……上集回顾……
宝太郎在炼金教室反思哥查德驱动器的责任，凛音与崔飞分别给予他鼓励与警告，坚定了他拯救同伴的决心。
与此同时，格里恩在冥黑基地谋划新时代，命令伽耶利亚和拉奇涅蕾丝强行带阿特洛波斯姐妹回归。
阿特洛波斯和克洛托在逃亡中被围堵，凛音与宝太郎及时赶到，凛音吸收阿特洛波斯力量进化成王权驱动器，与伽耶利亚展开对决并将其击败。
格里恩因拉奇涅蕾丝带回克洛托而决定用其再炼成贤者之石，同时派遣阿尔萨德和海尔克雷斯寻找剩余克米卡……
…现在，冥黑死亡面具基地祭坛…
“拉奇涅蕾丝，将克洛托带上来！”格里恩的声音再次响起，这次带着不容置疑的冷冽。
拉奇涅蕾丝微微一颤，但很快恢复镇定，她尖笑着回应：“遵命，大人。”
随后，她转身快步离开祭坛，从冥黑传送门那里将昏迷的克洛托给带到了祭坛上，并且绑在了上面。
拉奇涅蕾丝将昏迷的克洛托粗暴地扔在祭坛上，黑晶藤蔓像毒蛇一样迅速缠绕住她的身体，将她牢牢地固定住。
“格里恩！你这是要做什么？”克洛托缓缓睁开眼睛，看到周围的景象，以及自己被束缚的状态，声音虚弱却充满愤怒。
格里恩没有回答，他手中的黄金魔方已经停止了闪烁，猩红的潮汐完全平静下来，仿佛一头沉睡的巨兽被彻底唤醒。他缓缓地举起魔方，对准克洛托。
“克洛托，我的女儿，你的力量强大且纯粹，是完美的再炼成材料。”格里恩的声音低沉而沙哑，听不出一丝感情，“为了新世界的诞生，你将成为最耀眼的基石。”
“新世界？你所谓的‘新世界’就是将所有人都变成没有思想的傀儡吗？”克洛托挣扎着，黑晶藤蔓勒入她的皮肤，渗出点点血珠，“你永远也得不到你想要的！”
格里恩的脸上露出一丝诡异的笑容：“克洛托，力量，才是这个世界的唯一法则。而你，将是我力量的源泉。”
他手中的魔方开始发出耀眼的红光，祭坛上的法阵也跟着亮了起来，复杂的符文像活过来一样蠕动着，将克洛托包围在其中。
“不要！”克洛托绝望地嘶吼着，她能感受到一股强大的吸力从魔方中传来，她的生命力正在被一点点地抽离，身体…体已经变得透明，就像阿特洛波斯一样。
…炼金学院…
“我一直有一种不好的预感，宝太郎！”凛音看着契约戒指说道。
“我也有同感，总感觉要发生什么不好的事情！”宝太郎看着凛音说，他顿了下又继续说，“对了，崔飞前辈呢？”
“在冥思让什么进化凯米来削弱十列车的副作用，用炼金术语说就是在闭关。”凛音俏皮地回答。
“进化凯米...”宝太郎眼神亮了起来，随后又暗淡了下去，“前辈的炼金术应该还没有恢复吧？”
“是啊，他之前用禁术让蒸汽列车进化为十列车，炼金术还在恢复中。”凛音担忧地皱起眉头。
…冥黑死亡面具基地祭坛上…
克洛托的瞳孔逐渐失去血色，黑晶藤蔓已深入她脊椎，挤压着她的身体，令她的身体越来越小，直到缩小至大腿大小，生命力已经流失殆尽。
“贤者之石，黄金龙！”格里恩高举着的黄金龙凯米卡散发着令人心悸的猩红光芒。随着他最后一丝炼金能量的注入，克洛托的身体化作漫天金粉消散在黑暗中。
“多么完美的炼金术啊。”格里恩沙哑的嗓音在空旷的祭坛回荡，“没有什么比用自己女儿炼成贤者之石更美妙了。”
“贤者之石？黄金龙？”没有去寻找凯米的海尔克雷斯在祭坛的门外小声并冰冷地嘀咕，“这根本不是炼金术的胜利，而是最卑劣的亵渎。”
格里恩的笑声在黑暗中回荡：“那些无知的凡人，连等价交换才是炼金术最基本法则都不知道。”
“等价交换。”海尔克雷斯的声音依旧小声，“哼，这交易，未免太愚蠢了。”
“等价交换、用低价值的废物炼成高价值的黄金，这才是炼金术最初，最朴实无华的理想不是吗？”格里恩如同听到了海尔克雷斯的窃窃私语，格里恩的声音陡然提高，仿佛在向整个世界宣告他所谓的“真理”。
