至于从浙江搜罗来得难民，总参建议在台湾设立中转地。难民先到台湾，在台湾的营地内“囤积”一阶段之后再转运回临高。一部分人可以直接留在台湾，开发台湾的土地，形成第二个殖民地。
当然，台湾的局面要复杂一些，上面多多股势力，包括荷兰人、西班牙人和郑芝龙在上面都有自己的地盘：荷兰人控制大员，郑芝龙占据北港，西班牙人占领鸡笼（基隆）。大体从台北到台南的，沿着朝向大陆的海岸线展开。台湾的土着、马来移民和日本人在当地也有一点小势力。
不过，这些势力的规模都很小，占据的地盘也不大。荷兰人、西班牙人和郑芝龙，其势力不过是以一二个城堡支撑点为核心，占据周边很小的一块地盘。除了贸易之外就是收取福建移民和土着民的贡赋。后者的比例很小。除了郑芝龙在当地有一点组织移民搞农业开发之外，欧洲人占据这些地方的主要目的还是充当贸易据点和收集当地的土物――主要是台湾的鹿皮。
以穿越众的海陆军实力来说，消灭这些势力易如反掌。根据历史资料：西班牙人在鸡笼的全部守备力量不过90名欧洲人，再加一二百菲律宾征集来得辅助部队。荷兰人在1631～1632年度还在修筑热兰遮城，全部欧洲人驻军不超过400人。其势力范围在城堡外30公里即到了极限。1630年甚至差点被台湾土着目加溜社逼走。到1635年东印度公司大规模增兵之后才开始大规模讨伐周围的原住民村落，扩大统治区域。
因此这些势力在陆地上的威胁性都很小，说不堪一击也不为过。派遣一个步兵营加强少量炮兵就足够横扫全岛。但是在海上状况就要复杂一些。荷兰人现在是贸易伙伴，而且它在东亚的海上实力有限，不会冒着触怒元老院的风险来采取敌对行动，西班牙人在台湾附近海域只能算是“存在”。
唯一的障碍就是郑芝龙。福建沿海是他的主要活动区域，海军的运输船队经过这一地区，甚至就在台湾岛上登陆，修筑中转基地，这事绝对是瞒不住他的，如果他要发动干涉，对发动机行动就是很大的阻碍。
如果是通过台湾海峡。以和谐轮的吨位、武装和护航战舰的战力来说，郑芝龙除非发动大规模的海战，否则几乎不能产生什么威胁。海军在图上推演中，扮演郑芝龙一方的很少能够在台湾海峡捕捉到运输船队经过。换句话说，在当时的通讯航海水平下，郑芝龙就算存心要开打，也不见得能捕捉到战机。
但是，若是要在台湾本岛靠岸停泊，势必要出入台湾沿海港湾，郑芝龙就会有很多作战机会了。这一点是要放入考量中的。
大家认为，在台湾开设基地是有必要的――从开发价值来看，台湾高于海南。但是到底选额哪里作为中转基地有不同的意见。被列入选择的有多处，包括鸡笼、台南、花莲、高雄等处。
西班牙人占据的鸡笼、淡水被首先否决。尽管鸡笼附近有丰富的矿产资源，有着名的基隆煤矿和金瓜石金铜矿，但是开发难度很大，而且地理环境极其恶劣。需要投入大量的人力物力进行整治。
当时人的记载对此地也无好评：“鸡笼(Kelang)及淡水(Tansoei)并非优良之碇泊地,加上附近之番人凶恶,无法交往。”、“君不闻鸡笼、淡水水土之恶乎？人至即病，病辄死。凡隶役闻鸡笼、淡水之遣，皆欷歔悲叹,如使绝域；水师例春秋更戍，以得生还为幸。彼健儿役隶且然,君奚堪此。”
鸡笼、淡水都位于台湾北部,这里是全岛降水最丰富的区域,每年降水量在3000毫米以上。在通常年份,台北有半年时间都在下雨。雨水过多的区域有利于植物和微生物生长,但不利于人类。因而明清时期的福建人将台北称为瘴疠之地,移民在当地的死亡率很高。把中转地基设在这里，死亡率是可想而知了。
台湾北部在1694年还有一次大地震。强度之大直接在台北盆地内震出了一个30平方公里的台北湖。无论从哪个角度来看，台北地区都不是穿越众应该涉足的地点。
