对于重臣们的说法，朱载坖深以为然，大明对于蒙古的事情，要早做准备，提前干预，现在就要做好一应事情。
朱载坖在和重臣们商量之后，决定采取一些手段，提前为可能出现的情况做准备，首先是对于土默特部的一些首领予以加恩，对俺答加以赏赐，同时册封三娘子为顺义王妃，升把汉那吉为都指挥佥事，以李皇后的名义赏赐三娘子服饰、绸缎、金玉宝石，对三娘子加以拉拢。
同时加大对于把汉那吉的扶持力度，当然这些都是文的，朝廷对于武备也要加紧准备，首先就是道路交通的情况，朱载坖和户部、工部、兵部商议之后，决定在京师到蓟镇的道路、桥梁修葺完成之后，重点修葺京师到宣府、山西的道路和桥梁，尤其一些河道的桥梁，要予以重新修葺，加强京师对宣大的补给能力。
同时在宣大山西等镇建设大型的仓库，用以囤积粮秣，以为朝廷日后大规模用兵做准备，还要大练精骑，不管是宣大山西还是陕西三边、蓟辽大宁等处，都要重视骑兵的训练，扩充骑兵数量，严格加以训练，妥善保障战马，朱载坖命令兵部和户部以及太仆寺，对于军中战马的豆料，务必要保障本色足额发给，九边各镇，要是还是因为豆料马草不足导致战马的倒毙，各镇总兵都要严惩不贷。
同时京营和亲军诸卫精骑也要加以扩充，提高朝廷的机动兵力，朱载坖决定，将三千营从一万五千骑扩充到二万五千骑，同时在亲军诸卫中也要编设骑兵，作为朝廷手中的机动兵力和预备队使用。
商量完了这些事情，朱载坖将李成梁单独留下，朱载坖问道：“将你调回京师，是不是心里有怨气？朕挡着你加官进爵了？”
李成梁赶紧说道：“臣不敢有怨望之言。”
朱载坖只是哼了一声，拿出一些被截去名字的奏疏给李成梁看，朱载坖说道：“朕之所以调你回京师，是为了保全你！”
一直以来弹劾李成梁的奏疏都不断，不仅三边总制方逢时等地方大员上本弹劾他，科道对他也不太感冒，多次上疏弹劾他，认为李成梁贪功冒赏，杀良冒功，地方大员则是为什么李成梁桀骜不驯，难以驾驭，所以对他弹章一直是不断的。
看了这些弹章，李成梁赶紧谢罪，朱载坖倒没有说什么，朱载坖对李成梁说道：“朕心里有数，你不必介意，好好练兵，仗有你打的，封侯也罢，国公也罢，就看你有没有哪个本事了！”
敲打完了李成梁，朱载坖又召见太医院使徐伟和院判李时珍，主要是为了缅甸的事情，中南总督殷正茂向朱载坖上疏，陈述现在缅甸的情况，由于缅甸卑湿潮热，疫病丛生，除了那些从吕宋来的大明华侨已经适应了环境，没有什么大问题之外，严重的疫病都困扰着大明在缅甸的驻军的移民，殷正茂向朝廷上疏，请求朝廷向缅甸派遣医生，调运药材，否则对于朝廷经略缅甸是极为不利的。
对于殷正茂的上疏，朱载坖是极为重视的，缅甸对于大明来说是极为重要的，能不能尽快的将缅甸予以消化，是有关大明在南洋战略的重要一步，所以朱载坖立即作出反应，首先是要求缅甸布政使司和总督中南等衙门，加大招募大明在南洋的侨民的力度，毕竟他们都是熟悉了当地环境的百姓，能够更好的在当地生存，同时官府向这些百姓了解当地的一些药物，他们在当地生存，肯定是有一些诀窍的。
还有就是从太医院派遣医生赴缅甸，一方面是救治患病的百姓士卒，另一方面是在当地寻找能够治疗这些热带病的药物，提高大明百姓的存活率。
朱载坖是向徐伟、李时珍询问，太医院能够派出多少医生去缅甸，经过连续多年的考选，和向军中、惠民药局派遣军医、医官，现在太医院的医生还是不少的，不过提起要去缅甸这样的卑湿潮热的蛮荒之地，对于他们来说，恐怕就不太愿意去了。
这点朱载坖也很清楚，朱载坖表示，愿意去缅甸的医生，都给九品衔，要是在缅甸能够找到帮助官军、百姓抵御热带疾病的药物或是成药的话，朱载坖另有重赏，不论是官职还是金银，朱载坖都不吝赏赐，这是关系到朝廷大政方针的事情。
李时珍当即主动请缨，表示自己愿意亲自率领太医院的医生们赶赴缅甸，同时在当地发现有没有适合的药物，可以一道编入他想编撰的药学全书中，朱载坖当即表示答应，对于鼓励这些医生前往缅甸，朱载坖特旨加李时珍缅甸布政使司左参议，从太医院中挑选五百医生和医学生前往缅甸，救治当地的官军和百姓。
朱载坖对于还从内承运库拨出三万两，给李时珍购买药材等物，用以救治当地的官军和百姓，还有当地的土司也要施恩，以稳住他们，好让大明能够将缅甸予以消化。
处理了这些事情，就是内阁人员的更易了，阁臣郭朴以老病请求致仕，朱载坖已经派遣太医看过了，确实是不能理事了，但是郭朴的去位会导致高拱在内阁中处于相对孤立的情况，所以高拱通过密疏举荐张四维入阁，张四维是高拱的政治盟友醋党一力力推的人选，张四维入阁，会使得高拱的权力得到稳固。
但是张四维的资历太浅，廷推的话恐怕难以通过，所以高拱通过密疏的方式，想要请求朱载坖直接下旨任命张四维入阁办事，对于高拱的要求，朱载坖在思考是否要予以答应，高拱的收复地位自然是要稳固的，这点毋庸置疑，但是通过什么形式是个问题。
醋党本就在六部势力不小，杨博久居吏部，权力极重，现在张四维又入阁的话，再加上协理京营的王崇古，这力量可不小了。