在一个阴雨绵绵的日子里，柯南、灰原哀和毛利小五郎等人受一位名叫藤井的企业家邀请，前往他位于郊区的豪华别墅参加一个聚会。藤井是毛利小五郎的一位老朋友，最近他的别墅附近发生了一系列奇怪的事件，让他感到十分不安，所以邀请小五郎前来帮忙调查。
当他们到达别墅时，发现别墅周围弥漫着一股压抑的气氛。别墅的管家带领他们进入客厅，藤井先生面色凝重地向他们讲述了事情的经过。原来，几天前的一个晚上，别墅的园丁在花园的角落发现了一具烧焦的尸体，警方虽然已经介入调查，但目前还没有任何头绪。
柯南和灰原哀立刻对现场进行了勘查。在焚尸的地点，他们发现了一些奇怪的痕迹，似乎是有人故意将尸体拖到这里进行焚烧的。而且，在尸体附近还找到了一些残留的布料碎片和一个奇怪的金属徽章。
灰原哀仔细研究了金属徽章，发现上面刻有一个神秘的标志，看起来像是某个组织的徽记。柯南则询问了别墅的工作人员和参加聚会的客人，得知最近藤井先生在生意上与一个竞争对手发生了激烈的冲突，那个竞争对手的公司标志与金属徽章上的标志有几分相似。
随着调查的深入，他们又发现了一些新的线索。在别墅的地下室里，有一间密室，密室的门被强行打开过，里面的一些重要文件也不翼而飞。柯南推测，这些文件可能与焚尸案有着密切的关系。
就在这时，别墅里突然传来了一声尖叫。他们赶到声音传来的地方，发现一名客人倒在地上，已经昏迷不醒。在他的身边，有一张纸条，上面写着：“这就是多管闲事的下场。”
柯南和灰原哀意识到，凶手就在别墅里，而且他还在继续作案。他们开始对别墅里的每个人进行仔细的调查，分析他们的行踪和动机。
在调查过程中，柯南发现藤井先生的女儿藤井美惠似乎对这件事情知道一些内情。她总是显得很紧张，眼神中透露出一丝恐惧。柯南和灰原哀找到了一个机会，单独与美惠谈话。在他们的追问下，美惠终于说出了真相。
原来，美惠与藤井先生的竞争对手公司的老板之子山本俊介相爱，但是两家的生意冲突让他们的爱情受到了阻碍。山本俊介为了让两家公司能够和解，偷了公司的一些机密文件，想要以此来劝说父亲放弃与藤井先生的竞争。然而，他的计划被公司的一位高管发现了，那位高管为了阻止他，将他杀害，并伪装成焚尸案，想要嫁祸给藤井先生。
而昏迷的那位客人，也是因为发现了一些线索，被凶手袭击的。
柯南和灰原哀根据美惠提供的线索，找到了凶手——那位竞争对手公司的高管。他们与凶手展开了一场激烈的搏斗，最终成功地将凶手制服，并交给了警方。
案件解决后，藤井先生对柯南和灰原哀表示了深深的感谢。而柯南和灰原哀也从这件事情中，再次感受到了人性的复杂和爱情的力量。他们知道，在这个充满黑暗和罪恶的世界里，爱与救赎永远是最强大的力量，能够让人们在困境中找到希望，走出阴霾。
在回家的路上，雨停了，阳光洒在大地上。柯南和灰原哀看着车窗外的风景，心中充满了感慨。他们明白，自己的使命还在继续，未来还有更多的挑战等待着他们，但只要他们携手共进，就没有什么能够阻挡他们追求正义和真相的脚步。