为政以德。
汉武帝晚年常年外出游幸天下，每每出宫便将诸事交付给刘据，宫中事务交付给皇后。如果有所裁决，待武帝回宫后就将其中最重要的事向他报告，汉武帝也没有不同意的，有时甚至不过问。在施政方面，汉武帝用法严厉，任用的多是严苛残酷的酷吏；而太子性格宽厚，却也有固执己见的一面，经常将一些他认为处罚过重的事进行平反。
刘据这样做虽然得百姓之心，但那些执法大臣皆不高兴。皇后害怕长此下去会引来祸事，每每告诫刘据应注意顺从武帝的意思，不应擅自有所纵容而宽赦罪人。汉武帝听说此事之后，赞赏太子的做法，而对皇后的说法不以为然。群小构陷群臣中，为人宽厚的皆依附太子。而用法严苛的则俱诋毁太子。由于奸邪的臣子大多结党，所以在武帝身边赞赏太子的人少，故意诋毁的人反而多。
元封五年（公元前106年），卫青去世后，那些奸邪之臣认为太子不再有外家的靠山，因害怕太子即位后对自己不利，于是开始竞相陷害太子。汉武帝与几个儿子很少在一起，与皇后也难得见面。一次，太子进宫谒见皇后，过了很久时间，才从宫中出来。黄门苏文向汉武帝报告说：“太子调戏宫女。”
于是汉武帝将太子宫中的宫女增加到二百人。后来太子知道了这件事，便对苏文怀恨。苏文与小黄门常融、王弼等经常暗中寻找太子的过失，然后再去添枝加叶地向汉武帝报告。对此，皇后恨得咬牙切齿，让太子禀明皇上杀死苏文等人。太子却十分信任自己的父亲，说：“只要我不做错事，又何必怕苏文等人！皇上圣明，不会相信邪恶谗言，用不着忧虑。”
有一次，汉武帝感到身体有点不舒服，派常融去召太子，常融回来后对汉武帝言道：“太子面带喜色。”汉武帝默然无语。及至太子来到，汉武帝观其神色，见他脸上有泪痕，却强装有说有笑，汉武帝感到很奇怪，再暗中查问，才得知事情真相，于是将常融处死。皇后自己也小心防备，远避嫌疑，所以尽管已年老失宠，却仍能使汉武帝以礼相待。
驰道结隙太始年间，以告发赵王刘彭祖的太子刘丹而起事的赵国人江充，因“不畏权贵”受武帝重用。有一次刘据派使者去甘泉宫问候武帝，使者乘着马车行驶在驰道上，恰巧被跟随武帝去甘泉宫的江充遇上。因驰道为天子的御用通道，臣子百官没有得到许可皆不可行驶其上。于是江充就将刘据的使者扣押。
刘据得到消息之后，派人向江充道歉说：“不是我可惜车马，实在是不想让陛下知道这件事情，认为我平时对手下的人不加管教。但愿江君您能宽恕此事。”江充不听，依然向武帝汇报了。武帝说：“做臣子的就应该这样啊。”江充因此大受武帝的信任何重要，威震京师。亦因此事刘据与江充结下嫌隙，埋下祸根。刘据有一位叫公孙敬声的表兄弟，是其大姨母卫君孺与丞相公孙贺的儿子，公孙敬声凭借自己是皇后姐姐的儿子，行事骄奢不守法纪，居九卿太仆之高位，擅用北军军饷一千九百万钱。
征和元年，事情败露之后被捕下狱。这时，汉武帝下诏欲抓捕的阳陵人朱安世却迟迟未能归案，公孙贺便请命此差以赎公孙敬声的罪过。武帝答应此请。后来朱安世果然被捕成功，却在狱中上书诬告公孙敬声与阳石公主私通以及行巫蛊诅咒天子之事。
征和二年（公元前92年）春正月，抓捕丞相公孙贺，并冠以公孙贺兴利弟子宾客不顾黎民死活等多条罪名，公孙贺父子竟然死在狱中。自此，太子刘据在朝堂之上，再无外家相护。巫蛊案发然而，这场灾祸却并未因公孙贺父子之死而结束。
征和二年（公元前92年）闰四月，诸邑公主、阳石公主以巫蛊之罪处死，卫青之子卫伉及卫长公主之子曹宗亦在连坐之内。后来武帝游幸甘泉宫之时生病，江充看到武帝年事已高，而自己行事狠辣与太子刘据的仁德相背，加之先前已与刘据和卫氏有嫌隙，害怕武帝去世之后被刘据诛杀，便欲先一步构陷刘据。即妄言武帝生病是因为有人行巫蛊诅咒天子。于是武帝命江充为使者治巫蛊之案。
江充指挥巫师四处掘地寻找木偶人，但凡挖到就逮捕周围的人，并以炮烙之酷刑逼供认罪。百姓惶恐之间相互诬告，以此罪冤死者前后共计数万人。至此，天下人心惶惶，京师三辅更是笼罩在一片惊恐氛围之中。而武帝却因年迈体病愈加相信巫蛊之事。江充趁机说宫中有巫蛊之气以致天子之病久不见好。武帝便派遣岸道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等人协助江充治巫蛊。江充从后宫中不受宠幸的夫人开始查办，依次延及至皇后卫子夫。
