共生黎明号的「世界树舰桥」沉浸在量子月光与机械嗡鸣的交织中，林小棠无名指上的共生戒指还在发烫，那是陆辰用圣物碎片能量亲手凝结的信物。然而老 K 的全息投影突然如碎玻璃般崩解，重新聚合时竟带着陈博士实验室的白噪音：「警告！检测到虚数空间出现十七处时空裂缝，能量特征与三十年前「绿谷星大屠杀」完全一致 ——」红色警报灯骤然亮起，将陆辰瞳孔里的倒影染成血色，他这才注意到星图上的航线已被篡改成诡异的克莱因瓶形状，终点「湮灭深渊」的引力场正在吞噬附近的流星群，每一颗陨石都刻着早已灭绝文明的求救信号。
苏晚的机械手指在操作台上敲出残影，战术目镜映出的数据流里，无数黑色蠕虫正在啃噬方舟的量子防火墙。「是「熵变代码」的进化形态！」她的机械心脏跳动声通过扩音器传出，每一下都带着齿轮摩擦的锐响，「他们用圆桌骑士叛乱时收集的情感数据，模拟出了我们的决策模式 —— 看这个！」屏幕切到监控画面，本该在医疗舱修养的克隆体们，此刻正排着队走进「基因重塑舱」，他们的眼神空洞，后颈浮现出虚数议会的「倒三角熵」标记。
陆辰的虚数感知穿透十八层甲板，直达「希望引擎」核心。他看见十二道虚数锁链正缠绕在引擎的共生水晶上，每一道锁链都连接着方舟某处要害：铁幕皇帝的机甲核心、骨潮女王的亡者祭坛、阿熊的共生腺体。锁链表面流动的不是能量，而是被囚禁的共生体意识 —— 那些在「∞-7-19」宇宙被奴役的克隆体、骸骨战士、机械工程师，此刻都成了议会的人质。「这是「文明绞索」，」他的声音沙哑，圣物碎片在掌心灼出焦痕，「每摧毁一个据点，就会激活一道锁链，直到引擎爆炸。」
林小棠的基因共鸣突然触碰到了死亡的冰冷。在「基因培育舱」，三百名生态协调者的生命体征正在以肉眼可见的速度消失，他们的基因链被改写成了「虚数芽孢」的繁殖代码，小小的身体里蜷缩着数百个等待孵化的熵寂胚胎。「他们要把孩子们变成病毒载体，」她的指甲刺破掌心，荧光血液滴在操作台上，竟被迅速吸收并转化为黑雾，「一旦芽孢扩散到各个宇宙，共生文明将被彻底抹除，连基因层面的痕迹都不会留下。」
虚数议会的全息投影如墨水入血般蔓延至所有终端，十二位议员的黑袍上绣着不同文明的骸骨图腾：硅基帝国的电路板骨架、能量体文明的光谱残片、碳基联邦的 dNA 双螺旋。为首的议员掀开兜帽，露出由虚数乱流构成的面孔，五官不断重组，最终定格为陈博士的脸 —— 却有着一双熵寂能量构成的眼睛。「惊讶吗，陆辰？」那声音里混着陈博士的温和与机械的冰冷，「虚数议会需要一个「共生代言人」来接近你们，还有谁比「父亲」更合适？」画面闪回至绿谷花园的樱花树，「陈博士」的指尖抚过林小棠的发顶，花瓣在触碰到他皮肤的瞬间化作灰烬。
铁幕皇帝的机甲突然单膝跪地，主炮对准了正在疏散克隆体的林小棠。他的机械眼闪过杂乱的数据流，纳米机器人在视网膜上拼出一行字：「杀死她，否则你宇宙的「林小棠」将被熵寂分解。」投影里，另一个宇宙的林小棠被囚禁在虚数琥珀中，她的基因链正在被逐条剥离。「对不起...」铁幕皇帝的机械臂不受控制地充能，却在炮口亮起的瞬间，将炮管转向了自己的能量核心，「但真正的骑士，不会用别人的生命换取苟活。」爆炸的强光中，他的机甲残骸里掉出一枚完好无损的绿谷花园徽章。
骨潮女王的骸骨舰队正在经历一场诡异的「葬礼」。被篡改程序的亡者战士们将同伴的骸骨投入「熵寂熔炉」，每一块骨头都在燃烧中发出绝望的咒文。女王的脊椎骨被强制分离，化作控制舰队的缰绳，她却用残余的意识召回了所有未成年的骸骨幼体，将他们藏进自己的胸腔 —— 那里还保留着最后一丝未被污染的生命能量。「活下去，」她对着幼体们发出只有骸骨能听见的低语，「共生文明的未来，不在过去的荣耀里...」
