襄阳分拨中心的冲天火光尚未在林远脑海中消散，新的危机已如阴云般笼罩而来。在紧急调配江陵、武昌分拨中心运力的过程中，一批本应运往京城的川蜀漕粮竟在途中神秘失踪。更令人心惊的是，负责押运的天枢护卫队中，有三名镖师离奇暴毙，死状诡异。
\"所有线索都指向内部。\"林远凝视着案头的验尸报告，眉头拧成死结。仵作的结论触目惊心：三名镖师皆死于一种西域奇毒，此毒无色无味，却能在三日内逐渐侵蚀心肺，而这种毒药在中原极难获取。苏婉娘将截获的密信呈上，泛黄的宣纸上仅有一行蝇头小楷：\"襄阳事成，速图漕粮。\"信末未署名，但暗纹水印与严党余孽此前往来信件如出一辙。
暗影小组紧急排查近期镖局人员异动，却发现一切看似如常。新招募的镖师皆有完备的举荐文书，就连后勤杂役的身份背景都能追溯到三代。然而，正是这份\"完美\"让林远心生疑虑。他召集物流学堂的算术弟子，将镖局人员的入职时间、经手货物、行动轨迹等信息全部录入特制的\"人员档案簿\"，试图通过数据分析找出破绽。
\"掌柜，您看这个。\"陈念指着账簿上的一组数据，声音微微发颤，\"三个月前新入职的镖师刘三，每次押运重要货物时，襄阳分拨中心总会出现异常。更蹊跷的是，他每月十五都会去城西的白云观，可道观道士却称从未见过此人。\"林远顺着陈念的手指看去，瞳孔骤然收缩——刘三入职的时间，恰好是严党在山西、河南分拨中心阴谋败露之后。
为了不打草惊蛇，林远扮作云游道士潜入白云观。在后院，他发现柴房地面有平行拖痕，尺寸与漕运木箱相符。墙角蛛网断裂处沾着深褐色线头，正是天枢护卫队镖师制服内衬的布料。当夜，林远带人撬开柴房地板，果然发现一条通往城外的暗道，暗道内留有与刘三靴印吻合的脚印。
然而，当他们准备抓捕刘三时，却发现人去楼空。刘三的房间里，只有半块啃剩的饼和一封挑衅信：\"林大人好手段，可惜晚了一步。\"信笺下方，赫然画着严党的标志性蝙蝠图腾。林远意识到，这背后必有更大的阴谋网络。
他立即启动\"清网计划\"，对镖局上下进行全面审查。林远让物流学堂的工匠改良\"墨印竹简\"技术，制作出\"密信鉴别器\"，又在镖局各重要场所设置此前研发的\"声纹监听装置\"——通过特殊构造的铜瓮与共鸣腔设计，能将方圆十丈内的对话清晰传入监听室。通过持续监控，厨房帮工李四每日倒入泔水桶的腐蚀强酸、账房先生王五与城东当铺的秘密往来，以及总教头赵猛的真实身份——严世蕃的心腹死士，都逐渐浮出水面。
林远以\"演练新式押运阵法\"为由，将所有可疑人员集中在镖局演武场。信号火箭升空后，天枢护卫队与暗影小组迅速控制住局面。面对确凿证据，赵猛等人供出阴谋：他们计划在京城漕粮交接时突袭，抢走粮食后诬陷天元镖局通敌，借此摧毁林远建立的物流体系。
审讯中，赵猛冷笑道：\"林远，严党在朝中根深蒂固，就算我们失败，还会有人站出来！\"林远继续追问，得知胡文远残余势力正与倭寇勾结，准备在东南沿海发动袭击，而襄阳大火、漕粮失踪只是障眼法。
这场肃清行动共揪出十七名严党密探，收缴密信三百余封。林远将情报呈给张居正后，立即加强镖局安保，命人研发\"身份核验令牌\"。站在镖局了望塔上，望着京城灯火，林远握紧佩刀。他知道，严党与倭寇的阴谋才刚开始，而他必须守护住大明的物流命脉。