纽约警方的临时指挥帐篷里，艾琳将紫晶草原液注入基因共鸣仪，屏幕上的种子基因序列开始发生变化，异常片段在原液的作用下渐渐消失，取而代之的是一段纯净的 “净化基因链”：“可以激活了！苏沐辰，你需要将手放在共鸣仪的感应区，用你的超级基因引导种子的净化基因；知意，你用银锁的稳定因子辅助，确保种子激活过程中不会失控。”
苏沐辰深吸一口气，将手放在感应区上。淡蓝色的超级基因光芒从他的掌心溢出，融入共鸣仪中，与种子的紫光、银锁的红光交织在一起，形成一道耀眼的白色光柱，直冲帐篷顶端。帐篷外，天空中的黑色污染云开始以肉眼可见的速度消散，m 国警方的检测仪上，恶基因浓度数值不断下降，从 “危险” 降到 “安全”。
“成功了！” 艾琳激动地大喊，屏幕上显示 “种子激活成功，净化信号已覆盖全球”，“纽约的恶基因已经被清除，伦敦和东京的信号也显示正常，傀儡孩子们正在恢复意识！”
众人欢呼起来，沈知意看着苏沐辰，眼里含着泪水，却带着欣慰的笑容：“母亲看到了，她肯定很开心。”
可就在这时，共鸣仪突然发出急促的警报，屏幕上跳出 “未知基因信号入侵” 的红色提示！艾琳立刻调取数据，脸色瞬间变得苍白：“是终极恶基因变异体！是傅承安当年留下的最后后手，隐藏在 m 国实验室的最深处，之前我们没发现！它正在吸收周围的恶基因残留，变得越来越强大，净化信号对它无效！”
帐篷外突然传来尖叫声，众人冲出去，看到一个巨大的黑色怪物正在街道上破坏 —— 它的身体由无数恶基因凝聚而成，每一次攻击都能释放出黑色的烟雾，被烟雾碰到的人瞬间失去意识，变成傀儡！
“它的目标是种子！” 陆沉举起电击枪，对准怪物的头部，“苏沐辰，你的超级基因能暂时压制它，我们掩护你，你用种子的净化基因彻底清除它！”
苏沐辰点头，体内的超级基因彻底觉醒，淡蓝色的光芒形成一道屏障，挡在怪物面前。怪物发出一声刺耳的嘶吼，朝着苏沐辰扑过来！陆沉和 m 国警方的狙击手同时开枪，子弹击中怪物的身体，却只能暂时减缓它的速度，无法造成致命伤害。
“需要双基因合力！” 沈知意突然想到母亲日志里的话，“我的林家血脉能引导净化基因，你的超级基因能压制它，我们一起！” 她跑到苏沐辰身边，将银锁贴在他的掌心，银锁的红光与超级基因的蓝光融合，形成一道更强大的光柱，直冲怪物的胸口！
怪物发出一声痛苦的嘶吼，身体开始慢慢消散，黑色的烟雾渐渐被光柱吸收。艾琳趁机调整共鸣仪，将种子的净化基因全部注入光柱：“再加把劲！它的核心快被摧毁了！”
苏沐辰和沈知意同时发力，光柱的光芒越来越亮，怪物的身体最终化为一道黑色的烟雾，被光柱彻底吸收，消失在空气中。街道上，之前被感染的傀儡们渐渐恢复意识，眼神从空洞变得清明，孩子们的哭声也变成了惊喜的呼喊。
“结束了…… 真的结束了。” 苏沐辰松了口气，身体因为过度使用超级基因而微微颤抖，沈知意立刻扶住他，银锁的红光轻轻包裹住他，缓解他的疲惫。
三天后，江城。林晚的旧居前，老槐树下摆满了白色的菊花，是众人特意为林晚、守祠人、舅舅和所有为和平牺牲的人准备的。苏沐辰将母亲的日志和紫晶草种子的残骸（激活后剩下的）放在树下，深深鞠躬：“母亲，守祠人，舅舅，谢谢你们的守护。我们做到了，恶基因被彻底清除，世界和平了。”
沈知意站在他身边，手里拿着那把银锁，锁身的红光已经变得柔和，像是在回应着什么：“母亲，你放心，我和哥哥会好好生活，守护好这个你用一生去保护的世界。”
陆沉和傅子恒站在不远处，看着这一幕，脸上露出欣慰的笑容。傅子恒手里拿着一份报告：“国际刑警已经彻底摧毁了暗阁的所有实验室，傅明宇被判处终身监禁，全球的恶基因检测设备都在正常运行，不会再有傀儡出现了。”
顾言泽的视频电话弹开，背景里是江城儿童医院的孩子们，他们正在院子里玩耍，笑容灿烂：“告诉你们一个好消息，最后一个傀儡孩子也恢复正常了！他们还问什么时候能见到‘超级英雄’苏沐辰和沈知意呢！”
苏沐辰看着视频里的孩子们，突然笑了，眼里的悲伤渐渐被温暖取代。他知道，母亲的心愿完成了，守祠人的牺牲没有白费，所有的痛苦和挣扎，都在这一刻有了意义。
夕阳西下，老槐树的影子被拉得很长，银锁在沈知意的手里泛着淡淡的红光，像是在守护着这份来之不易的和平。虽然这场持续二十年的基因战争终于画上了句号，但众人心里都明白，守护的路还很长 —— 他们会带着母亲的遗愿，带着所有牺牲者的希望，继续守护这个世界，不让悲剧再次发生。
远处的天空，晚霞绚烂，像是在预示着一个充满希望的未来。苏沐辰握住沈知意的手，陆沉和傅子恒走过来，四人并肩站在老槐树下，看着江城的灯火次第亮起，心里充满了对未来的期待。这场关于基因与守护的冒险，终于迎来了最美好的结局，但……这真的是最终的结局吗？