沂蒙军区在高速发展之时，皖南也不平静。1939年1月、3月日军两次占领繁昌，三支队在谭司令的带领下两次把日军逐出繁昌。现在日军又蠢蠢欲动，三支队严阵以待。除了要应对日军的威胁以外，国军又开始与新四军摩擦不断。
云岭原新四军军部所在地，现在这里已经大变样。因为工厂、作坊密集以及新四军屯垦农渔牧业的发展，云岭已成为了贸易重镇了。虽然大多数交易在泾县完成，但大家都知道新四军赚了大钱了。不出所料引起了周边军队，地方政府的眼红。特别是军部搬离云岭去了茅山之后，各路牛鬼蛇神就冒了出来了。
首先是第三战区停发了新四军的军饷，从第三战区传出来的风声是新四军赚了那么多钱，也不会在乎这点军饷了。然后又是各路神仙设卡拦截商队收取好处，美其名曰是盘查日军特务。至于谁是特务，那就是他们上嘴唇一碰下嘴唇的事。然后又有大人物来到云岭，要求代理飞马牌香烟，而且是全国唯一代理。或者要入干股。留守皖南的三支队谭司令当然不会同意，严词拒绝。于是问题愈演愈烈，当地政府又以新四军偷采国家矿产资源的名义，要对新四军进行制裁，同时还要封闭新四军矿厂，让谭司令不胜其烦。
第三支队在铜繁地区驻守已经有大半年了，在这里部队的发展受到很大的限制，做什么都得束手束脚，新五团到现在都只能以沙州游击队的名义活动。老六团去了苏南发展，现在的规模都比三支队大多了。
叶军长回来了，就是在这种情形下从茅山根据地回到云岭。他是准备去上饶与第三战区交涉，中途转道云岭。他也是一肚子的火。自从回新四军后，军部迁到了茅山。他正准备在苏南大显身手时，就碰到这种狗屁倒灶的事。来云岭之前军部首长之间作了沟通了，都觉得军部撤到茅山是正确的决定，不说在皖南回旋余地小，就这些事情就让人烦不胜烦。天天纠结这些事，哪有多余心力去打日军。
大家一商量，觉得与其让国府、国军慢慢整死这些工矿企业、还不如慢慢把这些工矿企业向江北根据地转移，转到大别山、沂蒙山。定下决策后，军部委托叶全权处理这些问题，也可以适当向国府、国军让些利，先稳住他们。
目前驻守皖南的新四军有四个团：新组建的独立团驻守云岭，新五团驻守凤凰山，五团、六团（新组建）驻守繁城、南陵周边。
叶首长回到皖南后，首先与谭司令一起检查了部队的训练与布防，检查的结果比较满意。他又向谭司令详细询问了这段时间发生摩擦具体原因，与谁发生了摩擦。了解事情的来龙去脉后，他向谭司令传达军部决定：慢慢把工厂设备，技术人才向江北转移，股份民用工厂部分也要慢慢找人脱手。
而后叶启程去了上饶，与第三战区司令部交涉。经过一段时间与战区谈判、讨价还价，结果出来了，有好有坏。新四军的军费领了回来，还算接最初新四军编制发放，虽然不多，但是对于这点，他非常坚持，不管军费多少，物资多少，是新四军作为国家合法军队地位的证明。同时他也被迫同意向周边各县市交纳一笔额外税收，换取对方撤除卡点，保证商路通畅。另外新四军每月还要按出厂价给出一定份额飞马牌香烟分配给第三战区。就因为处理这些事，来来回回，前前后后浪费了他半个多月的时间，也真是无可奈何了。办完这些事后，他又要从上饶赶回到皖南落实。这时皖南局势已经非常紧张，内线传来情报，鬼子即将进犯繁昌。
1939年5月下旬，日军第三次进犯繁昌，日军调来驻安庆的松木联队一部约900余人，以600余人增援荻港，300余人增援伏龙山、峨桥据点。
5月20日，驻荻港日军700多人，分两路向繁昌进犯。一路攻乌金岭、马厂一线，一路直奔孙村。
新四军第三支队采用机动防御方式打击日军。 从20日至23日，新四军第三支队分别在荻港东北马鞍山之间、黄毛岭、铁矿山与乌金岭之间、枯竹岭、孙村以东观音庵、余沟，以及乌金岭、铁矿山、横桥山一带，多次打击日军。 23日，日军占领新屋基，新四军集结主力部署于周围，准备反攻。拂晓，日军撤退。
此次战斗，新四军毙伤日伪军300多人，自身伤亡100余人。
战斗完成后，首长放下心来。皖南的事也都落实了下来。等他回到了茅山。时间已经是6月了，回想到在第三战区以及皖南周边政府碰到形形色色的人和事，他心中也是无奈。他将此次交涉的情况及皖南形势通报了军部。军部就更加确定了皖南慢慢疏散的决心。他从军部得知，粟 裕部与黄 克诚部已经在盐城以南会师了。苏北、苏中根据地连成了一片，新四军在长江以北有更大的战略纵深。在经济上，苏北、苏中新四军选择了盐业为突破点，发展经济。沂蒙军区405团划归了苏中根据地，但苏中根据地力量还略显单薄。军部想调江抗叶 飞部北上加强苏中的力量。
叶 飞是以江抗二纵的名义在太湖以东活动，发展的比较顺利，结合当地的抵抗力量，江抗又扩编了一个纵队，定名为江抗三纵。
叶首长同意，同时建议江抗三纵才成立没有多久，二纵要协助三纵做好整编训练工作，与三纵交接好才能走。
项 副军长点点头。他又提出叶飞北上时，他将一同前往苏中。而后去苏北、沂蒙军区视察，看看根据地发展的真实面貌。
大家都没有意见。其实叶也想去看看江北、山东的根据地发展到了怎样的程度，但军部不能没有人留守。