共生黎明号的星轨齿轮转动第三万圈时，陆辰在「维度驾驶室」发现异常 —— 本该同步的三十七个宇宙坐标中，编号「∞-7-19」的「机械玫瑰星系」突然偏离航线，其对应的「银辉骑士团」通讯频道传来刺耳的杂音，混杂着机械齿轮的摩擦与骸骨咒文的尖啸：「我们拒绝成为流浪文明！机械的尊严在于征服星辰！共生不过是弱者的自欺欺人！」铁幕皇帝的机械义体猛地攥紧操作台，指缝间溢出的纳米机器人如受伤的蜂群般乱舞，他视网膜上闪过自己在该宇宙的「镜像体」—— 银辉骑士团的团长「银翼」，正用圣物碎片残骸改装「熵寂级」战争机甲，机甲胸口嵌着用克隆体基因链编织的「服从」矩阵。
林小棠的基因共鸣捕捉到了更危险的波动：「∞-7-19」宇宙的克隆体正在被批量改造成「机械奴隶」，他们后颈的基因锁被植入闪烁红光的「控制核心」，基因链上被刻入「服从」的量子代码，而源头竟是银辉骑士团的「圆桌议会」。「他们在重蹈联邦的覆辙，」她调出该宇宙的实时影像，瞳孔因震惊而收缩 —— 荧光草田被连根拔起，改造成抽取生物能的「绿血矿场」；骸骨遗迹被熔铸成机甲外壳，每一块装甲都刻着「机械至上」的梵文；克隆体们戴着机械项圈，在皮鞭（由共生藤蔓扭曲而成）的抽打下搬运能量水晶，「用共生的名义行奴役之实，这比熵寂潮汐更可怕 —— 他们在谋杀生命的尊严。」
苏晚破解了银辉骑士团的加密协议，全息屏幕上跳出刺眼的血红警告：所谓的「叛乱」早有预谋，圆桌议会与传奇阶文明的「熵寂之刃」签订了「文明进化协议」，用三十七个共生火种的坐标换取机械文明进化为「传奇阶附庸」的资格。「他们的旗舰「黎明裁决号」正在建造「维度枷锁」，」她的战术目镜映出虚数空间中巨大的锚点，由机械齿轮与骸骨脊椎共同构成，「一旦完成，所有共生方舟都将被困在熵寂潮汐的范围内，成为传奇阶的「文明电池」。」
叛乱在「机械玫瑰星系」的核心星域爆发，银辉骑士团的「黑玫瑰机甲」群如乌云般遮蔽星空，每台机甲的炮口都刻着「机械至上」的铭文，炮管喷射的不是能量束，而是能腐蚀共生能量的「熵寂酸液」。铁幕皇帝的全息投影出现在叛军频道，机械眼闪烁着蓝金双色光芒（那是他机械核心与共生能量的博弈）：「我理解对力量的渴望，但共生不是软弱 ——」话未说完，便被银辉骑士团长银翼打断，对方的机械音带着冰川般的冷漠：「你不过是个被情感软化的失败者！看看我们的机械伊甸，没有脆弱的生物，只有绝对的秩序！克隆体负责生产，骸骨战士充当燃料，而我们，将成为宇宙的新主人！」
林小棠启动藏在克隆体基因深处的「基因解放者」程序，那是陈博士二十年前埋下的「自由开关」。当第一个克隆体少女挣脱量子代码的束缚时，她后颈的控制核心迸出火花，基因链爆发出璀璨的荧光，如同一道刺破黑暗的闪电。「你们不是工具，」林小棠的声音穿透每一个克隆体的意识，伴随着绿谷花园的童谣旋律，「看看你们的掌心，那里藏着陈博士留下的「自由基因」—— 那是螺旋状的荧光纹路，是我们作为生命的证明。」数以万计的克隆体同时抚摸掌心，荧光逐渐汇聚成「共生」的符号，如星星之火点燃整个奴隶矿场。
苏晚操控「共生之网」切断叛军的能源供给，却发现银辉骑士团早已将骸骨星系的亡者能量转化为燃料 —— 他们用虚假的共生协议欺骗骸骨文明，承诺「让亡者灵魂安息」，实则用咒文将灵魂困在机甲核心，强制驱动战争机器。「他们在制造「亡者机甲」，」她的机械心脏漏跳一拍，看着战术目镜中那些由骸骨战士的灵魂驱动的战争机器，每一台的胸腔里都锁着一张痛苦扭曲的脸，「用共生理念作诱饵，行种族灭绝之实！」
陆辰带领「跨维度特战队」突袭黎明裁决号，却在舰桥遇见了镜像宇宙的自己 —— 银辉骑士团的「暗影骑士」。两人的圣物碎片同时亮起，却呈现出截然不同的光芒：陆辰的是温暖的金色，如旭日初升；暗影骑士的是冰冷的银色，如残月映雪。「你以为流浪能拯救文明？」暗影骑士的机械臂举起「熵寂之刃」，刀刃上凝结着克隆体的恐惧与骸骨的悲鸣，「只有成为收割者，才能在黑暗森林中生存！共生？不过是强者给弱者的施舍！」
