林远站在京城税关的了望塔上，望着往来纳税的商队，手中紧握着新发现的密报——朝中反对派正与葡萄牙人勾结，计划用假银币冲击大明银市。夕阳将他的影子拉得很长，与城墙上的箭楼重叠。这场关乎国本的税制革新，不过是更大风暴的前奏。
与此同时，淮安的总督漕运部院衙门内，气氛紧张得如同拉紧的弓弦。自漕运改革后，这里表面上秩序井然，实则暗流涌动。严党残余势力虽在朝堂上被张居正打压，但在漕运体系中仍盘根错节，他们将漕运衙门视为最后的据点，展开了激烈的控制权争夺。
漕运总督刘秉义，原本是张居正推行漕运改革的重要支持者，但在利益的诱惑下，逐渐动摇。这日深夜，他的书房里烛光闪烁，师爷鬼鬼祟祟地进来，手中捧着一封密信：“大人，胡文远从南洋传来消息，只要您在漕运上给新政使绊子，事后保您位列三公。”刘秉义的手微微颤抖，他深知这是一条不归路，可想到家族的荣华富贵，心中的天平开始倾斜。
而在漕运衙门的下层，以粮道主事孙福为首的一派，也在蠢蠢欲动。孙福出身商贾世家，早年靠攀附严党谋得官职，掌控着漕粮转运的关键环节。他与扬州的盐商们勾结紧密，在银税改革中损失惨重，对新政恨之入骨。“张居正要断我们的财路，那就别怪我不客气。”孙福在密室中召集同党，“我们控制漕运调度文书，篡改船只出发时间，让北方的军粮供应不上，看朝廷怎么办！”
为了达成目的，孙福开始在文书上做手脚。他利用职权之便，将原本畅通的航线安排得混乱不堪，还伪造了大量船只维修记录。原本半月就能抵达宣府的漕粮，如今一个月都不见踪影。前线王崇古的军队急需粮草补给，这一拖延让局势变得岌岌可危。
林远得知消息后，心急如焚。他立即将漕运停滞的紧急情况写成密折，附上孙福篡改文书的初步证据，连夜通过八百里加急送往京城。张居正收到密折后，深知事态严重，当即面见万历皇帝。在御前会议上，张居正力陈：“漕运关乎国本，如今被奸人操控，若不及时处置，恐生大乱。恳请陛下下旨，授权林远会同漕运衙门彻查此事，并调淮安卫所驻军协助。”
万历皇帝沉吟片刻，朱笔一挥：“着令林远为钦差，彻查漕运乱象；淮安卫指挥使听其调遣，务必恢复漕运畅通。”
当林远手持圣旨抵达淮安时，漕运衙门已被孙福勾结的淮安知府控制。知府以“整顿漕运治安”为名，调集府衙差役封锁衙门，同时煽动部分被蛊惑的漕工罢工，码头上一片混乱。林远没有贸然行动，而是先秘密联络漕帮在淮安的分舵主王猛。
“王舵主，如今漕运蒙难，望您召集忠义兄弟相助。”林远将圣旨展现在王猛面前，“朝廷不会亏待为国立功之人。”王猛当即应允，暗中集结了三百漕帮精锐，等待行动时机。
林远又找到淮安卫指挥使周正。周正本就是张居正安插在地方的亲信，见到圣旨后，立刻表态：“末将愿听林大人差遣！”林远制定了周密计划：由漕帮弟子伪装成商贩混入漕运衙门附近，待信号一响便控制大门；淮安卫所军队则在周边布防，防止孙福等人逃脱。
行动当晚，暗影小组悄悄摸入衙门，解决了值守的差役。随着一声呼哨，漕帮精锐迅速控制住各个要道，淮安卫所军队也及时赶到。孙福见大势已去，仍负隅顽抗，最终被暗影小组生擒。林远在他的密室中搜出了与胡文远往来的密信，以及大量受贿账册，铁证如山。
至于漕运总督刘秉义，面对林远出示的证据，瘫倒在地，一句话也说不出来。林远将两人的罪证连同调查报告，再次通过八百里加急送往京城。张居正接报后，立刻在朝堂上弹劾二人。万历皇帝大怒，下旨革除刘秉义官职，抄没家产；孙福则被押解进京，交由三法司会审。
漕运衙门的这场内讧，虽然被成功平息，但林远深知，这只是严党反扑的冰山一角。在京城，反对新政的势力仍在暗中勾结，而海外的胡文远和葡萄牙人也在伺机而动。回到京城后，林远与张居正闭门商议，准备迎接下一轮的挑战。他们知道，即将全面推行的一条鞭法，将会触动更多人的利益，更大的风暴还在后面。
林远回到物流监查司，看着堆积如山的账本和尚未完善的改革方案，揉了揉太阳穴。“婉娘，你说我们能成功吗？”他轻声问。苏婉娘坚定地看着他：“一定能。我们已经迈出了第一步，只要坚持下去，总会看到曙光。”林远深吸一口气，重新投入到工作中。窗外，夜色深沉，偶尔传来更夫的梆子声，在寂静的夜里显得格外清晰。