在毛利侦探事务所内，众人围绕着阿笠博士的电脑，对着磁盘上复杂的加密程序一筹莫展。但灰原哀提出的符号与代码关联性假设，为破解工作带来了一线曙光。柯南、灰原哀和阿笠博士三人紧盯着电脑屏幕，将从星耀科技搜集到的奇怪符号与加密代码一一罗列对比。
“你们看，这个符号的曲线走向和这串代码的逻辑似乎有某种对应关系。”柯南指着屏幕上的一处，兴奋地说道。经过数小时的艰苦比对，他们逐渐发现了一些规律，某些符号确实能与特定的代码片段形成映射。阿笠博士迅速根据这些规律编写了一个破解算法，输入电脑运行。随着程序的运行，电脑屏幕上的代码开始快速跳动，众人的心也随之提到了嗓子眼。
“希望这个算法能奏效。”灰原哀默默祈祷着。终于，在漫长的等待后，屏幕上出现了一行提示：“加密破解成功80%，剩余部分需特定密钥。”虽然没有完全破解，但这已经是巨大的进展。柯南陷入沉思，他回想着在废弃工厂和星耀科技的种种经历，试图找出可能作为密钥的线索。
“会不会和那些企业高层有关？黑衣组织抓他们肯定有目的，说不定密钥就和他们身上的某些信息相关。”柯南突然说道。于是，众人立刻联系警方，获取了获救企业高层的详细资料，包括他们的身份信息、商业活动以及在失踪前的异常举动。
经过仔细排查，柯南发现其中一位名叫铃木健二的企业高层，在失踪前曾频繁与一个神秘邮箱联系。邮件内容大多被加密，但其中有一封未加密的邮件提到了一个日期——12月25日，这是铃木健二旗下一家公司的重要项目启动日，同时也是黑衣组织在废弃工厂实验计划中的一个关键时间节点。
“这个日期很可能就是密钥。”柯南说着，将12月25日输入电脑。随着回车键的按下，电脑屏幕上再次闪烁，最终显示“加密破解完成”。磁盘中的文件全部解锁，众人迫不及待地查看文件内容。
文件中详细记录了黑衣组织的“混沌源力”计划全貌。原来，黑衣组织企图通过一系列复杂的实验，将“混沌源力”从一个神秘的空间维度中释放出来。这种力量一旦释放，将具有重塑现实的能力，黑衣组织的幕后黑手妄图利用它重塑世界秩序，使自己成为世界的主宰。
而要成功释放“混沌源力”，需要在特定的时间、地点，利用特殊的仪式以及特定的“祭品”。那些失踪的企业高层，就是黑衣组织选中的“祭品”，他们身上的某些特质与仪式所需的条件相契合。此外，文件中还提到了一个隐藏在米花市地下深处的巨大设施，那是黑衣组织进行最终仪式的场所。
“我们必须马上阻止他们。”柯南看着文件内容，神色严峻。但此时，他们面临一个新的问题，虽然知道了最终仪式的地点，却不清楚具体的进入方式和内部结构。而且，黑衣组织肯定在那里布下了重重防御。
“我们可以从城市的建设规划资料入手，看看能不能找到关于那个地下设施的线索。”灰原哀提议道。于是，众人再次忙碌起来，阿笠博士利用自己的人脉，获取了米花市详细的建设规划档案。经过一番查找，他们发现了一份关于几十年前城市地下管道系统改造的文件，其中提到了一个被废弃的地下防空洞网络，其位置与磁盘文件中提到的最终仪式场所大致相符。
“这个防空洞网络很可能就是进入地下设施的通道。但我们不知道黑衣组织对它进行了哪些改造，里面肯定充满了危险。”柯南说道。
就在他们商讨如何进入地下设施时，毛利小五郎接到了一个神秘电话。电话那头的声音低沉而沙哑：“毛利小五郎，你们最好不要再插手黑衣组织的事情。你们以为破解了加密就能阻止我们吗？这只是个开始。如果你们还想活命，就放弃调查，否则，你们身边的人都会因为你们的愚蠢付出代价。”
说完，电话便挂断了。毛利小五郎脸色凝重地将电话内容告诉了众人。“看来黑衣组织已经察觉到我们破解了加密，他们开始威胁我们了。”毛利小五郎说道。
“哼，我们才不会被他们吓到。”元太挥舞着拳头说道。
“没错，我们绝对不能退缩。但我们也要小心，不能让身边的人受到伤害。”柯南说道。他深知，黑衣组织说到做到，接下来的行动必须更加谨慎。
