隆安三年己亥年，也就是公元339年。
这年春天正月，辛酉日，朝廷宣布大赦。
戊辰日，燕国的昌黎尹留忠谋反，被诛杀了。这件事还牵连到尚书令东阳公慕容根、尚书段成，他们都因此被处死。朝廷派中卫将军卫双到凡城，杀了留忠的弟弟——幽州刺史留志。之后任命卫将军平原公慕容元为司徒、尚书令。
庚午日，北魏君主拓跋珪去北方巡视，他命令大将军常山王拓跋遵等人率领三支军队从东路的长川出发，镇北将军高凉王拓跋乐真等人率领七支军队从西路的牛川出发，自己则带领大军从中路的駮髯水出发，去袭击高车部落。
壬午日，燕国的右将军张真、城门校尉和翰因为谋反被处死。
癸未日，燕国大赦，改年号为长乐。燕国君主慕容盛每隔十天就亲自审理案件，不搞拷打逼供那一套，反而常常能弄清案情真相。
武威王秃发乌孤把都城迁到了乐都，安排他的弟弟西平公秃发利鹿孤镇守安夷，广武公秃发傉檀镇守西平，叔父秃发素渥镇守湟河，若留镇守浇河，堂弟秃发替引镇守岭南，洛回镇守廉川。对于当地各族有才能的人，他都按照能力安排职位，有的在朝廷里担任要职，有的去地方管理郡县，安排得都挺合适。
秃发乌孤对大臣们说：“陇右、河西地区，原本也就几个郡那么大，因为战乱分裂成十几个国家，其中吕氏、乞伏氏、段氏这三家最强。现在我想攻打他们，应该先打哪一个呢？”杨统说：“乞伏氏本来是我们的部落，最终会服从我们的。段氏就是些读书人，成不了大威胁，而且他们和我们交好，攻打他们不合道义。吕光年纪大了精力不行，他的继承人又软弱，吕纂、吕弘虽然有才能，却互相猜忌。如果让浩亹、廉川的军队趁他们空虚轮流出击，他们肯定得疲于奔命，不出两年，他们兵力劳累、百姓困苦，到时候姑臧就能拿下来了。姑臧一到手，另外两个敌人不用打也会服软。”秃发乌孤说：“好主意。”
二月初一，北魏军队大败高车二十多个部落，俘虏了七万多人，缴获三十多万匹马，一百四十多万头牛羊。卫王拓跋仪另外率领三万骑兵穿越沙漠一千多里，打败了高车七个部落，俘虏两万多人，缴获五万多匹马，两万多头牛羊。高车各部落都吓坏了。
林邑王范达攻占了日南、九真，接着又侵犯交趾，太守杜瑗把他打败了。
庚戌日，北魏的征虏将军庾岳在勃海打败了张超，把他杀了。
段业登上凉王王位，改年号为天玺。任命沮渠蒙逊为尚书左丞，梁中庸为右丞。
北魏君主拓跋珪在牛川南边举行大规模狩猎，让高车人围成一个圈，周长七百多里。他驱赶圈里的禽兽，向南赶到平城，让高车人修建鹿苑，鹿苑占地几十里。三月己未日，拓跋珪回到平城。
甲子日，拓跋珪把尚书省的三十六曹和外面的官署，总共设置成三百六十曹，让八部大夫来管理。吏部尚书崔宏统管这三十六曹，职责就像尚书令、仆射统领事务一样。还设置了五经博士，把国子太学的学生名额增加到三千人。
拓跋珪问博士李先：“天下什么东西最好，能让人增长智慧？”李先回答：“没有比书籍更好的了。”拓跋珪说：“书籍一共有多少，怎么才能收集起来？”李先回答：“自从有文字以来，书籍一代代增多，到现在已经数不过来了。如果君主喜欢，还怕收集不到吗！”拓跋珪听从了他的建议，命令各郡县大规模搜寻书籍，全都送到平城。
当初，秦王苻登的弟弟苻广率领三千人投靠南燕王慕容德，慕容德任命他为冠军将军，让他驻守在乞活堡。正好赶上火星停留在东井星宿的位置，有人说秦国要复兴了，苻广就自称秦王，攻打南燕的北地王慕容钟，还把慕容钟打败了。当时，滑台势单力薄，辖地不到十个城，士兵也不过一万人，慕容钟战败后，很多原来归附慕容德的人都离开他去投靠苻广了。慕容德只好留下鲁阳王慕容和守卫滑台，自己率领军队讨伐苻广，把他杀了。
燕国君主慕容宝到黎阳的时候，鲁阳王慕容和的长史李辨劝慕容和接纳他，慕容和不听。李辨心里害怕，就偷偷引来晋军到管城，想趁慕容德出战的时候作乱。可后来慕容德没出战，李辨心里更不安了。等到慕容德去讨伐苻广，李辨又劝慕容和反叛，慕容和还是不听，李辨就杀了慕容和，献出滑台投降了北魏。北魏的行台尚书和跋在邺城，率领轻骑兵从邺城赶到滑台。到了之后，李辨后悔了，关起城门抵抗。和跋派尚书郎邓晖去劝说，李辨才打开城门让和跋进来，和跋把慕容德的宫女和府库财物全都收走了。慕容德派兵攻打和跋，和跋迎战，打败了慕容德的军队，还打败了慕容德的将领桂阳王慕容镇，俘虏了一千多人。陈、颍一带的百姓大多归附了北魏。
