林一陈被困在银色母舰的能量舱内，四周闪烁的幽蓝光束如牢笼般将他禁锢。培养舱中的黑袍人克隆体正缓缓睁开双眼，暗红瞳孔中流转的符文与记忆中黑袍人的狞笑重叠。舱壁上的数据流不断刷新，显示着分布在灵域各处的混沌之力激活装置已进入倒计时。
“你们以为共享力量就能换来和平？”被黑袍意识侵蚀的银色首领踱步而来，手中的能量刃划开空气发出刺耳的尖啸，“混沌之力本就该是毁灭的火种。”他抬手间，舱室的墙壁化作透明，林一陈透过舷窗看到母舰下方，数十艘穿梭艇正携带装置潜入灵域地脉。
千钧一发之际，林一陈突然将灵纹之力注入脚下的能量导管。银色文明的科技虽强，但能量传输本质仍遵循灵能流动的规律。他以灵纹归一之力模拟出逆向脉冲，瞬间引发舱内能量过载。剧烈的爆炸中，林一陈撞碎防护罩，顺着通风管道向舰桥逃窜。途中，他用灵纹通讯石板向虎娃发出紧急坐标，却发现信号被某种干扰装置屏蔽。
与此同时，虎娃带领的调查小队在灵域边境的幽荧石林陷入苦战。伪装成共生枢纽技术人员的黑袍残党操控着机械蜘蛛，这些机械生物的外壳不仅能反弹灵纹攻击，还能释放出腐蚀地脉的黑色黏液。虎娃的银蝶在黏液侵蚀下变得黯淡，他看着队员们接连倒下，突然想起林一陈曾说过的话：“对抗未知，需以变应变。”
虎娃咬破指尖，将逆脉之力混入灵纹，银蝶翅膀顿时染上血色。他驱使银蝶组成锁链，缠绕住机械蜘蛛的关节，同时指挥队员们用息壤灵纹制造出黏性土壤，将机械生物困在原地。但就在他们准备追击黑袍残党时，神秘人突然现身，玉笛横在胸前拦住去路。
“虎娃，立刻停止行动。”神秘人的声音异常冰冷，“银色文明的计划是经过灵纹学院高层默许的。”虎娃愣住的瞬间，神秘人笛声骤响，无形音波震碎了他的灵纹护盾。在意识模糊前，虎娃看到神秘人的袖口闪过黑袍人的暗纹——这位陪伴他们多年的盟友，竟也是阴谋的一环。
林一陈终于突破层层防线来到舰桥，却发现这里空无一人。主控台上的全息投影显示着灵域的三维地图，无数红点在各处闪烁，其中最刺眼的那个，正位于万象蜂巢下方。他的灵纹通讯石板突然震动，青羽的声音带着哭腔传来：“院长，学院...学院被银色生物占领了！”
赶回万象蜂巢的路上，林一陈看到曾经象征和平的共生枢纽已沦为战争堡垒。银色的机械巨像矗立在学院广场，炮口对准惊慌失措的灵纹师。赤霄带领着少数抵抗者在建筑间穿梭，他们用临时改造的灵纹武器与机械部队周旋。林一陈降落在战场中央，灵纹战剑划出五彩光芒，瞬间斩断两台巨像的机械臂。
“院长！神秘人带着银色首领进了典籍阁！”赤霄冲过来，手臂上的灵纹护甲布满裂痕，“他们好像在找初代灵纹大师的日记。”林一陈心头一震，他突然意识到，黑袍人真正想要的不是混沌之力的毁灭效果，而是日记中记载的“创世密钥”——据说掌握密钥之人，能重塑灵域的秩序。
典籍阁内，神秘人正将羊皮卷残页递给银色首领。“有了这个，混沌之力将成为我们手中的利剑。”银色首领狂笑，将残页按在典籍阁的石台上。古老的灵纹阵图应声亮起，地脉深处传来轰鸣，被封印的混沌之力开始躁动。林一陈闯入时，正看到银色首领将手伸向阵图中心的光团，而神秘人则转身拦住他的去路。