花莲也得到了很多人的支持。花莲的优势是安全性极高。它偏处台湾东部，与台湾岛的其他地方又山脉阻隔。周围地形险峻，大多数地区都不适合船舶停靠，沿岸大多是非常陡峭的海岸地形，只有河口有停船的地形。只要在河口建立基地，从其他地方根本无法登陆。历史上花莲在1932年公路通车前与台湾其他地区的联系只能靠船运，被称为台湾的“陆上离岛”。整个17世纪，除了1622年西班牙去过花莲采砂金之外，没有人对这块地方感兴趣。
花莲矿产资源比较丰富，其中穿越者能立即开采的有三种：硅酸盐的蛇纹石石棉矿，大理石、石灰石。花莲到21世纪都是台湾最重要的水泥产地。可以做出高标号的水泥就地供应开发台湾。当地还有少量的铁矿，储量不大，但是开采容易。另外花莲的蛇纹石矿有不少都伴生铬铁矿磁铁矿还有铝镁。花莲的地表当时应该除煤矿外都或多或少的有零星分布，很适合临高这种规模小的集团去发展开采。
淡水资源上，花莲有三条比较大的河，有不少面积不算小的冲击平原，去种地发展农业也有一定的潜力。
但是最后，花莲的雨水过多使得此地落选了。雨水过多造成当地的环境不适合大规模移民。日踞台湾期间曾经打算向花莲移民建立农业屯垦区，最后因为气候和疾病的关系最终失败。
最后列入考虑的就是屏东、高雄一带了。此地正在台湾岛相对适宜居住和农业耕种的台南平原上，高雄有港口，尽管当时的港口未经过整治，无法停泊大船，但是停泊千吨级以下的帆船还是能做到的。
屏东、高雄以南是山区，以北是荷兰人的势力。目前荷兰人和元老院有商业协议，双方保持着一种“和平”的商业合作关系。荷兰人即无实力，也不敢冒着得罪大供货商的危险来攻打屏东、高雄的中转基地。荷兰人还可以起到隔离郑芝龙的作用。况且以郑芝龙目前在福建沿海的忙碌火并的状况来说，他也不见得有空来对付“髡贼”。
“我们把浙江移民运到高雄屏东，不但可以有一个合适的地点进行检疫净化，一部分人还可以就地开展农业开发。嘉南平原是台湾最好的农业生产区，不论日照、雨水还是土地都是上等的。我们完全可以以大型农场的方式进行集约化开发，比在海南这里小农经济据多的生产环境要好得多了。对我们的农业生产来说将会是个飞跃性进步。可以大幅度改善我们粮食基本要靠进口的局面。”罗铎在力陈以高雄为基地的好处的发言结尾如是说。
“郑芝龙要对我们不利怎么办？他的老窝可就在福建。”有人提出了异议。郑芝龙把福建视为老巢，他又有官身，势力不容小觑。
“我们没必要害怕他的帆船舰队。1631年底，我们的854改和第一批901完工之后，我们的舰队在台湾海峡就是神一般的存在。将蒸汽机舰队前进部署到高雄，对通过台湾海峡的我方船只进行区域护航。”海军的参谋李迪说道，“我海军在海南岛周边直至港岛有充分的制海权。蒸汽机舰队进驻高雄，即可威慑福建、浙江沿海的各股势力不敢轻举妄动。保证北上济州岛，南下港岛的安全。”
具体措施是组建两支分遣队。以854改和4艘901为核心的台湾分遣舰队驻泊在高雄，负责监视浙江、福建、广东沿海。重点是保证台湾海峡的“自由航行”。护送运输船队通过。以3艘901为核心的登莱分遣舰队驻泊在济州岛，随时对山东沿海和渤海湾地区执行干涉任务。
除了混合动力战舰之外，分遣队还编入若干经过改装的大吨位的风帆战舰。两支分遣队的战舰采用分区护航的方式，运输船队在航行途中结队航行，每艘运输船都配有足够的自卫火力。
这7艘蒸汽机战舰预计在这一海域活动到1633年的年初。到这个时候，第二批在临高建造建造的901舰已经能够投入现役，即可将前一批战舰接替回临高进行维护。
这两支分遣舰队将以高雄为主基地。为蒸汽机风帆混合动力战舰提供后勤支援的港口设施和储备的物资要比风帆战舰复杂的多，因此北上接运难民的船只也不会有空载吨位的忧虑了。除了运送难民所需的物资之外，在高雄和济州岛两处开设分基地的所需要的物资也足够塞满船舱了。