南燕的右卫将军慕容云杀了李辨，率领将士的家属两万多人从滑台出发投奔慕容德。慕容德想攻打滑台，韩范说：“之前是北魏来犯，我们是主人；现在我们成了客方，北魏是主人。大家心里都很害怕，不能再打了，不如先占据一个地方，建立自己的根基，再谋划进攻。”张华说：“彭城是楚国的旧都，可以攻打下来据守。”北地王慕容钟等人都劝慕容德攻打滑台。尚书潘聪说：“滑台是个四通八达的地方，北边有北魏，南边有晋朝，西边有秦国，在那儿待着没有一天能安稳。彭城土地空旷、人口稀少，地势平坦没有险要可守，而且是晋朝的旧镇，不容易打下来。再说它靠近江、淮，夏秋季节多水，坐船打仗是吴国的长处，却是我们的短处。青州有两千里肥沃的土地，十几万精兵，左边有大海的富饶资源，右边有山河作为屏障，广固城是曹嶷修建的，地势险要，足够作为帝王的都城。三齐地区的有才能的人，早就想找个贤明的君主建功立业了。辟闾浑以前是燕国的臣子，现在应该先派能说会道的人去劝说他，再派大军跟在后面，如果他不服，收拾他就像捡根草一样容易。拿下青州之后，关上城门休整军队，等待时机再行动，这就是陛下的关中、河内啊。”慕容德犹豫不决。有个叫竺朗的和尚平时擅长占卜，慕容德派牙门苏抚去问他，竺朗说：“我看了这三个计策，潘尚书的建议是能让国家兴盛的话。而且今年年初，彗星出现在奎、娄星宿，扫过虚、危星宿；彗星是除旧布新的象征，奎、娄代表鲁地，虚、危代表齐地。应该先夺取兖州，安抚琅邪，到秋天再向北攻占齐地，这是天意啊。”苏抚又偷偷问他燕国的国运，竺朗用《周易》占卜后说：“燕国在庚戌年衰落，寿命是十二年，传位到儿子那一代。”苏抚回去报告慕容德，慕容德就率领军队向南进发，兖州北部边境的各郡县都投降了他。慕容德设置地方官安抚百姓，禁止士兵抢掠，百姓都很高兴，路上到处都是给军队送牛和酒的人。
丙子日，北魏君主拓跋珪派建义将军庾真、越骑校尉奚斤攻打库狄、宥连、侯莫陈三个部落，把它们都打败了，一直追到大峨谷，设置据点后才返回。
己卯日，朝廷追尊皇帝的亲生母亲陈夫人为德皇太后。
夏天四月，鲜卑叠掘部落的河内率领五千户人家向西秦投降。西秦王乞伏乾归任命河内为叠掘都统，还把宗室的女儿嫁给了他。
甲午日，燕国宣布大赦。
会稽王司马道子生病了，而且天天都喝得大醉。他的世子司马元显知道司马道子已经失去了朝廷上下的支持，就暗示朝廷解除司马道子的司徒、扬州刺史职务。乙未日，朝廷任命司马元显为扬州刺史。司马道子酒醒后才知道这件事，气得不行，却也没办法。司马元显把庐江太守会稽人张法顺当成主要谋士，拉了很多自己的亲信党羽，朝廷里的权贵都怕他，不敢得罪。
燕国的散骑常侍馀超、左将军高和等人因为谋反被处死。
后凉太子吕绍、太原公吕纂率领军队讨伐北凉，北凉王段业向武威王秃发乌孤求救，秃发乌孤派骠骑大将军秃发利鹿孤和杨轨前去救援。段业准备出战，沮渠蒙逊劝谏说：“杨轨倚仗鲜卑人的强大，有觊觎我们的心思；吕绍、吕纂深入我们领土，已经把士兵置于必死之地，这时候不能和他们对抗。现在不出战就能像泰山一样安稳，出战则会像累卵一样危险。”段业听从了他的建议，按兵不动。吕绍、吕纂只好带兵回去了。
六月，秃发乌孤任命秃发利鹿孤为凉州牧，镇守西平，召车骑大将军秃发傉檀入朝处理府中事务。
会稽王世子司马元显觉得自己年纪小，不想一下子担任重任。戊子日，朝廷任命琅邪王司马德文为司徒。
北魏前河间太守范阳人卢溥率领他的几千家部众到渔阳谋生，趁机占据了几个郡。秋季七月己未日，燕国君主慕容盛派使者任命卢溥为幽州刺史。
辛酉日，慕容盛下诏说：“按法律规定，公侯犯罪可以用金帛赎罪，这既不能惩戒恶人，又只是让王府获利，实在没意义。从现在起，犯罪的公侯都要立功赎罪，不许再用金帛赎罪。”
西秦丞相南川宣公出连乞都去世。
后秦齐公姚崇、镇东将军杨佛嵩侵犯洛阳，河南太守陇西人辛恭靖环城固守。雍州刺史杨佺期派使者向北魏常山王拓跋遵求救，北魏君主拓跋珪派散骑侍郎西河人张济担任拓跋遵的从事中郎，去回复杨佺期。杨佺期问张济：“北魏讨伐中山时，有多少士兵？”张济说：“四十多万。”杨佺期说：“凭北魏的实力，对付小小的羌人不在话下。况且晋和魏原本是一家，现在既然结好，按理说没什么可隐瞒的。我们这里兵弱粮少，救援洛阳只能靠魏了。如果能保住洛阳，一定有厚报；要是守不住，与其让羌人得到，不如让魏得到。”张济回去汇报后，八月，拓跋珪派太尉穆崇率领六万骑兵前去救援。
燕国辽西太守李朗在郡里任职十年，威势遍布境内，怕慕容盛猜忌他，多次被征召都不去。因为家人在龙城，他没敢公开反叛，暗中召来魏军，答应把辽西郡献给北魏；又派使者快马赶到龙城，夸大敌军来犯的形势。慕容盛说：“这肯定是欺诈。”召来使者盘问，果然没有实情。慕容盛把李朗的家族全部处死，丁酉日，派辅国将军李旱讨伐他。
当初，北魏奋武将军张衮凭着才能谋略被拓跋珪信任看重，当作心腹。拓跋珪向张衮询问中原的士人，张衮推荐了卢溥和崔逞，拓跋珪都任用了他们。
