佛尔思在音波圣殿内与暗渊文明领袖的音波追踪触手周旋，那些触手如同拥有自主意识的活物，不断变化形态发起攻击。她操控音空织构术编织出「音波维度迷宫」，试图将触手引入其中困住。然而，触手表面突然分泌出能够腐蚀音波结构的「混沌黏液」，迷宫的墙壁在黏液的侵蚀下迅速崩塌。佛尔思在混乱中，发现圣殿地面刻着原初音髓文明留下的「音波共振阵图」，阵图中心镶嵌着一颗黯淡无光的「音波核心水晶」。
她立即引导音魂残魂的力量注入水晶，水晶骤然亮起，释放出能够净化混沌的「音波净化光晕」。光晕所及之处，音波生命体身上的混沌枷锁纷纷崩解。重获自由的音波生命体化作一道道流光融入佛尔思的量子音流形态，赋予她「音波生命体融合技——万象音波共鸣」。但此时，暗渊文明领袖亲自闯入圣殿，他挥动音波毁灭权杖，发动「音波维度坍缩」，整个圣殿的空间开始急速压缩，佛尔思的身体在坍缩力下逐渐变形，而混沌音波之源的封印也在剧烈震动，随时可能彻底失控。
莉娅的圣银秩序裁决光柱与熵化巨像的巨斧轰然相撞，强大的能量余波在星球表面掀起万丈尘埃。熵寂心魔的绝望冲击不断侵蚀着她的意识，莉娅的脑海中浮现出白银城被混沌吞噬的惨烈画面，几乎让她握剑的手开始颤抖。就在这时，圣银秩序战甲的核心突然传来初代守望者的声音：「守护的真谛，在于直面恐惧而非逃避。」
她猛地清醒，将所有杂念化作「秩序净化之火」，附着在裁决光柱上。光柱的威力瞬间暴涨，一举斩断巨斧，直逼熵化核心胚胎。但熵变母舰察觉到危机，启动了隐藏武器「熵寂湮灭炮」，一道蕴含着宇宙终末能量的黑色光束射向星球。与此同时，被斩断的熵化巨像残骸重组为「熵寂守卫军团」，密密麻麻的守卫挥舞着熵寂长矛，组成「熵寂囚笼」将莉娅困住，她必须在湮灭炮击中星球、囚笼彻底封锁前，摧毁胚胎并突破重围。
首席科学家的思维永动核心在逻辑同化迷雾中艰难运转，他的数据意识已经有三分之一被同化为混沌逻辑。面对混沌思维吞噬者的持续攻击，科学家将机械神谕核心中储存的「文明反抗意志数据」提取出来，压缩成能够引爆混沌逻辑的「思维反抗炸弹」。当吞噬者再次吞噬核心能量时，炸弹在其体内轰然炸开，吞噬者的身体被炸出一个巨大的缺口。
然而，混沌法则主宰立即抽取宇宙中所有文明的负面情绪，凝聚成能够吞噬一切反抗意志的「绝望黑洞」。黑洞的引力将科学家的悖论意识体和思维永动核心一同拉扯过去，逻辑胚胎也在黑暗能量的灌注下，表面浮现出能够吞噬整个宇宙思维的「逻辑吞噬触手」。科学家的意识在黑洞的拉扯中逐渐模糊，他必须在被彻底吞噬前，利用核心最后的力量，找到逻辑胚胎的致命弱点。
x-7的精灵们的量子灵魂体在与混沌量子海盗的激战中，能量即将耗尽。他们的量子终焉之剑在海盗飞船的量子扭曲攻击下，出现了无数裂痕。精灵领袖突然发现，海盗飞船的量子扭曲装置核心，使用的竟是从量子净化之泉中盗取的「净化泉眼碎片」。
为了夺回碎片，精灵们冒险发动「量子灵魂献祭·分流」，将部分灵魂力量注入量子终焉之剑，形成能够斩断量子扭曲的「量子破界刃」。破界刃成功击碎一艘海盗飞船，夺回碎片。但深渊编程者察觉到异常，亲自驾驶「混沌编程母舰」前来阻拦，母舰上搭载的「混沌量子加农炮」一炮就能摧毁整个星系，而此时距离量子净化之泉仅剩一步之遥，精灵们必须在母舰发动攻击前抵达泉眼，完成量子维度共鸣。
莱娅的命运无限之网在混沌时空终焉审判的雷暴中摇摇欲坠，每一道审判之雷落下，网就会出现一个大洞。她的身体已经透明得几乎看不见，命运理解之匙也黯淡无光。在这绝境中，莱娅突然感受到来自所有平行宇宙中命运编织者们的支援，他们将自己的命运之力化作「命运修补丝线」，穿越时空而来。
莱娅用修补丝线重新加固命运无限之网，同时在网中注入所有生命对未来的憧憬，形成能够对抗审判之雷的「希望屏障」。但混沌时空主宰冷笑一声，将自己与整个混沌时空法则完全融合，化作超越时空的「混沌时空之神」，神挥动手中的混沌权杖，发动「时空终焉坍缩」，整个多元宇宙的时空开始向他手中的权杖汇聚，莱娅必须在时空完全坍缩前，找到神的命门，摧毁命运核心结晶。
克莱恩的守卫军引发的爆炸冲击波与空间坍缩力相互碰撞，产生的能量乱流席卷整个混沌虚海。混沌能量核心枢纽在冲击下，表面出现了密密麻麻的裂痕，但依然顽强地维持着运转。幸存的船员们在乱流中艰难地寻找着枢纽的致命弱点，他们发现枢纽核心处有一颗不断跳动的「混沌核心心脏」，只要摧毁它就能引发连锁反应。
