在阴阳鱼玉佩的事情告一段落之后，米花町又发生了一件离奇的事情。
一天清晨，米花医院的工作人员像往常一样准备对太平间进行例行检查，却发现一具原本应该停放在那里的尸体不见了。那是一位不久前因意外死亡的中年男子，他的尸体本应等待家属前来认领后安排后事，可如今却凭空消失了。
医院的保安迅速查看了监控录像，但却发现昨晚太平间附近的监控不知为何全部失灵，没有留下任何有用的线索。医院方面担心引起恐慌，也怕家属闹事，于是赶紧报了警。
目暮警官带着警员们赶到了医院，开始对这起离奇的事件展开调查。他们询问了当晚值班的医生和护士，据值班护士回忆，昨晚她在巡视的时候，太平间还一切正常，没有发现任何异常情况。
“我记得很清楚，我大概在凌晨一点的时候去太平间查看过，当时尸体还在那里，门也关得好好的。”护士心有余悸地说道。
目暮警官皱着眉头：“那之后呢？有没有听到什么奇怪的声音或者看到什么可疑的人？”
护士摇了摇头：“没有，之后我就回护士站了，一直到早上有人发现尸体不见了，我都没有再去过太平间。”
新一和志保也来到了医院，他们对这起案件同样感到好奇。新一仔细地检查了太平间的门窗，发现并没有被破坏的痕迹，仿佛尸体是自己凭空消失的。
“难道是有人故意偷走了尸体？可他们这么做的目的是什么呢？”小兰在一旁疑惑地问道。
志保双手抱臂：“一般来说，偷走尸体可能是为了进行非法的医学实验，或者是为了掩盖某些证据，但目前还不清楚到底是哪种情况。”
新一在太平间里来回踱步，突然，他发现地上有一些奇怪的脚印，看起来不像是医院工作人员的鞋印。他顺着脚印的方向找去，发现脚印一直延伸到了医院的后门。
“看来尸体是从这里被运出去的。”新一说道。
众人跟着新一来到了医院后门，那里是一条偏僻的小路，平时很少有人经过。目暮警官立刻安排警员去调查附近的监控，看看能不能找到可疑的车辆或人员。
就在这时，新一的手机收到了一条短信，短信上写着：“想要知道尸体的下落，就一个人来废弃的仓库，不要通知警察，否则后果自负。”
新一看着短信，陷入了沉思。他知道这很可能是一个陷阱，但为了找到尸体和背后的真相，他决定冒险前往。志保看出了新一的想法，她拉住新一的胳膊：“新一，这很可能是个圈套，我们不能贸然行动。”
新一轻轻拍了拍志保的手：“我知道，但如果我不去，就无法解开这个谜团，也不知道他们到底有什么目的。你放心，我会小心的。”
于是，新一按照短信上的指示，来到了废弃的仓库。仓库里阴暗潮湿，弥漫着一股刺鼻的气味。他小心翼翼地走进去，喊道：“我来了，你们在哪里？尸体在哪里？”
突然，仓库的门“砰”的一声关上了，四周响起了一阵阴森的笑声。
“工藤新一，你终于来了。”一个神秘的声音响起。
新一警惕地看着四周：“你们是谁？为什么要偷走尸体？”
神秘人没有回答他的问题，而是继续说道：“工藤新一，你总是喜欢多管闲事，这次你最好不要插手这件事，否则你会后悔的。”
新一冷笑一声：“我既然来了，就不会轻易离开。你们到底有什么阴谋，快说！”
就在这时，一群黑衣人从四面八方涌了出来，将新一包围在中间。一场激烈的战斗即将爆发，而新一能否解开太平间消失尸体的谜团，又能否全身而退呢？一切都还是未知数……