拓跋珪围攻中山，久攻不下，军粮短缺，向大臣们问计。当时崔逞任御史中丞，回答说：“桑椹可以当粮食。飞鸮吃了桑椹叫声都会变，这是诗人写过的。”拓跋珪虽然采纳了他的建议，允许百姓用桑椹抵租，但觉得崔逞在轻慢自己，心里记恨。后秦人侵犯襄阳时，雍州刺史郗恢写信向北魏常山王拓跋遵求救，信里说“览兄虎步中原”。拓跋珪认为郗恢不懂君臣礼仪，让张衮和崔逞写回信，一定要贬斥晋朝君主。张衮、崔逞却称晋帝为“贵主”，拓跋珪发怒说：“让你们贬斥他，你们却叫‘贵主’，这和他叫‘贤兄’有什么区别！”崔逞投降北魏时，因为天下大乱，怕自己断了后代，让妻子张氏和四个儿子留在冀州，自己只带小儿子崔赜到平城，留下的妻儿后来逃到了南燕。拓跋珪连同这件事一起责怪崔逞，赐他死。卢溥接受燕国的爵位任命，侵犯抢掠北魏的郡县，杀了北魏幽州刺史封沓干。拓跋珪认为张衮推荐的人都不行，把张衮贬为尚书令史。张衮于是闭门不与外界交往，只亲手校勘经籍，一年多后去世。
燕国君主慕容宝失败时，中书令、民部尚书封懿投降北魏。拓跋珪任命封懿为给事黄门侍郎、都坐大官。拓跋珪向封懿询问燕国的旧事，封懿回答得很疏懒轻慢，也被罢官回家。
武威王秃发乌孤喝醉后，骑马时撞伤了肋骨去世，遗命立年长的君主。国人拥立他的弟弟秃发利鹿孤，给乌孤定谥号为武王，庙号列祖。秃发利鹿孤宣布大赦，把都城迁到西平。
南燕王慕容德派使者劝说幽州刺史辟闾浑归降，辟闾浑不听。慕容德派北地王慕容钟率领两万步兵骑兵进攻他，自己进占琅邪，徐、兖二州归附他的百姓有十多万。慕容德从琅邪带兵北上，任命南海王慕容法为兖州刺史，镇守梁父。进攻莒城时，守将任安弃城逃走。慕容德任命潘聪为徐州刺史，镇守莒城。兰汗作乱时，燕国吏部尚书封孚向南投奔辟闾浑，辟闾浑上表推荐他为勃海太守；等慕容德到了，封孚出来投降，慕容德大喜说：“我得到青州都没这么高兴，高兴的是得到了你！”于是把机密事务交给他处理。慕容钟向青州各郡发布檄文，说明利害，辟闾浑迁移八千多家进入广固防守，派司马崔诞驻守薄荀固，平原太守张豁驻守柳泉；崔诞、张豁接到檄文后都向慕容德投降。辟闾浑害怕了，带着妻儿投奔北魏，慕容德派射声校尉刘纲追击，在莒城追上，杀了他。辟闾浑的儿子辟闾道秀亲自到慕容德那里，请求和父亲一起死。慕容德说：“父亲虽然不忠，但儿子能尽孝。”特别赦免了他。辟闾浑的参军张瑛为他写檄文，言辞多有不恭，慕容德抓住他责备，张瑛神色自如，慢慢说：“辟闾浑有我，就像韩信有蒯通。蒯通遇到汉高祖活了下来，我遇到陛下却要死，和古人相比，我私下觉得很不幸罢了！”慕容德杀了他，于是把都城定在广固。
燕国李旱走到建安，慕容盛紧急召他回去，君臣都猜不出原因。九月辛未日，又派他出发。李朗听说家人被诛杀，聚集两千多户人家自保；后来听说李旱返回，以为燕国内部有变故，不再设防，留下儿子李养守令支，自己到北平迎接魏军。壬子日，李旱袭击令支，攻了下来，派广威将军孟广平在无终追上李朗，杀了他。
后秦主姚兴因为灾异多次出现，降低名号称王，下诏让群公、卿士、将牧、守宰各降一级爵位；宣布大赦，改年号为弘始。慰问孤儿贫民，选拔贤能俊杰，简化法令，清理狱讼，有政绩的地方官给予奖赏，贪婪残暴的处死，远近都秩序井然。
冬季十月甲午日，燕国中卫将军卫双有罪，被赐死。李旱回来后，听说卫双死了，很害怕，弃军逃跑，到板陉后，又回来请罪。慕容盛恢复了他的爵位，对侍中孙勍说：“李旱作为将领却弃军而逃，罪该万死。但从前先帝流亡时，亲骨肉都离心离德，公卿失节，只有李旱作为宦官忠心勤勉不懈，始终如一，所以我念及他的功劳才赦免了他。”
辛恭靖坚守洛阳一百多天，北魏的救兵还没到，后秦军队攻下洛阳，俘获了辛恭靖。辛恭靖见到后秦主姚兴，不肯下拜，说：“我不当羌贼的臣子！”姚兴把他关起来，他趁机逃了回去。从淮水、汉水以北，很多城池都请求投降后秦，并送去人质。
北魏君主拓跋珪任命穆崇为豫州刺史，镇守野王。
会稽王世子司马元显，性情苛刻，随意决定别人的生死；他征发东部各郡中由奴隶改为佃客的人，号称“乐属”，把他们迁到京城，来补充兵役，东部地区因此动荡不安，百姓深受其苦。
孙恩趁着民心骚动，从海岛率领党羽杀了上虞县令，接着进攻会稽。会稽内史王凝之是王羲之的儿子，世代信奉天师道，不出兵也不设防，整天在道堂里磕头念咒。下属请求出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已经请大道派鬼兵守住各渡口要道，每处都有几万人，贼人没什么可担心的。”等孙恩快到了，才允许出兵，可孙恩已经到了郡城下。甲寅日，孙恩攻下会稽，王凝之逃走，孙恩抓住他杀了，还杀了他的几个儿子。王凝之的妻子谢道蕴是谢弈的女儿，听说贼寇来了，举动神色如常，命令婢女抬着轿子，抽刀出门，亲手杀了几个人，才被抓住。吴国内史桓谦、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐都弃郡逃跑。于是会稽人谢鎝，吴郡人陆瑰、吴兴人丘尫、义兴人许充之、临海人周胄、永嘉人张永等，以及东阳、新安共八郡的人，一时间都起兵，杀了地方官响应孙恩，十天之内，聚集了几十万人。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等都被孙恩的党羽杀死。