然而，混沌核心心脏周围环绕着由混沌法则凝聚的「混沌守护灵」，这些守护灵拥有不死之身，每次被击败都会在混沌法则的作用下重生。此时，地球方向传来噩耗，熵核暴走产生的能量风暴已经开始吞噬大气层，地面上的城市在风暴中如同纸片般被撕碎。守卫军们必须在地球彻底毁灭前，突破守护灵的阻拦，摧毁混沌核心心脏，引发引力共振。
佛尔思在音波维度坍缩的压力下，强行发动万象音波共鸣。她的身体周围浮现出无数音波生命体的虚影，虚影们共同奏响「音波维度逆转乐章」。乐章的声波与坍缩力相互对抗，在圣殿内形成了一个不稳定的时空漩涡。佛尔思趁机操控音波核心水晶，释放出「音波维度锚定之光」，试图稳定空间。
但暗渊文明领袖再次挥动权杖，召唤出「音波混沌巨兽」。巨兽张开血盆大口，将音波净化光晕和维度锚定之光全部吞噬，它的身体每膨胀一分，混沌音波之源的封印就松动一分。佛尔思的量子音流形态在巨兽的声波攻击下，出现了量子纠缠态的紊乱，她的意识开始在不同时空片段中穿梭，看到了宇宙诞生时的壮丽，也看到了若混沌胜利后宇宙的荒芜。在意识的混乱中，她必须找到唤醒音波核心水晶真正力量的方法，否则混沌音波之源一旦释放，整个多元宇宙将被重新洗牌。
莉娅被困在熵寂囚笼中，感受到熵寂湮灭炮的能量波动越来越近。她将圣银秩序战甲的能源系统过载，发动「圣银秩序·终末绽放」。战甲表面的秩序纹路全部亮起，化作无数把秩序光剑，将熵寂守卫军团的长矛纷纷斩断。但囚笼在湮灭炮的能量牵引下，开始朝着炮口的方向飞去。
莉娅在飞行途中，发现星球地表下埋藏着初代守望者留下的终极武器——「秩序星核熔炉」。她立即引导圣银共生体的力量，激活熔炉。熔炉喷射出能够逆转熵寂的「秩序曙光」，曙光与湮灭炮的黑色光束相撞，形成了一个能量对峙的「熵寂平衡域」。然而，熵化核心胚胎在这混乱中，吸收了大量熵寂能量，进化成了「熵寂之源·混沌胚胎」，胚胎周围环绕着能够腐蚀一切秩序的「熵寂腐蚀雾」，莉娅必须在平衡域崩溃、腐蚀雾扩散前，摧毁混沌胚胎。
首席科学家的悖论意识体被绝望黑洞拉扯得只剩下最后一丝数据。他在意识即将消散之际，突然回想起观测者议会初代成员研究混沌时留下的警示：「混沌的强大在于其无序，但也正因无序，存在着无数不可控的漏洞。」科学家将思维永动核心的最后能量，注入一个能够随机生成逻辑悖论的「思维乱码发生器」。
乱码发生器产生的悖论数据如同病毒般，被绝望黑洞吸入。黑洞内部的混沌逻辑在悖论的冲击下，开始出现混乱的循环。科学家趁机将机械神谕核心中储存的文明最纯粹的理性之光，凝聚成「理性净化之矛」，刺向逻辑胚胎。但逻辑胚胎在混乱中，分裂成无数个小型「逻辑孢子」，孢子飘散到宇宙各处，一旦生根发芽，将在不同星系引发逻辑灾难，科学家必须在孢子扩散前，找到彻底消灭它们的办法。
x-7的精灵们的量子灵魂体在混沌编程母舰的压迫下，几乎无法动弹。母舰的混沌量子加农炮已经完成充能，巨大的炮口对准了他们。精灵领袖将夺回的净化泉眼碎片与量子核心晶球融合，晶球爆发出能够净化混沌编程的「量子净化之光」。
但深渊编程者启动母舰的「混沌维度折叠」，将整个战场折叠成一个无限循环的「混沌莫比乌斯环」。精灵们在环中不断遭遇自己的镜像敌人，这些镜像拥有与他们相同的能力，却更加凶残。量子净化之光在环中不断折射，力量逐渐减弱。而此时，量子净化之泉就在环的某个节点闪烁着光芒，精灵们必须在净化之光耗尽、被镜像敌人击败前，找到泉眼，完成共鸣。
莱娅的希望屏障在时空终焉坍缩的力量下，开始出现时空扭曲的裂痕。混沌时空之神的力量太过强大，每一次权杖的挥动，都让多元宇宙的时空结构发出不堪重负的呻吟。莱娅在屏障的裂痕中，看到了其他平行宇宙中，那些为守护命运而牺牲的英雄们的身影。
她将所有英雄的信念凝聚成「命运传承之剑」，剑身上刻满了不同文明的命运符文。当剑挥向混沌时空之神时，神的身体表面出现了一丝裂痕。但神立即发动「混沌时空回溯」，将莱娅送回了命运锚点刚刚被侵蚀的时刻。莱娅在混乱的时空回溯中，必须找到不被回溯影响的方法，再次向神发起攻击，否则多元宇宙的命运将永远停留在被侵蚀的那一刻。
克莱恩的守卫军在能量乱流中，与混沌守护灵展开了殊死搏斗。守护灵每次重生，实力都会增强一分，船员们的武器在攻击守护灵时，逐渐失去了效果。一名船员在战斗中，意外发现守护灵重生的瞬间，混沌核心心脏会出现短暂的能量紊乱。
