建武九年（公元33年 癸巳年）
春天，正月，颍阳成侯祭遵在军中去世，刘秀下诏让冯异一并统领他的军队。祭遵这人，廉洁简约，做事小心，克己奉公，得到的赏赐都分给了士兵。他带兵纪律严明，所到之处，当地的官吏和百姓都感觉不到军队的侵扰。他选拔人才都用儒家的标准，喝酒作乐的时候，一定是高雅地唱歌、玩投壶游戏。临终前，他留下遗言要薄葬；别人问他家里的事，他始终没说什么。刘秀对他的去世格外悲痛，祭遵的灵柩运到河南时，刘秀穿着素服亲临吊唁，望着灵柩痛哭，十分哀伤。回宫途中，刘秀到城门前，看着运丧的车经过，眼泪止不住地流。丧礼结束后，刘秀又亲自用太牢的礼仪祭祀他。还下诏让大长秋、谒者、河南尹负责办理丧事，大司农提供费用。到下葬时，刘秀又亲临；安葬之后，还到他的坟前，慰问他的夫人和家人。之后朝会的时候，刘秀常常感叹说：“到哪儿能再找到像祭遵这样为国分忧、奉公守法的人呢！”卫尉铫期说：“陛下您太仁爱了，一直不停地哀悼祭遵，让群臣都感到又惭愧又敬畏。”刘秀这才不再提。
隗嚣又病又饿，只能吃干粮，又气又恨，最后去世了。王元、周宗拥立隗嚣的小儿子隗纯为王，聚集兵力据守冀县。公孙述派将领赵匡、田弇去帮助隗纯。刘秀派冯异去攻打他们。
公孙述派他的翼江王田戎、大司徒任满、南郡太守程泛率领几万人从江关出发，打败了冯骏等人的军队，接着攻下巫县以及夷道、夷陵，趁机占据荆门、虎牙。他们在长江上横着拉起浮桥、建起关楼，树立起木柱阻断水道，又在山上扎营，堵塞陆路，以此来抵挡汉军。
夏天，六月丙戌日，刘秀到缑氏县，登上轘辕山。
吴汉率领王常等四位将军，带着五万多人的兵力，在高柳攻打卢芳的将领贾览和闵堪；匈奴派兵救援，汉军作战不利。从这以后，匈奴势力越来越强盛，侵扰掠夺日益增多。刘秀下诏让朱祜驻军常山，王常驻军涿郡，破奸将军侯进驻军渔阳，任命讨虏将军王霸为上谷太守，来防备匈奴。
刘秀派来歙全面监督驻扎在长安的各位将领，太中大夫马援做他的副手。来歙上书说：“公孙述把陇西、天水当作屏障，所以才能多撑些日子。现在这两个郡要是平定了，公孙述也就没什么办法了。应该多挑选兵马，储备物资粮食。现在西州刚经历战乱，士兵百姓又疲惫又饥饿，如果用钱财粮食去招抚，他们的人就能够聚集起来。我知道国家需要供给的地方不止一处，费用可能不足，但这也是没办法的事啊！”刘秀觉得他说得对。于是下诏在汧县储备了六万斛粮食。秋天，八月，来歙率领冯异等五位将军到天水讨伐隗纯。
骠骑将军杜茂和贾览在繁畤交战，杜茂的军队打了败仗。
从王莽末年开始，各个羌族部落就进入塞内居住，金城的属县大多被他们占据。隗嚣没办法征讨，就只能安抚接纳他们，征调他们的人马来和汉军对抗。司徒掾班彪上书说：“现在凉州各郡都有投降的羌人，羌人披散着头发，衣襟向左开，和汉人杂居在一起。他们习俗不同，语言也不通，经常被一些狡猾的小官吏欺负掠夺，走投无路又气愤无奈，所以才会反叛。蛮夷引发的战乱，大多是这个原因。按照旧制，益州部设置蛮夷骑都尉，幽州部设置领乌桓校尉，凉州部设置护羌校尉，他们都拿着符节，负责安抚这些少数民族，处理他们的矛盾，每年按时巡查，询问他们的疾苦。还经常派翻译去沟通，了解他们的动静，让塞外的羌人成为官吏的耳目，这样州郡就能提前做好防备。现在应该恢复旧制，以此来显示威严，加强防范。”刘秀听从了他的建议，任命牛邯为护羌校尉。
有盗贼杀害了阴贵人的母亲邓氏和她的弟弟阴欣。刘秀非常伤心，封阴贵人的弟弟阴就为宣恩侯，又把阴就的哥哥侍中阴兴召来，想要封他，把印绶都摆在面前了。阴兴坚决推辞说：“我没有冲锋陷阵的功劳，可一家人好几个人都承蒙封爵赐土，这会让天下人失望，我实在不愿意这样！”刘秀很赞赏他，没有强行改变他的想法。阴贵人问他为什么，阴兴说：“外戚家族就怕不知道谦虚退让，嫁女儿就想许配给王侯，娶媳妇就盯着公主，我心里实在不安。富贵是有尽头的，人应当知足，过于夸耀奢侈只会被人讥讽。”阴贵人听了他的话很有感触，深深自我克制，始终没有为宗亲谋求官职。