“一陈，你还是太天真了。”神秘人笛声响起，音波化作锁链缠绕林一陈的四肢，“从黑袍人第一次出现，就是我们计划的一部分。混沌之力本就该被唤醒，灵域的旧秩序早该被打破。”林一陈奋力挣扎，却发现神秘人的笛声中夹杂着某种能削弱灵纹之力的频率。千钧一发之际，他突然想起在银色母舰中看到的能量波动规律。
林一陈停止抵抗，将灵纹之力化作丝线融入神秘人的音波。当笛声再次袭来时，他顺着音波的轨迹反向攻击，神秘人措手不及，玉笛脱手飞出。林一陈趁机冲向阵图，却被银色首领的能量刃拦住。就在两人对峙时，虎娃带着残存的队员破窗而入，他的银蝶翅膀虽残破，却依然散发着坚定的光芒。
“院长，我破解了银色文明的通讯密码！”虎娃将一块数据芯片扔给林一陈，“他们在灵域各地设置了共振装置，一旦激活，混沌之力将彻底失控。”林一陈迅速将芯片插入阵图控制台，数据流疯狂闪烁间，他发现了更惊人的秘密：银色文明的母星早已毁灭，眼前这些人不过是被黑袍残党控制的傀儡，真正的幕后黑手，是一个自称为“混沌仲裁者”的神秘组织。
此时，地脉中的混沌之力已冲破封印，化作黑色龙卷风席卷灵域。林一陈看着疯狂的能量漩涡，突然想起初代灵纹大师日记中的最后一句话：“平衡非静止，乃动态共生。”他做出了一个惊人的决定——将灵纹归一之力与混沌之力强行融合。
“虎娃，用银蝶引导灵纹师们组成共生阵！神秘人，如果你还有一丝良知，就帮我稳定能量！”林一陈不顾虎娃的阻拦，纵身跃入混沌漩涡。他的灵纹在黑暗中亮起，将光明与黑暗的力量编织成新的纹路。虎娃含泪指挥众人，灵纹光芒在混沌中汇聚成巨大的结界，而神秘人在犹豫片刻后，终于举起玉笛，吹奏出古老的调和之曲。
银色首领见状，疯狂地启动了所有共振装置。但就在混沌之力即将暴走的瞬间，林一陈完成了灵纹的蜕变。新的混沌灵纹不再是单纯的力量对抗，而是形成了阴阳流转的动态平衡。黑色龙卷风被吸入灵纹漩涡，转化为柔和的能量流，重新注入地脉。银色母舰在能量冲击下解体，黑袍残党与机械部队灰飞烟灭。
战斗结束后，神秘人默默拾起破碎的玉笛：“对不起，我...我曾被混沌仲裁者控制了心智。”林一陈看着满目疮痍的灵域，疲惫地说：“真正的共生，或许就是连敌人都能找到共存的可能。”他们在废墟中重建共生枢纽，这一次，枢纽的核心不再是力量的交换，而是一座刻满阴阳灵纹的纪念碑。
赤霄和青羽带着学员们清理战场时，发现了银色文明遗留的加密硬盘。林一陈打开后，一段来自异星的影像浮现：在某个遥远的星系，一颗星球正在被混沌之力吞噬，而发出求救信号的，正是那个自称“混沌仲裁者”的组织——他们曾试图用混沌之力拯救母星，却最终导致了毁灭。
林一陈将影像公开给灵域全体，他站在重建的学院塔顶，望着天边新出现的彩虹灵纹，对围拢的学员们说：“我们的敌人，从来不是某种力量，而是对力量的执念。从今天起，灵纹学院将开设‘域外共生学’，因为我们的征途，不该止于灵域的边界。”
然而，在灵域之外的虚空中，无数闪烁的红点正朝着灵域的方向移动。混沌仲裁者的真正舰队，才刚刚启程......