滞，直直地看向禁忌组织首领身后。众人顺着他的目光望去，竟看到了一个与水门长得极为相似的人，那人眼神冰冷，浑身散发着诡异的气息。水门声音颤抖地说道：“这……这是我的克隆体？怎么会……”原来，禁忌组织首领一直觊觎水门的力量，暗中提取他的细胞制造了克隆体。克隆水门瞬间冲了过来，与水门展开了激烈的对拼，两人的招式如出一辙，一时间难分胜负。鸣人等人也被其他傀儡忍者缠住，无法支援水门。克隆水门瞅准时机，一脚将水门踢飞。就在他准备发动致命一击时，水门突然开启了仙人模式，力量瞬间提升。他凝聚出强大的查克拉，朝着克隆水门轰去，将其击退。众人见状，士气大振，更加奋力地与傀儡忍者战斗。禁忌组织首领见局势不妙，准备启动机关逃走。鸣人怎会让他得逞，一个飞雷神二段来到首领面前，一记螺旋丸将其打倒，这场危机终于暂时解除。 就在众人以为一切结束时，被打倒的克隆水门竟缓缓站起，身上的气息变得更加恐怖。原来，禁忌组织为其注入了特殊药剂，使其拥有了自我修复与进化的能力。克隆水门再次冲向水门，速度比之前更快。水门虽处于仙人模式，但面对不断变强的克隆体也渐感吃力。鸣人见状，立刻施展影分身之术，众多分身一起冲向克隆水门，试图分散他的注意力。就在此时，卡卡西开启万花筒写轮眼，施展出神威，将克隆水门的部分身体吸入异空间。可克隆水门竟凭借强大的再生能力，迅速恢复。就在这千钧一发之际，水门想到了一个办法。他凝聚出大量查克拉，与鸣人一起施展出超大玉螺旋丸，狠狠砸向克隆水门，将其彻底粉碎。这场与禁忌组织的战斗，终于以众人的胜利而告终，村子也再次恢复了平静。 然而，平静并未持续太久。一天夜里，村子突然被一阵诡异的震动惊醒。村民们惊恐地发现，大地裂开，无数机械傀儡从地下涌出。原来，禁忌组织还有后手，他们在地下秘密建造了一个巨大的机械傀儡军团。
水门、鸣人等人迅速集结，再次投入战斗。面对密密麻麻的机械傀儡，众人虽然英勇奋战，但机械傀儡数量太多，他们渐渐陷入了困境。就在大家感到绝望时，一直研究忍术科技的木叶科学家发明了一种新型忍术武器，能够对机械傀儡造成巨大伤害。
众人借助新武器，逐渐扭转了战局。经过一番激烈的厮杀，机械傀儡军团终于被消灭。村子再次恢复了往日的宁静，但大家都明白，未知的危险可能还会降临。水门看着众人疲惫但坚定的脸庞，暗暗发誓，一定会守护好村子，守护好每一个村民。
就在某一天，时间法则重出江湖，木叶首当其冲受到影响，村民们四处逃串。