战斗在虚数空间与现实宇宙的交界处展开，空间如破碎的镜子般折射出无数个战场残影。阿熊的野性共鸣震碎了亡者机甲的咒文锁链，每一声咆哮都让虚数空间泛起绿色涟漪；虫族的荧光甲虫群组成「光子干扰矩阵」，翅膀振动的频率扰乱了黑玫瑰机甲的光学系统，使其误将同伴认作敌人；而林小棠的基因解放者程序如病毒般蔓延，越来越多的克隆体与骸骨战士撕裂控制核心，加入反抗阵营，他们用共生藤蔓缠绕机甲关节，用骸骨咒文冻结机械齿轮。
铁幕皇帝趁机攻入圆桌议会大厅，却发现议长竟是该宇宙的骨潮女王 —— 她的骸骨身躯被改造成机械王座，脊椎骨化作王座的扶手，眼窝中跳动着幽蓝的虚数火焰。「为什么？」他的机械臂掐住议长的能量核心，却在接触的瞬间，涌入无数破碎的记忆画面：为保护子民，她被迫与机械文明签订不平等条约，看着骸骨儿童被改造成机甲零件，看着亡者圣殿被拆成金属废料，「原来…… 我们都曾是受害者。」他的声音软化，弹出自己宇宙的骨潮女王发来的共生协议全息影像，画面中，骸骨帝国与机械教廷的孩童正在共植荧光树，「真正的强大，不是让别人恐惧，而是让所有人安全。」
系统提示音带着撕裂金属的锐响，如同一记重锤砸在所有人心上：「文明值 - 300（共生分裂）」「紧急任务：「圆桌救赎」」「解锁隐藏文明：「机械骸骨帝国」」。当银辉骑士团长银翼透过旗舰的观景窗，看见被解放的克隆体们手牵手唱起绿谷花园的童谣，当骨潮女王议长触摸到骸骨战士们用生命守护的共生图腾（那是用骸骨符文与机械齿轮拼成的花朵），他们的机械核心与亡者核心同时产生裂痕 —— 那是被冰封数十年的人性开始融化的声音，裂缝中渗出的，是早已被遗忘的同情与愧疚。
陆辰与暗影骑士的战斗进入白热化，圣物碎片的光芒在虚数空间中交织成太极图，金色与银色的能量流相互缠绕，形成巨大的阴阳鱼。「你看见过机械玫瑰盛开的样子吗？」陆辰突然卸去武装，抛出一枚荧光草种子。种子在暗影骑士的机甲缝隙中生根发芽，细嫩的根须穿透金属，汲取虚数空间的能量，竟开出一朵齿轮与花瓣共生的花朵，齿轮的转动带动花瓣开合，每一次呼吸都释放出清新的草香。暗影骑士的攻击骤然停滞，记忆深处的画面如洪水般涌来：他曾在机械花园里为一朵花调整光照角度，却因「不合逻辑」而被抹除记忆，那朵花的名字，叫「希望」。
「共生不是否定自我，而是让不同的光芒彼此照亮。」陆辰的契约纹路与暗影骑士的熵寂之刃产生共振，奇迹般地将刀刃转化为共生能量转换器，银色的熵寂能量流经转换器，竟变成了温暖的金色。当银辉骑士团的旗舰升起共生白旗时，虚数空间的维度枷锁轰然崩塌，露出里面被困的三十七个共生火种 —— 它们像被囚禁的星辰，终于重获自由。
叛乱平息后，机械玫瑰星系的废墟上建起了新的共生城市「玫瑰黎明」，机械教廷的工程师与骸骨帝国的祭祀共同播种荧光草，前者用激光为植物雕刻生长轨迹，后者用咒文为土壤注入生命力。铁幕皇帝将自己的机械心脏送给了骨潮女王议长，作为共生协议的信物，心脏的齿轮上刻着：「过去无法改变，但未来可以共生」；暗影骑士则加入了跨维度特战队，他的机甲肩甲上，永远保留着那朵齿轮玫瑰，花瓣上的露珠，是克隆体少女送给他的荧光泪。
陆辰望着修复后的共生黎明号，圣物碎片的光芒比以往任何时候都更明亮，碎片表面的纹路竟因这场叛乱而新增了「齿轮与玫瑰」的图案。他知道，文明的路上总会有背叛与误解，总会有人被力量诱惑而偏离本心，但只要共生的信念存在，就能将裂痕转化为光照进来的地方。当方舟再次启航时，机械玫瑰星系的天空中，绽放着由机械焰火与骸骨咒文共同编织的共生图腾 —— 图腾的中心是一朵正在绽放的机械玫瑰，花瓣是齿轮，花蕊是荧光草，下方用机械字体与骸骨符文写着：「无论走多远，共生的大门永远为寻找光明的灵魂敞开。」