谢邈、谢冲都是谢安的侄子。当时三吴地区太平了很久，百姓不熟悉打仗，所以郡县的士兵都望风溃散。孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫有名望的人担任属官，称他的党羽为“长生人”，百姓有不跟从他们的，连婴儿都一起杀死，死的人有十分之七八。他还把各县县令剁成肉酱给他们的妻子儿女吃，不肯吃的，就肢解处死。他们所过之处抢掠财物，烧毁城镇房屋，焚烧粮仓，砍伐树木，填塞水井，一起聚集到会稽；妇女有婴儿不能带走的，就把婴儿扔到水里，说：“祝贺你先登仙堂，我随后就来找你。”孙恩上表列举会稽王司马道子和世子司马元显的罪状，请求杀了他们。
自从皇帝即位以来，朝廷内外就不和睦，石头城以南都被荆州、江州所控制，以西都由豫州独掌大权，京口及长江以北则被刘牢之和广陵相高雅之把持，朝廷能直接管辖的，只有三吴地区而已。等到孙恩作乱，八郡都被孙恩占据，京城周围各县，盗贼到处蜂拥而起，孙恩的党羽中还有潜伏在建康的，人们内心都很恐慌，常常担心会发生意外叛乱，于是朝廷内外都进入戒严状态。朝廷加授司马道子黄钺，司马元显兼任中军将军，命令徐州刺史谢琰兼管吴兴、义兴的军事，去讨伐孙恩；刘牢之也出兵讨伐孙恩，上奏表后就立刻行动。
西秦任命金城太守辛静为右丞相。
十二月甲午日，燕国燕郡太守高湖率领三千户人家投降北魏。高湖是高泰的儿子。
丙午日，燕国君主慕容盛封弟弟慕容渊为章武公，慕容虔为博陵公，儿子慕容定为辽西公。
丁未日，燕国太后段氏去世，谥号为惠德皇后。
谢琰进军击杀了许允之，迎接魏隐返回郡城，又进军攻打丘尫，打败了他，然后和刘牢之边打边进，所到之处都取得胜利。谢琰留在乌程驻守，派司马高素协助刘牢之，进军到浙江边。朝廷下诏任命刘牢之都督吴郡诸军事。
当初，彭城人刘裕，出生时母亲就去世了，父亲刘翘客居京口，家境贫寒，打算把他扔掉。同郡人刘怀敬的母亲，是刘裕的姨母，当时生下刘怀敬还没满一年，跑去阻止了刘翘，断掉刘怀敬的奶来喂养刘裕。刘裕长大后，勇猛健壮有远大志向，只认识一点字，靠卖鞋子为生，还喜欢玩樗蒲这种赌博游戏，被同乡人看不起。刘牢之攻打孙恩时，引荐刘裕参与军事，让他带领几十人去侦察贼军情况。他们遇上了几千名贼兵，刘裕立刻迎上去攻击，随从的人都战死了，刘裕也掉到了河岸下。贼兵到岸边想下去，刘裕举起长刀向上砍杀了好几个人，才得以爬上岸，接着大声呼喊着追赶贼兵，贼兵都逃跑了，刘裕杀死杀伤了很多贼兵。刘敬宣奇怪刘裕怎么这么久没回来，带兵去寻找，看到刘裕独自一人驱赶着几千名贼兵，都十分惊叹。于是趁机进攻贼兵，把他们打得大败，斩杀和俘获了一千多人。
起初，孙恩听说八郡都响应自己，对下属说：“天下大事没什么可担忧的了，我会和各位穿着朝服到建康去。”不久听说刘牢之到了江边，又说：“我割据浙江以东，至少也能像勾践一样称王！”戊申日，刘牢之带兵渡过长江，孙恩听说后，说：“我逃跑也不算羞耻。”于是驱赶着二十多万男女向东逃跑，在路上丢弃了很多宝物、子女，官军只顾着争抢这些东西，孙恩因此得以逃脱，又逃回了海岛。高素在山阴打败了孙恩的党羽，斩杀了孙恩任命的吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尫、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部地区遭受战乱后，百姓都盼望官军到来，可后来刘牢之等人放纵士兵大肆抢掠，士人百姓都很失望，郡县城中再也看不到人影，过了一个多月才有少量人回来。朝廷担心孙恩再次来袭，任命谢琰为会稽太守、都督五郡军事，率领徐州的文武官员驻守海浦。
任命司马元显为录尚书事。当时人们称司马道子为“东录”，司马元显为“西录”；西录府门前车马众多，十分热闹，东录府门前却冷清得可以张网捕鸟。司马元显没有好的老师和朋友，他所亲信的大都是些奸佞谄媚的人，这些人有的吹捧他是一时的英雄豪杰，有的称赞他是风流名士。从此司马元显一天比一天骄横奢侈，还暗示礼官提议，认为自己德行高、威望重，既然总领百官，百官都应该对他表示最高的敬意。于是公卿以下的官员，见到司马元显都要下拜。当时战事频繁，国家财力空虚，从司徒以下的官员，每天的口粮只有七升，可司马元显却不停地搜刮钱财，财富超过了皇室。
殷仲堪担心桓玄专横跋扈，就和杨佺期联姻，互为援助。杨佺期多次想攻打桓玄，殷仲堪每次都制止他。桓玄担心最终会被殷仲堪、杨佺期消灭，就报告朝廷掌权者，请求扩大自己的管辖范围；掌权者也想让他们互相争斗，使他们产生矛盾，于是加授桓玄都督荆州四郡军事，又让桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广担任南蛮校尉。杨佺期又气愤又害怕。杨广想抗拒桓伟，殷仲堪不同意，让杨广离开京城去担任宜都、建平二郡太守。杨孜敬原先担任江夏相，桓玄派兵袭击并劫持了他，任命他为咨议参军。
