在南宋年间，有一个偏僻的小村落，名为杏花村。村子四周青山环绕，村中有一条清澈的小溪潺潺流过，溪边种满了娇艳的杏花，每到春天，杏花盛开，整个村子宛如仙境一般，故而得名。村民们大多以耕种和采药为生，日子虽然不算富裕，但也过得平静祥和。
然而，一场突如其来的瘟疫打破了这份宁静。起初，只是村里的几个老人出现了发热、咳嗽、浑身无力的症状，村民们以为是普通的伤风感冒，并没有太在意。可没想到，这病就像野火一般迅速蔓延开来，没过几天，村里的大半人都染上了瘟疫，卧床不起。
村里的郎中们使尽了浑身解数，熬制了各种汤药，但都无济于事。病人们的病情越来越严重，不少人甚至已经奄奄一息。整个村子弥漫着一股死亡的气息，村民们陷入了极度的恐惧和绝望之中。
就在大家感到无助的时候，一个消息传来：济公和尚正在附近的城镇游历。村民们仿佛抓住了最后一根救命稻草，立刻派了几个年轻力壮的小伙子去请济公。
几天后，济公摇着那把破蒲扇，哼着小曲，慢悠悠地走进了杏花村。他看到村里的景象，眉头微微一皱，但很快又露出了那招牌式的笑容。村民们纷纷围了过来，七嘴八舌地向济公诉说着瘟疫的情况，恳求他救救大家。
济公安慰大家说：“乡亲们莫要着急，贫僧济公既然来了，就一定会想办法治好大家的病。”说着，他便开始在村子里四处查看。他走进病人的家中，仔细观察他们的症状，还拿起病人用过的物品闻了闻。
经过一番仔细的勘察，济公心中渐渐有了数。他发现这次瘟疫的源头很可能是村边那口被污染的水井。原来，前些日子村里下了一场大雨，山上的泥石流冲进了水井，将一些腐烂的植物和动物的尸体也带了进去，导致井水受到了污染。村民们喝了这受污染的井水，才染上了瘟疫。
找到了病因，济公便开始着手治疗。他让村民们先停止饮用那口井的水，并组织大家在村子的另一头重新挖了一口新井。然后，他带着几个年轻的小伙子到山上采集草药。
济公在山上熟练地辨认着各种草药，他一边采摘，一边给小伙子们讲解草药的特性和用途。“这是金银花，能清热解毒；这是板蓝根，有增强体质的作用……”不一会儿，他们就采了满满一大筐草药。
回到村子后，济公在村中的空地上支起了一口大锅，将采来的草药放入锅中，加入新井的水，开始熬制汤药。熊熊的烈火舔着锅底，不一会儿，锅里就飘出了阵阵药香。
济公亲自将熬好的汤药一碗一碗地端到病人面前，耐心地喂他们喝下。他还安慰病人说：“乡亲们，这药虽然苦，但能治好你们的病，大家一定要坚持喝。”
然而，就在大家以为病情会逐渐好转的时候，意外发生了。有几个病情较重的病人喝了药后，不仅没有好转，反而呕吐不止，病情更加严重了。村民们开始慌乱起来，有人甚至怀疑济公是不是在骗人。
济公却不慌不忙，他再次仔细检查了病人的情况，又尝了尝锅里的汤药。突然，他哈哈大笑起来：“贫僧知道问题出在哪儿了！原来是这锅有问题。”原来，这口大锅之前是用来熬制猪杂的，锅壁上残留了一些油脂和杂质，影响了药效。
济公立刻让人换了一口干净的大锅，重新熬制汤药。这一次，病人喝下药后，病情逐渐有了好转。咳嗽减轻了，发热也退了，大家的脸上终于露出了久违的笑容。
为了防止瘟疫再次发生，济公还教给村民们一些预防疾病的方法。他让大家注意个人卫生，勤洗手、勤换衣服；保持居住环境的清洁，经常打扫屋子、清理垃圾；还告诉大家要合理饮食，多吃蔬菜水果，增强身体免疫力。
在济公的悉心治疗和指导下，没过多久，杏花村的瘟疫就被彻底控制住了。村民们恢复了健康，村子又恢复了往日的生机与活力。
为了感谢济公的救命之恩，村民们为济公举办了一场盛大的感谢会。大家敲锣打鼓，载歌载舞，还准备了丰盛的美食。济公却笑着说：“乡亲们，不用这么客气。贫僧济公四处游历，就是为了帮助那些需要帮助的人。只要大家都能健健康康、平平安安的，贫僧就心满意足了。”
从那以后，济公妙医瘟疫村的故事在杏花村流传了下来，成为了村民们口中代代相传的佳话，也激励着人们在面对困难和疾病时，要勇敢坚强，相互帮助。