龙岩屿地下舰坞的青铜闸门在刺耳的摩擦声中缓缓开启，氤氲的水汽裹挟着铁锈与桐油的气味扑面而来。吴铭伫立在“潜蛟号”高耸的舰艏，指尖划过冰冷的三层复合炮管，身后是三百名经过严苛选拔、眼神如饿狼般的新明海军学员——这是新明第一所海军军官学堂的首批毕业生，他们的盔甲由格物院特制的硫化橡胶与钢丝编织而成，轻便且能有效抵御跳帮战的劈砍。(内心oS：人力资源升级！专业化军事教育体系投入运营，军官素质将产生代差优势！)
然而庆典的钟声尚未敲响，噩耗便如冰锥般刺穿所有人的喜悦。一艘遍体鳞伤的通讯快艇冲入港湾，艇身布满深可见骨的爪痕与腐蚀性粘液，唯一幸存的了望兵被抬下时已精神崩溃，只会反复嘶吼：“鬼船！全是骨头做的鬼船！它们从海沟里爬出来了！”随艇发现的，还有半截刻着葡萄牙王室徽章的航海日志，其最后潦草的记载令人胆寒：“……‘深渊伯爵号’叛变……它们献祭了所有活人……龙骨变成了活物……”
(内心oS：超自然威胁介入！项目遭遇非科学范畴挑战，常规军事理论可能失效！)
吴铭即刻下令全军进入最高战备，同时派遣蒋瓛率精锐乘两艘改进型明轮蒸汽快艇（借鉴了部分英国“普罗米修斯号”技术），前往疑似事发海域侦查。临行前，吴铭将一枚雕刻着逆转圣马可狮子像的青铜罗盘交给蒋瓛（此物得自一位在马尼拉战役中阵亡的威尼斯籍佣兵队长）：“若遇非人之敌，此物或可指引生路。切记，你们的任务是观察与撤退，非死战！”
三日后，正值午夜大潮，龙岩屿外围的磁性水雷阵突然接连自爆，海面上浮现出幽绿色的诡异磷光！刺耳的、仿佛来自深渊的汽笛声撕裂了夜空，浓雾中缓缓驶出三艘庞然巨影——它们的船体由扭曲的沉船残骸、巨大的海兽骨骼乃至珊瑚礁强行糅合而成，桅杆上悬挂着破碎的黑色十字旗（条顿骑士团标志）与葡萄牙国旗，甲板上挤满了动作僵硬、眼眸闪烁着绿光的“船员”。它们无视任何警告，直扑龙岩屿主航道！
“开火！”吴铭怒吼。
新明岸防炮的链弹与开花弹呼啸而出，精准命中敌舰。然而，那些被击碎的“船体”竟以肉眼可见的速度自我修复，骨骼与木板疯狂蠕动重组！更可怕的是，一些被炮弹掀飞的“船员”落入海中后，立刻化作惨白的骨殖傀儡，沿着峭壁向上攀爬！
海战瞬间陷入绝望的境地。新明的炮火虽猛，却难以彻底摧毁这些不死的怪物。蒋瓛的侦查分队虽及时回援，他们的燧发枪弹丸对这些亡灵效果甚微，蒸汽明轮也被诡异的血肉触手纠缠。激战中，蒋瓛为掩护部下撤退，持吴铭所赠罗盘断后，竟被一股绿雾吞噬，生死不明！
消息传回，龙岩屿震动。吴铭双目赤红，却强迫自己冷静。他注意到，这些幽冥舰队似乎极度厌恶强光与高频声波（格物院此前为干扰敌方通讯而试验的装置偶然起到了效果），且总是在试图抢夺港内囤放的硫磺与硝石（火药原料）。(内心oS：敌方行为模式分析：疑似依赖负能量或某种化学物质维持存在，对特定物理效应敏感！)
“张衡！立刻改造所有探照灯，加装玻璃棱镜，聚焦紫外线（吴铭凭借现代知识提出设想）！李大匠，带人紧急组装‘震雷筒’——用蒸汽机驱动活塞，制造高频噪音！沉茂才，将库存硫磺、硝石与银粉（借鉴欧洲民间传说）混合，制成特种燃烧弹！”
新式武器被仓促送上战场。紫外线探照灯所照之处，亡灵船员身上冒出滋滋白烟，动作明显迟滞；震雷筒发出的刺耳高频噪音则让它们痛苦地捂住“耳朵”（某些残存的人类器官）；掺银燃烧弹更是能有效灼烧它们的躯体，延缓其再生速度。战局暂时稳住，但新明资源在飞速消耗。
与此同时，远在大明京师的徐妙锦正面临另一场无声的战役。
朱标虽因新明屡挫西夷而暂缓剿灭，但以方孝孺为首的清流集团及宫中宦官势力（如司礼监太监黄俨）从未放弃扳倒徐家、彻底掌控海外技术。他们利用吴铭献上的《格物全录》（部分经过删改或设置陷阱的技术），在仿制燧发枪、蒸汽机时频频“发生事故”，并大肆宣扬“海外奇技淫巧，实乃祸国殃民之源”。更阴毒的是，他们买通钦天监，将东南沿海出现的罕见赤潮与地震解读为“因海外逆臣擅动天工，引天怒地怨”，逼迫朱标下诏谴责新明，甚至试图切断与新明的一切民间贸易往来。
