山梨博士闻言非常疑惑，因为山上的幽灵系宝可梦们都是他们研究所的饲养的，只会吓一吓学生们，并不会出手攻击，
并且那当中也并没有黑夜魔灵，这个地区也不是野生的黑夜魔灵的栖息地，
所以山梨博士才会放心地在晚上让学生们上山举行试胆大会。
突然，山梨博士想到了什么，之前白天的时候，在山顶上进行遗迹的修补工程时，因为工作人员的操作失误，挖掘机在石壁的后面砸出了一个洞窟，有人说那是通往传说中的灵界的入口。
并且按照宝可梦图鉴上面写着的，黑夜魔灵会有将人类带往灵界的习惯。
而与此同时，山顶上基本上只剩下了小智，小光，小刚，小葵，考平五人。
小刚有备而来，他利用白天的时间制作了很多适合幽灵系宝可梦的口味的宝可梦食物，通过这些食物一路平安。
一旦有幽灵系宝可梦出来吓他们，小刚就会用食物收买它们。
跟小刚一组的小葵也在小刚的保护下平安无事。
两人快要走到山顶的时候，突然看到考平正一个人走着。
正当两人思考考平为什么没有搭档的时候，考平正一步步地朝着悬崖边上走去。
没错，考平眼中的那个小女孩搭档正是来自灵界，想要把考平给带到灵界去。
考平现在眼神空洞，根本就不知道自己眼前就是悬崖。
见状，小刚和小葵连忙上前把考平给拉了回来。
而那个小女孩却是朝着小刚和小葵释放出了蛊惑的气息。
危急关头，一只野生的黑夜魔灵出现，赶走了那个小女孩，并且也朝小刚和小葵发动攻击，想要把他们赶下山去。
看到眼前那已经昏迷过去的考平，小刚和小葵也顾不得胜利了，便背着考平下山回学校去了。
而小智那边，则是提前把耿鬼给叫了过来，让耿鬼帮自己开路。
躲在路边的草丛里的那些幽灵系宝可梦刚想出来吓小智他们，就感受到了小智的耿鬼那强大的气场，全部都选择了从心。
很快，小智和小光顺利地抵达了山顶的遗迹那里。
一盘奖牌都放在这里，没有动过，这就表示，小智和小光是第一名。
正当两人兴奋的时候，那个灵界小女孩又出现了。
只见她站在那个洞窟的入口处，朝着小智和小光招手。
“这边这边，跟我一起走吧，来玩吧，来玩吧，到这里来跟我一起玩吧，快一点，来玩吧～”
那个幽灵女孩一边说着，还一边笑，笑声非常阴森。
小光吓得躲到了小智的身后，
与此同时，那只黑夜魔灵也再度出现，挡在了小智小光和那个幽灵女孩的中间，不让幽灵女孩把两人带走。
“什么人，竟敢在我面前装神弄鬼，瞧我的。”
小智怒喝一声，掏出自己之前刚刚得到的妖怪石板对准了幽灵女孩，
庞大的幽灵系能量，以及骑拉帝纳的意识瞬间被放射出来。
一个骑拉帝纳的幻影爆射而出，将那个幽灵女孩给瞬间撕碎，并且还把那个洞口给封印了起来。
小智前前后后得到的每一块石板上面，都刻有每个神兽的意志印记。
见到小智居然拥有这么强大的力量，黑夜魔灵惊讶地看了小智一眼，随后便消失不见了。
这时，山梨博士和小刚，小葵，还有几个老师都赶了过来。
见到小智和小光平安无事，便放下心来。
至于小光则是脸红得不行，因为刚刚众人赶来的时候，她还死死地抱住小智的腰不知道，被小智一提醒才急忙松开了手。
回到学校后，考平已经醒了，他的身体完全没事，
只不过当他回想起他曾经跟一个幽灵女孩组过队之后，每次都会有阵阵后怕。
很快，时间来到本次课程的最后一天了。
到目前为止，红组依旧排名第一，蓝组第二，绿组第三。
而能够改变排名的，就只剩下了今天的最后一个课程，宝可梦铁人三项。
规则是，所有的同学们从学校这里出发，拿到一个随机的精灵球，跟里面的宝可梦一起前进，穿过一座森林，然后抵达河边，在那里拿到下一个精灵球，跟里面的水系宝可梦一起过河，然后就是马拉松，结束之后，再跟宝可梦一起返回到学校里来。
第一个返回的人可以得到50分，第二名拿到30分，第三名拿到20分，从第四名开始到最后一名，每人都只能拿到10分。
同一组的每个人的得分总和，就是这一组在这个课程当中得到的分数。
并且途中不可以攻击其他人和宝可梦。
至于小智等人之前拿到的雷丘，猛火猴，臭臭泥，小磁怪等研究所的宝可梦们，早在第二天的对战课程结束之后，就被收回去了。
为此，山梨博士还特地把附近的宝可梦中心里的乔伊小姐给请了过来，防止有意外事故发生。
很快，比赛开始了。
随着表示比赛开始的一声枪响，小智一马当先，小光与小刚，小葵紧随其后，很快便冲出了学校，来到第一个点位。
小智随便抓了一个精灵球，里面是一只跳跳猪。
这跳跳猪自己能骑得上去吗？也太小了吧。
正当小智发愣的时候，小光拿到了嘟嘟利，小刚拿到了大岩蛇，小葵拿到了阿利多斯，考平拿到了三地鼠。
小智一脸羡慕地看着小光，在这种森林里的平路上赛跑，嘟嘟利这种宝可梦是最有优势的一批宝可梦之一了。
想到这里，小智赶忙骑在跳跳猪的身上，一蹦一跳地朝着下一个地点赶去。
小光的嘟嘟利靠着强劲有力的双腿快速奔跑，小刚的大岩蛇靠着蠕动前进，小葵则利用阿利多斯的吐丝技能在树木间飞跃，考平利用三地鼠的挖地洞技能在地下前进。
至于跟在后面的第二集团，有拿到圈圈熊，水箭龟，喷火驼，龙王蝎，肯泰罗，狡猾天狗，烈咬陆鲨，伦琴猫，阿柏怪，河马兽等等。