混元维度枷锁的光芒尚未完全消散，多元宇宙的量子监测网便发出刺耳警报。在以「能量具象化」为文明根基的「聚能宇宙」，储存清洁能源的巨型能量库接连发生诡异爆炸，暗紫色的能量漩涡如贪婪的巨兽，将方圆数光年的星体吞噬殆尽。更令人毛骨悚然的是，被吞噬的能量并未消失，反而在宇宙深处凝聚成一个不断膨胀的暗紫色球体，其表面浮现出扭曲的符文，隐隐勾勒出混沌原始意志的轮廓。
与此同时，以「法则编程」为核心科技的「理序宇宙」遭遇前所未有的灾难。宇宙的基础法则被恶意篡改，重力与斥力颠倒，物质与反物质混淆，甚至连「存在」与「虚无」的概念都开始模糊不清。程序员们编写的修复代码刚注入系统，便被暗紫色的数据流吞噬，转化为强化混沌力量的工具。街边的行人突然凭空消失，又在百米外重组为面目全非的怪物，整个宇宙陷入秩序崩塌的恐慌。
秦逸的平衡印记泛起刺目的紫光，指引他来到聚能宇宙的能量核心。这里本该是光芒万丈的能源圣殿，如今却沦为暗紫色的炼狱。巨型能量管道扭曲成狰狞的怪物，不断喷射出腐蚀性的混沌能量。混沌原始意志化作一团漂浮在能量漩涡中的虚影，声音中带着胜利的嘲讽：「秦逸，混元枷锁不过是延缓死亡的绷带，原初混沌海的力量，终将撕碎一切！」话音未落，无数由混沌能量构成的「吞噬者」从虚空中涌出，它们形如巨大的章鱼，触须所到之处，物质与能量尽数被吸收。
为了阻止混沌力量的暴走，觉醒者们分成三支特遣队。小女孩带领科技精英深入理序宇宙的「法则中枢」，试图用「秩序编译器」重写被篡改的法则代码。他们驾驶的「理序号」战舰在数据流的海洋中艰难前行，却遭遇由混沌数据流组成的「逻辑吞噬者」。这些怪物能将任何代码转化为混乱指令，「理序号」的防火墙在攻击下节节败退。关键时刻，一位天才程序员发现逻辑吞噬者存在「语法漏洞」，通过编写递归悖论代码，成功将其困在无限循环中。
另一支由能量操控大师组成的队伍前往聚能宇宙，他们在能量核心布置「逆熵矩阵」，试图将混沌能量重新导入正轨。但随着矩阵启动，暗紫色球体突然剧烈震动，释放出「混沌能量潮汐」。汹涌的能量浪潮瞬间冲毁了大半防御设施，操控大师们以自身为媒介，强行引导能量流向，数人因能量过载而灰飞烟灭，只留下残破的铠甲漂浮在宇宙中。
秦逸独自面对混沌原始意志的虚影，战斗中他发现，暗紫色球体与各个宇宙的负面情绪产生了诡异共鸣。恐惧、绝望与愤怒如同燃料，不断增强着混沌力量。他立即通过全宇宙广播，呼吁所有文明放下成见，用希望与信念对抗黑暗。灵韵宇宙的艺术家们用作品传递温暖，圣歌宇宙的信徒们以祈祷凝聚力量，这些积极情绪化作金色的光芒，射向混沌球体。
然而，混沌原始意志早有准备。它突然引爆了潜伏在各个宇宙的「混沌火种」——那些在之前危机中残留的暗紫色晶体。时空裂隙再次出现，原初混沌海的力量透过缝隙渗透而出，混元维度枷锁发出不堪重负的嗡鸣。秦逸深知，单凭平衡印记的力量已无法扭转局势。他毅然将自己的意识与全宇宙文明的集体意志相连，从初代神农的传承中汲取最后的力量，挥动终焉之剑，斩出蕴含所有文明记忆与希望的「永恒秩序斩」。
金色的剑光与暗紫色的混沌能量激烈碰撞，爆发出的能量波动撕裂了空间。混沌原始意志的虚影发出不甘的怒吼，暗紫色球体开始崩解。但在毁灭前，它将核心力量注入一枚暗紫色的「混沌本源晶核」，晶核瞬间消失在时空裂隙中。战后，虽然危机暂时解除，但混元维度枷锁出现了明显裂痕，而那枚不知所踪的混沌本源晶核，如同悬在所有文明头顶的定时炸弹，预示着更大的危机即将来临。秦逸望着满目疮痍的宇宙，明白这场与混沌的战争，远未到真正的终点。