倒吊十字架尸体案尘埃落定不久，城市的繁华商业区又突发危机。一家大型商场内被人放置了炸弹，而且炸弹安置者向警方发出了警告，要求在限定时间内支付巨额赎金，否则就引爆炸弹，让整个商场成为一片废墟。
柯南和灰原哀第一时间赶到商场外，此时商场已被警方紧急疏散，周围拉起了重重警戒线。警方负责人面色凝重地向他们介绍情况：“炸弹安置者通过匿名电话联系我们，要求在三小时内准备好五千万现金，并且不许追踪信号，否则后果不堪设想。我们已经派出拆弹小组进入商场排查，但商场面积太大，结构复杂，一时半会儿很难找到炸弹位置。”
柯南双眉紧锁，望着商场大楼思考片刻后说道：“炸弹安置者选择在商场放置炸弹，而且索要巨额赎金，显然是经过精心策划的。他们很可能利用商场的复杂环境来隐藏炸弹，增加我们寻找的难度。”
灰原哀点头表示认同，“从他们打电话警告警方的行为来看，这伙人并非单纯的恐怖分子，更像是有组织的犯罪团伙，他们的目的明确，就是为了钱。当务之急，我们要协助拆弹小组尽快找到炸弹。”
柯南和灰原哀跟随拆弹小组一同进入商场。商场内一片死寂，原本热闹的场景如今充满了紧张和恐惧的气息。他们兵分几路，从商场的各个区域开始仔细排查。
柯南负责排查商场的地下室，这里存放着大量的货物和设备，是隐藏炸弹的绝佳地点。他小心翼翼地穿梭在货架之间，不放过任何一个可疑的角落。在地下室的一个偏僻角落，他发现了一个被伪装成储物箱的可疑装置。
柯南立刻通知拆弹小组，拆弹专家迅速赶来进行检查。经过一番判断，确认这就是其中一枚炸弹，而且装置十分复杂，有多重触发机制。拆弹专家们全神贯注地投入到拆弹工作中。
与此同时，灰原哀在商场的顶层也发现了线索。她注意到一间办公室的窗户上有奇怪的反光，像是某种金属装置。进入办公室后，在办公桌下找到了另一枚炸弹。
时间一分一秒地流逝，距离炸弹安置者要求的赎金交付时间越来越近，而警方还没有锁定炸弹安置者的身份和位置。柯南深知不能轻易答应绑匪的要求，必须尽快拆除所有炸弹。
就在拆弹小组紧张拆除炸弹的时候，柯南和灰原哀通过对商场监控录像的分析，发现了几个可疑人员。他们在炸弹威胁电话打来之前，频繁出现在商场的各个关键位置，行为举止十分诡异。
警方迅速对这几名可疑人员展开追踪调查，终于在商场附近的一个废弃工厂里找到了炸弹安置者的老巢。警方迅速出击，将犯罪团伙一网打尽。
几乎同时，拆弹小组成功拆除了商场内发现的所有炸弹，一场巨大的危机被成功化解。商场恢复了往日的热闹，柯南和灰原哀又一次凭借他们的智慧和勇气，守护了城市居民的生命和财产安全。