海底隧道内，浑浊的海水裹挟着碎石在陈默四周翻涌，巨型培养舱散发出的幽蓝光芒在暗流中摇曳，如同来自深海的诡异呼吸。陈默死死盯着被冰封的苏曼，她苍白的面容在冰层后透出几分狰狞，胸口那根泛着金属冷光的导管正以肉眼可见的频率脉动，紫色波纹如涟漪般扩散，与城市中肆虐的病毒云产生着某种隐秘共鸣。
陈默握紧战术刀，刀刃刚触碰到冰层，一股刺骨寒意顺着掌心传来。就在这时，陆川焦急的嘶吼突然在耳机炸响：“快退出来！海底火山正在苏醒！”话音未落，隧道剧烈震颤，碎石如雨点般坠落，培养舱表面的冰层开始出现蛛网状裂痕。陈默目光一瞥，惊见苏曼冻僵的手指缝里露出半截照片，泛黄的相纸上，年幼的林浩和两个女孩站在樱花树下，三人笑容灿烂，其中穿白裙的少女脖颈处那枚新月胎记，与林浩手腕上的印记如出一辙。
“这到底是怎么回事......”陈默喃喃自语，正要伸手去拿照片，冰层轰然炸裂，无数寄生孢子如同黑色潮水，顺着水流向他扑来。千钧一发之际，林浩急切的声音从备用频道传来：“关闭推进器！那些孢子会追踪热源！”陈默迅速反应，立即切断能源，整个人蜷缩在黑暗角落，屏住呼吸。寄生孢子擦着他的面罩飞速掠过，在远处汇聚成发光的漩涡，散发着令人作呕的腐臭气息。
借着孢子微弱的蓝光，陈默发现冰层背面刻满密密麻麻的公式，字迹歪歪扭扭，似乎是在极端紧迫的情况下所写。核心位置，几个鲜红大字刺入眼帘：“双胞胎悖论——基因共鸣是钥匙，也是枷锁”。还来不及细想其中含义，海底火山喷发产生的巨大气浪猛然袭来，陈默被水流狠狠裹挟着撞向岩壁，眼前一阵发黑。
就在意识即将涣散之际，陆川驾驶的改装潜艇破墙而入，机械臂精准地钩住他的战术腰带，将他猛地拽入舱内。“林浩那小子破解了病毒协议！”陆川抹去脸上的海水，眼睛死死盯着监控屏幕，上面跳动的数据流令人心惊，“但北极基地正在启动终极程序，整个北冰洋的冰川都会变成病毒孵化器！一旦成功，全人类都将沦为变异的傀儡！”
回到地面时，沪市的夜空已被紫色闪电割裂，城市边缘不断传来爆炸的轰鸣声，浓烟滚滚。临时指挥部内，气氛紧张到了极点。林浩站在全息投影前，面色苍白如纸，太阳穴青筋暴起，双手在空气中不断划出虚拟符号，那些符号却又不断湮灭重组。“苏曼她们一直在用我的基因做实验...”他声音沙哑，带着难以掩饰的痛苦，“这些病毒根本不是用来毁灭，而是某种基因激活剂，他们要唤醒沉睡在人类dNA里的远古力量......”
突然，刺耳的警报声响起，城市边缘的净水厂方向腾起巨大的蘑菇云。陈默抓起卫星电话，还没开口，对面就传来经过变声处理的轻笑，那声音冰冷又充满疯狂：“猜猜看，当全城二十万新生儿同时激活远古基因，会诞生出怎样的新文明？”通话戛然而止，陈默心头一紧，转头看向林浩。
只见林浩突然捂住心口，痛苦地跪倒在地，他手腕上的新月胎记此刻已变成血红色，无数细小的触手正从皮肤下钻出来，蔓延至手臂。陆川迅速举起脉冲枪，声音发颤：“他要变异了！必须立刻控制住！”陈默却毫不犹豫地冲过去，按住林浩的肩膀，他体内残留的蓝色光点仿佛受到召唤，自动流向林浩的伤口。
在基因共鸣产生的强光中，两人的意识突然产生了奇妙的连接，同时看到了相同的画面：北极基地的中央实验室里，水晶棺中的少年缓缓睁开眼睛，他的瞳孔里倒映着整个地球的轮廓，嘴角勾起一抹意味深长的笑，而实验室四周，无数装满胚胎的培养舱正在剧烈晃动，仿佛下一秒就会破舱而出......