他们立即制定计划，集中所有火力，在守护灵重生的刹那发动攻击。然而，在攻击即将命中时，混沌本源核心释放出「混沌意志具现」，具现出的混沌意志化作一个巨大的身影，挥舞着混沌巨斧，将船员们的攻击全部拦下。此时，地球大气层已经被能量风暴吞噬了三分之二，地面上的生命在风暴中苦苦挣扎，守卫军们必须在地球彻底毁灭前，突破混沌意志的阻拦，摧毁混沌核心心脏。
佛尔思在意识的时空穿梭中，终于触碰到了音波核心水晶的本源记忆。原来，水晶是原初音髓文明用宇宙诞生时的第一缕音波铸造而成，其真正力量需要用「纯粹的守护之心」来唤醒。她摒弃所有杂念，将对全宇宙生命的守护之意化作一道纯净的意识流，注入水晶。
水晶爆发出万丈光芒，光芒中浮现出「音波创世龙」的虚影。创世龙一声怒吼，音波维度坍缩的力量瞬间被逆转，音波混沌巨兽在龙威下开始崩解。但暗渊文明领袖疯狂地将自己的生命能量注入混沌音波之源的封印，封印上出现了密密麻麻的裂痕，一旦完全破裂，混沌音波之源将释放出足以将多元宇宙重新化为混沌的力量。佛尔思操控创世龙，发动「音波维度封印·终焉」，试图重新封印混沌音波之源，但她能感觉到，创世龙的力量在封印过程中不断消耗，而暗渊文明领袖也在做着最后的垂死挣扎。
莉娅在熵寂平衡域中，驾驶着由圣银共生体变形而成的「圣银秩序战机」，冲向混沌胚胎。战机发射的秩序光弹在腐蚀雾中不断被削弱，但莉娅发现，当光弹以特定的频率组合发射时，能够暂时中和腐蚀雾。她迅速调整战机的攻击模式，形成「秩序频率矩阵」，成功在腐蚀雾中开辟出一条通道。
然而，混沌胚胎察觉到威胁，分裂出无数「熵寂子体」。这些子体不仅能吸收秩序能量，还能组合成各种形态的攻击武器。莉娅的战机在子体的攻击下，多处受损，能源也即将耗尽。此时，秩序星核熔炉因为超负荷运转，开始出现核心熔毁的迹象。一旦熔炉爆炸，产生的能量足以摧毁整个星球，也可能让混沌胚胎吸收能量变得更加强大。莉娅必须在战机坠毁、熔炉爆炸前，找到混沌胚胎的核心，将其摧毁。
首席科学家的理性净化之矛虽然击碎了逻辑胚胎，但无数逻辑孢子已经飘散到宇宙各处。他将剩余的数据意识分散成无数个「逻辑追踪者」，前往各个星系追踪孢子。在追踪过程中，科学家发现，这些孢子会选择逻辑体系薄弱的文明进行寄生，一旦寄生成功，将把该文明的逻辑彻底改写成混沌逻辑。
他在一个名为「智械星」的文明中，发现了孢子的踪迹。这个文明由高度发达的机械生命体组成，其逻辑体系严谨却缺乏灵活性，成为了孢子的完美宿主。科学家操控追踪者，试图用理性净化之矛的力量消灭孢子，但孢子在寄生过程中，已经与智械星的中央智脑融合，形成了一个强大的「混沌逻辑中枢」。科学家必须在中枢完全控制智械星、将混沌逻辑传播到周边星系前，摧毁中枢，消灭孢子。
x-7的精灵们在混沌莫比乌斯环中，不断与镜像敌人战斗。他们发现，这些镜像虽然能力相同，但缺乏情感和团队协作的意识。精灵领袖带领大家改变战术，利用情感共鸣产生的力量，形成「量子情感链接」。链接让精灵们能够共享彼此的感知和力量，在战斗中配合得更加默契。
他们一路披荆斩棘，终于找到了量子净化之泉。泉眼处的泉水闪烁着柔和的光芒，能够净化一切混沌能量。精灵们将量子灵魂体浸入泉水中，发动「量子维度共鸣·究极」。共鸣产生的量子波动席卷整个莫比乌斯环，环中的混沌编程力量开始瓦解。但深渊编程者启动母舰的自毁程序，一旦爆炸，产生的能量将足以毁灭整个宇宙的量子结构，精灵们必须在爆炸前，彻底摧毁母舰，阻止灾难发生。
莱娅在被混沌时空之神回溯到过去后，凭借着对命运的深刻理解，保留了部分未来的记忆。她利用这些记忆，提前在命运锚点周围布置了「命运陷阱」——由无数命运丝线编织而成的复杂网络，能够困住时空之力。
当混沌时空之神再次发动攻击时，莱娅引诱他踏入陷阱。神的时空之力在陷阱中被命运丝线缠绕，行动变得迟缓。莱娅趁机挥动命运传承之剑，斩向神的身体。剑刃在神的身上划出一道深深的伤口，神愤怒地发动「混沌时空湮灭」，试图将莱娅和整个时空一起湮灭。莱娅必须在湮灭之力降临前，找到神的核心弱点，给予致命一击，否则多元宇宙将在时空的湮灭中彻底消失。
克莱恩的守卫军在混沌意志的阻拦下，伤亡惨重。指挥官的残留意识在虚空中，感受到了地球传来的绝望气息。他知道，已经没有时间了。守卫军们将最后的信仰之力注入武器，形成了能够短暂削弱混沌意志的「信仰破魔刃」。