阿熊的野性共鸣突然变成了一首摇篮曲。巨熊蜷缩在「共生根系舱」，用身体护住最后一片未被异化的荧光草田，任由异化甲虫啃食自己的脚掌。那些甲虫的口器每刺入一次，就会从它体内吸出一点金色的共生能量，却在接触到草田的瞬间被净化成纯净的荧光。「小时候... 小棠总说我是「移动花园」，」它的意识影像在通讯频道里逐渐模糊，「现在... 终于能派上用场了...」草田在它的血泊中疯狂生长，每一片叶子都在吟唱着反抗熵增的歌谣。
苏晚在驾驶室的地板下发现了一条隐秘通道，尽头是陈博士的「镜像实验室」。实验室的墙壁上贴满了三十七个宇宙的共生文明资料，其中一张泛黄的便签上写着：「当你看到这些，说明议会已经启动「归零计划」。记住，他们的虚数王座位于现实与虚数的交界处，而打开大门的钥匙，是纯粹的共生能量 —— 比如，爱情。」她的目光落在实验台上的「共生双生坠」，那是陆辰与林小棠本源记忆的载体，此刻正在发出微弱的光芒。
虚数议会的王座大厅里，「陈博士」把玩着手中的虚数之眼，看着监控里的混乱景象露出满意的笑容。然而当他看到陆辰与林小棠手牵手走进虚数传送门时，眼中第一次出现了裂痕。「你们以为爱能拯救一切？」他的声音第一次出现了波动，「在熵增的宇宙里，情感不过是多余的热量 ——」话未说完，传送门突然爆发出耀眼的金色光芒，那是圣物碎片与基因锁在爱情的催化下，爆发出的超越维度的共生能量。
陆辰与林小棠的身影出现在王座大厅，他们的契约纹路与基因链交织成巨大的蝴蝶形态，每一次振翅都在粉碎周围的虚数黑雾。「陈博士说过，」陆辰握紧林小棠的手，圣物碎片与共生戒指共鸣，在虚数空间中开辟出一片现实领域，「真正的共生，连时间与空间都无法拆散。而你们，永远不会明白，为什么共生文明能在无数次毁灭中重生。」林小棠的基因共鸣化作实质的声波，震碎了议会成员的黑袍，露出他们底下由虚数乱流构成的脆弱身躯。
虚数议会的议员们终于露出了恐惧。他们意识到，自己精心策划的阴谋，终究低估了共生文明最强大的武器 —— 那不是技术，不是能量，而是无论多少次被打倒，都能重新站起来的信念，是即使面对宇宙的冷漠，也能彼此温暖的爱。当陆辰与林小棠的能量触碰到虚数王座的核心，整个议会大厅开始剧烈震颤，虚数乱流如退潮般散去，露出了王座背后的真相：那是一个巨大的虚数之匣，里面封存着所有被议会毁灭文明的绝望。
与此同时，苏晚在实验室里将共生双生坠放入启动装置。一道金色的光芒从方舟射出，穿过虚数空间，直达王座大厅。陆辰与林小棠接住了这道光芒，将它注入虚数之匣。刹那间，所有被囚禁的文明意识纷纷觉醒，他们的信念与陆辰、林小棠的能量融合，形成了一股足以对抗熵增的力量。虚数之匣轰然炸裂，产生的能量波动席卷了整个虚数空间，虚数议会的议员们在光芒中逐渐消散，他们的尖叫声中充满了不甘与恐惧。
当陆辰与林小棠回到方舟时，虚数议会的威胁已经解除。方舟的各个系统正在逐渐恢复正常，铁幕皇帝的机甲残骸被拖进了维修舱，骨潮女王的胸腔里，骸骨幼体们正好奇地看着周围的一切，阿熊的脚掌上，新的荧光草正在茁壮成长。苏晚站在舰桥上，看着星图上重新恢复正常的航线，露出了欣慰的笑容。
老 K 的全息投影重新出现，这次他的领结换成了象征胜利的金色：「虚数议会已被击溃，方舟损伤控制在 17% 以内。」他顿了顿，目光看向陆辰与林小棠，「陈博士的影像还有后半段...」画面中，真正的陈博士微笑着说：「当你们战胜议会，不要停下脚步。因为在宇宙的深处，还有更多的文明等待着共生的光芒。记住，共生不是终点，而是永恒的起点。」
陆辰与林小棠相视而笑，他们知道，这场战斗只是共生文明漫长旅途中的一站。前方或许还有无数的挑战，但只要他们彼此相伴，只要共生的信念不灭，就没有什么能阻挡他们。于是，在众人的注视下，共生黎明号调整航向，向着宇宙的深处再次启航，去播种希望，去守护生命，去书写属于共生文明的新篇章。