邓禹围攻安邑，都好几个月了，一直没打下来。更始帝的大将军樊参带着好几万人从大阳渡河，打算攻打邓禹。邓禹在解县南边迎击，直接把樊参给斩杀了。这时候，王匡、成丹、刘均又集合了十多万人的军队，一起进攻邓禹，邓禹这边战事不利。第二天，也就是癸亥日，王匡他们觉得这天是六甲穷日，不宜出兵，就没动。邓禹趁机重新整顿军队。到了甲子日，王匡全军出动攻打邓禹。邓禹下令军中不许轻举妄动，等敌军到了营下，才传令各将领，击鼓一起冲上去，把王匡他们打得大败。王匡等人都逃跑了，邓禹追上去斩杀了刘均和河东太守杨宝，终于平定了河东，王匡等人则逃回了长安。
张卬和其他将领商量说：“赤眉军眼看就要打过来了，咱们被消灭估计也没几天了。要不咱们抢一把长安，然后往东回南阳。要是这事搞不成，大不了再跑到湖池里当强盗去！”于是他们一起进宫，跟更始帝说这事儿，更始帝气得不搭理他们，也没人敢再提。更始帝派王匡、陈牧、成丹、赵萌驻扎在新丰，李松驻军在槀，来抵抗赤眉军。张卬、廖湛、胡殷、申屠建和隗嚣又合谋，想在立秋日祭祀的时候一起劫持更始帝，好实现之前的计划。更始帝知道了这事儿，就装病不出门，把张卬等人召进宫，打算全部杀掉。只有隗嚣称病没去，还召集了门客王遵、周宗等人带兵守着自己。更始帝犹豫不决，张卬、廖湛、胡殷怀疑有变故，就冲出去了。只有申屠建留在宫里，更始帝把申屠建杀了，然后派执金吾邓晔带兵包围隗嚣的府邸。张卬、廖湛、胡殷带兵烧门，冲进宫中与更始帝的军队交战，更始帝大败。隗嚣也突围跑回了天水。第二天早上，更始帝往东跑到新丰找赵萌。更始帝又怀疑王匡、陈牧、成丹和张卬是一伙的，就把他们一起召来。陈牧、成丹先到，直接就被更始帝给杀了。王匡害怕，带兵进了长安，和张卬等人会合。
赤眉军打到华阴的时候，军队里有个齐地的巫师，经常一边跳舞一边祭祀城阳景王。这巫师发疯似地说：“景王很生气，说‘你们应该当皇帝，为啥要当强盗！’”谁要是嘲笑这巫师，马上就生病，弄得军队里人心惶惶。方望的弟弟方阳劝樊崇等人说：“现在将军们带着百万大军，往西朝着都城进发，却没有个名号，就跟一群强盗似的，这可长久不了。不如立个刘氏宗室的人当皇帝，打着正义的旗号去讨伐，用这个来发号施令，谁敢不听从！”樊崇等人觉得有道理，而且那巫师说得越来越邪乎。等军队到了郑这个地方，大家就一起商量说：“现在离长安越来越近了，鬼神又这么作怪，得找个刘氏的人一起拥立他当皇帝。”
之前，赤眉军路过式县，掳走了原来式侯刘萌的儿子刘恭、刘茂、刘盆子三个人，让他们跟着军队走。刘恭从小学习《尚书》，跟着樊崇等人在洛阳投降了更始帝，又被封为式侯，做了侍中，留在长安。刘茂和刘盆子留在军队里，归右校卒史刘侠卿管，负责放牛。等到樊崇等人想立皇帝的时候，就在军队里找城阳景王的后代，找到了七十多个人，其中刘茂、刘盆子和前西安侯刘孝的血缘关系最近。樊崇等人说：“听说古时候天子带兵会自称上将军。”于是写了个木简，上面写着“上将军”。又拿了两个空白木简放在竹筒里，在郑县北边设了个坛场，祭祀城阳景王，那些三老、从事们都来参加大会。把刘盆子他们三个人安排在中间站着，按年龄顺序抽木简，刘盆子年纪最小，最后抽，结果抽到了写着“上将军”的木简。将领们都赶紧称臣下拜。刘盆子当时才十五岁，披头散发，光着脚，穿着破衣服，满身是汗，看到众人给他下拜，吓得都快哭了。刘茂对他说：“把木简收好！”刘盆子直接就把木简咬断扔了。之后，他们任命徐宣为丞相，樊崇为御史大夫，逢安为左大司马，谢禄为右大司马，其他人也都封了列卿、将军。刘盆子虽然当了皇帝，可还是早晚都要拜见刘侠卿，还经常想出去跟放牛的小孩一起玩。刘侠卿生气地制止他，樊崇等人也不再去看望他。
这年秋天七月辛未日，刘秀派使者拿着符节任命邓禹为大司徒，封酂侯，食邑万户。邓禹这时候才二十四岁。接着又商量选大司空的事儿，刘秀因为《赤伏符》里说“王梁主卫作玄武”，就在丁丑日，任命野王县令王梁为大司空。刘秀还想根据谶文让平狄将军孙咸代理大司马，大家都不乐意。壬午日，就任命吴汉为大司马。当初，更始帝任命琅邪人伏湛为平原太守。那时候天下大乱，到处都在打仗，只有伏湛这边很安稳，他安抚百姓。他的门下督想为伏湛起兵，伏湛把他抓起来杀了。从此，官吏和百姓都信任归附他，平原郡靠伏湛才得以保全。刘秀征召伏湛为尚书，让他负责制定旧有的制度。又因为邓禹西征，就任命伏湛为司直，代理大司徒的事务。刘秀每次出去征战，伏湛就留下来镇守。
邓禹从汾阴渡过黄河，进入夏阳。更始帝的左辅都尉公乘歙带着十万人，和左冯翊的军队一起在衙这个地方抵抗邓禹，邓禹又把他们打败赶走了。
宗室刘茂在京县和密县之间聚集人马，自称厌新将军，攻下了颍川、汝南，有十多万人。刘秀派骠骑大将军景丹、建威大将军耿弇、强弩将军陈俊去攻打他。刘茂就投降了，被封为中山王。
己亥日，刘秀到了怀县，派耿弇、陈俊驻军在五社津，防备荥阳以东。让吴汉率领建义大将军朱祜等十一位将军，在洛阳包围朱鲔。八月，刘秀又到了河阳。
李松从槀带兵回来，和更始帝、赵萌一起在长安攻打王匡、张卬。打了一个多月，王匡等人战败逃走，更始帝搬到长信宫居住。赤眉军到了高陵，王匡、张卬等人去迎接并投降了他们，然后一起联合进攻东都门。李松出城迎战，被赤眉军活捉。李松的弟弟李况是城门校尉，打开城门放赤眉军进去了。九月，赤眉军进入长安。更始帝一个人骑着马逃跑，从厨城门出去。式侯刘恭因为赤眉军立了他弟弟刘盆子当皇帝，就把自己绑起来关进诏狱。听说更始帝战败逃跑，他才出来，见到了定陶王刘祉。刘祉给他解开枷锁，一起到渭河边追随更始帝。右辅都尉严本，害怕更始帝跑了自己会被赤眉军杀掉，就带着更始帝到了高陵，自己带兵在那守着，实际上是把更始帝给软禁了。更始帝的将相们都投降了赤眉军，只有丞相曹竟不投降，拿着剑格斗而死。