暗物质生命体核心的神秘晶体在宇宙的哀嚎中闪烁，与文明之剑同源的气息让队长浑身一震。阿依娜残存的意识体突然发出尖锐提示：“检测到能量共鸣！暗物质核心晶体与文明之剑的本源存在量子纠缠！”这一发现，如同在绝望的黑暗中燃起一丝微弱的希望。
机械族中枢城废墟下，首席工程师在即将完全被暗物质侵蚀的最后时刻，将自己的核心意识上传至量子云端。他的声音带着电流杂音：“或许...我们能利用这股同源之力...”超维机器人的残骸开始自发重组，在暗物质的包围中形成特殊的共振装置，试图捕捉晶体的能量波动。
自然族濒临死亡的世界树突然发出耀眼的绿光，最后的生命精华汇聚成一颗种子。树灵们用尽最后的力量将种子送入暗物质浪潮：“生命...总会找到出路...”种子在暗物质中顽强生长，根系缠绕在暗物质生命体的肢体上，试图汲取其中的能量。
守秘者联盟的法典碎片在空中重新排列，组成一面“真相之镜”，映照出暗物质生命体的记忆片段。老咒术师的声音充满震惊：“这晶体...是上古时期被封印的混沌本源核心！它吸收了无数文明的毁灭之力，才变成如今的形态！”联盟成员们强忍本源被侵蚀的剧痛，开始施展古老的解封咒术。
队长握紧手中斑驳的文明之剑，剑身残留的金色光芒与晶体产生共鸣。沈梦璃和林羽的意识在剑中重新凝聚：“队长，我们或许能通过同源共振，瓦解它的核心！但这需要所有文明的力量！”队长的身体已经半透明化，但眼神依然坚定，他通过全宇宙意识网络向所有文明发出最后的号召：“我们已经知道敌人的弱点！为了文明的存续，再拼最后一次！”
特遣队的星舰在暗物质中艰难航行，舰体表面布满暗物质侵蚀的裂痕。阿依娜将所有数据整合，制定出精密的攻击方案：“必须在晶体共鸣的瞬间，发动全方位攻击！”队员们不顾身体正在暗物质化的危险，将自身能量注入武器系统，准备迎接最后的决战。
科技文明启动了隐藏的“维度锚定矩阵”，试图稳定被扭曲的时空；魔法文明以全族生命为代价，施展禁咒“命运回溯之术”，短暂延缓暗物质的侵蚀速度；机械文明将所有机械体改造成自杀式炸弹，准备在关键时刻引爆；自然族的新生世界树释放出净化之光，中和部分暗物质能量。
当所有文明的力量汇聚成一道彩虹般的光芒，队长将文明之剑刺入暗物质生命体的核心晶体。金色光芒与黑色暗物质激烈对抗，晶体开始出现裂痕。暗物质生命体发出愤怒的咆哮：“你们以为这样就能打败我？我可是混沌的终极形态！”然而，随着裂痕的扩大，晶体中封印的无数文明记忆开始苏醒，那些被毁灭文明的意志化作光芒，加入到对抗暗物质的战斗中。
宇宙在这场激烈的对决中剧烈震颤，时空不断崩塌与重组。最终，晶体在文明之力的冲击下彻底破碎，暗物质生命体发出一声悲鸣，开始消散。但在它消散的瞬间，一股更强大的能量波动从宇宙深处传来，似乎预示着这场战争还远未结束……