自从维罗妮卡事件过后，已经过去了四年，时间也从1998年来到了2002年，人类从20世纪跨越到了崭新的21世纪。
只是世界从来不太平，1999年，卡拉终于从大学毕业，随后因为其出色的科研天赋，被西蒙斯看中，受邀加入了西蒙斯的科研团队。
彼时的西蒙斯已经从hcF组织手中获取了维罗妮卡病毒的样本，只是缺乏一个可以研究的人，即便安妮特有着在安布雷拉工作的经历，也没有时间顾及全部病毒的研究。
况且，因为雪莉的原因，安妮特花在研究上的时间比以前要少上不少，当然，因为其为自己带来了G病毒，西蒙斯倒也没有表示任何不满。卡拉的到来对于西蒙斯的研究团队，毫无疑问是如虎添翼。
起初卡拉作为资历并不算老的新人研究员，在安妮特手下工作，只是安妮特很快发现了卡拉的天赋，对她多有提携，并且慢慢把自己的研究项目下放给卡拉，自己则把大部分时间用来陪伴雪莉。
卡拉也对安妮特的赏识与提拔心怀感恩，很快就利用自身出色的天赋干成了仅在安妮特之下的二号研究员。
在卡拉工作期间，安妮特发现了卡拉对于西蒙斯的感情，以及察觉到了卡拉对于那个名为“艾达.王”的女人的醋意，所以经常去开解卡拉，也因此，卡拉和安妮特的关系算不上差，还经常去看望雪莉。
只是，安妮特也经常在西蒙斯来巡查的时候，从西蒙斯的只言片语中窥见他那扭曲疯魔的性格，所以她也会提醒卡拉小心西蒙斯。
2000年，崭新的二十一世纪到来了，浣熊市为了迎接光明21世纪，展开了重大的欢庆，安布雷拉公司耗费重金，为浣熊市打造了浓厚的节日氛围，光明二十一世纪大厦全面落成，每一层都成功竣工，而摩根兰斯代尔，则作为Fbc的领导者，兼任了全球制药联合会的顾问。
只是生化恐怖依旧如影随形，日本神奈川县横滨市巡之丘中学发生了生化恐怖袭击，袭击者是前安布雷拉日本总部员工稻田吾郎。
好在安布雷拉反应及时，迅速派出UbcS小队，在事态进一步失控之前成功控制住了情况并带来了疫苗，让生化危机免于再次爆发。事后，安布雷拉日本总部被安布雷拉主动关停。
而本次生化危机的幸存者，无论是学生还是老师，在安布雷拉的出资与安排下，将其安排到了就近的亚洲各国来进行生活。
其中，巡之丘中学的厨师吉原雄一在幸存后带着女儿吉原娜娜来到了菲律宾，在那里定居，并且安布雷拉为了补偿，承诺让吉原娜娜长大以后能够成为与安布雷拉合作的马尔哈维学园的学生。
鉴于越来越有发展的生化恐怖，并且在当局，西蒙斯与摩根的有意推动之下，独立于海陆空三军与特殊部队的特种作战司令部部成立了。
这支部队隶属与特工部门，总部在佛罗里达州，在坦帕市的麦克迪尔空军基地进行训练，有着监督海陆空三军和特种部队的最高职能，并且可以不受军中其他部门限制，直接派遣自己的部队执行任务，在各特种部队联合行动时，该司令部还起到联合指挥部的职能。
因为对席纳岛的生化恐袭，以及各大野心家的扶持，哈维尔伊达尔戈的圣蛇组织成为了南美最大的恐怖组织，其规模甚至可以与墨西哥毒枭相媲美，即便是南美的小国政府，也难以对他进行有效的制裁，哈维尔俨然成为了南美的一颗毒瘤。
甚至可以把握水源与电源这种城市的命脉，并且圣蛇组织还掌握着众多的bow，也因此，无力阻止生化危机的各大南美小国与哈维尔做出了妥协，任由哈维尔在南美选择自己的据点。
也是为了面对日益严峻的生化恐怖主义，以及为了在世界面前展现出美国的力量，并让圣蛇组织为他们在席纳岛做出的行为付出代价，美国政府决定，抽调全国各地的反生化武装，来进入特种作战司令部来进行专业训练，其中自然包括全国警察局在浣熊市事件之后成立的反生化小队。
而浣熊市的SpF小队自然也在其中，于是只当了两年的里昂就进入了军队之中，开始了地狱一般的训练。