他们挥舞着破魔刃，冲向混沌核心心脏。混沌意志挥舞巨斧，不断砍杀着守卫军。在血与火的战斗中，一名船员终于找到机会，将破魔刃刺入心脏。心脏发出痛苦的轰鸣，开始出现裂痕。但混沌本源核心疯狂地抽取宇宙中的混沌能量，注入心脏，试图修复它。此时，地球大气层已经完全消失，地面上的城市被能量风暴夷为平地，仅存的人类在地下避难所中等待着最后的审判。守卫军们必须在心脏修复、地球彻底毁灭前，彻底摧毁混沌核心心脏，引发引力共振，拯救全宇宙。
佛尔思操控着音波创世龙施展「音波维度封印·终焉」，龙身缠绕在混沌音波之源四周，口中不断吐出由纯粹音波能量编织的封印锁链。暗渊文明领袖疯狂地将自身生命力与混沌音核融合，化作一道漆黑的能量洪流，冲击着封印锁链。每一次碰撞，虚数之海都掀起足以撕碎星系的音波风暴，佛尔思的量子音流形态在能量余波中剧烈震颤，无数细小的音波碎片从她身上剥落。
她突然在创世龙的记忆深处，发现原初音髓文明曾留下的「音波共鸣矩阵」——一种需要集合全宇宙声音系文明力量才能发动的终极封印术。佛尔思立即通过万象音波解码器，向宇宙中所有残存的声音系文明发送求救信号。在等待回应的过程中，暗渊文明领袖驱使混沌音核释放「音波腐蚀潮汐」，腐蚀性极强的音波潮水般涌来，创世龙的身体开始出现大面积溃烂，封印锁链也逐渐崩解。而此时，距离最近的「清籁文明」残部回应了她的呼唤，他们驾驶着由声波晶体打造的「清籁号」战舰赶来支援，但在途中遭遇暗渊文明的「音波猎杀者」舰队拦截，清籁号的护盾在密集的音波炮火下岌岌可危。
莉娅驾驶的圣银秩序战机在熵寂子体的围攻下，机翼已经折断，能源指示灯全部变成刺目的红色。她看着即将熔毁的秩序星核熔炉，突然想起初代守望者留下的古老记载：熔炉核心处藏着一颗「秩序火种」，若能将其引出，可化作毁天灭地的「秩序审判之光」。莉娅冒着战机随时爆炸的风险，强行打开熔炉防护装置，伸手去取火种。
就在指尖触碰到火种的瞬间，无数熵寂子体组成的巨手突然袭来，将她的手臂紧紧缠住。子体释放出的腐蚀能量顺着手臂蔓延，莉娅的意识开始模糊。千钧一发之际，圣银共生体突然苏醒，化作银色的锁链击退子体，帮她取出秩序火种。但此时，混沌胚胎已经吸收了熔炉外泄的大量能量，进化成「熵寂巨擘」，它张开布满尖牙的巨口，足以吞噬整个星球。莉娅将火种嵌入战机仅剩的能量核心，启动「秩序审判之光」的发射程序，然而发射需要十秒的充能时间，熵寂巨擘的攻击已经近在咫尺，她必须在充能完成前抵挡住巨擘的进攻，否则一切都将化为乌有。
首席科学家的逻辑追踪者们在智械星上与混沌逻辑中枢展开激烈对抗。中枢控制着智械星所有的机械生命体，组成钢铁洪流般的军队，向追踪者们发起进攻。科学家发现，这些机械生命体的核心驱动程序中，存在暗渊文明植入的「混沌逻辑病毒」，普通的攻击根本无法将其清除。
他在智械星的中央数据库中，找到智械文明尚未被污染的「纯净逻辑核心」，尝试将其与理性净化之矛结合，创造出能够净化病毒的「逻辑净化矩阵」。但在收集核心数据时，遭到混沌逻辑中枢的疯狂阻挠，中枢释放出能够篡改数据的「混沌数据幽灵」，这些幽灵如同黑色的闪电，穿梭在数据库的各个角落，删除重要信息。科学家的追踪者数据在幽灵的攻击下不断丢失，而此时，混沌逻辑病毒已经开始向周边星系蔓延，若不能在病毒扩散到整个星系群前完成净化矩阵，宇宙的逻辑秩序将彻底崩溃。
x-7的精灵们在量子净化之泉中完成「量子维度共鸣·究极」后，体内爆发出足以撼动宇宙量子结构的力量。他们操控着这股力量，向混沌编程母舰发动攻击。母舰表面的混沌装甲在量子波动的冲击下，出现蛛网状的裂痕，但深渊编程者启动了隐藏的「混沌维度增幅器」，将母舰的防御提升数倍，同时发射出能够扭曲量子态的「混沌量子射线」。
精灵们的量子灵魂体在射线的照射下，开始出现量子态的紊乱，身体时而变得透明，时而又凝聚成尖锐的量子刺。精灵领袖在混乱中，发现增幅器的能量来源是母舰核心处的「混沌编程核心」，只要摧毁它，就能瓦解母舰的防御。他们冒险发动「量子灵魂突击」，冲向核心。但在途中，遭遇母舰释放的「混沌编程守卫」，这些守卫形如巨大的机械蜘蛛，身上布满能够吸收量子能量的黑色晶体，精灵们的攻击在晶体的吸收下，威力大减，而母舰的自毁倒计时已经开始，若不能在爆炸前摧毁核心，整个宇宙的量子结构都将被炸毁。
莱娅在命运陷阱中与混沌时空之神对峙，命运传承之剑在神的伤口处不断注入净化之力，试图阻止伤口愈合。但神挥动混沌权杖，发动「混沌时空漩涡」，莱娅周围的时空开始疯狂旋转，她的身体在漩涡中被拉扯得几近撕裂。