“他注意到我了？”海尔克雷斯看了看周围，海尔克雷斯看了看周围，发现并没有人注意到自己，心中暗自松了口气。
但他知道，格里恩这是在警告他。“哼，就算他注意到又如何，我绝不认同他这种扭曲的炼金术。”他转身消失在了冥黑之中。
“叛徒终于露出了马脚了吗？”格里恩冷笑一声，随后将拉奇涅蕾丝唤上祭坛，“拉奇涅蕾丝！”
“在！遵从格里恩大人之命。”
“去将刚才的叛徒带回来！”
“明白！”
…炼金学院…
随着一股冥黑散去，海尔克雷斯出现在了炼金学院，宝太郎和凛音惊讶地看着突然出现的他。
“海尔克雷斯？”宝太郎警惕地问道，“你来干什么？”
海尔克雷斯看着他们，将格里恩用克洛托炼成贤者之石的事详细说了一遍，“信不信由你们，但我不能眼睁睁看着他继续用这种扭曲的方式进行炼金术。”
宝太郎和凛音听后，脸上满是震惊与愤怒。“这个格里恩，简直丧心病狂！”宝太郎紧握着拳头，眼中燃起怒火。
就在这时，一阵冥黑气息传来，拉奇涅蕾丝出现在学院门口。
“海尔克雷斯，你这个叛徒，跟我回去！”她恶狠狠地说道。
宝太郎挡在海尔克雷斯身前，“想带走他，先过我这关！”凛音也站到一旁，眼神坚定。
拉奇涅蕾丝不屑地冷笑，“就凭你们？不自量力！”说着，她双手一挥，黑色的能量如汹涌的潮水般向众人袭来。
宝太郎迅速掏出哥查德驱动器变身变身为哥查德蒸气蝗虫，凛音也使用炼金驱动器变身玛杰德太阳独角兽，两人一同迎向拉奇涅蕾丝的攻击，能量碰撞，发出震耳欲聋的声响。
海尔克雷斯也加入战斗，他手中凝聚出黑色的利刃，与宝太郎和凛音配合，向拉奇涅蕾丝发起反击。
拉奇涅蕾丝没想到他们如此难缠，心中不免有些慌乱，但她很快稳住阵脚，加大了攻击力度。
冥黑能量在学院上空汇聚成旋涡，拉奇涅蕾丝的冥黑藤蔓如同活物般缠绕住哥查德
蒸气蝗虫的蒸汽喷射器喷出白色的炼金蒸汽，却在接触到藤蔓的瞬间被腐蚀成黑烟。
冥黑藤蔓如毒蛇吐信，狠狠缠向玛杰德的长角，所过之处，留下触目惊心的灼伤痕迹，仿佛要将这炽热的独角兽彻底吞噬于黑暗深渊。
“你们这些无知的虫豸！”拉奇涅蕾丝眼中红光大盛，黑晶藤蔓突然硬化成尖刺，直刺面门。
就在尖刺即将命中的瞬间，哥查德玛杰德侧身一闪，躲开了攻击。哥查德趁机发动技能，蒸汽蝗虫喷射出高温蒸汽，将拉奇涅蕾丝的部分藤蔓融化。
玛杰德利用太阳释放出炽热的光芒，照耀在拉奇涅蕾丝身上，让她的动作迟缓了几分。
“好了，够了！”冥黑传送门打开，格里恩从里面走出，他拨动黄金魔方五下，无尽的黑暗笼罩住了整个炼金学院，当然也将玛杰德的光芒吞噬。
“你们这些亵渎炼金法则的人！”格里恩将黄金魔方拨动十七下，魔方解构重组，暗金色的黄金国驱动器出现在他的腰上，之后拿出ex等级的黄金龙凯米，“我就让你们知道，什么才是炼金术的真理！”
“黄金龙！(变身！)黄金吐息，万古永恒～黄金国！假面骑士艾鲁德以最暴烈的方式降临。
艾鲁德的声音如同远古巨龙的嘶吼，他的身姿在黑暗的笼罩下愈发令人恐惧：“你以为，你们这些杂鱼能阻挡我的脚步？”
“杂鱼？”哥查德深吸一口气，将十列车面板置于驱动器上，拿出十列车凯米卡：格里恩……你太过执着于力量，却忘记了炼金术的本质。”
“炼金术的本质？”艾鲁德冷漠地嗤笑一声，“那你能告诉我，炼金术的本质是什么吗？”
“炼金术的本质，从来不是力量的堆砌，而是创造与守护。”钢铁哥查德的声音低沉而坚定，仿佛从远古废墟中传来的回音，“格里恩，你追求的只是力量的幻影，而真正的炼金术，是以智慧与责任调和世界。”
玛杰德使用王权驱动器和暮光独角兽太阳变成暮光玛杰德轻声附和：“是啊，格里恩！炼金术的本质，是让世界变得更好，而不是用黑暗吞噬一切。”