杨佺期整顿军队，树立军旗，声称要去救援洛阳，想和殷仲堪一起袭击桓玄。殷仲堪虽然表面上和杨佺期结盟，心里却怀疑他的用心，苦苦劝阻他；但杨佺期还是像老虎一样难以控制，殷仲堪只好派堂弟殷遹驻守在北部边境，来阻止杨佺期。杨佺期既不能单独起兵，又猜不透殷仲堪的真实想法，只好停止行动。
殷仲堪生性多疑，缺乏决断力，咨议参军罗企生对他的弟弟罗遵生说：“殷侯为人仁慈却没有决断，一定会遭遇到灾难。我蒙受他的知遇之恩，从道义上讲不能离开他，一定会为他而死。”
这一年，荆州发生大水，平地积水有三丈深，殷仲堪拿出仓库里所有的粮食来救济饥民。桓玄想趁他空虚的时候讨伐他，就出兵向西进发，也声称要去救援洛阳，还写信给殷仲堪说：“杨佺期蒙受国家恩惠却不顾朝廷，应该一起治他的罪。现在我要进入沔水讨伐杨佺期，已经在江口驻军。如果你对我没有二心，可以抓住杨广杀了他；如果不这样做，我就带兵进入长江。”当时巴陵有积存的粮食，桓玄先派兵袭击夺取了那里。梁州刺史郭铨正要去上任，路过夏口，桓玄谎称朝廷派郭铨做自己的前锋，还把江夏的军队交给郭铨，让他统领各军一起前进，又秘密告诉哥哥桓伟让他做内应。桓伟惊慌失措，不知道该怎么办，自己带着桓玄的信去给殷仲堪看。殷仲堪抓住桓伟作为人质，让他给桓玄写信，言辞十分恳切。桓玄说：“殷仲堪这个人没有决断力，常常想着成败的算计，为儿女做打算，我哥哥一定没什么可担心的。”
殷仲堪派殷遹率领七千水军到西江口，桓玄派郭铨、苻宏攻击他们，殷遹等人战败逃跑。桓玄驻守在巴陵，吃着那里的粮食；殷仲堪派杨广和侄子殷道护等人抵抗，都被桓玄打败。江陵城内十分震惊恐惧。城里缺少粮食，用胡麻给士兵当口粮。桓玄乘胜进军到零口，距离江陵只有二十里，殷仲堪急忙召见杨佺期来救援自己。杨佺期说：“江陵没有粮食，怎么对抗敌人！你可以来我这里，一起防守襄阳。”殷仲堪的想法是保全军队和地盘，不想放弃荆州逃跑，就骗杨佺期说：“近来收集的粮食，已经有储备了。”杨佺期相信了他，率领八千步兵骑兵，穿着闪亮的铠甲，到达江陵，殷仲堪却只用米饭来犒劳他的军队。杨佺期大怒说：“这次肯定要失败了！”他没有去见殷仲堪，和哥哥杨广一起攻打桓玄。桓玄害怕他们的锐气，把军队撤退到马头。第二天，杨佺期带兵猛攻郭铨，差点抓住他。恰逢桓玄的军队赶到，杨佺期大败，独自骑马逃往襄阳。殷仲堪出逃到酂城。桓玄派将军冯该追击杨佺期和杨广，把他们都抓住杀了，还把他们的首级送到建康。杨佺期的弟弟杨思平、堂弟杨尚保、杨孜敬逃到蛮族地区。殷仲堪听说杨佺期死了，带着几百人准备逃往长安，到达冠军城时，被冯该追上抓住，押回柞溪，逼迫他自杀，还杀了殷道护。殷仲堪信奉天师道，向鬼神祈祷求助，从不吝惜财物，却很少接济别人的急难。喜欢用小恩小惠来讨好别人，有人生病他亲自诊脉分药，使用的计谋曲折隐秘，却缺乏鉴别和谋略，所以最终导致失败。
殷仲堪逃跑的时候，文武官员没人跟着他，只有罗企生随行。路过家门口时，弟弟罗遵生说：“这么分别，怎么能不握个手呢！”罗企生掉转马头伸手，罗遵生力气大，趁机把他拉下马，说：“家里有老母亲，你走了要去哪里？”罗企生挥着泪说：“今天这事，我必死无疑，你们好好奉养母亲，不违背做儿子的本分。一家之中，有忠有孝，也没什么遗憾了！”罗遵生抱得更紧了，殷仲堪在路上等着，见罗企生没法脱身，就骑马走了。等桓玄到了，荆州的官员没有不去拜见他的，只有罗企生不去，反而忙着料理殷仲堪的家事。有人说：“这样做，灾祸肯定会来的！”罗企生说：“殷侯把我当国家栋梁对待，我却被弟弟牵制，没能跟着他一起消灭逆贼，还有什么脸面向桓玄求活呢！”桓玄听说后很生气，但他一向待罗企生不错，先派人对他说：“要是向我认错，我就放了你。”罗企生说：“我是殷荆州的属官，荆州败了，我没能救援，还有什么可认错的！”桓玄于是把他抓起来，又派人问他有什么话要说。罗企生说：“晋文帝杀了嵇康，嵇绍还是晋朝的忠臣。求您留我一个弟弟养活老母亲！”桓玄就杀了罗企生，赦免了他的弟弟。
