新皇元年二月，屋陵县大木厂镇孔家沟被“山贼”抄家。
新皇元年三月，汉西知府于二堂被刺身亡。
新皇元年五月，朝廷命宗室抚宁伯朱远为总兵官，兵部尚书白炎提督军务，并以太监唐真、木桂监军，合三省总兵讨伐林凰堡！
一时间三省疆域大兵云集，每省出兵一万，三师并进，直逼千里深山长谷。
新皇二年二月，湘阳卫指挥使王鑫认为林凰军会进攻屋陵县，于是先率领卫所百骑前往，企图提前占了县城，再组织青壮据守。
然而，王鑫虽然占了先机，调集民兵却不满千人，还不等他招募到更多人守城，刘千斤与苗龙、苗虎率领四千林凰军围城。
王鑫奸滑，先是虚张旗帜，多举火把，后又派出敢死队出城数里举火，装作援兵赶到。
奈何，刘千斤得林雨竹面授机宜，虽然有些不安，仍是围城不退。
终于，二月底，无计可施的王鑫被部下绑缚，屋陵县由刘县丞下令开城门投降。屋陵知县，已经在月初围城之时惊吓而死。
同年三月，兵部尚书白炎见各军进展慢，反被林凰堡占了不少乡里，甚至三个县城，他上奏朝廷统一指挥三省诸路士卒，分四路会剿。
同年五月，白炎因粮草被劫，只得暂时屯兵南阳。朱永进军南漳后，因吸入过多瘴气致病，只得按兵不动。
太监唐真、巡抚王节这一路军，被林凰堡诱敌深入，前后脱节，逐个击破，一万大军覆没。
唐真落入陷阱被竹钉透胸而死，王节则在逃跑途中摔入悬崖。
太监木桂、都指挥使田广这一路军从屋陵县南侧进军，本想攻打林凰堡本部。奈何这里地形狭窄，一万大军施展不开。
只一个流云堡，不过百名守军，竟然挡了他们七日，伤亡三千多人，却连石桥都没过去！
正当田广进退失据之时，偏逢山中暴雨。
田广本下了决心退兵，太监木桂却不甘心，力主对峙。果然，三日后，因雨水冲刷，官兵找出了山间小道绕至流云堡背后牛家坳！
木桂大喜，只留田广领千人在石桥虚张声势，他亲领五千人摸到牛家坳。
然而，还不待木桂绕后偷袭流云集，忽然间两山间水池泄开，造成了泥石流奔腾而下，势若万马！
可怜五千官兵，以及木桂尽数葬身于此，只逃出了后队两百余人！
田广得到败报，当场昏厥。
其手下将领，湘阳卫秋汛千户张英见势不妙，领兵投降林凰堡！
四路大军，两路无法前行，两路全军覆没！
同时，林凰堡大兵四出，劫掠诸府县，将平日名声极差的乡绅、豪强、贪官捉来公审，砍头的砍头，抄家的抄家。
虽然因此得到了周边数万百姓支持，却也得罪了众多权贵。
战报传回朝廷，新皇震怒。
兵部尚书白炎被罢免，抚远侯朱远被降爵留任。三省巡抚除已死的王节，其他两人被问罪下狱。诸卫所指挥使降职留用。
新皇虽然不忿，但暂时也无法组织起大军征剿，只得派了户部侍郎杨选为使臣，想要招安林凰堡。
然而，林凰堡开出的条件却是划地自治，朝廷如何能容忍？
打又打不过，招安又不成，新皇只得暂时冷处理。
新皇六年十月，朝廷稳定了边疆，击退北夷、西戎，这才腾出手来，抽调边军四万，卫所军两万。
同年十一月，新皇命右都御史项中，总督三省军务，率领八万大军，二次讨伐林凰堡！
新皇七年正月，项中抵达湘阳。
然而，让他心凉的是，随着各路士卒到达，他发现卫所军寡弱，边军则因为连战不休也疲惫不堪。
于是，项中上书朝廷，请求调动附近土司兵相助。
不曾想，土司兵为保全手中实力，出工不出力。项中大怒之下，派兵威逼，竟然把土司兵迫得归降了林凰堡！
新皇大惊，连发圣旨将项中调回京城。
八万大军讨贼，还没开始就结束了！
新皇八年四月，刑部尚书陆瑾瑜、给事中梁景、御史刘解等人上书弹劾项中有罪。
新皇默然。
同年五月，项中乞求致仁，新皇多次挽留，最终召还督察院仍任原职。
至此，朝廷对林凰堡视如不见，再无朝臣敢言其事。
直到四年后，新皇十二年初，左都御史李客上书。他认为既然不能武力镇压，不如编制里甲，宽其徭役，变流民为齐民，使之安居乐业。
新皇无奈赞同，命右都御史元杰经略其事，再次招安林凰堡。
元杰与李客观点趋同，他认为林凰堡本以山中百万流民为根本。因为三省旧年歉收，百姓饥荒只能入山就食，势不可挡。
天灾加上人祸，才导致朴实的百姓铤而走险。朝廷派大军镇压，只能适得其反，就算将这百万人都杀光，以后再有灾年，照样有流民入山。
元杰御前奏对出了三策：远年入籍的流民，给还田土；愿回原籍者，官发钱粮安置；加设府县卫所，在三省外立抚台。
新皇沉思数日后准奏，并命元杰赶赴林凰堡好言招抚。
元杰到了林凰堡，在其首脑林雨竹的安排下，亲往深山穷谷，七十二兵寨查看。经过数月商议，这才回京尽述所见所闻。
同年十一月，新皇下诏，开设林凰自治府，割三省部分州县划入府域，以安置流民。
自此之后，林凰虽为府，却与三省平级，归朝廷直管。治下重新设置为八县，其中屋陵县为府治。
入籍流民得十七万三千余户，遣归故土者一万六千余户。
另有两万六千户不肯出山，朝廷变通之下将七十二兵寨划地为县，以林凰堡为县治。
并且在此设立行都司和卫所，由林凰堡派员出任都指挥使、卫所指挥使。
至此，林凰府正式归属朝廷。千里深山长谷，虽仍有十万余人留居，却也最终编户在册，使朝廷知其虚实。
新皇年纪渐长，治国久了，也有所领悟：若他将这天下治理得好，山中又如何会聚集那么多流民？