“哼！”艾鲁德的声音突然变得尖锐而疯狂，他将驱动器上的魔方疯狂旋转，释放出无数金色光束。
他的身姿在黑暗的笼罩下愈发令人恐惧：“那就让你们见识真正的炼金术吧！”他的声音如同被撕裂的夜空，充满了扭曲的狂热。
随着他的声音落下，他身上的黄金国驱动器发出震耳欲聋的蜂鸣声，一道道金色的电弧在其周围交织闪烁，仿佛每一道电弧都蕴含着毁灭的力量。
艾鲁德的目光锁定在钢铁哥查德和暮光玛杰德身上，嘴角勾起一抹嘲讽的笑：“你们这些无知的虫豸，连等价交换的真正含义都不知道，还敢在我面前谈论炼金术的本质？”
钢铁哥查德能清楚地感受到艾鲁德带来的气息，那是一种充斥着黑暗和毁灭的气息。他握紧着列车手套的双手微微颤抖，不是因为恐惧，而是因为愤怒和决心。
他深吸一口气，将十列车调至最大功率：“格里恩，你已经被力量蒙蔽了双眼！真正的炼金术从来不是为了毁灭，而是为了创造和守护！”
“炼金术的本质？就是等价交换！”艾鲁德冷漠地嗤笑一声，他手中的独目镰刀泛起刺眼的红光：“而等价交换的极致，就是用最廉价的代价换取最昂贵的成果！而你们，不过是等价交换中的一粒微尘！”他猛地挥动手中的镰刀，一道耀眼的红色光刃瞬间斩向钢铁哥查德。
哥查德见状，大喝一声，双手凝聚出强大的蒸汽能量，与艾鲁德的光刃对撞在一起。
两股强大的力量碰撞，发出震耳欲聋的爆炸声，仿佛整个炼金学院都在这股冲击波中摇晃。
光刃与蒸汽能量在空中激烈相撞，爆炸声震得众人耳膜生疼。钢铁哥查德和黄昏玛杰德被震得后退数步，脚下的地砖瞬间龟裂。
艾鲁德的独目镰刀划破空气，红色光刃切开热蒸汽的屏障，如同在虚空中撕开一道血色裂隙。
钢铁哥查德的蒸汽能量在对撞中逐渐被压缩，他脚下的地砖在冲击波的碾压下化为齑粉，却依然咬牙坚持：“格里恩，你这样的炼金术早已背离了‘创造’的本质！”
“你能奈我何？等价交换的天平，永远偏向胜利者！”
拉奇涅蕾丝的冥黑藤蔓突然从暗处缠绕住哥查德的蒸汽喷射器，黑晶尖刺刺穿装甲的瞬间溅起蓝色火花。
钢铁哥查德怒吼着挣脱束缚，十列车的轨道能量在他背后凝聚成巨大的机械羽翼：“格里恩，你把‘贤者之石’当作力量的象征，却忘了它真正的意义。”
黄金国驱动器的电弧突然缠绕上哥查德的蒸汽羽翼，艾鲁德的镰刀再次斩下：“无知！真正的贤者之石，是将所有可能性都化作我脚下的尘埃！”
就在这时，一道清冷的声音从学院高塔传来：“如果贤者之石是尘埃，那这炼金学院就是埋葬你的坟墓。”
崔飞周身缭绕着淡蓝色的流光，他的手指轻轻搭在虚空之中，仿佛在弹奏无形的琴弦。那件原本寻常的白大褂此刻泛着奇异的涟漪，如同被晨曦镀上了一层薄霜。
“崔飞前辈！”宝太郎和凛音异口同声地喊道，声音里满是震惊与希望。他们的目光被高塔顶端那道清冷的身影牢牢吸引，那里仿佛成了黑暗中唯一的光点。
“你出现了。”艾鲁德的声音像被冰霜覆盖的刀刃，寒气逼人。他手中的独目镰刀突然剧烈震颤起来，猩红的光芒几乎要将他整个人吞噬，“你以为，单凭你一个炼金术师，能改变什么？”
“等价交换？”崔飞的声音从四面八方传来，带着一丝戏谑，“那你说说，你炼成的贤者之石，等价的是什么？”
艾鲁德手中的镰刀突然剧烈震颤起来，原本猩红的光芒瞬间暗淡下去。他的眼神中闪过一丝慌乱，但很快被更浓的怒火取代：“这是为了新时代！为了更强大的炼金术！”
崔飞的虚影突然全部汇聚成实体，他站在艾鲁德身前不到一米处，指间的天意卡片绽放出万丈蓝光：“新时代？用黑暗开启的未来，永远只能是更深的黑暗。”
“提取，俯藐，骇入，俯藐t，了解罪恶，清除罪恶！以武力，强制执行！审判！”