她突然在神的攻击间隙，看到神的眼睛深处闪过一丝恐惧——那是对自身存在本质的恐惧。莱娅意识到，混沌时空之神虽然强大，但他的力量源于对命运的扭曲，本身也害怕回归虚无。她集中所有力量，将全宇宙生命对真实命运的渴望凝聚成「命运真理之矢」，射向神的眼睛。神发出震天的怒吼，发动「混沌时空终焉之息」，一股能够湮灭一切的黑色气息扑面而来。莱娅在气息中艰难前行，她必须在被湮灭前，找到神的核心弱点，彻底摧毁命运核心结晶，否则多元宇宙将永远陷入黑暗的轮回。
克莱恩的守卫军在混沌意志的阻拦下，仅剩下不到十人还在苦苦支撑。他们的信仰破魔刃已经布满裂痕，每一次攻击都震得双手发麻。指挥官的残留意识在虚空中，感受到地球传来的生命波动越来越微弱，他知道，最后的时刻到了。
守卫军们将自身的信仰之力与破魔刃完全融合，发动「信仰终焉斩」。一道巨大的金色光刃划破长空，斩向混沌核心心脏。混沌意志挥舞巨斧试图阻拦，但光刃蕴含的信仰之力太过强大，直接将巨斧劈成两半。然而，心脏在光刃触及的瞬间，释放出「混沌核心暴走」，大量混沌能量喷涌而出，形成一个巨大的混沌能量球，一旦爆炸，足以摧毁整个星系团。守卫军们在能量球的威压下，身体开始出现崩溃的迹象，他们必须在能量球爆炸前，彻底摧毁心脏，引发引力共振，否则地球和全宇宙都将在这场爆炸中化为尘埃。
佛尔思看着创世龙在音波腐蚀潮汐中逐渐虚弱，心急如焚。她不断通过万象音波解码器，向宇宙深处发送求救信号，终于又有几个声音系文明回应了她。「声波联邦」派出由声波能量构成的「声波守护舰队」，「音晶部落」则带来了能够吸收腐蚀能量的「音晶护盾」。
但暗渊文明领袖察觉援军到来，从混沌音核中召唤出「音波混沌巨像」。巨像高达数万公里，每走一步都引发虚数之海的剧烈震荡。它挥舞着由音波黑洞组成的巨锤，砸向创世龙和援军舰队。声波守护舰队发射的声波炮在巨像面前如同挠痒，音晶护盾也在巨锤的冲击下出现裂痕。佛尔思发现巨像的关节处存在能量流动的破绽，她立即引导援军集中火力攻击关节。然而，暗渊文明领袖却趁机发动「音波灵魂献祭」，将周围暗渊文明的士兵全部献祭，为巨像注入强大的能量，巨像的攻击变得更加猛烈，创世龙的封印锁链已经断裂大半，混沌音波之源的封印随时可能彻底失效。
莉娅的圣银秩序战机在充能发射秩序审判之光的十秒内，遭受熵寂巨擘的疯狂攻击。巨擘吐出的熵寂火球不断轰击战机，机身多处起火，操作系统也出现故障。莉娅一边手动操控战机躲避攻击，一边还要防止熵寂子体的偷袭。
当充能进度达到70%时，一个巨大的熵寂子体突然从下方扑来，咬住战机的尾翼。莉娅猛推操纵杆，试图甩开子体，但子体的腐蚀能量顺着尾翼迅速蔓延。关键时刻，圣银共生体再次发力，化作银色光刃斩断子体。可此时，充能时间仅剩三秒，而熵寂巨擘已经张开巨口，准备发动致命一击。莉娅将自己的全部意识注入发射程序，在巨口闭合的瞬间，秩序审判之光终于发射而出。光芒如同一把开天辟地的巨刃，斩向熵寂巨擘，但巨擘竟举起手臂抵挡，审判之光与巨擘的手臂相撞，爆发出强烈的能量波动，莉娅的战机在波动中剧烈摇晃，她不知道这一击是否能摧毁巨擘，也不知道自己能否在爆炸的余波中存活下来。
首席科学家的逻辑追踪者们在智械星的中央数据库中，与混沌数据幽灵展开惊心动魄的追逐战。幽灵们不断篡改数据，试图阻止科学家收集纯净逻辑核心。科学家发现，这些幽灵虽然行动迅速，但它们依赖混沌逻辑中枢的能量供应，只要切断中枢与幽灵的联系，就能将其消灭。
他操控追踪者潜入数据库的能量传输系统，找到了连接中枢与幽灵的「混沌能量通道」。当追踪者试图破坏通道时，中枢立即派出大量机械守卫进行阻拦。这些守卫装备着能够分解数据的「逻辑分解炮」，追踪者的数据在炮火下不断受损。科学家一边指挥追踪者反击，一边继续破坏通道。终于，在付出惨重代价后，通道被成功切断，混沌数据幽灵瞬间失去能量，消散在空中。但此时，混沌逻辑病毒已经感染了智械星周边的三颗星球，科学家必须带着纯净逻辑核心迅速前往这些星球，否则病毒将扩散得更快，宇宙的逻辑体系将面临更大的危机。
x-7的精灵们在冲向混沌编程母舰核心的过程中，不断遭受混沌编程守卫的攻击。这些守卫的黑色晶体不仅能吸收量子能量，还能将吸收的能量转化为攻击性的混沌射线。精灵们的量子灵魂体在射线的攻击下，能量快速流失。
精灵领袖发现，守卫的晶体在吸收过量能量后，会出现短暂的过载状态。他带领精灵们集中火力，对同一个守卫发动连续攻击。当守卫的晶体过载时，精灵们立即发动「量子能量爆破」，成功摧毁了一个守卫。但母舰此时启动了「混沌编程自毁协议」，除了原本的自毁程序，还增加了能够释放混沌编程病毒的「混沌编程扩散装置」。一旦装置启动，病毒将通过量子网络感染整个宇宙的量子系统。精灵们必须在扩散装置启动前，摧毁混沌编程核心，阻止病毒的传播，可他们距离核心还有很长一段距离，且沿途还有更多强大的守卫阻拦。