刘秀把寇恂召回，任命渔阳太守郭汲为颍川太守。郭汲招降了山贼赵宏、召吴等几百人，让他们都回家务农，然后自己上书弹劾自己擅自做主。刘秀没有怪罪他。后来赵宏、吴等山贼的党羽听说了郭汲的威望，有的从江南，有的从幽州、冀州远道而来，不约而同地前来投降，络绎不绝。
莎车王康去世，他的弟弟贤继位，贤攻打并杀死了拘弥、西夜的国王，然后让康的两个儿子分别去做这两个国家的国王。
建武十年（公元34年 甲午年）
春天，正月，吴汉又率领捕虏将军王霸等四位将军，带着六万人从高柳出发攻打贾览，匈奴派几千骑兵来救援。双方在平城下接连交战，汉军把匈奴和贾览的军队打败，他们逃走了。
夏阳节侯冯异等人和赵匡、田弇交战将近一年，最后把赵匡、田弇都斩杀了。但隗纯还没被打败，将领们想暂且撤回去让士兵休息，冯异坚持不撤，大家一起攻打落门，却没有攻下。夏天，冯异在军中去世。
秋天，八月己亥日，刘秀到长安。
当初，隗嚣的将领安定人高峻带兵占据高平第一城，建威大将军耿弇等人围攻，一年都没攻下来。刘秀打算亲自去征讨，寇恂劝谏说：“长安处于中心位置，对周围的接应很方便，安定、陇西的人一定会因此感到震惊恐惧。您坐镇长安，就可以控制四方。现在士兵和马匹都很疲倦，还要去跋涉险阻之地，这对陛下您不安全啊。前年颍川的事，就是个深刻的教训。”刘秀不听。戊戌日，刘秀到了汧县。高峻还是不投降，刘秀就派寇恂去劝降他。寇恂带着玺书到了高平第一城，高峻派军师皇甫文出来拜见，言辞礼节都很傲慢。寇恂很生气，要杀了他。将领们劝谏说：“高峻有一万精兵，大多都是强弩手，西边挡住了陇道，多年都没被攻下。现在咱们想劝他投降，却反倒杀他的使者，这恐怕不行吧？”寇恂没回应，还是把皇甫文杀了，然后派他的副手回去告诉高峻：“你的军师无礼，已经被我杀了！你要是想投降，就赶紧降；不想降，就继续固守！”高峻非常害怕，当天就打开城门投降了。将领们都来祝贺，接着问：“请问您杀了他的使者，却能让他的城投降，这是为什么呢？”寇恂说：“皇甫文是高峻的心腹，是给他出谋划策的人。他这次来，言辞毫不屈服，肯定没有投降的打算。留着他，他就能继续给高峻出主意；杀了他，高峻就没了胆子，所以就投降了。”将领们都说：“这可不是我们能想到的啊！”冬天，十月，来歙和各位将领攻破落门，周宗、行巡、苟宇、赵恢等人带着隗纯投降，王元逃到蜀地。刘秀把隗嚣的族人都迁到京城以东。后来隗纯和宾客逃到匈奴，到武威的时候被抓住，然后被处死。
先零羌和其他部落侵犯金城、陇西，来歙率领盖延等人迎击，把他们打得大败，斩杀和俘虏了几千人。然后打开粮仓赈济饥饿困乏的百姓，陇右地区于是安定下来，凉州的交通也恢复畅通。
庚寅日，刘秀回到宫中。
评论
建武九年到十年，刘秀政权在军事、政治及民族事务等方面持续发展并面临诸多挑战。
军事上，祭遵的离世是一大损失，他廉洁奉公、治军有方，其作风深受刘秀赞赏与群臣敬重，他的去世引发刘秀深深的悲痛与追念，也从侧面反映出刘秀对优秀将领的重视与依赖。在对隗嚣势力的征伐上，虽隗嚣本人去世，但残余势力仍在抵抗，冯异等将领持续作战，展现出坚韧不拔的军事精神。然而，战事进展并非一帆风顺，如吴汉与匈奴作战不利，杜茂战败等，体现出当时局势的复杂性与军事斗争的艰难。
政治方面，刘秀在应对各方事务时展现出一定的决策能力。他听从来歙建议储备军粮，为后续作战做准备；对寇恂、郭汲等地方官员的任用也较为得当，郭汲在颍川成功招降山贼，稳定地方。在处理阴氏家族事务上，阴兴的谦逊退让以及阴贵人的克制，体现出刘秀时期外戚家族相对良好的风气，这也有助于维护政权的稳定。
民族事务上，羌族问题凸显，他们从王莽末年入居塞内后，常因受欺引发叛乱。班彪建议恢复旧制设置护羌校尉，刘秀采纳，这一举措对安抚羌族、稳定边疆意义重大。而在对高峻的劝降事件中，寇恂果断斩杀其使者从而成功劝降，展现出非凡的谋略与决断力，也反映出刘秀用人不疑，给予将领充分的信任与自主权。
总体而言，这两年刘秀政权在艰难中稳步推进统一进程，在军事、政治、民族关系等方面不断调整策略，逐步巩固统治基础，为国家的稳定与发展奠定了重要基础。