畠山常重见根来寺主动服软，并意图向上杉将军家降服后，就将此事立即上报至上杉谦信所在的摄津四天王寺。
毕竟此事事关重大，畠山常重也深知自己不是上杉将军家的谱代家臣，就连纪尹守护的役职也是靠着八条景定的裙带关系才获封，自然是不敢擅作主张。
而此时的石山御坊外，早已是火光映天、喊杀声震耳欲聋。
正所谓城门失火，殃及池鱼。
由于本愿寺显如的举兵对抗上杉将军家，不可避免的连累了近畿诸国一向宗的其余寺院。在各地弹压一向一揆的上杉军诸将经常采取宁可错杀，也不能放过的策略，尤其是距离石山御坊较近的一向宗寺院。
上杉军诸将将一向宗寺院视为眼中钉肉中刺，不仅大肆掠夺这些一向宗寺院的钱粮，甚至还烧成了一片焦土。这就使得一向宗的信徒如树倒猢狲散一般，纷纷逃离一向宗寺院的寺内町。
仅仅不到半个月的时间，摄津一国境内的教行寺、枚方寺（顺兴寺）、招提寺（敬应寺）、愿得寺、光善寺、善龙寺等诸多一向宗寺院就只剩下了残垣断壁与几大堆的灰尽。其中，教行寺住持教行寺左荣在率数名僧兵意图逃入石山御坊继续抵抗，但在途中被上杉景信所部武士擒获，之后就被押至京都六条河畔斩首示众。
不仅如此，河内一国境内的显证寺（善念寺）、兴正寺等一向宗寺院也在身兼河内、和泉两国守护的今川氏定的命令下尽数捣毁，一座不留。
因石山御坊被宽阔的护城河所包围着，再加上城墙也相当坚固。同时，石山御坊里还有不下于五千挺铁炮用于防御。
为了减少己方的伤亡，上杉谦信、上杉氏虎二人只好下令在石山御坊周边的守口、野江、木津、楼之岸、难波、岛野、四天王寺、茶臼山、远里小野、天保山、平野、大塚、生玉、野田等地设置了五十一座大大小小的支城兵砦，将石山御坊彻底孤立围困起来，断绝了石山御坊的一切军粮来源，意图以持久战消耗一向一揆军。
此次追随上杉谦信、上杉氏虎二人一同出阵的新发田重家（作为其兄新发田长敦的名代出阵）倒是想到了一个计策，便趁着深夜大雾弥漫之际，在石山御坊周边的安治川上放了无数的门板和竹排，在上面点燃了灯烛，并让麾下足轻向着石山御坊方向用铁炮朝天鸣枪，让门板和竹排顺流而下。
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守卫石山御坊外围寺内町的松井外记、中村将监、上原织部、栗津源六、富岛赖母等代官不知是计，还以为是上杉军意图趁夜渡河来袭，就急忙下令守军用铁炮、弓失进行攻击。等到天明以后他们才发现门板、竹排上空无一人，还浪费了无数的箭失和火药。
“新发田因幡守此计甚妙，我军不费一兵一卒就让一向一揆军消耗了大量箭失和弹丸。”上杉氏虎对新发田重家的计策感到非常满意。
“恩，只是不能使用第二次了，敌军可不会中第二次计。”上杉氏虎身旁的谦信点了点头。
“主公，纪州送来的急报。”这时，荒川长实快步走到了谦信的身后。
“纪州？难道是畠山右卫门尉战事吃紧，需要余分兵前去支援？”谦信转身接过荒川长实递来的书状后问道。
“先前响应石山本愿寺举兵的杂贺众、根来众已是智穷力屈，意图向当家投降，畠山右卫门尉请公方殿来做出决断。”荒川长实简单的说明了一下纪尹的战事。
“畠山右卫门尉身为纪州太守难道就不能有些自己的主见？难道余还要一边对石山御坊进行围攻，一边指导纪州的战事以及战后处置不成？”谦信对畠山常重这般没有自己主见感到有些不满。
“义父息怒，畠山右卫门尉也是见义父身在摄州，这才主动遣使请示。若是义父并未率军前来近畿弹压一向一揆，那么畠山右卫门尉就可能自行处置了。”上杉氏虎倒是认为畠山常重此举并无不妥，急忙为其美言几句。
“罢了，那就令杂贺众、根来众前往和州，协助叔父、直江大和守击退六角次郎对和州境目地带的袭扰。”谦信在经过一番思虑后还是决定不让这些降将率军前来石山御坊外参阵，毕竟自己舅舅上杉景信在石山御坊外已经吃过一次大亏了，若是上杉军再度折戟石山御坊外，那么先前降服的近畿诸国国人领主们就极有可能对新生的上杉将军家落井下石。
另一方面，比叡山延历寺的重重宝殿、处处寺社，红红的星飞迸散，腾腾的焰接林梢，烘烘的火闭山门。惊七魄，唬三魂，尽都是赤岭烟岚，望不见水馆山村。
比叡山延历寺乃是扶桑天台宗的总本山，开山祖师是平安时期传教大师最澄。天台宗的比叡山与真言宗的高野山号称平安二宗两大圣山，在整个扶桑的佛教社会中有着非常崇高的地位，更是被称之为‘镇护国家’。
当时，满山僧俗与避难的百姓不下于八千人，不分良莠，无分男女，绝大多数都被浅井·一向一揆联军所烧杀，只有应胤法亲王以及极少数人逃入山城一国境内才得以幸免，而延历寺的根本中堂和山王二十一社则是尽数被烧毁。
京都青莲院门迹门主尊朝法亲王、关白近卫前久、权大纳言山科言继等人奉旨为本愿寺显如与上杉谦信之间所爆发的战事进行斡旋调停。
虽说石山本愿寺一度成为皇家的敕愿寺，但京都青莲院的地位算起来还是石山本愿寺的上级。正亲町天皇让尊朝法亲王以这个身份出面，就是打算尽快让本愿寺显如下令解散江北十寺的数万一向一揆众，避免京都再度成为战场。同时，还向本愿寺显如告知浅井·一向一揆联军突袭比叡山延历寺并大肆烧杀一事。
其中敕旨还写到：“与山内左府停战议和之事不可置之不理，希望贵寺三思而后行，不要做出无益之事，应做出明智的决断。具体事务由尊朝等使者转达。”
而八条景定在将摄津淀川以北地区压制之后，并没有率军南下与上杉谦信、上杉氏虎二人所率的上杉军本队进行合流，反而是率上杉将军家的常备军势一万余众迅速返回山城，将战后处置交给了摄津守护上杉景信来完成。
毕竟景定也无法确定尊朝法亲王、近卫前久、山科言继等人是否能顺利说服本愿寺显如让江北十寺的一向一揆军解散。
为了避免浅井·一向一揆联军攻入山城一国，景定就只好率军尽快返回山城布置防御以及准备发起反击。