工藤新一和宫野志保解决了怪盗基德的事件后，还没来得及喘口气，又接到了一起新的案件——幽灵船诡案。
在东京湾附近的海域，最近出现了一艘神秘的幽灵船。据附近的渔民和船员们说，每当夜晚来临，雾气弥漫的时候，那艘船就会悄然出现，船身散发着诡异的幽光，而且船上似乎还隐隐传来奇怪的声音，仿佛是幽灵的哀号。
有一些大胆的人曾经试图靠近那艘幽灵船，但当他们接近时，却发现船上空无一人，只有一些破旧的设备和杂物，而且船的周围似乎有一股神秘的力量，让人感到毛骨悚然。
工藤新一和宫野志保带领着重案三组的成员们来到了东京湾。他们首先找到了几位目击者，详细询问了幽灵船出现的时间、地点和特征。
“那艘船看起来很古老，船身的颜色很暗淡，好像在海里泡了很久。而且船上的灯光很微弱，一闪一闪的，就像鬼火一样。”一位渔民心有余悸地说道。
“还有，我们听到船上有奇怪的声音，像是有人在哭泣，又像是有人在诅咒。”另一位船员补充道。
新一和志保听了目击者的描述后，决定在夜晚亲自去寻找那艘幽灵船。他们乘坐着一艘警用快艇，在东京湾的海域巡逻。
夜晚的东京湾，雾气弥漫，能见度很低。新一和志保站在快艇的甲板上，警惕地观察着周围的动静。
突然，志保指着前方喊道：“新一，你看，那是什么？”
新一顺着志保指的方向看去，只见在雾气中，一艘破旧的船缓缓浮现。那艘船正是传说中的幽灵船。
“靠近它。”新一说道。
快艇慢慢靠近幽灵船，新一和志保跳上了幽灵船。船上弥漫着一股腐臭的气味，甲板上到处都是灰尘和杂物。
他们小心翼翼地在船上搜索，发现船舱的门是关着的。新一和志保推开门，走进了船舱。
船舱里很昏暗，只有几缕月光从窗户照进来。他们打开手电筒，照亮了周围的环境。
突然，志保感觉到有人在背后拍了她一下。她猛地回头，却发现什么也没有。
“新一，我感觉有点不对劲。”志保说道。
“别担心，有我在。”新一安慰道。
他们继续在船舱里搜索，发现了一些奇怪的符号和标记。这些符号和标记看起来很古老，似乎蕴含着某种神秘的力量。
“这些符号和标记可能是解开幽灵船谜团的关键。”新一说道。
就在这时，他们听到了一阵奇怪的声音。声音越来越大，仿佛是从船的深处传来的。
“走，去看看。”新一说道。
他们顺着声音的方向走去，来到了一个房间。房间的门是半掩着的，里面传出一股刺鼻的气味。
新一和志保推开门，发现房间里摆满了各种实验设备和化学试剂。在房间的角落里，有一个巨大的水箱，水箱里装满了浑浊的液体，而在液体中，隐隐约约可以看到一些奇怪的生物在游动。
“这些是什么？”志保惊讶地说道。
新一走近水箱，仔细观察着里面的生物。这些生物看起来像是人类和鱼类的混合体，它们的身体上长满了鳞片，眼睛呈现出一种诡异的红色。
“这些可能是某种基因改造的实验品。”新一说道。
经过一番调查，他们发现这艘幽灵船曾经是一个非法生物实验室。实验室的负责人是一个疯狂的科学家，他一直在进行基因改造的实验，试图创造出一种能够在水下生存的人类。
但是，实验失控了，那些实验品变得异常凶猛和疯狂，它们攻击了实验室的工作人员，然后逃到了海里。
而这艘幽灵船，就是那些实验品的栖息地。每当夜晚来临，它们就会回到船上，发出奇怪的声音。
工藤新一和宫野志保以及重案三组的成员们决定消灭这些危险的实验品，防止它们继续危害人类。
他们使用了特制的武器，对那些实验品进行了攻击。经过一番激烈的战斗，他们终于成功地消灭了所有的实验品。
幽灵船诡案终于告破，工藤新一和宫野志保又一次用自己的智慧和勇气，维护了东京湾的和平与安宁。