后凉王吕光病重，立太子吕绍为天王，自己称太上皇帝，任命太原公吕纂为太尉，常山公吕弘为司徒，对吕绍说：“现在国家多难，三个邻居都在伺机而动，我死后，让吕纂统领军队，吕弘掌管朝政，你只要恭顺无为，把重任交给两位哥哥，或许还能渡过难关。如果你们内部互相猜忌，那家族内的战乱很快就会到来。”又对吕纂、吕弘说：“永业（吕绍的字）没有平定乱世的才能，只是因为立嫡子是常规，才让他当了君主。现在外面有强敌，人心不安，你们兄弟和睦，国家就能长久；如果内部互相算计，灾祸马上就会降临。”吕纂、吕弘哭着说：“不敢。”吕光又握住吕纂的手告诫说：“你性格粗暴，我很担心。要好好辅佐永业，别听谗言！”当天，吕光去世。吕绍隐瞒丧事不公布，吕纂推门进去哭丧，尽情哀悼后才出来。吕绍害怕，要把王位让给他，说：“哥哥功高年长，应该继承大统。”吕纂说：“陛下是国家的嫡子，我怎么敢篡位？”吕绍坚持让位，吕纂不答应。骠骑将军吕超对吕绍说：“吕纂当了多年将领，威名震动内外，服丧时不安分，昂首阔步，肯定有野心，应该早点除掉他。”吕绍说：“先帝的话还在耳边，怎么能违背！我年纪轻轻承担大任，正依赖两位哥哥安定国家，就算他们要害我，我也视死如归，终究不忍心有这种想法。你别再说了！”吕纂在湛露堂见吕绍，吕超握着刀站在旁边，使眼色让吕绍把吕纂抓起来，吕绍没答应。吕超是吕光弟弟吕宝的儿子。
吕弘秘密派尚书姜纪对吕纂说：“主上昏庸懦弱，承受不了多难的局面。哥哥您威望恩德向来显着，应该为国家着想，不能拘于小节。”吕纂于是当晚率领几百名壮士翻过北城，攻打广夏门，吕弘率领东苑的士兵劈开洪范门。左卫将军齐从驻守融明观，迎面问道：“是谁？”众人说：“太原公。”齐从说：“国家有大丧事，主上刚即位，太原公不走正道，夜里进入禁城，是要作乱吗？”于是抽剑上前砍吕纂，砍中了他的额头，吕纂的手下把齐从抓住。吕纂说：“是义士，别杀！”吕绍派虎贲中郎将吕开率领禁兵在端门抵抗，吕超率领两千士兵赶去支援；士兵们向来怕吕纂，都不战而溃。吕纂从青角门进城，登上谦光殿。吕绍登上紫阁自杀。吕超逃到广武。
吕纂怕吕弘兵力强盛，把王位让给吕弘。吕弘说：“我作为吕绍的弟弟，却继承大统，众人不会服气，所以才违背先帝遗命废了他，愧对九泉！现在又越过哥哥继位，难道是我的本意吗！”吕纂于是让吕弘出去告诉众人：“先帝临终时，下诏让我继位。”群臣都说：“只要国家有君主，谁敢反对！”吕纂于是即天王位，宣布大赦，改年号为咸宁，给吕光定谥号为懿武皇帝，庙号太祖；给吕绍定谥号为隐王。任命吕弘为大都督、督中外诸军事、大司马、车骑大将军、司隶校尉、录尚书事，改封番禾郡公。
吕纂对齐从说：“你之前砍我，下手真重啊！”齐从哭着说：“隐王是先帝立的；陛下虽然顺应天命人心，但我心里不明白，只担心陛下不死，怎么能说重呢！”吕纂赏识他的忠诚，善待他。
吕纂的叔父征东将军吕方镇守广武，吕纂派使者对吕方说：“吕超其实是忠臣，义勇可嘉，只是不懂国家大体和权变的道理。正需要他出力平定国难，你可以把这个意思告诉他。”吕超上奏谢罪，吕纂恢复了他的爵位。
这一年，燕国君主慕容盛任命河间公慕容熙为都督中外诸军事、尚书左仆射，兼任中领军。
刘卫辰的儿子刘文陈投降北魏；北魏君主拓跋珪把宗室的女儿嫁给她，任命他为上将军，赐姓宿氏。
隆安四年庚子年，也就是公元400年。
春季正月初一，燕国君主慕容盛宣布大赦，自己降号为庶人天王。
北魏材官将军和跋在辽西袭击卢溥，戊午日，攻克辽西，活捉卢溥和他的儿子卢焕，送到平城，用车裂之刑处死。慕容盛派广威将军孟广平救援卢溥，没赶上，斩杀了北魏辽西的地方官后返回。
乙亥日，朝廷宣布大赦。
西秦王乞伏乾归把都城迁到苑川。
秃发利鹿孤宣布大赦，改年号为建和。
高句丽王高安对待燕国的礼节很怠慢；二月丙申日，燕王慕容盛亲自率领三万士兵袭击他，任命骠骑大将军慕容熙为前锋，攻下新城、南苏两座城，开拓疆土七百多里，迁移五千多户人家后返回。慕容熙的勇猛在众将中第一，慕容盛说：“叔父勇猛果断，有世祖的风范，只是宏大的谋略比不上罢了！”
当初，北魏君主拓跋珪娶了刘头眷的女儿，她在后宫最受宠，生下儿子拓跋嗣。攻克中山后，又俘获了燕主慕容宝的小女儿。准备立皇后时，沿用该国旧例，铸造金人来占卜，刘氏铸的没成，慕容氏铸的成了，三月戊午日，立慕容氏为皇后。
桓玄攻克荆、雍二州后，上奏请求兼任荆、江二州刺史。朝廷下诏任命桓玄为都督荆、司、雍、秦、梁、益、宁七州诸军事、荆州刺史，任命中护军桓修为江州刺史。桓玄上奏坚决要求兼任江州，于是朝廷进升桓玄为都督八州及扬、豫八部诸军事，又兼任江州刺史。桓玄擅自任命哥哥桓伟为雍州刺史，朝廷没法反对。又任命侄子桓振为淮南太守。
后凉王吕纂因为大司马吕弘功高势大，对自己构成威胁，猜忌他。吕弘也疑心不安，于是率领东苑的士兵作乱，攻打吕纂。吕纂派将领焦辨反击，吕弘的部众溃散，逃走了。吕纂放纵士兵大肆抢掠，把东苑的妇女全赏给士兵，吕弘的妻子儿女也在其中。吕纂笑着对群臣说：“今天这仗打得怎么样？”侍中房晷回答说：“上天降祸给凉国，忧患接连不断。先帝刚去世，隐王就被废黜；丧事刚办完，大司马就起兵作乱；京城流血，兄弟相残。虽然吕弘自取灭亡，但也是因为陛下没有兄弟之恩，应当反省自责，向百姓道歉。却还放纵士兵抢掠，囚禁侮辱士人妇女，祸乱由吕弘挑起，百姓有什么罪！况且吕弘的妻子是陛下的弟媳，吕弘的女儿是陛下的侄女，怎么能让无赖小人把她们当作婢妾侮辱！天地神明，难道忍心看到这种事！”说完抽泣流泪。吕纂脸色大变，向他道歉，把吕弘的妻子儿女接到东宫，好好安抚。