里昂一开始以为，自己之前在警察学校受到的训练，和两年间的工作，该让自己有一些实战经验了，只是理想很美好，现实很残酷，作为一名新兵蛋子，他可没少被自己的老师，前空军特种战术中队少校杰克.克劳萨军训，甚至差点死在训练里。
拿出对付穷凶极恶犯人的方法来对付训练根本没用，还是克劳萨告诉他，要拿出“对付丧尸的那股不要命的劲”，里昂才能够扛住严苛的训练。
他简直不知道这地狱一般的日子到底要持续多久，不过每当里昂想到自己接受训练是为了让更多人不受到生化危机的侵害，他就觉得咬咬牙还是能挺过去的。
他也逐渐从一名普通警察，蜕变成为了和他的前辈克里斯一样，经受过专业军队训练的超级警察，近身格斗术也有了明显的提升。
2001年，霍修前世已经发生过一次的事情，终究还是重演了，在911事件之中，世贸大厦双子塔没有撑过去，再一次成为了绝版，而这次的恐怖袭击，也点燃了全美国，乃至于全球对于恐怖主义的痛恨，而美国政府也借此机会，把哈维尔行动提上了日程。
也因此，美国官方对于安布雷拉施加了压力，安布雷拉就减少了与哈维尔的贸易，以至于最后完全关停，毕竟安布雷拉只是一个公司而已，如果美国真的想管，那它也没办法做什么。
并且安布雷拉为了表示自己的态度，与美国政府进行了联系，表示愿意派遣一支携带着装备研发部门研发的新装备的作战小队 来听从特种作战司令部的指挥，配合军队来进行哈维尔行动，并且最为重要的是，安布雷拉将负责本次行动的部分资金。
美国政府也懂得见好就收，尤其是既然对方都已经负责部分资金了 那当然没的说，只是这次行动是隐秘的行动，过程将不会被记录，只有彻底铲除了哈维尔集团以后，他们才会让媒体昭告世界，哈维尔集团已经彻底被他们所覆灭。
并且随着安布雷拉与圣蛇组织的交易减少，已经辞职，消失了两年之久的墨菲斯开始活跃了起来，只是面对全球反恐怖的风潮，他也不敢太过活跃，所以，也仅仅是和哈维尔继续进行秘密交易，给予他大西洋研究所独自研发的bow而已。
墨菲斯也已经定好了时间，所以他决定韬光养晦，到时候，他定然会给世界和安布雷拉一个惊喜。
在脱离了安布雷拉以后，他的心情意外的好，是了，他本来就不该被局限于安布雷拉内部，世界才是自己的舞台，而他也相信，在自己的事情过后，他，墨菲斯的名字，定然会被世界所铭记。
只是即便再怎么癫狂也好，他还是始终知道，自己是没有能力和国家想抗衡的，所以，自己要做的，也就只有“威胁”而非“对抗”。毕竟总是要取证的，自己只要在这段时间内勒索资金，并且做好自己要做的事就行。
墨菲斯隐隐感觉到，自己应该是被人当枪使了，以前和自己联系的人现在已经全都不再联系了，给自己提供导弹的人，在导弹运到以后，也彻底销声匿迹，这意味着什么不言而喻，这意味着自己彻底被抛弃了，自己也是一颗棋子吗？算了，无所谓，反正他也没打算在搞出这种事后活着。
不过，要是说除了安布雷拉以外，他还有更想报复的对象的话，那当然就是hcF和威斯克了，墨菲斯不会忘记，就是那该死的hcF和威斯克，完全打乱了他精心编排的剧本，最后收场和拯救众人的，本来应该是他墨菲斯的部队，他承诺过要亲自给hcF送一份大礼，他会做到的。
毕竟，在黑市里，什么都找的到，只要有人脉，就能够获取渠道，导弹的获取是如此，而hcF基地位置的获取，也是如此。
2002年，哈维尔行动将在这一年开始，不管是安布雷拉还是政府，都在紧锣密鼓的筹备着，除了西蒙斯
而西蒙斯，此时正在家族安排的房间里，和这几年名声大噪的圣蛇组织首领，大毒枭哈维尔通过屏幕通话着，而最先打破沉默的，是哈维尔
“美国佬，你想和我说什么?”