经过一番商议，他们制定了一个详细的计划。柯南、灰原哀、毛利小五郎以及少年侦探团将分成两组，柯南和灰原哀一组，负责深入地下设施，寻找并阻止黑衣组织的最终仪式；毛利小五郎则带领少年侦探团在地面上负责接应和联络，同时确保周围居民的安全。为了应对可能出现的危险，阿笠博士还为他们准备了各种高科技装备，如便携式追踪器、烟雾弹、麻醉枪等。
一切准备就绪后，柯南和灰原哀来到了防空洞的入口。入口处被一块巨大的石板挡住，周围布满了灰尘和蜘蛛网，看起来已经废弃多年。柯南和灰原哀小心翼翼地推开石板，一股陈旧的气息扑面而来。他们打开手电筒，顺着狭窄的通道缓缓进入防空洞。
防空洞内阴暗潮湿，墙壁上偶尔有水滴落下，发出滴答滴答的声音。通道错综复杂，宛如一个迷宫。柯南拿出便携式追踪器，根据磁盘文件中提供的大致方向开始寻找地下设施的入口。在前行的过程中，他们突然听到了一阵轻微的脚步声。柯南和灰原哀立刻躲到一旁，只见几个黑衣组织成员巡逻而过。等巡逻人员走远后，他们继续前进。
终于，在经过一番曲折的寻找后，他们发现了一扇巨大的金属门，门上刻着与之前看到的符号相似的图案。这扇门显然就是地下设施的入口。柯南仔细观察门的周围，试图找到打开门的方法。
“柯南，你看这里，有一个密码锁，上面的符号和我们之前看到的有些不同。”灰原哀指着门旁的密码锁说道。柯南凑近一看，发现这些符号似乎是一种古老的文字，与之前看到的符号属于同一体系，但更加复杂。
“看来我们得破解这个密码才能进入。”柯南说道。他回忆着之前在各种线索中看到的符号规律，尝试解读这些古老文字的含义。经过一番思考，他在密码锁上按下了几个符号对应的按钮。随着一阵轻微的机械声，金属门缓缓打开。
门后是一条宽敞的走廊，两侧的墙壁上镶嵌着发出幽光的水晶，照亮了整个走廊。柯南和灰原哀沿着走廊前行，心中警惕着随时可能出现的危险。当他们走到走廊尽头时，眼前出现了一个巨大的圆形大厅。大厅中央有一个巨大的石台，石台上刻满了神秘的符文，周围摆放着各种奇怪的仪器。此时，黑衣组织的成员们正忙碌地进行着最终仪式的准备工作。
“我们来得正是时候，不能让他们完成仪式。”柯南小声说道。然而，他们刚踏入大厅，就被黑衣组织成员发现了。
“有入侵者！抓住他们！”一个黑衣组织头目大喊道。顿时，一群黑衣组织成员朝着柯南和灰原哀冲了过来。柯南迅速拿出麻醉枪，射倒了几个冲在前面的敌人。灰原哀则利用烟雾弹制造混乱，两人趁机朝着石台靠近。
但黑衣组织的防御十分严密，他们很快就从混乱中恢复过来，对柯南和灰原哀展开了更加猛烈的攻击。在激烈的战斗中，柯南发现黑衣组织似乎在等待着某个特定的时间点来启动仪式，而他们的目的就是在这个时间点到来之前阻止仪式的进行。
“灰原，我们必须尽快找到仪式的控制装置，破坏它。”柯南喊道。就在这时，一个身材高大的黑衣组织成员挥舞着一把长刀，朝着柯南砍来。柯南灵活地躲避着攻击，同时寻找着反击的机会。灰原哀则在一旁寻找着控制装置的位置。
经过一番激战，柯南终于找到了机会，他一脚踢飞了高大黑衣组织成员手中的长刀，然后用麻醉枪将其放倒。与此同时，灰原哀也发现了仪式的控制装置，它位于石台的底部。
“柯南，控制装置在这里！”灰原哀喊道。柯南立刻朝着灰原哀的方向跑去。但就在他们快要接近控制装置时，黑衣组织的幕后黑手出现了。他穿着一身黑色的长袍，脸上戴着一个银色的面具，看不清面容。
“你们以为能轻易阻止我吗？今天就是世界重塑的日子，你们谁也无法改变。”幕后黑手的声音冰冷而狂妄。他手中拿着一根散发着诡异光芒的法杖，轻轻一挥，一道强大的能量波朝着柯南和灰原哀袭来。柯南和灰原哀连忙躲避，但还是被能量波的余波击中，摔倒在地。
“就凭你们，还想阻止我伟大的计划？”幕后黑手一步步朝着他们走来。柯南和灰原哀挣扎着站起来，他们知道，此刻绝不能放弃。然而，面对如此强大的敌人，他们又该如何应对？在这千钧一发之际，地面上的毛利小五郎和少年侦探团是否能及时赶来支援？而黑衣组织的最终仪式是否会在他们阻止之前启动？一切都充满了悬念，柯南和他的伙伴们即将迎来一场前所未有的生死考验......