星陨联邦历3096年末，永夜城的霓虹在酸雨冲刷下扭曲成诡谲的光带。这座位于联邦边陲的“三不管”星域，此刻正被一层诡异的紫色薄雾笼罩。阿黎等人的飞船降落在城郊废弃的星港，零的机械耳坠疯狂闪烁，检测到至少十七种不同频率的混沌能量残留。“这里的能量波动像是被刻意搅拌过的鸡尾酒，”他调出全息扫描图，城市地图上密密麻麻的红点如同癌变的细胞，“每一处热点都对应着机械教团与艾尔文家族的交易痕迹。”
星野的星辰剑仿制版在手中微微震颤，剑身上的守护咒文映照着远处废弃的机械工厂。自从在母舰中发现交易密档，他总能在深夜梦到齿轮与血肉交织的恐怖场景，那些改造人空洞的眼神仿佛仍在注视着他。“工厂地下有东西在动，”他突然开口，瞳孔因感知到混沌能量而收缩，“规模比我们在母舰见到的还要大。”
清越的暗莲匕首滑出刀鞘，黑雾在她指尖凝聚成探测触手。她皱眉看着延伸向地底的黑色纹路：“这些混沌能量的走向...像是某种仪式的阵图。”明煦的光莲法杖亮起，圣洁光芒驱散了周围的薄雾，却在触及地面时发出刺耳的滋滋声——混凝土下埋藏的，是无数刻满玄冥符文的金属板，正源源不断地吸收着游离的混沌能量。
栖木的藤蔓突然暴涨，缠住一块松动的金属板。当藤蔓将其掀开时，众人倒吸一口冷气：地下深处，数以百计的培养舱整齐排列，里面浸泡着半机械半血肉的“半成品”，他们胸口的紫色晶体与记忆晶核中的影像如出一辙。“这是量产型混沌容器，”零的声音带着颤抖，在数据层截取到的加密信息正在他眼前飞速滚动，“而且...这些容器的意识模板，来自星陨联邦的普通民众。”
与此同时，朔月与黎昭在皇宫的星图室中，看着全息沙盘上不断扩散的红色警报。整个联邦已有十二座星域的能源中枢被植入恶意程序，那些由机械教团开发的“混沌蠕虫”病毒，正在将民用设施改造成能量收集器。“他们的目标是构建一个覆盖全宇宙的能量网络，”黎昭的指尖划过沙盘上的线路图，星核之钥在她胸前发出不安的嗡鸣，“一旦完成，艾尔文家族的巨型要塞就能直接从联邦星域抽取力量。”
程晚意带着侦查小队潜入永夜城的黑市。归墟破晓弓的意识结晶在混沌能量污染下变得黯淡，却依然能精准锁定异常波动。当她踹开一家名为“锈齿轮”的地下酒吧大门时，看到的是一群正在交易机械义肢的混混，那些义肢表面流淌着诡异的紫色纹路。“把货交出来。”她的箭矢抵住为首混混的眉心，却在对方扯掉衣领时愣住——他的脖颈处，赫然印着与母舰改造人相同的齿轮符文。
混混狞笑一声，按下植入体内的引爆装置。程晚意反应迅速，箭矢射向地面制造出爆炸缓冲，带着队员们冲出酒吧。但剧烈的爆炸还是引发了连锁反应，整座街区的建筑开始扭曲变形，混凝土与金属融合成巨大的机械怪物。“这些建筑本身就是改造体！”她通过通讯器大喊，“它们在吸收爆炸能量！”
阿黎等人在地下工厂遭遇了更棘手的敌人。当他们试图摧毁培养舱时，舱内的半成品突然苏醒，他们的机械义肢瞬间变形，有的化作激光炮，有的延伸出带毒的长鞭。星野挥舞星辰剑，守护咒文的光芒却只能暂时击退敌人；清越的黑雾在接触对方的机械部件时，竟被反向吸收转化为攻击；明煦的净化光束则被对方胸口的紫色晶体折射，反而误伤同伴。
“它们在学习我们的攻击模式！”阿黎大喊，将皇室血脉之力注入箭矢。当箭矢穿透一个半成品的胸口时，紫色晶体爆发出的能量却形成屏障，将众人困在中央。零在数据层疯狂寻找对方的控制中枢，却发现整个工厂的系统都被一种未知的量子代码加密，他的机械耳坠因为过载开始冒烟。
栖木的藤蔓突然缠上一个半成品的脖颈，双色瞳孔剧烈震颤。他的左眼净化之光与右眼混沌暗影同时爆发，竟强行读取了对方的记忆碎片。“它们的核心指令来自...永夜城的市政厅！”他的声音带着震惊，藤蔓将记忆画面投射在空中——市政厅地下，一个戴着银色齿轮王冠的人正在操控巨大的控制台，他的面容被兜帽阴影笼罩，但袖口露出的艾尔文家族纹身清晰可见。
朔月与黎昭立刻调动皇家舰队包围永夜城。当战舰群的主炮对准市政厅时，却发现整座建筑正在拔地而起，底部展开成巨大的机械要塞。“这根本不是市政厅，”黎昭的脸色苍白，“是机械教团的移动指挥中心！”要塞表面的炮口开始充能，那些紫色的能量束中，混杂着被污染的守护者血脉气息。
程晚意带领的地面部队在街道上与机械怪物激战。她的箭矢不断射向怪物的能源核心，却发现每当摧毁一个，就会有两个新的诞生。“这样下去不是办法！”她通过通讯器呼叫支援，却在抬头时看到了更可怕的景象——天空中，无数小型飞船组成齿轮阵型，正在向地面投放装满混沌孢子的容器。
阿黎等人在工厂的困境迎来转机。零终于破解了部分量子代码，关闭了半成品的行动系统。但就在他们准备撤离时，地面突然裂开，一个巨大的机械巨人破土而出。它的胸口镶嵌着完整的玄冥核心，手臂上缠绕着艾尔文家族的图腾锁链。“看来你们就是那些爱管闲事的小家伙？”机械巨人的声音震得整个工厂摇晃，“我是机械教团的首席执行官，齿轮亲王。而你们，将成为巨型要塞的第一批养料！”
星野握紧星辰剑，阿黎搭箭拉弦，清越凝聚黑雾，明煦举起法杖，栖木的藤蔓蓄势待发，零则在数据层寻找对方弱点。一场关乎星陨联邦存亡的决战，在永夜城的废墟上轰然展开。而在机械要塞的深处，齿轮亲王的嘴角勾起冷笑，他的手指轻抚过控制台上的紫色晶体——那里，储存着足以颠覆整个宇宙的终极阴谋。