吕弘准备投奔秃发利鹿孤，路过广武时，去见吕方。吕方见到他，大哭道：“天下那么大，你怎么落到这步田地！”于是把吕弘抓起来关进监狱，吕纂派力士康龙去把他勒死了。
吕纂立妃子杨氏为皇后，任命皇后的父亲杨桓为尚书左仆射、凉都尹。
辛卯日，燕国襄平县令段登等人谋反，被诛杀。
后凉王吕纂准备讨伐武威王秃发利鹿孤，中书令杨颖劝谏说：“利鹿孤手下的人都听从命令，国家没什么可乘之机，不能讨伐啊。”吕纂不听。利鹿孤派弟弟秃发傉檀抵抗，夏季四月，傉檀在三堆打败后凉军队，斩杀两千多人。
当初，陇西人李暠喜好文学，有好名声。曾和郭霉以及同母弟弟敦煌人宋繇一起住宿，郭霉起来对宋繇说：“你将来会位极人臣，李君最终会拥有国家；母马生下白额头的小马驹，就是时候了。”后来孟敏担任沙州刺史，任命李暠为效谷令；宋繇侍奉北凉王段业，任中散常侍。孟敏去世后，敦煌护军冯翊人郭谦、沙州治中敦煌人索仙等人因为李暠温和坚毅，治理地方有仁政，推举他为敦煌太守。李暠起初对此很为难，恰逢宋繇从张掖请假回来，对李暠说：“段王没有长远谋略，最终成不了事。哥哥忘了郭霉的话吗？白额头的小马驹现在已经出生了。”李暠于是听从了众人的建议，派使者向段业请求任命；段业便任命李暠为敦煌太守。右卫将军敦煌人索嗣对段业说：“不能让李暠在敦煌任职。”段业就派索嗣代替李暠担任敦煌太守，让他率领五百名骑兵去上任。索嗣到了离敦煌二十里的地方，派人送信给李暠，要他迎接自己。李暠又惊又疑，准备出去迎接。效谷令张邈和宋繇阻止他说：“段王昏庸懦弱，现在正是英雄豪杰有所作为的时候；将军占据现成的地盘，怎么能拱手让人！索嗣仗着是本郡人，认为人心会归附自己，没想到将军能突然抵抗他，一战就能擒获他。”李暠听从了他们的建议。先派宋繇去见索嗣，用好听的话迷惑他。宋繇回来后，对李暠说：“索嗣志向骄纵，兵力薄弱，容易攻取。”李暠于是派张邈、宋繇和自己的两个儿子李歆、李让迎击索嗣，索嗣战败逃走，回到张掖。李暠一向和索嗣关系好，因此特别恨他，上奏段业请求诛杀索嗣。沮渠男成也厌恶索嗣，劝段业除掉他；段业于是杀了索嗣，派使者向李暠道歉，晋升李暠为都督凉兴以西诸军事、镇西将军。
吐谷浑视罴去世，世子树洛干才九岁，弟弟乌纥堤继位。乌纥堤娶了树洛干的母亲念氏，生下慕瓂、慕延。乌纥堤懦弱荒淫，不会治理国家；念氏掌管国家大事，有胆识有智谋，国人都敬畏服从她。
燕国前将军段玑，是太后段氏哥哥的儿子，受段登谋反一事牵连，五月壬子日，逃奔辽西。
丙寅日，卫将军东亭献侯王珣去世。
己巳日，北魏君主拓跋珪向东到涿鹿，向西到马邑，观察水源。
戊寅日，燕国段玑回来请罪；燕王慕容盛赦免了他，赐号为思悔侯，让他娶公主为妻，在殿内任职。
谢琰凭借资历名望镇守会稽，不能安抚百姓，又不做军事防备。众将领都劝谏说：“贼寇就在海浦附近，窥伺机会，应该给他们留条改过自新的路。”谢琰不听，说：“苻坚的百万大军，还在淮南送死；孙恩这种小贼，败逃到海里，怎么能再出来！如果他真的出来，那是上天要杀他。”不久，孙恩侵犯浃口，进入余姚，攻下上虞。进军到邢浦，谢琰派参军刘宣之打败了他，孙恩退走。没过几天，孙恩又侵犯邢浦，官军失利，孙恩乘胜直进。己卯日，到达会稽。谢琰还没吃饭，说：“一定要先消灭这伙贼寇再吃饭。”于是跨马出战，兵败，被帐下都督张猛杀死。吴兴太守庾桓担心郡里百姓再响应孙恩，杀了几千男女。孙恩转而侵犯临海。朝廷大为震动，派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之抵抗他。
后秦征西大将军陇西公姚硕德率领五千士兵讨伐西秦，从南安峡进入。西秦王乞伏乾归率领众将领抵抗，驻军在陇西。
杨轨、田玄明谋划杀武威王秃发利鹿孤，利鹿孤杀了他们。
六月庚辰初一，发生日食。
任命琅邪王师何澄为尚书左仆射。何澄是何准的儿子。
甲子日，燕国大赦。
后凉王吕纂准备袭击北凉，姜纪劝谏说：“盛夏时节农事正忙，暂且应该停战。现在远出岭西，秃发氏会乘虚袭击京城，怎么办！”吕纂不听。进军包围张掖，向西攻掠建康。秃发傉檀听说后，率领一万骑兵袭击姑臧，吕纂的弟弟陇西公吕纬据守北城自保。傉檀在朱明门上摆酒，敲响钟鼓，犒劳将士，在青阳门炫耀兵力，抢掠八千多户人家后离去。吕纂听说后，带兵返回。
秋季七月壬子日，太皇太后李氏去世。
丁卯日，朝廷大赦。
西秦王乞伏乾归派武卫将军慕兀等人驻守，后秦军队的打柴之路被切断，秦王姚兴秘密带兵救援。乾归听说后，派慕兀率领中军两万驻守柏杨，镇军将军罗敦率领外军四万驻守侯辰谷，乾归亲自率领几千轻骑兵前去侦察后秦军队。遇上大风，天色昏暗有雾，和中军失去联系，被追兵逼迫，进入外军之中。第二天早上，和后秦军队交战，大败，逃回苑川，他的三万六千部众都投降了后秦。姚兴进军枹罕。
