大宋徽宗政和年间，汴京顺天门外的金明池可是个热闹去处。这池子方圆九里三十步，原是后周世宗为操练水军挖的，到了太宗手里，引了金水河活水进来，赐名“金明池”。如今徽宗皇帝爱在池子里建殿宇、搭彩棚，每年三月初一到四月初八，老百姓都能进来逛逛，瞧瞧水戏，钓钓鱼。可谁能想到，这碧波底下，藏着个惊天的秘密。
汴梁城里有个叫纪成的汉子，在北司官厅当差，平日里爱钓鱼。这天他又扛着鱼竿到金明池，从早守到晚，鱼篓还是空的。眼瞅着太阳落山，伙伴们都满载而归，纪成心里正焦躁，鱼竿突然往下沉，像被什么重物拽着。他一狠心甩起鱼竿，岸上竟躺着只七八斤重的大乌龟，壳上布满青苔，眼睛泛着幽幽绿光。
纪成乐坏了，把乌龟装进鱼篓就往家赶。走到半路，身后传来沙哑的声音：“纪成，我乃金明池之王，放了我，保你全家荣华富贵。”纪成吓得冷汗直冒，回头一看，声音竟是从鱼篓里传来的。他正犹豫，太尉府的差人来催他回去办差，只得硬着头皮把乌龟背回了家。
到家后，纪成把乌龟的事告诉了娘子。纪娘子却不信，趁他不在，把乌龟杀了炖肉。当晚，纪娘子就怀上了身孕。可谁能料到，这乌龟可不是凡物，它本是金明池里修炼千年的玄龟，被铁链穿了琵琶骨封印在此。如今肉身被毁，玄龟的魂魄附在了纪娘子腹中的胎儿身上。
靖康元年，金兵南下，汴京大乱。纪成一家跟着难民往南逃，途中纪娘子难产，生下个女儿，取名月芽儿。这孩子生得奇怪，一出生就不哭不闹，眼睛里泛着绿光。纪成心里犯嘀咕，却不敢声张。
转眼间，月芽儿长到二八年纪，出落得如花似玉，可行为举止却越来越古怪。她常常半夜偷偷溜出家门，到湖边对着月亮发呆。纪成暗中观察，发现女儿竟能驱使水中的鱼儿，湖面上的月光也会跟着她的身影流转。
一天夜里，纪成跟着月芽儿来到湖边，只见她褪去衣衫，纵身跳入水中。湖面上顿时泛起绿光，一只巨大的玄龟浮出水面，龟背上驮着个蛇首人身的怪物。纪成吓得瘫坐在地，这才明白，女儿竟是玄龟的转世。
原来，玄龟被封印后，魂魄一直被困在金明池底。纪娘子误食玄龟肉后，魂魄被玄龟侵占，生下了月芽儿。如今玄龟借月芽儿的肉身复活，打算冲破封印，水淹汴京。
纪成跌跌撞撞跑回家，把事情告诉了娘子。夫妻俩抱头痛哭，不知如何是好。这时，一个老道找上门来，自称是龙虎山的张天师。他告诉纪成，玄龟是上古神兽，因触犯天条被封印在此，如今借尸还魂，必须用纯阳之血才能再次封印。
纪成咬咬牙，决定牺牲自己。他让张天师在金明池设坛做法，自己则手持祖传的七星剑，跳入湖中与玄龟搏斗。湖面上掀起滔天巨浪，玄龟张开血盆大口，喷出阵阵黑雾。纪成凭借着一股狠劲，用剑刺伤了玄龟的眼睛。张天师趁机念动咒语，一道金光从天而降，将玄龟重新封印在湖底。
玄龟被封印后，月芽儿也恢复了神智。她抱着纪成的尸体痛哭流涕，发誓要为父亲报仇。这时，金兵攻破了汴京，纪成一家跟着难民继续南逃。在逃亡的路上，月芽儿遇到了一个叫周闯的孤儿，两人相依为命，渐渐产生了感情。
周闯是个机灵鬼，他带着月芽儿一路乞讨，来到了临安。在临安，他们遇到了一个叫李大人的官员。李大人见月芽儿长得漂亮，便想纳她为妾。月芽儿为了生计，只好答应。可李大人的发妻却容不下她，处处刁难。
一天夜里，月芽儿偷偷跑出去见周闯，两人商量着私奔。可就在这时，李大人的儿子仁郎撞见了他们。仁郎年纪小，不懂事，吵着要告诉父亲。月芽儿一急，竟失手掐死了仁郎。周闯吓得魂飞魄散，拉着月芽儿就跑。
两人逃到镇江，周闯病倒了。为了给周闯治病，月芽儿只好去酒楼卖唱。一天，她在酒楼遇到了一个叫张万的富商。张万见月芽儿长得标致，便花重金赎了她。月芽儿本以为找到了依靠，却没想到张万是个花心大萝卜，家里已有三房妻妾。
月芽儿在张万家受尽了委屈，她想起了父亲，想起了金明池的水怪，心中的恨意越来越浓。一天夜里，她偷偷溜出张万的家，来到江边，对着月亮哭诉。这时，江面上突然泛起绿光，玄龟的魂魄再次出现。
玄龟告诉月芽儿，只要她能找到纯阳之血，就能解除封印，让自己重获自由。月芽儿想起了周闯，他正是纯阳之身。于是，她回到张万家，骗周闯说要和他私奔。周闯信以为真，跟着月芽儿来到江边。
月芽儿趁周闯不备，用匕首刺向他的心脏。周闯倒在血泊中，眼睛里满是不敢置信。月芽儿捧着周闯的血，倒入江中。江面上顿时掀起巨浪，玄龟的身影渐渐浮现。
就在这时，张天师带着一群道士赶到。原来，张天师早就料到玄龟会卷土重来，一直暗中监视着月芽儿。他念动咒语，天空中降下一道天雷，击中了玄龟。玄龟发出一声惨叫，化作一团黑烟消失了。
月芽儿看着玄龟消失，知道自己的复仇计划失败了。她跪在周闯的尸体旁，泪水模糊了双眼。张天师走到她身边，叹了口气：“冤冤相报何时了，你父亲为了封印玄龟丢了性命，你又何苦再搭上自己。”
月芽儿抬起头，眼神空洞：“道长，我该怎么办？”张天师说：“放下仇恨，好好活下去。玄龟已被彻底消灭，金明池的水怪传说也该结束了。”
月芽儿点点头，跟着张天师回到了临安。在张天师的帮助下，她在大相国寺出家为尼，每天吃斋念佛，为父亲和周闯超度。
金明池的水怪传说渐渐被人们淡忘，只有偶尔在暴雨夜，还能听到湖底传来低沉的哀鸣。有人说，那是玄龟的魂魄在忏悔；也有人说，那是纪成在守护着汴梁城。但不管怎样，金明池依然波光粼粼，见证着大宋王朝的兴衰荣辱。