统帅部下面按军种分设海陆空三军总司令部。总司令皆由国防部长即欧阳云担任。副司令级别的高级军官方面，学兵军入职的人员有，蒋光鼐任陆军第三副总司令，楚天歌任陆军第五副总司令，李铁书任陆军第二副总参谋长；铁林飞任空军第二副总司令，王海任空军第三副总司令；陈策任海军第一副总司令，陈师昌任海军第三副总司令，陈远洋任海军第二副总参谋长。三军总司令部下面，是仅次半级的战略司令部。欧阳云提出成立战略司令部，冯玉祥和李宗仁等人曾表示不解。而欧阳云在一再嘱咐他们保密，然后亮出最新型的地对地导弹以后，他们才明白了该单位的重要性。战略司令部不仅辖制导弹部队，而且还将全权负责反谍战和情报工作，该单位成立以后，将会设两个下属部门，一为中央情报局，再就是战略防御办公室。战略司令部总司令由木剑蝶担任，常根则任中央情报局局长，战略防御办公室主任则由顾恋云担任。
统帅部取代军事委员会，军事委员会时期的战区自然也要重新划分。这正是这次会议的中心议题，在欧阳云相继宣读了冯玉祥、陈诚、李宗仁、邓锡侯等人在统帅部的任命以后，这个议题随即被提上议事日程。冯玉祥最终没能得偿所愿，不过，陆军第一副总司令，加上欧阳云答应拨给他一个警卫师的编制，也算是对他这位老前辈给出了不错的交代。所有人的任命里，事关陈诚的算是焦点。陈诚不仅出任副国防部长，而且还将兼任陆军总参谋长。而土木系除了他之外还有两个人获准入职统帅部，他们分别是担任统帅部军情咨询室室长的林蔚，再就是出任空军总参谋长的周至柔。
欧阳云关于统帅部司令级别的高级军官的任命，其实是政治上的妥协的结果。任命宣布毕，自然有人欢喜有人忧，也有不屑一顾的。不过好在没有人当场提出质疑，这也算是陈诚出任副国防部长带来的好处之一了。
有关战区的重新划分，实际上关系到各派将来的生存和发展空间，至少，与会的人里面十有**是这么想的，所以当欧阳云一宣布出来，本来还在交头接耳的立刻闭嘴不言，本来端坐着的也不禁身子挺直，一个个正襟危坐，变得慎重其事起来。
在联合政府组建前，按照军事委员会的划分，全国一共被划分为十二个战区。军事委员会当时划分战区的标准是完全以地域为标准，而随着战事的进展，很多战区实际上已经全部被日军占领，部队也不得不退往后方或者进入别的战区。说得不客气一点，这些战区等于失去立足之本，实际上已经可以取缔了。老蒋当时没有这么做，那么现在欧阳云呢？这是所有人关注的焦点。
十个战区司令长官，除开远在山西的第二战区司令长官阎锡山、远在甘肃的第八战区司令长官朱绍良、远在察哈尔的翼察战区司令长官傅作义，还有正在前线的张发奎，应到六人，实际上却只到了四人。他们分别是第五战区司令长官李宗仁、第九战区司令长官杨森、第十战区司令长官蒋鼎文，再就是苏鲁战区司令长官于学忠。这四个人里面，于学忠算是欧阳云的老部下，李宗仁和杨森则和欧阳云私交不错，所以他们肯定会到。而蒋鼎文则是因为部队在陕西几乎消耗光了，他想东山再起便只有依赖于“中央”，算是不得不来。没到的两人，一个为第一战区司令长官卫立煌，再就是第三战区司令长官顾祝同。
卫立煌不来，一是因为其夫人刚刚病亡，二则是正忙着营救失陷在程度的女儿和儿子。卫立煌的第一战区在河南还控制着不少地区，他之所以被调回重庆，那是因为他和***走得太近，引起了老蒋的警惕，老蒋特地调他回来是想着敲打敲打他，给他悬崖勒马的机会的。不过时事造人，因为日军紧接着就发动了“秦岭作战”，再加上他夫人病重，他就此滞留重庆，居然失去了重返河南前线的机会。
顾祝同不来则是因为狐十三和他的三泰游击纵队。41年狐十三刚刚将三泰游击纵队的架子搭起来的时候，顾祝同所部与新四军发生摩擦，双方在黄桥大打出手，顾祝同曾电令狐十三支援。然狐十三却以学兵军不打自己人为借口拒绝了。是役，GMD十万大军被新四军七千人击败，顾祝同的心腹爱将89军军长李守维也在逃跑途中淹死，这直接造成了GMD军在江苏境内无法立足，乃是顾祝同心头的一大恨。顾祝同事后总结原因，不提所部战力不行，却将责任推到三泰游击纵队身上，认为正是因为狐十三的见死不救才导致了中央军的失利。再加上三泰游击纵队后来完全控制了三泰地区，对他要求加入第三战区建制的命令根本充耳不闻，算是把他给完全得罪了。统帅部的通知送到他门上的时候，他根本不让送通知的军官进门，并对手下军官说出下面的话：外面都传说学兵军打日本人如何如何厉害，依我说，学兵军最擅长的还是夺地盘。学兵军不打自己人？话说得漂亮，可是乘国难之机上位，还有比这更无耻的事情吗？将欧阳云和学兵军贬得那是一文不值。
顾祝同不参加会议，却又担心自己的部队会遭到兼并，所以他有派心腹参加，那就是曾经时任江苏省主席的韩德勤。
顾祝同不给欧阳云和学兵军面子，不来参加会议，统帅部里面自然没他的位置——欧阳云的人事任命宣布结束，韩德勤从中没听到顾祝同的名字，理所当然的如此想，并因此不以为然。而当欧阳云宣布接下来讨论新站区划分的时候，因为牵涉到自己这派的切身利益，他的耳朵立刻竖了起来。