而在皇后宫内一无所获后，征和二年秋七月，江充终是将铁楸挖到了太子东宫，并得到了桐木人偶。刘据没想到自己的宫中会挖出人偶，心中惊惧，而此时武帝却在甘泉离宫中养病，不通音信，刘据无法向武帝证明自己的清白，便招来少傅石德询问对策，石德害怕自己因为是太子师傅的关系被一起处死，于是对太子说：“在这之前丞相父子、两位公主以及卫氏一家都被此事牵连治罪，现在胡巫和来调查此事的官员掘开地面找到了证据，不知道是胡巫故意放在那里的，还是真的就有，我们自己无法明辩，可以伪称诏令用符节把江充等人收捕入狱，把他们的奸诈阴谋追查清楚。
再说皇帝正在甘泉宫养病，皇后以及太子的属吏去请安问候都得不到回复，皇帝的生死存亡都不得而知，而现在奸臣干出这种事，太子您难道不记得从前秦朝太子扶苏被害的事吗？”刘据十分着急却无上策，便采纳了石德的意见。
亡走覆盎
征和二年（公元前92年）七月壬午，刘据派遣宾客扮成使者矫诏抓捕江充，韩说怀疑有诈不肯受诏，于是刘据派遣的宾客仿窃符救赵的朱亥，将韩说格杀。而协助江充办理此案的御史章赣逃出，去往甘泉行宫见武帝。已犯下矫诏之罪的刘据因不知武帝是否在世，便决定起兵。
因太子能指挥到的车马有限，所以刘据派舍人持节连夜入长秋门将自己的计划报告卫皇后。皇后支持后，发动了中宫的中厩车马，取武库兵器，调长乐宫卫队，告令百官江充谋反，太子亲自监斩江充。骂道：“赵国的奴才！扰乱你的国王父子还嫌不够吗?又来扰乱我们父子!”又在上林苑中的烧死一众胡人巫师。苏文逃出长安，来到甘泉宫，向汉武帝报告说太子很不像话。
汉武帝说道：“太子肯定是害怕了，又愤恨江充等人，所以发生这样的变故。因而派使臣召太子前来。使者却因胆怯未敢入城，对武帝谎称太子造反要杀自己。武帝大怒，由是深信太子已反。
在此之前，左丞相刘屈氂因与李广利是亲家，个人与太子争斗。刘据遂以门下宾客为将，率领卫队攻入丞相府，想杀了刘屈氂。刘屈氂逃跑，并丢了官印及绶带。丞相长史乘车赶到甘泉宫，将此事上报于武帝。武帝问丞相刘屈氂在做什么，使者回答说丞相在封锁消息，没敢发兵。武帝愤怒刘屈氂的作为，并谴责刘屈氂没有周公的遗风。随后赐予刘屈氂加盖了玺印的诏书：“捕杀叛逆者，朕自会赏罚分明。应用牛车作为掩护，不要和叛逆者短兵相接，杀伤过多兵卒！紧守城门，决不能让叛军冲出长安城！”
如扶苏当年面对赵高手中伪书的情势一般，刘据面对刘屈氂手中这道不知真假却要置自己于死地的皇帝玺书，向文武百官发出号令：“皇上因病困居甘泉宫，我怀疑可能发生了变故，奸臣们想乘机叛乱。”汉武帝于是从甘泉宫返回，来到长安城西建章宫，率先掌控兵权，颁布诏书征调三辅附近各县的军队，部署中二千石以下官员，归刘屈氂兼职统辖。
刘据手中并无正规军队，三辅军队又调遣不得，太子便派使者假传圣旨，将关在长安中都官的囚徒赦免放出，命少傅石德及门客张光等分别统辖；又派长安囚徒如侯持符节征发长水和宣曲两地的胡人骑兵，一律全副武装前来会合。不约而同，武帝亦想到了由长水校尉统领的长水宣曲胡兵，便派遣侍郎莽通到长安，莽通便将如侯逮捕，并告诉胡人：“如侯带来的符节是假的，不能听他调遣！”
并斩杀如侯亲自引长水宣曲胡骑入长安。武帝又征发船兵，一并交由大鸿胪商丘成。太子调兵以失败告终。而后，刘据来到北军军营南门之外，站在车上，将护北军使者任安召出，颁与符节，命令任安发兵。但任安拜受符节后，却返回营中，闭门不出。
太子调兵再次失败。太子带着卫队囚徒离去，将长安四市之人约数万人临时武装起来。到长乐宫西门外，正遇到刘屈氂率领的军队，双方会战五天，死亡数万人，鲜血像水一样留入街边的水沟。民间都说“太子谋反”，所以人们不依附太子，而丞相一边的兵力不断增多。
七月庚寅日，刘据兵败，南逃到长安城覆盎门。司直田仁正率兵把守城门，因觉得太子与武帝是父子关系，不愿逼迫太急，所以使太子得以逃出城外。
身死泉鸠
刘据出逃后，武帝责问御史大夫暴胜之擅自阻止丞相斩杀释放太子出城的田仁，暴胜之因惶恐而自杀。任安因怀二心，与田仁同处以腰斩之刑。莽通捕获反将如侯，以及长安男子景通抓获太子少傅石德，功劳最大，分别被封为重合侯与德侯，商丘成力战张光封为秺侯。
太子的众门客，曾经出入宫门的一律处死；凡是跟随太子发兵的，一律按谋反罪灭族；官吏和士兵有乘乱抢劫的，全部流放到敦煌郡。