乾归逃到金城，对众豪强首领说：“我没才能，窃取王位，已经超过十二年，现在败散到这种地步，无法对抗敌人，想向西退守允吾。如果全国人都离开，一定不能幸免；你们留在这儿，各自率领部众投降后秦，来保全宗族，别跟着我了。”众人都说：“生死都愿跟随陛下。”乾归说：“我现在要去寄人篱下，如果上天没让我灭亡，或许将来能收复旧业，再和你们相见。现在跟着我死，没什么好处。”于是大哭着分别。乾归独自带领几百名骑兵逃到允吾，向武威王秃发利鹿孤请求投降，利鹿孤派广武公傉檀迎接他。把他安置在晋兴，用贵宾的礼节对待他。镇北将军秃发俱延对利鹿孤说：“乾归本来是我们的属国，趁乱自尊为王，现在走投无路才来归顺，不是真心的，如果他逃回去投靠姚氏，一定会成为国家的祸患，不如把他迁到乙弗之间，让他不能离开。”利鹿孤说：“他走投无路来归顺我，却反过来怀疑他的心意，怎么劝勉后来的人呢！”俱延是利鹿孤的弟弟。
后秦军队撤退后，南羌梁戈等人秘密招引乾归，乾归准备响应。他的大臣屋引阿洛把这事告诉了晋兴太守阴畅，阴畅飞马报告利鹿孤，利鹿孤派弟弟秃发吐雷率领三千骑兵驻守扪天岭。乾归害怕被利鹿孤杀死，对他的太子乞伏炽盘说：“我们父子留在这里，一定不会被利鹿孤容忍。现在姚氏正强，我要归顺他，如果全家都走，一定会被追兵赶上，我把你们兄弟和你母亲作为人质，他一定不会怀疑，我在长安，他终究不敢害你们。”于是把炽盘等人送到西平。八月，乾归向南逃到枹罕，于是投降了后秦。
丁亥日，尚书左仆射王雅去世。
九月癸丑日，发生了地震。
后凉的吕方投降了后秦，广武有三千多户百姓逃往武威王秃发利鹿孤那里。
冬季十一月，高雅之与孙恩在余姚交战，高雅之战败，逃到山阴，士兵战死的有十分之七八。朝廷下诏任命刘牢之都督会稽等五郡军事，率领军队攻打孙恩，孙恩逃入海中。刘牢之向东驻守上虞，派刘裕戍守句章。吴国内史袁崧修筑沪渎垒来防备孙恩。袁崧是袁乔的孙子。
会稽王世子司马元显请求兼任徐州刺史，朝廷下诏任命元显为开府仪同三司、都督扬、豫、徐、兖、青、幽、冀、并、荆、江、司、雍、梁、益、交、广十六州诸军事，兼任徐州刺史，封他的儿子司马彦玮为东海王。
乞伏乾归到达长安，后秦王姚兴任命他为都督河南诸军事、河州刺史、归义侯。
过了很久，乞伏炽盘想逃到乾归那里，被武威王秃发利鹿孤追上抓获。利鹿孤准备杀掉炽盘，广武公秃发傉檀说：“儿子回归父亲身边，不值得过分责怪，应该宽恕他来显示我们的大度。”利鹿孤听从了他的建议。
后秦王姚兴遣送刘嵩等二百多名晋朝降将回到东晋。
北凉的晋昌太守唐瑶反叛，向六郡发布檄文，推举李暠为冠军大将军、沙州刺史、凉公，兼任敦煌太守。李暠在境内实行大赦，改年号为庚子。任命唐瑶为征东将军，郭谦为军谘祭酒，索仙为左长史，张邈为右长史，尹建兴为左司马，张体顺为右司马。派遣从事中郎宋繇向东讨伐凉兴，同时攻打玉门以西各城，都攻了下来。
酒泉太守王德也反叛北凉，自称河州刺史。北凉王段业派沮渠蒙逊讨伐他。王德烧毁城池，率领部众投奔唐瑶，蒙逊追到沙头，大败王德，俘虏了他的妻子儿女和部落民众后返回。
十二月戊寅日，天津星旁出现彗星。会稽王世子司马元显因星象变化而辞去录尚书事一职，朝廷又加授他为尚书令。吏部尚书车胤因元显骄横放纵，禀报会稽王司马道子，请求加以约束。元显听说后，还没弄清楚详情，就问道子：“车武子（车胤字）屏退众人跟您说了什么？”道子没有回答。元显坚持追问，道子发怒说：“你想把我幽禁起来，不让我和朝中大臣说话吗！”元显出来后，对他的手下说：“车胤离间我们父子。”暗中派人去指责车胤。车胤恐惧，自杀了。
壬辰日，燕王慕容盛设立燕台，统管各部落的少数民族。
北魏太史多次上奏说天文现象混乱。北魏君主拓跋珪亲自阅览占卜书籍，书中多提到改朝换代、变更政事，于是下诏告诫大臣们，帝王继承大统，都有天命，不可妄自干预。又多次变更官名，想用这种方式压制灾异。仪曹郎董谧献上《服饵仙经》，拓跋珪设置仙人博士，建立仙坊，炼制各种丹药，封禁西山以提供炼丹所需的薪柴。丹药炼成后，让死罪囚犯试服，很多人死去，丹药并不灵验，但拓跋珪仍然相信，不断访求仙药。
拓跋珪常常认为燕主慕容垂的儿子们分别占据要职，使权力下移，最终导致败亡，对此深感不满。博士公孙表迎合他的心意，献上《韩非子》一书，劝拓跋珪用法制来驾驭臣下。左将军李粟性格轻慢，常常在拓跋珪面前放肆不恭，咳嗽吐痰毫无顾忌；拓跋珪累积他往日的过失，于是杀了他，大臣们都十分震惊恐惧。
丁酉日，燕王慕容盛尊奉献庄后丁氏为皇太后，立辽西公慕容定为皇太子。实行大赦。
这一年，南燕王慕容德在广固即皇帝位，实行大赦，改年号为建平。慕容德改名为慕容备德，想让官吏百姓在避讳时更容易些。追谥燕主慕容暐为幽皇帝。任命北地王慕容钟为司徒，慕舆拔为司空，封孚为左仆射，慕舆护为右仆射。立妃子段氏为皇后。