎重，连夜逃跑。郭铨到刘毅那里投降。桓玄过去的将领刘统、冯稚等人聚集四百多党羽，袭破了寻阳城。刘毅派建威将军刘怀肃讨伐平定了他们。刘怀肃是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持皇帝乘一艘船向西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵。殷仲文当时在桓玄的船上，请求出去到别的船上收集逃散的士兵，趁机背叛了桓玄，侍奉两位皇后逃往夏口，随后返回建康。
己卯日，桓玄和皇帝进入江陵。冯该劝他再向下游作战，桓玄不听，想逃到汉中投靠桓希，但人心涣散，命令无法施行。庚辰日夜里，桓玄安排好准备出发，城内已经大乱，他就和一百多个亲近心腹骑马从城西逃走。到城门时，身边的人在暗处砍他，没砍中，他的部下互相残杀，尸体横七竖八。桓玄勉强到了船上，身边的人都散开了，只有卞范之在身边。
辛巳日，荆州别驾王康产侍奉皇帝进入南郡府舍，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄准备去汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之和参军费恬率领几百人，送毛璠的灵柩回江陵。壬午日，在枚回洲遇上桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭下如雨，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体遮挡桓玄，都死了。益州督护汉嘉人冯迁拔刀上前要杀桓玄，桓玄拔下头上的玉导给他，说：“你是什么人，敢杀天子！”冯迁说：“我杀的是天子的叛贼！”于是斩杀了桓玄，又杀了桓石康、桓浚、庾赜之，抓住桓昺送到江陵，在街市上斩首。皇帝在江陵恢复帝位，任命毛修之为骁骑将军。甲申日，宣布大赦，那些因畏惧逼迫而跟随叛逆的人一概不追究。戊寅日，把神主送进太庙。刘毅等人传送桓玄的首级，挂在大桁上示众。
刘毅等人打了胜仗后，认为大事已定，不急于追击，又遇上大风，船只不能前进，桓玄死了将近十天，各路军队还没到。当时桓谦藏在沮中，扬武将军桓振藏在华容浦，桓玄过去的将领王稚徽戍守巴陵，派人报告桓振说“桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克了寻阳，刘毅等人的军队都在中途败退了”。桓振大喜，聚集党羽二百人，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应他。闰月己丑日，又攻陷江陵，杀了王康产、王腾之。桓振在行宫见到皇帝，跃马挥戈，一直冲到台阶下，问桓昺在哪里。听说桓昺已经死了，瞪着眼睛对皇帝说：“我们家族哪里对不起国家，却被这样屠杀灭族！”琅邪王司马德文走下座位对他说：“这难道是我们兄弟的意思吗！”桓振想杀皇帝，桓谦苦苦劝阻，他才下马，表情严肃地行礼后出去。壬辰日，桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，谥号为武悼皇帝。
癸巳日，桓谦等人率领群臣向皇帝献上玉玺绶带，说：“主上效法尧禅让给舜，如今楚国国运不长，百姓的心又回归晋朝了。”任命琅邪王司马德文领徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，桓谦恢复为侍中、卫将军，加授江、豫二州刺史，皇帝身边的侍从，都是桓振的心腹。
桓振年轻时品行不端，桓玄不把他当侄子看待。到这时，他感叹说：“叔父过去不早点任用我，才导致这样的失败。如果叔父还在，我做前锋，平定天下不在话下。现在独自做这些事，能有什么归宿呢？”于是放纵地沉迷酒色，肆意杀人。桓谦劝桓振领兵向下游作战，自己驻守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的话。
刘毅到了巴陵，诛杀了王稚徽。何无忌、刘道规在马头进攻桓谦，在龙泉进攻桓蔚，都打败了他们。桓蔚是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直逼江陵，刘道规说：“兵法讲究有进有退，不能冒进。桓氏几代住在西楚，部下都为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以和他争胜。暂且可以休整军队，养精蓄锐，慢慢用计策牵制他，不愁不能攻克。”何无忌不听。桓振在灵溪迎战，冯该领兵与他会合，何无忌等人大败，死了一千多人。退回寻阳，和刘毅等人上奏章请罪。刘裕因为刘毅统领各路军队，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄死了，从白帝进军，到了枝江，听说何无忌等人在灵溪战败，也领兵退回。不久，罗述、甄季之都病了，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，桓振杀了他。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收集他剩余的部众，据守涪陵。
六月，毛璩派将领攻打汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季七月戊申日，永安皇后何氏去世。
后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪死后，后燕王熙把王荣绑在公车门，肢解后焚烧了他。
八月癸酉日，把穆章皇后葬在永平陵。
北魏设置六谒官，仿照古代的六卿。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族于是灭亡。刁氏一向富裕，家奴门客横行霸道，独占山林湖泽，是京口的祸患。刘裕分散他们的资产积蓄，让百姓根据自己的力量去拿，一整天都没拿完。当时州郡闹饥荒，百姓依靠这些得以救济。
乞伏乾归和杨盛在竹岭交战，被杨盛打败。
西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏君主拓跋珪亲临昭阳殿，改任和补充百官，召集朝廷的文武官员，亲自选拔，根据才能授予官职。爵位分为四等：王封大郡，公封小郡，侯封大县，伯封小县。那些官阶第一到第四的，过去有功劳却没有爵位的，追封爵位；宗室中关系疏远的以及异姓袭封爵位的，降爵不等。又设置五等散官，官阶从第五到第九；文官中才能出众的、武官中能当将帅的，官阶也比照第五到第九；百官有缺额，就从这些人中选取补充。官名大多不用汉、魏的旧称，仿照上古的龙官、鸟官，称各部门的使者为凫鸭，取它们飞行迅速的意思；称侦察的候官为白鹭，取它们伸长脖子远望的意思；其他的官名也类似这样。
卢循侵犯南海，攻打番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守了一百多天。冬季十月壬戌日，卢循在夜里袭击城池，攻陷了番禺，烧毁了官府房舍和百姓房屋，抓住了吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务。聚集烧剩的尸骨合葬在洲上，有三万多具骷髅。又派徐道覆攻打始兴，抓住了始兴相阮腆之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳，聚集粮食，修缮船只，从未没有防备，所以何无忌等人虽然败退，依靠他得以重新振作。桓玄哥哥的儿子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章，刘敬宣打败了他。
刘毅、何无忌、刘道规又从寻阳向西进军，到了夏口。桓振派镇东将军冯该防守东岸，扬武将军孟山图据守鲁山城，辅国将军桓仙客防守偃月垒，部众合计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌扼守中游，从辰时到午时，两座城都被攻破，活捉了孟山图、桓仙客，冯该逃到石城。
辛巳日，北魏大赦，改年号为天赐。修建西宫。十一月，北魏君主拓跋珪前往西宫，命令宗室设置宗师，八国设置大师、小师，州郡也各自设置师，用来辨别宗族乡党，推荐有才能德行的人，如同魏晋时期中正官的职责。
后燕王熙和苻后出游打猎，向北登上白鹿山，向东越过青岭，向南来到沧海才返回，士兵被虎狼咬死和冻死的有五千多人。
十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅号令严明，所经过的地方百姓安定喜悦。刘裕又任命刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，屯驻西陵；文处茂打败了他，桓放之逃回江陵。
高句丽侵犯后燕。
戊辰日，北魏君主拓跋珪前往豺山宫。
这一年，晋朝百姓为了躲避战乱，背着孩子逃往淮北的人在路上接连不断。