徐妙锦身处魏国公府，虽行动仍受限制，却凭借马皇后的些许庇护与徐达旧部的暗中协助，编织着一张精细的情报网。她敏锐地察觉到，清流们如此急切地泼脏水，背后定有隐情。她命贴身侍女（实为格物院早年派出的女学徒）秘密调查与那些“事故”相关的工匠与物料来源，最终发现所有“事故”器械的核心钢材均源自一位与黄俨过从甚密的晋商提供的“大同精铁”，而这些钢材在显微镜下（徐妙锦秘密持有吴铭送的简易显微镜）可见细微的气泡与杂质条纹——它们是故意被做了手脚的劣质品！
(内心oS：政治斗争中的技术博弈！对手利用技术壁垒和信息不对称进行抹黑！)
徐妙锦没有直接揭发，而是巧妙地通过马皇后身边的一位女官，将一份“民间匠人关于改善炼钢之法以防爆膛”的奏请（内含对问题钢材的隐晦质疑）混入其他文书呈送御前。同时，她让父亲徐达的旧部在朝议中“无意”提及：西班牙、葡萄牙使者曾多次想重金贿赂该晋商获取大明优质铁料而未果。一捧一踩之间，朱标起了疑心，下令暗中彻查晋商与黄俨的关系。
便在此时，姚广孝悄然拜访徐妙锦。这位深不可测的“黑衣宰相”带来一个更惊人的消息：他在研究《格物全录》时发现，吴铭给出的蒸汽机冷凝器设计图的一个微小偏差，若照之建造，非但效率低下，更易爆炸。但他计算后发现，若按“正确”方式修改，其效能远超想象。“有人不希望大明拥有真正的利器。”姚广孝意味深长地说，“而新明，似乎比我们更接近真理。”
徐妙锦瞬间明了：朝中有人不仅想搞垮新明，更想独占甚至扼杀这些可能改变国运的技术！她将计就计，借姚广孝之手，将“正确的”蒸汽机图纸通过特殊渠道“泄露”给工部一位真正醉心技术的郎中，并设法让一次成功的（使用合格材料并按正确图纸建造的）蒸汽机演示，恰好发生在朱标视察京郊水利工地之时。巨大的人力节省与效率提升，让朱标龙颜大悦，对《格物全录》的态度悄然转变。
新明与京师的危机，似乎都看到了一丝曙光。然而，吴铭与徐妙锦都清楚，龙岩屿外的幽冥舰队绝非终点。蒋瓛的失踪、葡萄牙日志的记载、以及那逆转的圣马可狮子徽章，都指向一个更庞大、更古老的恐怖正从深海中苏醒……而大明朝廷的暗流，也远未到平息之时。
武英殿内，方孝孺率领的清流集团发动了对新明的总攻。这一次，他们不再纠缠于具体罪证，而是直接上升到哲学高度：“陛下！吴铭所倡‘格物致知’，实乃悖逆朱子‘即物穷理’之真义！其言‘万物皆由微子构成’，否定理在气先；其行‘蒸汽机车’，违背天道自然；其政‘男女同工’，破坏人伦纲常！此非技艺之争，乃道统存亡之战！”
徐妙锦被急召入宫质询。她立于殿中，面对满朝文武的逼视，从容不迫地抛出三个问题：
“敢问方学士，朱子言‘格物致知’，可曾说过不可格新物、致新知？”
“再问诸位大人，若按‘理在气先’，则西洋夷狄枪炮之理在先，为何我等格之不得？”
“三问陛下，孔子删《诗》《书》、定《礼》《乐》，当时可有人斥为‘违背祖制’？”
她继而慷慨陈词：“新明格物，非为否定圣学，实为光大圣学！朱子若在世，见蒸汽之力可省民劳、见显微镜下微生物可防瘟疫、见燧发枪可御外侮，岂会斥为‘奇技淫巧’？恐将欣然曰：此正吾所谓‘即物穷理’之成果也！”
方孝孺勃然变色：“巧言令色！尔等海外立国，本就有违华夷之辨！”
徐妙锦立即反击：“三代之时，文王居西岐而王天下；汉唐盛世，长安洛阳胡商云集。华夷之辨在文化而非地理，在仁义而非血统！新明传播华夏衣冠、推行儒家教化于蛮荒之地，正是光大华夏文明！”
这场御前辩论持续三日，最终惊动深居简出的姚广孝。这位黑衣宰相深夜入宫，对朱标说出惊人之语：“陛下，老臣细读《格物全录》，发现其与阳明先生‘知行合一’之说暗合。若能在实践中求真知，在革新中守大道，或可开辟儒学新境……”
正当朝廷争论不休时，新明港的“文化反击战”取得突破性进展。格物院通过改良的印刷术，批量印制《科学三字经》《格物图解》，以通俗易懂的方式传播科学思想；说书人剧团创作出《吴铭大战西班牙》《蒸汽机传奇》等剧目，深受民众欢迎；更重要的是，在一次公开实验中，吴铭成功演示“雷电引火”，用科学原理解释了自然现象，极大动摇了神秘主义的根基。