在以皇帝名义对回教加以安抚并且稳定了国内的局面之后，对于回教的限制就开始了，为了防止其势力过分扩张，同时不让回教干预政治，朝廷规定这些回教的所谓长老只能传教布道，不能干涉民间事务，不得掌理民间词讼；废除回教各掌教之名，统称“老师傅”。太祖还拒绝撒马尔罕内徙。有的地方甚至还禁止在元代任高官的穆斯林后人参加科举考试，不许其为官。
更加重要的就是对其民族的同化，为了防止蒙古和色目人日滋繁衍，太祖下令凡蒙古人、色目人，听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者，杖八十，男女入官为奴，通过这种方式加强对于回教和色目人的管理，削弱其影响力，应该说大明的这个政策是非常成功的，现在大明内地的回教和其他宗教没有任何区别，都服从大明朝廷的管束。
所以太子认为这一套办法是行之有效，可以继续沿用，毕竟现在大明腹地的回教，还是相当之恭顺的，回教同汉文化的相互融合，将回教的基本教规、教义、生活习惯同中国传统的儒家思想结合起来，在信安拉、信天使的同时，也推崇儒家的纲常伦理。如果一个回教穆斯林想要成婚，也会尊重中国传统社会的“父母之命、媒灼之言”，还要遵从本人同意。
朱载坖听了之后没有发表意见，而是询问皇太孙对于此事的意见，皇太孙认为如果要按照太祖、成祖的办法进行的话，就不是一代两代人能够达到的事情，而且西域和大明腹地毕竟是有区别的，这点还是注意的。朱载坖反而同意了皇太孙的意见。
朱载坖不是反对太子的意见，太祖、成祖之法确实是良法，但是太祖成祖之法的实施是要条件的，大明官军当时可谓是威震天下，这点色目人或者是回教势力是不敢轻举妄动的，在这种情况下朝廷才能够顺利的实施各种政策，而且尽管蒙元时期回教和色目人势力庞大，但是也只是相对而言。
在中原毕竟汉人是占据绝对优势的，只要朝廷的政策合适，将之予以同化只不过是时间问题罢了，但是西域则完全不是这样，对于西域来说，这些少数民族在当地占据了人口的绝大部分，官军反而是外来势力，同时最重要的问题就是这些回教势力和大明腹地的回教势力是有本质上的不同。
首先这些地方的回教势力更加原始也更加强大，这和大明腹地是不同的，虽然蒙元时代的回教势力也很强大，但是那只是相对而言，相比于中原的儒释道三家来说，回教势力仍然只是一个很渺小的力量，但是西域则是完全不同的情况了，西域的回教势力已经是相当的强大的。
西域回教势力的强大主要表现在他们已经形成了政教合一的政权，这是朱载坖绝对不能容忍的，天无二日，民无二主，任何宗教都必须匍匐于朝廷之下，这点是朱载坖一再强调的，而显然西域的回教势力已经突破了这些底线，现在即便是官军消灭了叶尔羌汗国这个政权，他们也不会就此罢手的。
这些回教势力已经尝到了权力的滋味，他们怎么可能轻易的放弃，朝廷要在西域建立起大明的统治，就必须摧毁回教在西域的统治，这点是毋庸置疑的，西域的回教势力绝对不会甘心放弃他们对于政权的控制的，在这点上，他们和大明朝廷是根本冲突的。
朱载坖认为，如果大明朝廷放弃在西域直接行使权力，而是放任西域回教势力发展的话，他们一定会反抗大明的统治，同时勾结境外的回教势力，图谋不轨，这点是毋庸置疑的，所以朱载坖的看法是必须首先将西域回教的上层势力全部予以剿灭，对于普通信众，则是可以暂时放过一马的。
为什么朱载坖要实施先北后南的方针，甚至要和卫拉特部达成通贡，许和硕特部以一些利益，一来是朱载坖认为大明直接控制阿尔泰山和额尔齐斯河并不容易，用这些蒙古人作为大明的藩篱反而更好，二来就是先安定了蒙古卫拉特四部，然后以北制南，利用朝廷在天山和西域北部的屯田，支持官军在西域南部的军事行动。
在朱载坖看来，西域南部看似容易解决，但是其中问题的复杂程度是极高的，民族、宗教甚至外国势力都介入其中，所以朝廷必须先以雷霆之势威慑所有觊觎势力，展现大明的实力，这点是最为重要的，所以朱载坖认为，官军在进剿和田等西域南部势力的同时，就是将当地回教势力的上层予以全部消灭，彻底击垮他们妄图搞政教和一政权的想法。
现在和叶尔羌汗国中，黑山派和白山派两支和卓势力，在叶尔羌汗国统治者们的支持下得到了发展，并终于形成为以夺取叶尔羌汗国政权为目的的两个政治派别。
“和卓”是阿拉伯语与波斯语的音译，意为“圣裔”，是对伊斯兰教创始人穆罕默德后裔的尊称，因而也成为某些并非圣裔的伊斯兰教中的上层人物自我标榜的称呼。朱载坖对于这些人的看法是一贯的，他们不重要，但是没有他们，很重要，大明并非是要禁止回教的传播，而是要回教按照大明的规矩来，谁是君主，谁是臣子，要搞清楚。
太子和太孙很清楚，朱载坖准备清除这些回教的上层势力，必然遭到他们的拼死反抗，这点是毋庸置疑的，这样一来，官军就必然在西域大开杀戒，太子问道：“如此于父皇圣德有损啊。”
朱载坖毫不在乎的说道：“朕早就不在乎这些事情，朕帮你们父子把路铺好，些许骂名朕还是能够承担的，但是朕将西域夺回来的，要是你们父子不能将西域给朕吃进去，朕就是化作厉鬼也找你们！”