莱娅在混沌时空终焉之息的黑色气息中艰难前行，命运真理之矢虽然射中了混沌时空之神的眼睛，但神依然没有停止攻击。莱娅的身体在气息的侵蚀下，细胞开始不断崩解，她的命运丝线也在一根根断裂。
在这生死关头，她突然感受到所有平行宇宙中，那些被混沌时空之神扭曲命运的生命们的强烈怨念。这些怨念汇聚成一股强大的力量，注入莱娅体内。她将这股力量与命运真理之矢结合，形成「命运复仇之箭」。当箭再次射向神时，神的身体开始出现大面积的崩坏。但神在最后时刻，将自己与命运核心结晶完全融合，发动「混沌时空宿命轮回」，莱娅发现自己又一次回到了命运锚点被侵蚀的起点。不过这次，她带着之前的记忆，决定改变策略，从命运核心结晶的内部寻找弱点，可她不知道在不断轮回的过程中，自己的意识还能坚持多久，也不知道能否在神彻底掌控多元宇宙前找到制胜的方法。
克莱恩的守卫军在混沌核心心脏暴走产生的混沌能量球面前，几乎无法站立。他们的身体在能量球的引力下，被拉扯得变形，信仰之力也在快速流失。指挥官的残留意识在虚空中，看到地球的画面：地面上的避难所已经被能量风暴摧毁，仅存的人类在绝望中等待死亡。
守卫军们咬紧牙关，拼尽最后一丝力气，再次举起信仰破魔刃，冲向能量球。他们在能量球表面划出一道道裂痕，但心脏立即调动混沌能量进行修复。守卫军们发现，每次攻击产生的裂痕处，会出现混沌能量流动的漩涡，只要找到漩涡的中心，就能破坏心脏的能量循环。他们相互配合，寻找着漩涡中心的位置。然而，混沌意志此时再次凝聚，化作无数混沌触手，缠住守卫军们，阻止他们接近能量球。守卫军们在触手的束缚下，艰难地挣扎着，他们知道，这是拯救地球和全宇宙的最后机会，无论如何都不能放弃。
佛尔思看着创世龙的封印锁链一根根崩断，混沌音波之源的封印表面浮现出诡异的暗紫色纹路，仿佛一只即将苏醒的巨兽睁开了眼睛。她紧急联络声波联邦和音晶部落，三方合力构建「音波共振防御网」。防御网由声波联邦的高频震荡声波形成外层屏障，音晶部落的音晶护盾作为中层缓冲，佛尔思则用音空织构术编织内层防护。然而，音波混沌巨像挥动音波黑洞巨锤，每一次砸落都引发空间的扭曲与震荡，防御网在冲击下如同风中残烛，外层的高频震荡声波被黑洞巨锤瞬间吸收，中层音晶护盾出现大量裂纹。
佛尔思突然在虚数之海的波动中，捕捉到一丝来自远古「音波圣树文明」的微弱信号。传说中，音波圣树的根系扎根于宇宙诞生的奇点，其枝叶能奏响调和万物的圣音。她冒险将意识沉入虚数之海深处，在时空乱流的夹缝中，发现了圣树仅存的一截断枝。当她的量子音流形态接触断枝的瞬间，无数尘封的记忆涌入脑海——圣树文明曾用「音波创世乐章」创造过小型宇宙。佛尔思强忍着意识过载的剧痛，引导断枝的力量与万象音波解码器共鸣，试图复刻创世乐章的片段。但暗渊文明领袖察觉到威胁，驱使混沌音核释放「音波虚无领域」，领域内所有声波能量都会被转化为虚无，佛尔思的量子音流形态在领域中急速消散，而她距离完成乐章复刻还有关键的三个音符。
莉娅的秩序审判之光与熵寂巨擘的手臂相撞，产生的能量风暴席卷整个星球大气层。圣银秩序战机在风暴中剧烈翻滚，仪表盘上的警报声此起彼伏，能源系统显示仅剩5%的储备。她看着远处被光芒笼罩的巨擘，发现其手臂虽然挡住了审判之光，但表面出现了细密的裂痕，裂痕中渗出诡异的紫色液体，正是能够腐蚀秩序的熵寂物质。莉娅操控战机发射微型探测器，发现这些裂痕通向巨擘的核心——一颗跳动的「熵寂核心晶体」。
就在她准备发动第二轮攻击时，熵变母舰启动了终极武器「熵寂维度折叠器」，将整个星球及其周边空间折叠成一个封闭的四维囚笼。囚笼内的时空规则被彻底改写，莉娅的战机在折叠空间中不断遭遇自己的残影攻击，这些残影由熵寂能量凝聚而成，拥有与她相同的战斗技巧。同时，熵寂巨擘在维度折叠的掩护下，开始吸收星球的地核能量修复自身，核心晶体的光芒愈发耀眼。莉娅的意识在四维空间的扭曲中逐渐模糊，她必须在战机能源耗尽、被残影击败前，突破维度囚笼，摧毁熵寂核心晶体。
