话说刘裕这边正忙着整顿内政呢，那边桓玄的儿子桓韶就坐不住了，领着人马气势汹汹地朝着历阳杀过来。
刘裕一听，立刻吩咐辅国将军诸葛长民：“去，把这小子给我打回去！”诸葛长民得令，出兵迎敌，还真就把桓韶给击退了。
与此同时，何无忌和刘道规也没闲着，在桑落洲跟桓楚大将郭钤等人干了一仗。
这两人那叫一个勇猛，把郭钤他们打得大败，顺势就进占了寻阳。这事儿传到司马遵耳朵里，司马遵一高兴，给刘裕加授了个“督江州诸军事”的头衔。
再看桓玄，之前被打得灰溜溜地逃回荆州老巢。回到荆州后，他就开始重新招募士兵，打造楼船，置办器械，还把晋安帝给挟持了，带着大军从江陵沿着长江往东进发。
可桓玄这运气不咋地，在峥嵘洲碰上了冠军将军刘毅等人率领的军队。双方一交手，那真是杀得昏天黑地。
结果桓玄大败，他顾不上自己的军队，夹着尾巴，挟持着安帝就往江陵跑。
桓玄逃到江陵后，想着往蜀地跑，结果半道上被益州督护冯迁给截住，一刀结果了他的性命，还把他的脑袋砍下来送到建康去了。南郡太守王腾之等人就把安帝接到了江陵。
您以为桓玄一死，事儿就完了？没那么简单！
桓玄虽然死了，可他的余党还在呢。就因为讨伐军一时疏忽，桓玄的儿子桓振逃到了华容的涌中，在那儿又召集了几千个追随者，然后瞅准机会，突袭夺回了江陵。这一下，安帝又重新落到桓氏手里。躲在沮川的桓谦听说这事儿，也起兵响应桓振。
何无忌等人一看，这哪行啊，赶紧带兵去攻打江陵。在灵溪跟桓振的军队碰上了，双方打起来。结果何无忌他们在杨林中了埋伏，被打得大败，没办法，只能退回寻阳。
就在这个时候，兖州刺史辛禺和北青州刺史刘该也跟着凑热闹，起兵叛乱。不过他们这叛乱没折腾多久，就被平定了。
到了公元404年十月，刘裕又兼任了青州刺史，还被允许带着一百个手持兵器的卫士进入宫殿。
同一年年底，刘毅等人再次带兵来到夏口，接连攻克鲁城和偃月垒。十二月，讨伐军又收复了巴陵。
转年，也就是公元405年正月，刘毅等人终于收复了江陵，把桓氏的势力彻底驱逐出去，还把安帝给迎了回来。到这儿，桓氏之乱总算是彻底平定了。
这年三月，晋安帝为了表彰刘裕的功劳，下诏提拔他为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，同时还让他依旧担任“使持节、徐青二州刺史”。可刘裕这人实在，多次推辞这些官职，然后回丹徒镇守去了。
晋安帝没办法，只好又给刘裕加授都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州军事，加上之前都督的九州，一共都督十六州诸军事。
同时，解除了他青州刺史的职务，让他兼任兖州刺史，其他官职照旧。
同年，刘裕派使者去后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡。
后秦皇帝姚兴呢，可能是西边战事吃紧，不想再在东边招惹刘裕，就答应把淮北十二郡都还给他。
公元406年三月，刘裕又被加督交、广二州。十月的时候，刘裕给朝廷上书，为西征桓玄的将士们请功。
经过朝臣们上奏，刘裕作为“起义的谋划主脑”，立下了“匡复国家的大功”，被封为豫章郡公，食邑一万户，还赏赐了三万匹绢。他镇军府的僚佐规格，只比原来太傅谢安的府第低一等。
到了十一月，安帝又重申之前的诏令，要加封刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司。刘裕再三坚决推辞，这事儿才作罢。
公元407年闰二月，刘裕发现府将骆冰企图“谋作乱”，一不做二不休，把骆冰给杀了。
跟骆冰有牵连的永嘉太守骆球，也就是骆冰的父亲，还有桓玄的侄子桓胤，骆冰本来打算推举桓胤为首领，以及东阳太守殷仲文和他的两个弟弟，也都被连带杀死。这一下，桓玄的余党基本上被杀光了。
公元408年正月，跟刘裕关系特别好的王谧，在义熙三年十二月去世了。
刘裕觉得朝中没了自己人，有点孤立无援。这时候，幕僚刘穆之劝他入朝接受辅政的诏命，刘裕听从了他的建议。
最后，刘裕被授予侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，还兼任徐兖二州刺史，从此掌握了朝政大权。不过，刘裕辞去了兖州刺史的职务。
到了九月，刘敬宣去讨伐割据西蜀的谯纵，结果无功而返。
刘敬宣觉得没脸，就请求退位。安帝没答应，只是把他的军号降为中军将军。
东晋自打偏安一隅之后，就像那被盯上的猎物，时时都得提防着北方的威胁。您瞧，祖逖、庚亮、褚衰、殷浩、桓温这些人，都先后带着兵马北伐，可折腾了半天，愣是没一个成功的。
刘裕这人可不一般，他琢磨着，老这么被动也不是个事儿啊，得想办法强大自个儿。思来想去，刘裕一拍大腿，决定兴师北上，干一番大事业！
公元409年，南燕皇帝慕容超刚坐上皇位，就不安分起来，放纵手下士兵在淮北地区烧杀抢掠，肆意妄为。
刘裕一看这情形，哪能忍得了？
他决心抗击南燕，同时也想借此在外面扬扬咱东晋的声威。于是在四月，刘裕从建康出发，率领着舟师顺着淮水进入泗水。
到了五月，大军就进抵下邳。
刘裕盘算着，这船舰和辎重带着行军不方便，就把它们留在了下邳，然后改由陆路进发，朝着琅邪前进。
刘裕这人打仗那是相当谨慎，他担心南燕会派出奇兵截断自己的后路，所以每经过一处，都下令修筑城垒，还留下士兵防守。