一个狂风暴雨的夜晚，米花镇被笼罩在一片黑暗和雨幕之中。柯南、灰原哀和毛利小五郎、毛利兰等人因为案件来到了位于小镇边缘的一座废弃工厂附近。
警方接到报案，有人在这座废弃工厂里发现了一些奇怪的尸块，现场十分恐怖血腥。柯南和灰原哀跟着警方进入工厂，工厂内弥漫着一股刺鼻的腐臭味，四周的墙壁上布满了水渍和青苔，灯光闪烁不定。
柯南打开手电筒，仔细地在工厂内搜索着线索。在一个角落里，他发现了更多的尸块，这些尸块似乎是被人用利器切割后随意丢弃在这里的。灰原哀在一旁冷静地观察着周围的环境，她发现地上有一些奇怪的脚印和车轮痕迹，似乎凶手是用车辆将尸块运到这里的。
毛利小五郎在工厂的另一个地方找到了一些工具，看起来像是用来切割尸体的凶器。他推测这可能是一起残忍的谋杀碎尸案。
随着调查的深入，柯南和灰原哀发现这些尸块并不是属于同一个人，而是来自不同的受害者。他们开始对这些受害者的身份进行调查，通过一些线索，他们发现这些受害者之间似乎有着某种关联，都与一家神秘的公司有关。
就在这时，工厂外传来了一阵汽车引擎声。柯南和灰原哀赶紧跑到窗边查看，发现一辆黑色的轿车停在了工厂门口。从车上下来几个黑衣人，他们戴着口罩和手套，行色匆匆地走进了工厂。
柯南和灰原哀躲了起来，他们悄悄地观察着黑衣人的行动。黑衣人似乎是来寻找什么东西，他们在工厂内四处翻找，还不时地用对讲机说着一些听不懂的话。
突然，一个黑衣人发现了警方留下的痕迹，他紧张地对同伴说：“不好，有人已经来过了。”其他黑衣人立刻警觉起来，他们开始在工厂内搜索柯南等人。
柯南和灰原哀与黑衣人展开了一场激烈的追逐和躲藏。在追逐过程中，柯南利用工厂内的一些设备和障碍物，巧妙地避开了黑衣人的追捕。灰原哀则利用她的智慧和冷静，为柯南提供了一些帮助和建议。
最终，柯南和灰原哀成功地摆脱了黑衣人，并找到了一些关于凶手和神秘公司的重要线索。他们将这些线索交给了警方，警方根据这些线索展开了进一步的调查。
离开废弃工厂时，雨还在不停地下着。柯南看着手中的线索说：“这个案件越来越复杂了，背后一定隐藏着更大的阴谋。”灰原哀点点头：“嗯，我们要小心了，这个神秘公司可能与黑衣组织有关。”
毛利兰在一旁担心地说：“柯南，哀酱，你们一定要小心啊。”柯南和灰原哀相视一笑：“放心吧，我们会没事的。”
在接下来的日子里，柯南和灰原哀继续深入调查这个案件，他们能否揭开背后的真相，找出凶手和神秘公司的秘密呢？一切都还是未知数。