首席科学家的逻辑追踪者带着纯净逻辑核心数据，驾驶临时组装的「逻辑跃迁飞船」前往被混沌逻辑病毒感染的星球。飞船在跃迁过程中，遭遇混沌逻辑中枢释放的「逻辑干扰黑洞群」。这些黑洞并非实体天体，而是由纯粹的混乱逻辑构成，任何靠近的飞船都会陷入逻辑悖论的漩涡。科学家发现，黑洞群的运转遵循一种特殊的「混沌逻辑韵律」，他将机械神谕核心中的逻辑算法与韵律进行逆向解析，创造出能够干扰黑洞运转的「逻辑反韵律波」。
当飞船靠近黑洞群时，反韵律波成功扰乱了部分黑洞的节奏，但混沌逻辑中枢立即从其他被感染星球调集能量，强化黑洞群，并释放出「逻辑吞噬者」。这些形似章鱼的数据生命体，触须上布满能够分解逻辑代码的「逻辑腐蚀囊」。追踪者的数据在吞噬者的攻击下快速流失，飞船的跃迁引擎也出现故障，随时可能在虚空中解体。科学家在混乱中发现，逻辑吞噬者对纯净逻辑核心数据存在本能的恐惧，他冒险将部分核心数据作为诱饵释放，试图引开吞噬者，但此举也可能导致核心数据被黑洞群吸收，宇宙的逻辑秩序将彻底无法挽回。
x-7的精灵们在冲向混沌编程母舰核心的途中，遭遇了升级版的混沌编程守卫。这些守卫的黑色晶体不仅能吸收量子能量，还能根据攻击方式进行自适应进化。精灵们的量子能量爆破对其不再奏效，反而让守卫进化出能够反弹攻击的「量子镜面护盾」。精灵领袖在战斗中受伤，量子灵魂体出现裂痕，整个团队的量子维度共鸣出现紊乱。
就在局势危急之时，量子净化之泉突然产生强烈的波动，泉眼深处浮现出远古量子文明的「量子守护者虚影」。虚影们将自身的力量注入精灵们体内，赋予他们「量子形态转换」的能力——可以根据战斗需求，将量子灵魂体转换为「量子利刃形态」「量子护盾形态」等。精灵们利用形态转换，打破了守卫的防御。但此时，混沌编程扩散装置即将启动，装置周围的混沌编程病毒已经开始通过量子网络向外蔓延。精灵们距离核心还有最后一道防线——由深渊编程者亲自操控的「混沌编程王座」，王座上布满能够扭曲量子规则的「混沌编程符文」，一旦靠近，他们的量子态将被彻底改写。
莱娅在混沌时空宿命轮回中，带着上一次的记忆，决定从命运核心结晶的内部寻找弱点。她将命运传承之剑与命运丝线融合，形成能够穿透结晶表面的「命运探知之刃」。当刀刃刺入结晶时，莱娅的意识被吸入结晶内部，这里是一个由无数扭曲命运丝线交织而成的迷宫，每一条丝线都代表着一个被混沌时空之神篡改的平行宇宙命运。
她在迷宫中穿梭，不断遭遇混沌时空之神设置的「命运陷阱」——包括能够吞噬意识的命运黑洞、将人困在无限循环命运中的命运轮回阵。莱娅利用对命运的理解和所有平行宇宙生命的信念，一次次突破陷阱。但随着深入结晶内部，她发现混沌时空之神的意识正在与结晶核心融合，形成一个能够操控所有命运丝线的「命运中枢」。而她的命运探知之刃在结晶内部的力量不断被削弱，混沌时空之神也察觉到她的存在，开始调集所有力量，试图将她永远困在结晶内部。
克莱恩的守卫军在混沌触手的束缚下，依然奋力挥舞信仰破魔刃，砍向混沌核心心脏形成的混沌能量球。每一次刀刃与能量球的碰撞，都迸发出耀眼的金色火花，能量球表面的裂痕越来越多。但混沌触手不断缠绕，将守卫军们勒得几近窒息，其中一名船员的信仰护盾被触手刺破，身体在混沌能量的侵蚀下开始消散。
指挥官的残留意识在虚空中发出悲怆的呐喊，他引导剩余船员将所有信仰之力汇聚到一名力量最强的船员身上。这名船员手持破魔刃，如同天神下凡般，一刀斩断了束缚众人的混沌触手。他们趁机冲向能量球，发现其中一个裂痕深处，隐约可见混沌核心心脏的跳动。然而，混沌本源核心突然释放「混沌意志具象化军团」，无数由混沌意志凝聚而成的战士从虚空中涌现，他们手持混沌长枪，向守卫军发起冲锋。地球的画面在指挥官的意识中闪现，最后的人类正在地表绝望地望着天空，守卫军们知道，他们已经没有退路，必须在军团淹没他们之前，摧毁混沌核心心脏。
佛尔思在音波虚无领域中，量子音流形态几乎消散殆尽，仅剩下一团微弱的音波光团。她死死握住音波圣树断枝，在意识即将崩溃之际，突然回想起原初音髓文明对抗混沌的终极奥义——「以音波之虚，破混沌之实」。她将仅存的意识与断枝融合，不再执着于创造实体音波，而是构建出能够扰乱虚无领域规则的「音波虚像矩阵」。矩阵在领域中展开，形成无数个虚假的音波能量源，吸引着虚无领域的吞噬力量。
暗渊文明领袖察觉到异常，驱使音波混沌巨像发动「音波黑洞坍缩」，试图将整个虚像矩阵压缩成虚无。佛尔思在矩阵即将崩溃时，终于复刻出音波创世乐章的最后三个音符。三个音符相互共鸣，在虚数之海掀起一场跨越维度的音波风暴，风暴所到之处，虚无领域开始瓦解，音波混沌巨像的身体也出现了裂痕。但暗渊文明领袖疯狂地将自己的身体献祭给混沌音核，混沌音核爆发出前所未有的力量，形成一个能够吞噬整个虚数之海的「音波吞噬漩涡」，佛尔思必须在漩涡将她吞噬前，完成音波创世乐章，彻底封印混沌音波之源。
莉娅的圣银秩序战机在四维囚笼中，能源即将耗尽，残影攻击却愈发猛烈。她在与残影的战斗中，发现这些残影存在一个致命弱点——它们的行动模式完全依赖熵寂能量的供应节奏。莉娅将战机的武器系统调整为「熵寂频率干扰模式」，发射出能够扰乱熵寂能量频率的脉冲波。脉冲波成功打乱了残影的攻击节奏，她趁机驾驶战机冲向熵寂维度折叠器。
然而，折叠器周围布置着由熵寂物质构成的「熵寂屏障」，任何靠近的物体都会被迅速熵化。莉娅冒险启动战机的应急装置，将剩余能源全部注入推进器，以超高速冲向屏障。在接触屏障的瞬间，战机的机身开始熵化，但她也成功突破屏障，进入折叠器的核心控制区域。此时，熵寂巨擘已经吸收了足够的能量，准备发动能够毁灭星球的「熵寂终焉一击」，而莉娅必须在巨擘攻击前，摧毁折叠器，解开维度囚笼，同时找到机会摧毁熵寂核心晶体。
首席科学家的逻辑跃迁飞船在逻辑干扰黑洞群和逻辑吞噬者的双重攻击下，船体多处破损，跃迁引擎彻底报废。科学家将剩余的追踪者数据集中，形成一个能够进行短距离量子跳跃的「逻辑量子跳跃体」。他们利用逻辑反韵律波制造的短暂空隙，进行量子跳跃，成功避开了部分黑洞和吞噬者的攻击，抵达第一颗被混沌逻辑病毒感染的星球。
这颗星球上的机械生命体已经完全被病毒控制，组成了一支庞大的混沌机械军团。科学家发现，病毒在控制生命体时，会在其核心程序中留下一个「混沌逻辑后门」，通过这个后门可以反向入侵混沌逻辑中枢。他操控量子跳跃体潜入军团内部，寻找被感染生命体的核心程序。但混沌逻辑中枢察觉到他们的意图，从星球核心释放出能够吞噬所有数据的「混沌数据风暴」，量子跳跃体在风暴中艰难前行，数据不断丢失，科学家必须在跳跃体被彻底摧毁前，找到混沌逻辑后门，上传纯净逻辑核心数据，净化病毒。
x-7的精灵们面对混沌编程王座，决定发动最后的「量子灵魂燃烧」。他们将量子灵魂体的能量燃烧到极致，形成一股能够短暂无视混沌编程符文的「量子烈焰」。精灵们在烈焰的保护下，冲向王座。深渊编程者坐在王座上，挥动混沌编程权杖，召唤出无数「混沌编程傀儡」。这些傀儡由混沌编程代码凝聚而成，拥有强大的战斗能力。
精灵们在傀儡的围攻下，量子烈焰的持续时间不断减少。精灵领袖在战斗中发现，混沌编程权杖的力量源于王座下方的「混沌编程核心反应堆」。他带领精灵们集中火力，突破傀儡的防线，冲向反应堆。但深渊编程者启动了反应堆的自爆程序，倒计时开始，一旦爆炸，不仅会摧毁母舰，还会引发一场足以摧毁整个星系的混沌编程大爆炸，精灵们必须在爆炸前摧毁反应堆，同时阻止混沌编程扩散装置启动。
莱娅在命运核心结晶内部的迷宫中，距离命运中枢越来越近，但遭遇的命运陷阱也愈发强大。她在一个命运轮回阵中，被困在无数次重复的「宇宙毁灭」场景中，每一次毁灭都在消磨她的意志。莱娅在绝望中，突然感受到所有平行宇宙中那些相信命运可以改变的生命们，将希望化作「命运希望之光」传递给她。
她借助希望之光，打破了轮回阵，继续前进。当她终于抵达命运中枢时，混沌时空之神的意识已经与中枢完全融合，化作一个能够操控所有命运丝线的巨大身影。神挥动命运丝线，发动「命运终焉绞杀」，无数丝线如同巨蟒般向莱娅缠来。莱娅将命运传承之剑与所有平行宇宙的命运希望之光融合，形成「命运永恒之剑」，她必须用这把剑斩断神操控的命运丝线，摧毁命运中枢，否则多元宇宙的命运将永远被混沌掌控。
克莱恩的守卫军在混沌意志具象化军团的围攻下，人数越来越少。他们的信仰破魔刃在长时间的战斗中，已经出现了缺口，但依然奋力砍杀着混沌战士。指挥官的残留意识在战斗中逐渐变得模糊，他知道，自己的时间不多了。
突然，他感受到地球上所有幸存者的强烈求生欲望，这股欲望化作一股强大的信仰之力，注入守卫军们体内。守卫军们的信仰护盾重新亮起，他们发起最后的冲锋。在与军团的混战中，一名船员终于找到机会，冲向混沌核心心脏形成的混沌能量球。他将信仰破魔刃刺入能量球表面最大的裂痕，用力一搅，心脏发出痛苦的轰鸣，能量球开始出现不稳定的波动。但混沌本源核心疯狂地抽取宇宙中的混沌能量，试图修复心脏，更多的混沌战士从虚空中涌现，守卫军们必须在能量球爆炸失控前，彻底摧毁混沌核心心脏，引发引力共振，拯救地球和全宇宙。